Garuda - Garba Rujukan Digital

Kloning parsial gen penyandi P5CS dari tebu (Saccharum officinarum L.) Cloning of P5CS-encoding gene fragment from sugarcane (Saccharum officinarum L.) Hayati MINARSIH; . SUPRIYADI; Soekarno Mismana PUTRA; Asmini BUDIANI
Menara Perkebunan Vol. 80 No. 1: 80 (1), 2012
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v80i1.48

AbstractAbiotic stress such as drought stress is one of the important factors that affect plant growth. Plants have an adaptation mechanism to overcome the stress condition by accumulating osmoprotectant compounds. Proline is a well known compatible solute and can be accumulated to a high concentration in plant cells under drought or osmotic stress. One of the important enzymes in proline biosynthesis is ∆1 - pyrroline-5-carboxylate synthetase (P5CS) encoded by P5CS gene. This research is aimed to clone partial length of P5CS gene from S. officinarum, variety PSJT 941. The amplification of P5CS gene fragment was done by Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR), using specific primers. DNA fragment of 984 bp, 975 bp and 1725 bp were cloned into Escherichia coli XL1-Blue using pGEMT Easy plasmid vector. Results from BLAST analysis showed that the P5CS sequences have high homology (99%) with the P5CS gene of S. officinarum in the GenBank database. AbstrakCekaman abiotik seperti kekeringan merupakan salah satu faktor penting yang mempengaruhi pertumbuhan tanaman. Tanaman mempunyai strategi adaptasi dalam mengatasi cekaman tersebut dengan mengakumulasi senyawa osmoprotektan yang terakumulasi dalam konsentrasi tinggi. Prolin merupakan salah satu senyawa osmoprotektan yang dapat melindungi tanaman dari cekaman kekeringan maupun osmotik. Salah satu enzim yang berperan penting dalam biosintesis prolin adalah ∆1 -pyrroline-5- carboxylate synthetase (P5CS) yang disandi oleh gen P5CS. Penelitian ini bertujuan untuk mengklon fragmen gen P5CS dari S. officinarum varietas PSJT 941. Amplifikasi fragmen gen P5CS dilakukan dengan teknik Reverse TranscriptionPolymerase Chain Reaction (RT-PCR) menggunakan primer spesifik gen P5CS. Fragmen DNA hasil RT-PCR berukuran 984 bp, 975 bp, dan 1725 bp diklon ke dalam Escherichia coli XL 1-Blue menggunakan vektor plasmid pGEM-T Easy. Hasil analisis BLAST menunjukkan bahwa sekuen fragmen gen produk RT-PCR yang berasal dari S. officinarum PSJT 941 memiliki homologi yang sangat tinggi (99%) dengan gen P5CS pada S. officinarum yang ada dalam pusat data Genbank.

Mikropropagasi planlet tebu menggunakan sistem perendaman sesaat (SPS) Micropropagation of sugarcane plantlets using temporary immersion system (TIS) Hayati MINARSIH; Imron RIYADI; . SUMARYONO; Asmini BUDIANI
Menara Perkebunan Vol. 81 No. 1: 81 (1), 2013
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v81i1.53

