Garuda - Garba Rujukan Digital

Aktivitas antibakteri ekstrak kulit buah kakao (Theobroma cacao L.) terhadap Escherichia coli, Bacillus subtilis, dan Staphylococcus aureus Agustin Sri MULYATNI; Asmini BUDIANI; Darmono TANIWIRYONO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 80, No 2: Desember 2012
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractCocoa (Theobroma cacao L.), one of the most important export commodities from Indonesia, is widely planted with current total area of 1.6 million Ha, producing 500.000 metric tons of dry bean in 2011 . At the time of harvest, instead of seed approximately the same volume cacao husk is produced. The aim of the study was to assess the potential of cocoa husk extract as an antibacterial against Escherichia coli, Bacillus subtilis, and Staphylococcus aureus, and to determine the minimum inhibitory concentration (MIC) of cocoa husk extract to the three test bacteria. Extraction of cocoa husk conducted by maceration method using ethanol 96%. Analysis of antibacterial activity was done by paper disc diffusion method. Completely Randomized Design of single factor presentage that is extract concentration of 0; 1; 2; 4; 8; 16; 32; and 64% (g/mL) with three replicans were applied.The results showed that the extract of cocoa pod husk has antibacterial activity against S. aureus, B. subtilis, and E. coli with the MIC are 8% (g/ mL), 16% (g/ mL), and 32% (g/ mL) respectively.AbstrakKakao (Theobroma cacao L.), salah satu komoditi ekspor terpenting Indonesia, ditanam secara luas dengan total luasan 1,6 juta Ha, menghasilkan 500.000 ton biji kering pada tahun 2011. Di samping biji sebagai hasil utama, pada saat panen juga dihasilkan kulit buah dengan volume yang hampir sama dengan biji. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji potensi ekstrak kulit buah kakao sebagai antibakteri terhadap Escherichia coli, Bacillus subtilis, dan Staphylococcus aureusserta menentukan konsentrasi hambat minimum (KHM) ekstrak kulit buah kakao terhadap ketiga bakteri uji. Ekstraksi kulit buah kakao dilakukan dengan metode Maserasi menggunakan pelarut etanol 96%. Analisis aktivitas antibakteri dilakukan dengan metode difusi cakram kertas. Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) dengan faktor tunggal konsen-trasi ekstrak, yaitu 0; 1; 2; 4; 8; 16; 32; dan 64% (g/mL), masing-masing dengan tiga kali ulangan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstrak kulit buah kakao berpotensi sebagai antibakteri terhadap S. aureus, B. subtilis dan E. coli, dengan KHM berturut-turut adalah 8% (g/mL), 16% (g/mL), dan 32% (g/mL).

Isolasi fragmen gen LIPASE dari kapang Absidia corymbifera, Rhizopus oryzae dan Rhizopus oligosporus Isolation of LIPASE gene fragment from Absidia corymbifera, Rhizopus oryzae and Rhizopus oligosporus fungi Riza A. PUTRANTO; Asmini BUDIANI
E-Journal Menara Perkebunan Vol 77, No 1: Juni 2009
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractDiversification of oil palm products, suchas healthy oil, needs lipase sustainability as abiocatalist. Many attempts have beendeveloped to produce lipase, includingintensive exploration and screening of severalspecies of molds. Genetic engineering for overexpression of LIPASE gene in the selectedmold is considered to be the potentialapproach for efficient production of thisenzyme. This research was aimed to isolate theLIPASE gene fragment of Indonesianindigenous fungi, namely Absidia corymbifera,Rhizopus oryzae and R. oligosporus by meansof RT-PCR (Reverse Transcriptase PolymeraseChain Reaction) technique using heterologousprimers. The result showed that a cDNAfragment of 462 bp has been amplified andisolated from the three fungi with differentconcentration. The highest quantity was foundfrom A. corymbifera. The RT-PCR productsisolated from A. corymbifera was cloned,sequenced and analyzed for its homology to thesequence of LIPASE gene from other species.BLAST analysis showed that the DNA sequenceof the cloned RT-PCR product derived fromA. corymbifera was highly homologous withLIPASE gene from Rhizopus niveus.AbstraksDiversifikasi produk kelapa sawit, sepertiminyak sehat (healthy oil) memerlukanketersediaan lipase sebagai biokatalis. Berbagaiupaya untuk produksi lipase telah dikembang-kan, termasuk eksplorasi dan skrining terhadapbeberapa spesies kapang secara intensif.Rekayasa genetika untuk mengoverekspresi-kan gen LIPASE pada kapang hasil skriningtersebut dipandang merupakan satu pendekatanpotensial untuk produksi enzim ini secaraefisien. Penelitian ini bertujuan untukmengisolasi fragmen gen LIPASE dari tigakapang indigenous Indonesia, yaituA. corymbifera, R. oryzae dan R. oligosporus,menggunakan teknik RT-PCR (ReverseTranscriptase Polymerase Chain Reaction).Hasil penelitian menunjukkan bahwa fragmencDNA sepanjang 462 bp dari ketiga kapangtelah diisolasi, masing-masing dengankuantitas yang berbeda. Hasil tertinggidiperoleh dari kapang A. corymbifera. ProdukRT-PCR dari A. corymbifera diklon, disekuenkemudian dianalisis homologinya dengansekuen gen LIPASE dari spesies lain. AnalisisBLAST menunjukkan bahwa sekuen DNA dariproduk RT-PCR terklon yang berasal dariA. corymbifera memiliki homologi tinggidengan gen LIPASE dari Rhizopus niveus.

