Pendidikan di era modern menuntut murid guna menguasai kapabilitas berpikir kritis sebagai suatu kompetensi utama. Sayangnya, tingkat keterampilan berpikir kritis di kalangan pelajar Indonesia masih rendah, yang tercermin dari penurunan skor PISA sebesar 12 poin pada tahun 2022. Situasi ini menandakan perlunya inovasi dalam perangkat pembelajaran yang dapat mengembangkan partisipasi aktif murid dalam proses berpikir kritis. Materi tentang pertumbuhan dan perkembangan tumbuhan di kelas XII mencakup berbagai konsep kompleks yang sering kali diajarkan secara teoritis, tanpa dukungan kegiatan praktikum langsung maupun berbasis digital. Studi ini bermaksud guna mengembangkan E-LKPD berbasis model Problem Based Learning (PBL) pada materi tersebut yang memiliki validitas tinggi, mudah diterapkan, dan efektif dalam mengasah kapabilitas berpikir kritis murid. Proses pengembangan menggunakan pendekatan 4D, yang mencakup tahap Develop, Design, Define, serta Disseminate. Data diperoleh melalui kegiatan validasi, observasi pelaksanaan, angket tanggapan siswa, serta tes hasil belajar. Produk E-LKPD mengkombinasikan kegiatan praktikum langsung dan virtual serta dilengkapi fitur BiOpen, BiOrientation, BiOvercome, BiObservation, BiOpinion, dan BiOption. Validitas mencapai skor rata-rata 93,13%, kepraktisan diperoleh melalui respons peserta didik sebesar 99,16% dan keterlaksanaan 100%, sedangkan efektivitas ditunjukkan melalui N-gain sebesar 0,83. Kesimpulan penelitian ini mengindikasikan bahwasanya E-LKPD berbasis PBL yang dikembangkan layak diterapkan pada pembelajaran guna melatihkan keterampilan berpikir kritis.