bstractTo achieve Indonesian sugar self-sufficiency in2014, the national production needs to be escalatedthrough land extensification that requires a largenumbers of cane planting materials. This can be achievedby mass propagation of sugarcane through in vitroculture. Solid medium is commonly used for callusproliferation in sugarcane tissue culture. However, solidmedium is considered inefficient in terms of plantletproduction level, labour and space. The use of liquidmedium may solve the problem by allowing automationto increase plantlet production scale and uniformity.Temporary immersion system (TIS) is based on a shortperiodic immersion of explants in a liquid medium for aspecific frequency and duration. Research on in vitromass propagation of sugarcane using TIS was conductedat the Indonesian Biotechnology Research Institute forEstate Crops. Callus initiated from immature unfoldedleaves of PSJT 941 and PS 881 was cultured on liquidMS medium in TIS with different frequencies (12 and24 h) and durations (1 and 3 min) of immersion. Eachtreatment was replicated three times. The callus biomassof two elite cane varieties (PSJT 941 and PS 881)cultured in TIS for six weeks was higher (2 – 4 times fold)than that of on solid medium. The PSJT 941 varietyreached the highest calli biomass with immersion forthree min every 24 h. However, PS 881 variety reachedits highest biomass with immersion for one minute every24 h. The propagation of sugarcane using TIS culturewas proven to produce higher calli biomass up to fourfolds and to form more numbers and uniform shootscompared to the solid medium culture. The callus wassuccesfully regenerated to shoots and plantlets.AbstrakUntuk mencapai swasembada gula, perlu dilakukanpeningkatan produksi gula nasional melalui perluasanareal pertanaman tebu sehingga diperlukan bibit dalamjumlah besar. Hal tersebut dapat diatasi antara laindengan perbanyakan tebu melalui kultur in vitro. Peng-gunaan medium padat pada perbanyakan kalus tebumelalui kultur in vitro merupakan teknik yang umumdigunakan saat ini. Akan tetapi penggunaan mediumpadat dianggap kurang efisien dalam hal jumlah planletyang diproduksi, tenaga kerja dan ruang digunakan.Penggunaan medium cair dapat mengatasi kelemahantersebut dengan dimungkinkannya otomatisasi sehinggadapat meningkatkan skala produksi secara massal dankeseragaman planlet. Sistem perendaman sesaat (SPS)merupakan teknik kultur in vitro dalam medium cairmenggunakan bejana bersekat dimana kontak antaraeksplan dan medium terjadi hanya secara sesaat danperiodik. Penelitian perbanyakan massal bibit tebumelalui SPS dilakukan di Balai Penelitian BioteknologiPerkebunan Indonesia. Kalus diinisiasi dari daun meng-gulung varietas PSJT 941 dan PS 881 yang ditumbuhkanpada media MS cair dalam kultur SPS dengan frekuensiyang berbeda (12 dan 24 jam) dan lama perendaman (1dan 3 menit). Setiap perlakuan diulang tiga kali. Bobotbasah (biomassa) kalus dari dua varietas tebu (PSJT 941dan PS 881) yang ditumbuhkan dengan metode SPSsetelah enam minggu menunjukkan pening-katan yanglebih tinggi yaitu antara 2 - 4 kali lipat dibandingkandengan kontrol (media padat). Peningkatan biomassatertinggi pada varietas PSJT 941 diperoleh pada per-lakuan SPS dengan interval perendaman 24 jam dan lamaperendaman tiga menit. Sedangkan pada PS 881,peningkatan tertinggi biomassa diperoleh pada intervalperendaman 24 jam dan lama perendaman satu menit.Perbanyakan dengan metode SPS terbukti dapat mening-katkan biomassa kalus lebih dari empat kali lipat danpembentukan tunas yang lebih seragam dibandingkandengan pada media padat. Kalus yang dihasilkan dapatdiregenerasikan menjadi tunas dan planlet.

Analisis sekuen DNA daerah 5’–EGAD1 dari buah kelapa sawit normal dan abnormal hasil kultur jaringan Analysis of DNA sequences of the 5’-flanking EGAD1 from normal and abnormal fruit from tissue culture derived oil palm Asmini BUDIANI
Menara Perkebunan Vol. 78 No. 2: 78 (2), 2010
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v78i2.63