Nucleotide sequence of cryIA gene cloned from Btk isolate of Bacillus thuringiensis and comparison with cryIA(c) gene from B. thuringiensis subsp. kenyae Sekuen nukleotida gen cryIA dari B.thuringiensis isolat Btk dibandingkan dengan gen crylA(c) dari B. thuringiensis subsp. Kenyae Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 68, No 1: Juni 2000
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Ringkasan Perakitan tanaman perkebunan yang toleran terhadap serangga hama dapat ditempuh melalui rekayasa genetika menggunakan gen cry. Gen cryIA merupakan gen cry yang paling banyak dipelajari di antara gen cry lainnya. Berdasarkan homology sekuen dan spesifisitas protein yang disandinya terhadap serangga sasaran, gen ini telah diklasifikasikan menjadi 10 subklas. Tulisan ini melaporkan hasil sekuensing (ragmen gen cryIA penyandi domain toksin yang diisolasi dengan teknik PCR dari Bacillus thuringiensis isolat Btk dan diklon menggunakan vektor pGEMT. Untuk menentukan sekuen gen cryIA yang berukuran sekitar 2 kb tersebut, dilakukan konstruksi satu seri mutan terdelesi searah dari ujung 5' menggunakan kit Erase-a-Base-System. Tiga DNA gen cryIA mutan dengan tingkat delesi yang sesuai dan satu nonmutan dipilih untuk sekuensing DNAnya. Sekuensing dilakukan dari satu arah menggunakan primer universal SP6 pada alat ABI 377A automatic DNA sequencer. Sekuen lengkap dari gen cryIA diperoleh dengan cara menggabungkan sekuen ketiga mutan dengan sekuen dari gen cryIA nonmutan secara manual. Untuk konfirmasi sekuen ujung 3', dilakukan sekuensing dari arah lainnya menggunakan primer universal T7. Sekuen lengkap dari fragmen tersebut mengandung 2021 nukleotida dan menyandi protein dengan 673 asam amino. Dibandingkan dengan sekuen gen crylA(c) dari B. thuringiensis subsp. kenyae, terlihat adanya sepuluh mutasi titik masing-masing pada nukleotida ke 444, 477, 1089, 1092, 1098, 1242, 1566, 1869, 1906 dan 1961. Tujuh mutasi titik pada nukleotida ke 444, 477, 1089, 1092, 1242, 1566, dan 1869 tidak merubah asam amino, sedangkan tiga mutasi lainnya mengakibatkan perubahan asam amino, yaitu pada nukleotida ke 1098 (kodon ke 366, yang menyebabkan perubahan dari Phe menjadi Leu), nukleotida ke 1906 (kodon ke 636, yang mengubah Val menjadi Leu) dan pada nukleotida ke 1961(kodon ke 654, yang mengubah Cys menjadi Tyr).Summary Estate crops tolerant to pests can be development through genetic engineering using cry gene. CryIA is the best studied among cry genes. Based on the sequence homology and specificity of their encoded proteins to the, targeted insect, these genes have been classified into 10 subclasses. This paper reports sequencing of cryIA gene fragment en-coding toxin domain isolated from Btk isolates of Bacillus thuringiensis using PCR technique and cloned with pGEM-T vector. To determine the full sequence of the 2-kb gene fragment, a series of mutants uni-directionally deleted at the 5'-end were constructed. Mutation was done using Erase-a Base-System kit. Three DNA mutants with appropriate degree of deletion and the un-mutated DNA were chosen for sequencing. Sequencing was conducted from one direction with SP6 universal primer using the ABI 377A automatic DNA sequencer. The full sequence of cryIA fragment was assembled manually using the sequences of DNA mutants and the non-mutant cryIA fragment. To confirm the sequence of the 3'-end, sequencing from the other direction was performed using the T7 universal primer.The completed sequence of the fragment contains 2021 nucleotides encoding a protein of 673 amino acids. Compares to the sequence of cryIA(c) from B. thuringiensis subsp. kenyae, it was shown that there were ten point mutations (nucleotides of 444, 477, 1089, 1092, 1098, 1242, 1566, 1869, 1906 and 1961), sevent of them (nucleotides of 444, 477, 1089, 1092, 1242, 1566 and 1869) were identified as silent mutations, while the other three substituted the amino acids, which are at the nucleotide 1089 (codon 366, substitution of Leu for Phe), nucleotide 1906 (codon 636, substitution of Leu for Val), and nucleotide 1961 (codon 654, substitution of Tyr for Cys).

