Kondisi iklim di Indonesia dengan suhu dan kelembapan yang tinggi merupakan kondisi optimal bagi perkembangan jamur Aspergillus flavus penghasil toksin alflatoksin. Aflatoksin dapat menurunkan produktivitas ternak. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efek penambahan asam amino metionin-sistin untuk menurunkan efek toksin dari aflatoksin B1 (AFB1) pada pakan ayam broiler terhadap mortalitas dan kinerja organ dalam ayam broiler. Sebanyak 240 ekor ayam broiler mixed sex diteliti dengan 9 macam perlakuan dengan pola rancangan faktorial 3×3 dengan faktor kadar asam amino metionin-sistin (75,100, dan 125%) dan kadar AFB1 (0, 200, dan 400 ppb). Variabel yang diamati adalah bobot karkas, mortalitas, bobot hati dan bobot bursa fabrisius. Hasil penelitian menunjukkan interaksi tidak terjadi bobot relatif hati, bobot relatif bursa fabrisius, bobot relatif karkas. Mortalitas tertinggi terjadi pada perlakuan T3 (M+C 125% dan AFB1 0 ppb). Kombinasi pemberian asam amino metionin-sistin sebesar 75, 100, dan 125% serta AFB1 0, 200 dan 400 ppb yang dikonsumsi ayam broiler, belum mampu memperbaiki kinerja organ dalam ayam broiler.