Abstract Clonal propagation of oil palm through in vitro culture is a potential approach to fulfill the demand of oil palm elite planting materials. However, the incidence of floral abnormality known as “Mantled” from oil palm derived from in vitro culture which was around 5%-80%, hampered the commercialization of this clonal oil palm planting materials. EGAD1, a defensin gene detected in oil palm, was reported to be expressed in significantlyhigher in callus cultures initiated from mantledpalms compared with those obtained from normally flowering individuals. As a part of research work to develop a molecular marker for early detection of abnormality in oil palm derived tissue culture, this research was aimed to isolate and analyze the sequences of the 5’ flanking region of EGAD1 gene of the normal and mantled oil palm. The research was initiated by expression analysis of EGAD1 at the flower and fruit of normal and mantled phenotypes, followed by isolation of the 5’ flanking region of the gene by genomic PCR. The sequences of PCR product were then aligned by ClustalW from BioEdit. The results showed that mantled phenotype of flower and fruit accumulated mRNA EGAD1 higher than that of normal phenotype. Differences between the two DNA sequences were detected at the bases of 141, 188 dan 198, which implied on the differences of the restriction map. These differences give a possibility to develop a molecular marker for detection of the abnormality on oil palm derived from tissue culture, based on the RFLP technique.Abstrak Perbanyakan kelapa sawit melalui kultur jaringan merupakan salah satu pendekatan yang sangat potensial untuk memenuhi permintaan bibit unggul kelapa sawit. Namun terjadinya abnormalitas pembungaan yang dikenal sebagai bunga mantled pada tanaman kelapa sawit hasil kultur jaringan, menjadi hambatan komersialisasi bibit tersebut. Gen EGAD1, yaitu gen defensin yang diidentifikasi merupakan salah satu gen pada kelapa sawit yang ekspresinya dilaporkan jauh lebih tinggi pada kalus yang diinduksi dari tanaman kelapa sawit abnormal dibandingkan dengan pada kalus asal kelapa sawit normal. Sebagai bagian dari usaha pengembangan pelacak molekuler untuk deteksi dini abnormalitas kelapa sawit hasil kultur jaringan, penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan menganalisis perbedaan sekuen DNA daerah 5’ flanking gen EGAD1 dari buah normal dan buah mantled. Penelitian dimulai dengan analisis ekspresi EGAD1 pada jaringan bunga dan buah normal dan mantled dengan RT- PCR, dilanjutkan dengan isolasi daerah 5’flanking EGAD1 dengan PCR genomik. Sekuen produk PCR kemudian disejajarkan melalui ClustalW BioEdit. Hasil penelitian menunjukkan bahwa bunga dan buah mantled mengakumulasikan mRNA EGAD1 lebih tinggi dibanding-kan dengan bunga dan buah normal. Terdapat perbedaan sekuen DNA pada daerah 5’ flanking dari gen tersebut antara buah normal dengan buah mantel, yaitu pada basa ke-141, 188 dan 198, yang berimplikasi pada perbedaan peta restriksi kedua sekuen. Hal ini memberi peluang untuk pengembangan suatu pelacak deteksi abnormalitas pada tanaman kelapa sawit hasil kultur jaringan, yang berbasis pada teknik RFLP.

Aplikasi biokaolin untuk perlindungan buah kakao dari serangan PBK, Helopeltis spp. dan Phytophthora palmivora Application of biokaolin in protecting cocoa pod from cocoa pod borer, Helopeltis spp. and Phytophthora palmivora infestation Irma KRESNAWATY; Asmini BUDIANI; Abdul WAHAB; T W DARMONO
Menara Perkebunan Vol. 78 No. 1: 78 (1), 2010
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v78i1.77