Analisis sekuen DNA daerah 5’–EGAD1 dari buah kelapa sawit normal dan abnormal hasil kultur jaringan Analysis of DNA sequences of the 5’-flanking EGAD1 from normal and abnormal fruit from tissue culture derived oil palm Asmini BUDIANI
E-Journal Menara Perkebunan Vol 78, No 2: Desember 2010
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Abstract Clonal propagation of oil palm through in vitro culture is a potential approach to fulfill the demand of oil palm elite planting materials. However, the incidence of floral abnormality known as “Mantled” from oil palm derived from in vitro culture which was around 5%-80%, hampered the commercialization of this clonal oil palm planting materials. EGAD1, a defensin gene detected in oil palm, was reported to be expressed in significantlyhigher in callus cultures initiated from mantledpalms compared with those obtained from normally flowering individuals. As a part of research work to develop a molecular marker for early detection of abnormality in oil palm derived tissue culture, this research was aimed to isolate and analyze the sequences of the 5’ flanking region of EGAD1 gene of the normal and mantled oil palm. The research was initiated by expression analysis of EGAD1 at the flower and fruit of normal and mantled phenotypes, followed by isolation of the 5’ flanking region of the gene by genomic PCR. The sequences of PCR product were then aligned by ClustalW from BioEdit. The results showed that mantled phenotype of flower and fruit accumulated mRNA EGAD1 higher than that of normal phenotype. Differences between the two DNA sequences were detected at the bases of 141, 188 dan 198, which implied on the differences of the restriction map. These differences give a possibility to develop a molecular marker for detection of the abnormality on oil palm derived from tissue culture, based on the RFLP technique.Abstrak Perbanyakan kelapa sawit melalui kultur jaringan merupakan salah satu pendekatan yang sangat potensial untuk memenuhi permintaan bibit unggul kelapa sawit. Namun terjadinya abnormalitas pembungaan yang dikenal sebagai bunga mantled pada tanaman kelapa sawit hasil kultur jaringan, menjadi hambatan komersialisasi bibit tersebut. Gen EGAD1, yaitu gen defensin yang diidentifikasi merupakan salah satu gen pada kelapa sawit yang ekspresinya dilaporkan jauh lebih tinggi pada kalus yang diinduksi dari tanaman kelapa sawit abnormal dibandingkan dengan pada kalus asal kelapa sawit normal. Sebagai bagian dari usaha pengembangan pelacak molekuler untuk deteksi dini abnormalitas kelapa sawit hasil kultur jaringan, penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan menganalisis perbedaan sekuen DNA daerah 5’ flanking gen EGAD1 dari buah normal dan buah mantled. Penelitian dimulai dengan analisis ekspresi EGAD1 pada jaringan bunga dan buah normal dan mantled dengan RT- PCR, dilanjutkan dengan isolasi daerah 5’flanking EGAD1 dengan PCR genomik. Sekuen produk PCR kemudian disejajarkan melalui ClustalW BioEdit. Hasil penelitian menunjukkan bahwa bunga dan buah mantled mengakumulasikan mRNA EGAD1 lebih tinggi dibanding-kan dengan bunga dan buah normal. Terdapat perbedaan sekuen DNA pada daerah 5’ flanking dari gen tersebut antara buah normal dengan buah mantel, yaitu pada basa ke-141, 188 dan 198, yang berimplikasi pada perbedaan peta restriksi kedua sekuen. Hal ini memberi peluang untuk pengembangan suatu pelacak deteksi abnormalitas pada tanaman kelapa sawit hasil kultur jaringan, yang berbasis pada teknik RFLP.

