Pembiasaan ibadah di lingkungan madrasah menghadapi tantangan dalam mengintegrasikan nilai-nilai spiritual di era modernisasi yang kian menguat. Penelitian ini bertujuan menganalisis praktik pembiasaan shalat dhuha sebagai wahana internalisasi nilai spiritual melalui perspektif filsafat perenialisme dan epistemologi Islam di Madrasah Ibtidaiyah Negeri Kota Jayapura. Mitra penelitian adalah seluruh civitas akademika madrasah yang terlibat dalam kegiatan pembiasaan rutin tersebut. Metode penelitian menggunakan pendekatan kualitatif reflektif-filosofis dengan teknik observasi partisipatif, wawancara mendalam, dan dokumentasi. Analisis data dilakukan secara interaktif melalui reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan dengan keabsahan data melalui triangulasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pembiasaan shalat dhuha berperan signifikan dalam membentuk karakter religius siswa, menanamkan nilai kedisiplinan, ketulusan, dan ketenangan batin. Dari perspektif perenialisme, praktik ini merefleksikan penanaman nilai-nilai kebenaran universal yang abadi. Sementara epistemologi Islam menegaskan bahwa pengetahuan spiritual diperoleh melalui pengalaman langsung ibadah yang menghubungkan manusia dengan Allah SWT. Temuan ini mengonfirmasi pentingnya pembiasaan shalat dhuha sebagai strategi pendidikan integratif dalam membentuk generasi berkarakter spiritual yang kuat di tengah tantangan modernitas.