AbstractMain constraints of cacao cultivation are infestations of cocoa pod borer (Conopomorpha cramerella (Snellen), Helopeltis spp., and cocoa pod rot disease (palmivora). So far there is no technology that could efficiently controlthese important pests. This research was aimed to develop environmentally friendly new technology to protect pod surfaces of cacao. The experiment was performed in heavily infested cacao plantation in Konawe, South-East Sulawesi.The use of kaolin particle film enriched with entomopathogenic microbe was contrasted againts the use of currently recommended plastic sleeve. Cacao pods were sprayed at one week and two week intervals. The observed parameters were the number of pods infested with cocoa pod borer, pod rot and Helopeltis spp. at 4th - 14th weeks after first spray. From the observation, weekly biokaolin application showed the highest amount pods free from cocoa pod borer (33.97 %), followed by biweekly application (27.96 %), and plastic sleeving (19 %). Ten weeks after first spray, cocoa pod borer incidence was significantly reduced especially in weekly application. The percentage of pods free from pod rot were 81.92 %, 62.96 %, and 72.20 % for weekly spray, biweekly spray, and plastic sleeving, respectively. Pods being kept for 12 weeks in plastic sleeve endured the highest intensity of pod rot incidence. Biweekly biokaolin treatment was better in handling Helopeltis spp. attack. Besides reducing infestation of the main pests and diseases, biokaolin application also reduced the incidence of cherelle wilt to almost 40%. Those results gave the great expectation that biokaolin usage would significantly increase cacao yield, resulting in the increase of cacao farmer income. AbstrakKendala utama dalam upaya budidaya kakao adalah adanya serangan hama penggerek buah kakao (PBK), Conopomorpha cramerella (Snellen) dan hama kepik Helopeltis spp., serta serangan patogen penyebab busuk buah (Phythophtora palmivora). Sampai saat ini belum tersedia teknologi yang secara efisien mengendalikan ketiga-tiganya sekaligus. Peneltian ini bertujuan untuk mengembangkan teknologi yang ramah lingkungan untuk melindungi permukaan buah kakao. Percobaan dilakukan pada perkebunan kakao dengan tingkat serangan yang berat di Konawe, Sulawesi Tenggara. Dalam penelitian ini, penggunaan lapisan partikel kaolin yang diperkaya dengan mikroba entomopatogenik dibandingkan efektifitasnya dengan penyarungan menggunakan kantung plastik yang direkomendasikan selama ini. Buah kakao disemprot setiap interval satu minggu dan dua minggu sekali. Parameter yang diamati adalah jumlah buah terserang PBK, jumlah serangan busuk buah dan jumlah serangan Helopeltis spp. pada minggu keempat sampai dengan minggu ke-14 setelah penyemprotan pertama. Hasil pengamatan menunjukkan bahwa persentase tertinggi (33,97 %) buah kakao yang terbebas dari serangan PBK diperoleh pada plot dengan penyemprotan biokaolin setiap minggu, diikuti dengan penyemprotan setiap dua minggu (27,96 %), dan penyelubungan dengan kantung plastik (19,00 %). Pada minggu ke- 10 setelah penyemprotan pertama terjadi penurunan intensitas serangan PBK secara signifikan khususnya pada perlakuan setiap minggu. Persentase buah kakao yang terbebas dari penyakit busuk buah 81,92 %, 62,96 %, dan 72,20 %, secara berturutan untuk perlakuan penyemprotan setiap satu minggu,setiap dua minggu, dan penyarungan plastik. Pada minggu ke-12 buah kakao yang diberi perlakuan penyarungan mengalami peningkatan serangan busuk buah paling tinggi dibandingkan dengan perlakuan lainnya. Perlakuan penyemprotan setiap dua minggu memberikan perlindungan terbaik dari serangan Helopeltis spp. Hasil ini memberikan harapan besar bahwa aplikasi biokaolin sangat berpotensi meningkatan hasil panen petani kakao sehingga akan meningkatkan pendapatan petani.

Isolasi fragmen gen LIPASE dari kapang Absidia corymbifera, Rhizopus oryzae dan Rhizopus oligosporus Isolation of LIPASE gene fragment from Absidia corymbifera, Rhizopus oryzae and Rhizopus oligosporus fungi Riza A. PUTRANTO; Asmini BUDIANI
Menara Perkebunan Vol. 77 No. 1: 77 (1), 2009
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v77i1.112

AbstractDiversification of oil palm products, suchas healthy oil, needs lipase sustainability as abiocatalist. Many attempts have beendeveloped to produce lipase, includingintensive exploration and screening of severalspecies of molds. Genetic engineering for overexpression of LIPASE gene in the selectedmold is considered to be the potentialapproach for efficient production of thisenzyme. This research was aimed to isolate theLIPASE gene fragment of Indonesianindigenous fungi, namely Absidia corymbifera,Rhizopus oryzae and R. oligosporus by meansof RT-PCR (Reverse Transcriptase PolymeraseChain Reaction) technique using heterologousprimers. The result showed that a cDNAfragment of 462 bp has been amplified andisolated from the three fungi with differentconcentration. The highest quantity was foundfrom A. corymbifera. The RT-PCR productsisolated from A. corymbifera was cloned,sequenced and analyzed for its homology to thesequence of LIPASE gene from other species.BLAST analysis showed that the DNA sequenceof the cloned RT-PCR product derived fromA. corymbifera was highly homologous withLIPASE gene from Rhizopus niveus.AbstraksDiversifikasi produk kelapa sawit, sepertiminyak sehat (healthy oil) memerlukanketersediaan lipase sebagai biokatalis. Berbagaiupaya untuk produksi lipase telah dikembang-kan, termasuk eksplorasi dan skrining terhadapbeberapa spesies kapang secara intensif.Rekayasa genetika untuk mengoverekspresi-kan gen LIPASE pada kapang hasil skriningtersebut dipandang merupakan satu pendekatanpotensial untuk produksi enzim ini secaraefisien. Penelitian ini bertujuan untukmengisolasi fragmen gen LIPASE dari tigakapang indigenous Indonesia, yaituA. corymbifera, R. oryzae dan R. oligosporus,menggunakan teknik RT-PCR (ReverseTranscriptase Polymerase Chain Reaction).Hasil penelitian menunjukkan bahwa fragmencDNA sepanjang 462 bp dari ketiga kapangtelah diisolasi, masing-masing dengankuantitas yang berbeda. Hasil tertinggidiperoleh dari kapang A. corymbifera. ProdukRT-PCR dari A. corymbifera diklon, disekuenkemudian dianalisis homologinya dengansekuen gen LIPASE dari spesies lain. AnalisisBLAST menunjukkan bahwa sekuen DNA dariproduk RT-PCR terklon yang berasal dariA. corymbifera memiliki homologi tinggidengan gen LIPASE dari Rhizopus niveus.