Ekspresi fenotipe gen APETALA1 kakao (TcAP1) pada eksplan tembakau Phenotypic expression of cacao APETALA1 (TcAP1) in tobacco explant Tetty CHAIDAMSARI; . SAMANHUDI; Asmini BUDIANI; Roedhy POERWANTO; Djoko SANTOSO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 74, No 1: Juni 2006
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Summary APETALA1 (AP1) is one of flowering identity genes that determines the formation of sepal and petal tissues. An AP1 homologue was cloned from cacao flowers by bio-techniques coupled with bio-informatics. Examination of phenotypic expression was conducted with transgenesis of the 35S-TcAP1 construct using leaf disk technique of tobacco leaf explants mediated by Agrobacterium tumefaciens. PCR specific to TcAP1 demonstrated that the technique is effective in introducing the 35S-TcAP1 construct into tobacco plant cells. RT-PCR with total RNA from the leaves of transgenic tobacco plantlets showed that expression levels of the TcAP1 events varied. The variation of the transcript levels was comparable to the morphological phenotype of the tobacco plantlets grown in vitro. The cultures expressing TcAP1 at moderate levels, have developed into intact plantlets and set up flowers in vitro.Ringkasan APETALA1 (AP1) diketahui merupakan salah satu gen identitas pembungaan yang mengendalikan terbentuknya jaringan sepal dan petal. Homolog AP1 telah diklon dari organ bunga kakao (TcAP1) dengan kombinasi bio-techniques dan bio-informatics. Pengujian ekspresi fenotipe TcAP1 dilakukan dengan transgenesis konstruk konstitutif 35S-TcAP1 menggunakan teknik leaf disk eksplan daun tembakau dan mediasi Agrobacterium tumefaciens. Pengujian PCR spesifik TcAP1 menunjukkan bahwa teknik tersebut cukup efektif dalam mengintroduksikan konstruk 35S-TcAP1 ke dalam sel tanaman tembakau. RT-PCR dari daun planlet tembakau trangenik membuktikan bahwa tingkat ekspresi TcAP1 tersebut bervariasi. Perbedaan level ekspresi TcAP1 ini memberikan pengaruh yang nampak sebanding terhadap perkembangan morfologis planlet tembakau in vitro. Kultur yang mengekspresikan TcAP1 pada level sedang mampu beregenerasi menjadi planlet sempurna dan membentuk bunga in vitro.

Ekspresi gen penyandi ACCase subunit biotin karboksilase dari mesokarp buah kelapa sawit pada Escherichia coli Expression of gene encoding ACCase subunit biotin carboxylase from oil palm fruit mesocarp in Escherichia coli Asmini BUDIANI
E-Journal Menara Perkebunan Vol 82, No 1: Juni 2014
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Abstract Production of palm oil could be increased, one of which is by increasing oil content in the mesocarp of oil palm. This might be done by increasing the activity of key enzymes of the oil biosynthesis pathway in the oil palm mesocarp. Acetyl-CoA carboxylase has been reported as the enzyme that plays important role in oil accumulation in the oil palm mesocarp. Gene encoding one subunit of ACCase, biotin carboxylase (BC) had been isolated from oil palm mesocarp and cloned in E. coli. This reseach was aimed to examine the expression of the cloned BC gene in the E. coli. The cloned cDNA encoding BC was reisolated from recom-binant E. coli by PCR using spesific primers. The PCR products were verified in the agarose gel, and then ligated to pTrcHis-TOPO expression vector. The ligation product, recombinant vector pTrcHis-TOPO/BC, was introduced into E. coli XL1-Blue. Recombinant colonies grew in the selection media were analyzed using PCR to confirm the existent of the target DNA. The colonies, which have been confirmed to contain target DNA were then subcultured in the LB media, for extraction of total protein. The protein extract was then analyzed quantitatively by Lowry method, and qualitatively by electrophoresis on SDS polyacrylamide gel. The result showed that recombinant plasmid pTrcHis-TOPO/BC has been successfully inserted into E. coli XL-1 Blue. SDS-PAGE analysis of the extracted protein showed that recombinant E. coli produced specific protein with MW of about 43 kDa, much higher compared with that of untransformed E. coli. This results demonstrate that the cloned BC was strongly expressed in E. coli Abastrak Produksi minyak sawit dapat ditingkatkan, salah satu-nya dengan meningkatkan rendemen minyak. Hal ini dapat dilakukan dengan cara meningkatkan aktivitas enzim kunci biosintesis minyak pada mesokarp buah sawit. Acetyl-CoA carboxylase telah dilaporkan merupakan enzim yang