Danau Limboto telah mengalami degradasi yang sangat signifikan yang disebabkan di antaranya adalah tingginya pasokan sedimen dari sungai sebagai inlet danau yang menyebabkan menurunnya fungsi danau baik untuk sektor ekonomi, pariwisata maupun untuk penyeimbang sistem ekologi. Oleh karena itu diperlukan solusi untuk mengendalikan laju sedimentasi di antaranya dengan menganalisis suseptibilitas agar dapat memahami kerentanan terhadap faktor-faktor yang menyebabkan kerusakan danau, yang berdampak negatif terhadap fungsinya. Analisis suseptibilitas pada penelitian-penelitian sebelumnya hanya menganalisis sedimen terhadap permukaan. Sehingga tujuan penelitian ini menganalisis suseptibilitas magnetik pada sedimen vertikal Danau Limboto khususnya di area pertanian dan pemukiman yang sekaligus sebagai area sempadan danau. Metode penelitian ini menggunakan survei dan analisis laboratorium dengan metode kemagnetan batuan pada parameter suseptibilitas dengan menggunakan alat Bartington MS2B yang berkerja pada dua frekuensi. Sampel sedimen tidak melalui proses preparasi tetapi langsung dimasukan ke dalam holder. Hasil penelitian menunjukkan nilai suseptibilitas magnetik berkisar antara 13,4x10-8m3kg-1 hingga 807x10-8m3kg-1. Sementara itu persentase suseptibilitas magnetik bergantung frekuensi (?FD%) berkisar antara 0,161% hingga 1,87% dengan rata-rata 0,903% yang terukur pada 20 sampel. Terdapat semua sampel mengandung mineral ferimagnetik. Penelitian ini dapat memberikan informasi tentang proses-proses fisik dan lingkungan yang mempengaruhi sedimentasi, menjadi penanda sedimen yang dikontrol oleh antropogenik dan litogenik yang masuk ke Danau Limboto.