Kloning gen penyandi β-1,6-glukanase kapang secara cepat dengan teknik RT-PCR menggunakan primer spesifik Rapid cloning for gene encoding fungal β-1,6-glucanase by means of RT-PCR using specific primers Asmini BUDIANI; Riza A. PUTRANTO; Hayati MINARSIH; Niyyah FITRANTI; Djoko SANTOSO
Menara Perkebunan Vol. 77 No. 1: 77 (1), 2009
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v77i1.115

AbstractProduction of bioethanol from biomass ofagricultural waste has been hindered with a highproduction cost because enzymes needed for theprocess has to be imported with relatively a highprice. Genetic engineering using its encodinggenes is able to produce those enzymes withlower cost. In this report we described a researchaimed to clone gene encoding β-1,6-glucanasefrom Trichoderma harzianum with a relativelyrapid and inexpensive method, by means of RT-PCR using gene specific primers. The primerswere designed based on the DNA sequence of thetarget gene from the same species of organismused in this research. RT-PCR using that primersresulted in DNA fragment with sizescorresponding to the predicted size of full lengthgene encoding β-1,6-glucanase, about 1300 bp.After a sequential experiments of cloning usingpGEM-T Easy vector, DNA sequencing andBlastN - BlastX analyses of the sequences, it wasproven that the isolated DNA was full length geneof β-1,6-glucanase. This was implied from thepercentage of Identity and E-value which were96% and 0.0 (< e-04) respectivety.AbstrakProduksi bioetanol dari biomassa limbahpertanian, terkendala oleh tingginya biayaproduksi karena enzim yang diperlukan untukproses tersebut masih harus diimpor denganharga yang relatif mahal. Melalui rekayasagenetika menggunakan gen-gen penyandinya,enzim-enzim tersebut dapat diproduksi denganbiaya yang lebih murah. Penelitian ini bertujuanuntuk mengklon gen penyandi β-1,6-glukanasedari Trichoderma harzianum secara cepat danekonomis, dengan RT-PCR menggunakan primerspesifik. Primer tersebut dirancang berdasarkansekuen DNA dari gen target asal spesiesorganisme yang sama dengan yang digunakandalam penelitian. RT-PCR dengan primertersebut menghasilkan fragmen DNA yangukurannya sesuai dengan gen lengkap penyandiβ-1,6-glukanase, yaitu sekitar 1300 bp. Setelahsecara berurutan diklon menggunakan vektorpGEM-T Easy, sekuensing urutan DNA dananalisis BlastN maupun BlastX dari sekuen yangdiperoleh, terbukti bahwa fragmen DNA tersebutadalah gen lengkap penyandi β-1,6-glukanase.Hal ini ditunjukkan oleh Nilai Kesamaan(Identity) dan E-Value yang masing-masingmencapai 96% dan 0.0.