berperan penting dalam akumulasi minyak pada mesokarp kelapa sawit. Pada penelitian sebelumnya, gen penyandi salah satu subunit ACCase, yaitu biotin carboxylase (BC), telah diisolasi dari jaringan mesokarp kelapa sawit dan diklon pada E.coli. Tujuan penelitian ini adalah untuk menguji ekspresi gen tersebut pada E. coli. cDNA penyandi BC diisolasi kembali dari E. coli rekombinan dengan PCR menggunakan pasangan primer spesifik. Hasil isolasi diveri-fikasi pada gel agarose, kemudian diligasikan dengan vektor ekspresi pTrcHis-TOPO. Vektor rekombinan (pTrcHis-TOPO/BC) hasil ligasi diintroduksikan ke dalam E. coli XL1-Blue. Koloni rekombinan yang tumbuh pada media seleksi dianalisis menggunakan PCR untuk mengkonfirmasi ada tidaknya sisipan DNA target. Koloni yang terbukti mengandung sisipan DNA target dikulturkan pada media LB kemudian protein total diekstrak dari kultur E. coli dan dianalisis dengan elektroforesis SDS-PAGE. Hasil PCR koloni menunjukkan bahwa transformasi E. Coli XL-1 Blue menggunakan konstruk vektor rekombinan pTrcHis-TOPO/ BC berhasil baik. Analisis SDS-PAGE dari ekstrak protein menunjukkan bahwa E. coli rekombinan menghasilkan protein dengan berat molekul sekitar 43 kDa yang inten-sitasnya jauh lebih tinggi dibandingkan dengan protein yang sama yang dihasilkan oleh E. coli yang tidak ditrans-formasi. Hal ini membuktikan bahwa gen penyandi BC dalam vektor pTrcHis-TOPO dapat diekspresikan dengan kuat pada E. coli.

Dinamika populasi Trichoderma harzianum DT38 pada campuran arang hayati tandan kosong kelapa sawit (TKKS) dan gambut Population dinamic of Trichoderma harzianum DT38 on mixture of empty fruit bunches of oil palm (EFBOP) biochar and peat Irma KRESNAWATY; Sayhas SUHADA; Asmini BUDIANI; T W DARMONO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 80, No 1: Juni 2012
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Abstract Biochar offers option for managing land as a source of carbon and soil conditioner. The ability of biochar in increasing soil fertility associates with its ability to retain water, reduce soil acidity, and keep the availability of essential nutrients for plant thus increasing crop produc-tivity, and reducing the risk of soil erosion. Biochar is also substance to provide a suitable environment for the growth of beneficial microbes, including an isolate of Trichoderma harzianum used in this study, that has been proven capable in stimulating plant growth and suppressing soil borne diseases. The purpose of this research was to determine the in vitro compatibility of T. harzianum DT38, Indonesia Biotech-nology Research Institute for Estate Crop (IBRIEC) collection, in mixtures of EFBPO biochar and peat during 28 days. This research was performed in completely randomized design with single factor, comprising of five formulas: 1) 100% EFBOP biochar (K1), 2) 100% peat (K2), 3) Mixture of EFBOP biochar and peat = 1 : 4 (F1), 4) Mixture of EFBOP biochar and peat= 1 : 8 (F2), dan 5) Mixture of EFBOP biochar and peat= 1 : 12 (F3). The colony forming units were determined after storage to express the amount of fungal propaguls in each mixture. The results was analized using one-way ANOVA test and Duncan Test. Result showed that the total of T. harzianum DT38 propaguls was not significantly difference among five mixture preparations tested during 0 and 7 days storage. The total propaguls were insignificantly difference between F1 and K2, and also between F2 and F3in 14, 21 and 28 days incubation. Peat addition on biochar increased the total of T. harzianum DT38 propaguls during 28 days incubation. The total propaguls which are remain high in F1, F2 and F3 formula up to 28 days storage indicating that the mixtures suitable for microbe media and biofertilizer formula.Abstrak Penggunaan arang hayati (biochar) merupakan alternatif pengelolaan tanah terutama sebagai penyedia karbon dan pembenah tanah. Kemampuan biochar dalam meningkatkan kesuburan tanah berhubungan dengan kemampuannya untuk menahan air, mengurangi keasaman tanah, menjaga keter-sediaan nutrien yang penting bagi tanaman sehingga mening-katkan produktivitas tanaman, serta mengurangi resiko erosi tanah. Arang hayati juga berperan dalam menyediakan ling-kungan yang cocok untuk pertumbuhan mikroba, ter-masuk isolat Trichoderma harzianum yang digunakan dalam penelitian ini dan teruji mampu meningkatkan pertumbuhan tanaman dan mengendalikan penyakit tular tanah. