Artikel ini mengkaji integrasi keilmuan Islam dalam perspektif filsafat ilmu kontemporer melalui telaah ontologis, epistemologis, dan aksiologis. Pendekatan integrasi keilmuan Islam telah menjadi diskursus akademik yang signifikan dalam upaya mendamaikan tradisi keilmuan Islam dengan sains modern, namun masih menghadapi tantangan konseptual dan praktis yang mendasar. Melalui analisis filosofis komprehensif, penelitian ini mengembangkan kerangka lima dimensi yang mencakup dimensi ontologis, epistemologis, aksiologis, metodologis-integratif, dan teleologis-transformatif sebagai landasan teoretis integrasi keilmuan Islam. Selain itu, penelitian ini merumuskan model transformasi empat fase yang meliputi dekonstruksi, reorientasi, integrasi, dan transformasi transdisipliner untuk memandu proses rekonstruksi epistemik dalam pendidikan tinggi Islam. Dengan menggunakan pendekatan kualitatif-filosofis dan analisis hermeneutik-kritis terhadap pemikiran Al-Attas, Al-Faruqi, dan Amin Abdullah, artikel ini menunjukkan bahwa integrasi keilmuan Islam mensyaratkan reorientasi ontologis dari dikotomi sacred-profane menuju kesatuan realitas tawhidi, rekonstruksi epistemologis yang mengintegrasikan sumber revelasi dengan rasionalitas ilmiah, serta reposisi aksiologis yang menempatkan nilai transendental sebagai landasan etika keilmuan. Temuan penelitian juga mengidentifikasi empat risiko kritis, yakni reduksi ontologis, fragmentasi epistemologis, instrumentalisme aksiologis, dan skolastisisme baru, yang berpotensi menghambat proses integrasi secara autentik