Ekspresi fenotipe gen APETALA1 kakao (TcAP1) pada eksplan tembakau Phenotypic expression of cacao APETALA1 (TcAP1) in tobacco explant Tetty CHAIDAMSARI; . SAMANHUDI; Asmini BUDIANI; Roedhy POERWANTO; Djoko SANTOSO
Menara Perkebunan Vol. 74 No. 1: 74 (1), 2006
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v74i1.116

Summary APETALA1 (AP1) is one of flowering identity genes that determines the formation of sepal and petal tissues. An AP1 homologue was cloned from cacao flowers by bio-techniques coupled with bio-informatics. Examination of phenotypic expression was conducted with transgenesis of the 35S-TcAP1 construct using leaf disk technique of tobacco leaf explants mediated by Agrobacterium tumefaciens. PCR specific to TcAP1 demonstrated that the technique is effective in introducing the 35S-TcAP1 construct into tobacco plant cells. RT-PCR with total RNA from the leaves of transgenic tobacco plantlets showed that expression levels of the TcAP1 events varied. The variation of the transcript levels was comparable to the morphological phenotype of the tobacco plantlets grown in vitro. The cultures expressing TcAP1 at moderate levels, have developed into intact plantlets and set up flowers in vitro.Ringkasan APETALA1 (AP1) diketahui merupakan salah satu gen identitas pembungaan yang mengendalikan terbentuknya jaringan sepal dan petal. Homolog AP1 telah diklon dari organ bunga kakao (TcAP1) dengan kombinasi bio-techniques dan bio-informatics. Pengujian ekspresi fenotipe TcAP1 dilakukan dengan transgenesis konstruk konstitutif 35S-TcAP1 menggunakan teknik leaf disk eksplan daun tembakau dan mediasi Agrobacterium tumefaciens. Pengujian PCR spesifik TcAP1 menunjukkan bahwa teknik tersebut cukup efektif dalam mengintroduksikan konstruk 35S-TcAP1 ke dalam sel tanaman tembakau. RT-PCR dari daun planlet tembakau trangenik membuktikan bahwa tingkat ekspresi TcAP1 tersebut bervariasi. Perbedaan level ekspresi TcAP1 ini memberikan pengaruh yang nampak sebanding terhadap perkembangan morfologis planlet tembakau in vitro. Kultur yang mengekspresikan TcAP1 pada level sedang mampu beregenerasi menjadi planlet sempurna dan membentuk bunga in vitro.

Karakterisasi gen penyandi lipase dari kapang Rhizopus oryzae dan Absidia corymbifera Characterization of gene encoding lipase from fungus Rhizopus oryzae and Absidia corymbifera Riza A PUTRANTO; Djoko SANTOSO; . TRI-PANJI; . SUHARYANTO; Asmini BUDIANI
Menara Perkebunan Vol. 74 No. 1: 74 (1), 2006
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v74i1.118

SummaryLipase is a group of enzymes which catalyze fat hydrolysis. Lipase is recently used to produce diacylglycerol (DAG) from triacylglycerol (TAG). Lipase can be used to produce healthy oil. Having a rich biodiversity, Indonesia has the opportunity to produce lipase using indigenous microbes, such as molds. This research aimed to detect LIPASE gene on several strains of molds employing PCR technique. Genomic DNAs were isolated from four strains of molds (M. sitophila, R. oryzae, R. microsporus, and A. corymbifera). Heterologous primers for LIPASE were designed based on the conserved region of 12 LIPASE sequences accessed from GenBank and used to amplify the genomic DNA resulted in a 466 bp fragmen. BLAST analysis showed that the bands of DNAs have high homology with common lipase protein in several strains of Rhizopus.Ringkasan Lipase merupakan kelompok enzim yang berfungsi sebagai biokatalis hidrolisis lemak. Lipase banyak digunakan untuk konversi triasilgliserol (TAG) menjadi diasilgliserol (DAG). Penggunaan lipase penting untuk produksi minyak sehat (healthy oil). Indonesia dengan keanekaragaman hayati tinggi berpeluang besar mengembangkan produksi lipase dari mikroba lokal, salah satunya adalah kapang. Deteksi gen merupakan langkah awal dalam upaya peningkatan produksi lipase melalui rekayasa genetika. DNA genomik empat galur kapang (M. sitophila, R. oryzae, R. microsporus, dan A. corymbifera) telah berhasil diisolasi. Sepasang primer heterologous telah berhasil dirancang berdasarkan daerah terkonservasi 12 sekuen gen LIPASE dari GenBank. Amplikon DNA yang diperoleh pada PCR menggunakan pasangan primer RLP memiliki panjang 466 bp. Analisis BLAST memperlihatkan bahwa amplikon PCR memiliki homologi yang tinggi dengan protein LIPASE beberapa galur Rhizopus.