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui kompatibilitas T. harzianum DT38 koleksi BPBPI pada bahan pembawa berupa campuran biochar tandan kosong kelapa sawit (TKKS) dan gambut selama penyimpanan 28 hari secara in vitro. Penelitian ini menggunakan rancangan acak lengkap (RAL) untuk menguji lima perlakuan, yaitu : 1) 100% biochar TKKS (K1), 2) 100% gambut (K2), 3) Campuran biochar TKKS dan gambut 1 : 4 (F1), 4) Campuran biochar TKKS dan gambut 1 : 8 (F2), dan 5) Campuran biochar TKKS dan gambut 1 : 12 (F3). Hasil pengamatan pada penyimpanan 0 dan 7 hari menunjukkan bahwa jumlah propagul T. harzianum DT38 dari berbagai formula tidak berbeda nyata. Jumlah propagul antara formula F1 dan K2, serta F2 dan F3 tidak berbeda nyata pada penyim-panan 14, 21 dan 28 hari. Penambahan gambut pada biochar TKKS dapat meningkatkan jumlah propagul T. harzianum DT 38 selama penyimpanan 28 hari secara in vitro. Jumlah propagul T. harzianum DT38 pada media F1, F2 dan F3 selama penyimpanan 28 hari masih memenuhi jumlah minimal propagul dalam bahan pembawa yang menunjukkan bahwa media ini sesuai untuk pertumbuhan mikroba dan berpotensi sebagai formula pupuk hayati.

Kloning parsial gen penyandi enoil-ACP reduktase dari mesokarp buah kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Partial cloning of gene encoding enoyl-ACP reductase from mesocarp of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 72, No 1: Juni 2004
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Summary Enoyl-ACP reductase (ENR) is a component of fatty acid synthase (FAS) that is considered to play an important role in fatty acid elongation and oil accumulation of several plants. One of the proteins expressed coinciding with fruit development and oil accumulation in oil palm has been detected from the previous study and had homology with ENR. Therefore, as a part of genetic engineering program to improve oil content and quality in oil palm mesocarp, this research was aimed to clone cDNA conserved region of gene encoding enoyl-ACP reductase from oil palm mesocarp. Based on the amino acid sequence of the polypeptide that was homologous with ENR and combined with information of conserved region sequences of the same gene from other plant sources, primers were designed for amplifying conserved region of the ENR gene. Amplifi-cation was carried out by RT-PCR using total RNA as template, at several annealing temperatures and MgCl2 concentrations. Amplification product was cloned using pCR 2.1-TOPO, and the sequence was subjected into BlastN analysis. The results confirmed that the cloned cDNA fragment with 698 bp in size was the conserved region of the ENR gene. This sequence was highly homologous with the same gene from other plants such as Oryza sativa, Olea europaea, Brassica napus, Triticum aestivum and Arabidopsis thaliana with E-value 1e-96, 7e-77, 2e-64, 5e-41 and 3e-36, respectively. Based on this result, primers have been made and used to amplify the 5’- and 3’ ends of the ENR -cDNA of oil palm mesocarp. Ringkasan Enoil-ACP reduktase (ENR) merupakan salah satu komponen asam lemak sintase (FAS) yang berperan penting dalam pemanjangan asam lemak dan akumulasi minyak pada berbagai tanaman. Salah satu protein yang ter-ekspresi sejalan dengan tahapan perkembangan buah sawit dan akumulasi minyak pada penelitian sebelumnya diketahui mempunyai homologi dengan ENR. Oleh karena itu, sebagai salah satu bagian dari usaha rekayasa metabolisme minyak pada mesokarp buah sawit, penelitian ini bertujuan untuk mengklon cDNA daerah konservatif gen penyandi ENR dari mesokarp buah sawit. Berdasarkan sekuen asam amino polipeptida yang mempunyai homologi dengan ENR dan dikombinasikan dengan hasil penjajaran daerah konservatif gen tersebut dari berbagai anaman lain, dirancang primer untuk amplifikasi daerah konservatif ENR. Amplifikasi dilakukan dengan RT-PCR menggunakan templat RNA total pada berbagai suhu penempelan dan konsentrasi MgCl2. Hasil amplifikasi dimurnikan dari gel dan diklon menggunakan vektor kloning pCR2.1-TOPO serta dianalisis nya menggunakan BlastN. Hasilnya mengkonfirmasi fragmen cDNA terklon berukuran 698 pb sebagai daerah konservatif ENR tersebut mempunyai homologi tinggi dengan gen yang sama dari O. sativa, O. europaea, B. napus, T. aestivum dan A. thaliana masing-masing dengan E-value 1e-96, 7e-77, 2e-64, 5e-41 dan 3e-36. Berdasarkan hasil tersebut telah dibuat primer spesifik untuk amplifikasi cDNA daerah ujung 5’- dan 3’- gen ENR dari mesokarp kelapa

Embriogenesis somatik langsung dan regenerasi planlet kopi arabika (Coffea arabica) dari berbagai eksplan Direct somatic embryogenesis and regeneration of arabica coffee plantlets (Coffea arabica) from different explants Fetrina OKTAVIA; . SWANTO; Asmini BUDIANI
E-Journal Menara Perkebunan Vol 71, No 2: Desember 2003
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummaryTissue culture technique for arabica coffeefaces some problems, mainly in plantletsregeneration from cultured explants. Theobjectives of this experiment were to examine theeffect 2,4-D and 2-ip combinations on somaticembryogenesis and regeneration of arabicacoffee from several different explants. Basalmedium used in this experiment was MS mediumwith ½ concentration of macro and micro salts.Experiment to induce primary somatic embryos(SE) was arranged in factorial randomizedcomplete design with 10 repeats. The first factorwas the type of explants, leaf, epicotyl, hipocotyland root explants. The second factor was plantgrowth regulator i.e. combination of 1  M 2,4-Dwith 5, 10, 15, 20  M and combination of 5  M2,4-D with 5, 10, 15 and 20  M 2-ip. To multiplySE, secondary SE was induced from primary SEon medium containing combination of 0.6  MIAA and 13.3; 17.8 and 22.2  M BAP.Cotyledonary SE were germinated on mediacontaining GA 3 (0, 5, 10 and 15  M), and thenregenerated on medium free of growth regulator.Plantlets with 4-5 leaf pairs were transfered intothe soil medium for acclimatization. The resultsshow that primary SE can be induced from allexplants with the highest frequency on mediumcontaining 1  M 2,4-D and 15  M 2-ip.Induction of primary SE, in leaf explant wasmore effective than other explants. Mediumcontaining 0.6  M IAA and 22.2  M BAP gavethe highest percentage of SE multiplication i.e.52.6% with average SE number of 6.25. Plantletsregeneration can be conducted by culturing SEon maturation medium free of growth regulatorfor one month followed by germinating onmedium containing GA 3 , and then culturing onmedium free of growth regulator again. Thehighest percentage of germinated embryos wasobtained after three weeks and six weekscultured in the medium containing 5  M GA 3 , i.e49% and 90.15 respectively. From total plantletsobtained, 75% of them were normal. Sixtypercents of the young plants grew well in thegreenhouse.RingkasanTeknik kultur jaringan tanaman kopi arabikamasih menghadapi beberapa kendala terutamapada tingkat regenerasi planlet dari eksplan yangdikulturkan. Penelitian ini bertujuan untukmengetahui pengaruh kombinasi 2,4-D dan 2-ipterhadap embriogenesis somatik dan regenerasikopi arabika dari berbagai eksplan. Media dasaryang digunakan adalah medium MS ½konsentrasi garam makro dan mikro. Percobaaninduksi embrio somatik (ES) primer disusunmenurut rancangan acak lengkap faktorial dengan10 ulangan. Faktor pertama adalah jenis eksplan,erdiri atas daun, epikotil, hipokotil dan akar invitro. Faktor kedua adalah zat pengatur tumbuh,yaitu kombinasi 1 M 2,4-D dengan 5, 10, 15dan 20M 2-ip, serta kombinasi 5 M 2,4-Ddengan 5, 10, 15 dan 20 M 2-ip. Untuk mem-perbanyak jumlah ES yang didapatkan, dilakukaninduksi ES sekunder dari ES primer pada mediumyang mengandung kombinasi 0,6 M IAA dan13,3; 17,8 dan 22,2 M BAP. ES fase kotiledonkemudian dikecambahkan pada medium yangmengandung GA 3 (0, 5, 10 dan 15 M) danselanjutnya diregenerasikan pada medium tanpazat pengatur tumbuh. Planlet yang mempunyai4-5 pasang daun dipindahkan ke medium tanahuntuk aklimatisasi. Hasil yang diperolehmenunjukkan bahwa ES primer dapat diinduksipada semua eksplan yang digunakan denganfrekuensi tertinggi pada medium yang me-ngandung 1 M 2,4-D dan 15 M 2-ip. InduksiES primer pada eksplan daun lebih efektifdibandingkan eksplan lainnya. Untuk per-banyakan ES, medium yang mengandung IAA0,6 M dan BAP 22,2 M memberikanpersentase tertinggi pembentukan ES sekunderyaitu 52,6% dengan rata-rata jumlah ES 6,25.Regenerasi planlet dapat dilakukan denganmengkulturkan ES pada medium maturasi tanpazat pengatur tumbuh selama satu bulan, kemudiandikecambahkan dalam medium yang mengan-dung GA 3 , dan selanjutnya dipindah ke mediumtanpa zat pengatur tumbuh kembali.Perkecambahan ES tertinggi diperoleh padamedium dengan penambahan GA 3 5 M yaitu40,9% setelah tiga minggu dan 90,1% setelahenam minggu. Dari total planlet diperoleh 75%planlet normal. Hasil aklimatisasi menunjukkanbahwa 60% bibit mampu bertahan di rumah kaca.

Ekspresi β -1,3 glukanase dan kitinase pada tanaman kopi arabika (Coffea arabica L.) tahan dan rentan karat daun Expression of β-1,3 glucanase and chitinase of arabica coffee (Coffea arabica L.) resistant and susceptible against leaf rust disease Asmini BUDIANI; I SUSANTI; Surip MAWARDI; D A SANTOSO; . SISWANTO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 72, No 2: Desember 2004
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Summary Leaf rust disease caused by Hemileia vastatrix is considered to be one of the most important diseases on arabica coffee plantation. In order to understand the mechanism underlying resistance of arabica coffee against leaf rust disease, this research was aimed to study expression of β-1,3 glucanase (GLU) and chitinase (CHI) genes in the arabica coffee S1934 and BLP10 that have been reported respectively as a resistant and susceptible varieties to H. vastatrix. The two varieties were essayed against H. vastatrix, and an RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction) using total RNAs from the S1934 and BLP10, both inoculated with H. vastatrix and uninnoculated was carried out for studying the expression of GLU and CHI. Two primer pairs were designed to amplify the conserved region of GLU and CHI. Amplification products were sequenced and the nucleotide sequences were subjected to BlastX analysis. The result of bioassay confirmed that arabica coffee S1934 was resistant to H. vastatrix, while BLP10 was susceptible. β-1,3 glucanase was expressed in all of the four samples, the inoculated and uninnoculated S1934, and BLP10 in different degree. S1934 expressed higher GLU compared to BLP10. In the inoculated S1934 the expression of this gene was higher compared to that of the uninoculated one. Expression of CHI was detected only in the S1934, both inoculated and uninoculated. Sequence analysis confirmed that the RT-PCR products were exon regions of genes encoding β-1,3 glucanase dan chitinase respectively. Both of the cDNA fragment have been cloned in E.coli. Ringkasan Karat daun yang disebabkan oleh jamur Hemileia vastatrix merupakan salah satu penyakit penting pada perkebunan kopi arabika. Untuk memahami mekanisme ketahanan kopi arabika terhadap karat daun, penelitian ini bertujuan untuk mempelajari ekspresi gen β-1,3 glukanase dan kitinase pada varietas kopi arabika S1934 yang dilaporkan tahan karat daun dan varietas BLP10 yang termasuk rentan karat daun. Untuk itu kedua varietas diuji kembali ketahanannya terhadap H. vastatrix melalui bioesai dan dilakukan RT-PCR menggunakan RNA total dari S1934 dan BLP10, baik yang diinokulasi dengan H. vastatrix maupun yang tidak diinokulasi, untuk mempelajari ekspresi gen GLU dan CHI. Dua pasang primer spesifik dirancang untuk mengamplifikasi daerah konservatif kedua gen tersebut. Hasil amplifikasi disekuen dan dianalisis menggunakan program BlastX. Hasil bioesai mengkonfirmasi bahwa S1934 tahan terhadap H. vastatrix, sedangkan BLP10 rentan. β-1,3 glukanase diekspresikan pada kedua varietas, baik yang diinokulasi maupun yang tidak diinokulasi, namun dengan tingkat ekspresi yang sedikit berbeda. Varietas S1934 mengekspresikan β-1,3 glukanase lebih tinggi dibandingkan dengan BLP10. Ekspresi gen tersebut pada S1934 yang diinokulasi lebih tinggi dibandingkan dengan yang tidak diinokulasi. Sedangkan kitinase hanya diekspresikan pada varietas S1934. Hasil sekuensing dan analisis DNA mengkonfirmasi bahwa sekuen hasil RT-PCR merupakan bagian ekson dari gen penyandi β-1,3 glukanase dan kitinase. Kedua fragmen tersebut telah diklon pada E. coli.

Title

Found 47 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 47 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 47 Documents
Search