Aktivitas ACCase mesokarp kelapa sawit dan kloning fragmen gen penyandi ACCase subunit biotin karboksilase ACCase activity of oil palm mesocarp and cloning of gene fragment encoding biotin carboxylase subunit of ACCase Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO
Menara Perkebunan Vol. 74 No. 1: 74 (1), 2006
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v74i1.119

Summary Genetic engineering to produce high yielding oil palm might be done by over expressing gene encoding key enzyme for oil biosynthesis in the oil palm mesocarp, one of which is ACCase. The objective of this research was to analyze ACCase activity of mesocarp from several developmental stages of fruit and to clone conserved region cDNA of gene encoding biotin carboxylase subunit of ACCase (BC-htACCase) from oil palm mesocarp. Activity of ACCase was analyzed by HPLC. Amplification of cDNA was done by means of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) using degenerate heterologous primer on several annealing temperature and MgCl2 concentration. The cDNA fragment of RT-PCR product was cloned, sequenced and analyzed to confirm that the cloned cDNA was conserved region of BC-htACCase. The result showed that ACCase activity increased from the 14 week to the 20 week-old fruit, and then decreased. Using heterologous degenerate primers, cDNA fragments of BC-htACCase conserved region (469 bp) can be specifically amplified at 60 oC annealing temperature with 2 mM MgCl2 concentration.The result of BlastX analysis showed that the sequence of cloned cDNA fragment was highly homologous with the conserved region of BC-htACCase from Glycine max, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum, and Brassica napus with 243, 237, 236, 231 bit score, and E. value 2e-63, 1e-61, 2e-61 and 5e-60, respectively. Ringkasan Rekayasa genetika untuk menghasilkan bibit kelapa sawit berdaya hasil tinggi dapat ditempuh dengan meningkatkan ekspresi gen penyandi enzim kunci biosintesis minyak pada kelapa sawit, salah satunya adalah ACCase. Tujuan penelitian ini adalah menguji aktivitas ACCase mesokarp beberapa tahap perkem-bangan buah sawit dan mengklon fragmen cDNA daerah konservatif gen penyandi ACCase heteromerik subunit biotin karbok-silase (BC-htACCase) dari mesokarp buah sawit. Aktivitas ACCase dianalisis dengan HPLC. Amplifikasi cDNA dilakukan dengan teknik RT-PCR menggunakan primer degene-rate heterologus pada berbagai suhu penempelan dan konsentrasi MgCl2. Fragmen cDNA hasil RT-PCR diklon, disekuen dan dianalisis untuk mengkonfirmasi bahwa cDNA terklon adalah daerah konservatif BC-htACCase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa aktivitas ACCase meningkat dari buah berumur 14 minggu hingga buah berumur 20 minggu, kemudian menurun kembali Dengan primer degenerate heterologus, fragmen cDNA daerah konservatif BC-htACCase (469 pb) dapat diamplifikasi secara spesifik pada suhu penempelan 60 oC dan konsentrasi MgCl2 2 mM. Hasil analisis BlastX dari sekuen DNA fragmen terklon menunjuk-kan bahwa sekuen tersebut mempunyai homologi tinggi antara lain dengan gen penyandi BC-htACCase dari Glycine max, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum dan Brassica napus, masing-masing dengan skor 243, 237, 236, 231 bit, dan E. value 2e-63, 1e-61, 2e-61 dan 5e-60.

Ekspresi β -1,3 glukanase dan kitinase pada tanaman kopi arabika (Coffea arabica L.) tahan dan rentan karat daun Expression of β-1,3 glucanase and chitinase of arabica coffee (Coffea arabica L.) resistant and susceptible against leaf rust disease Asmini BUDIANI; I SUSANTI; Surip MAWARDI; D A SANTOSO; . SISWANTO
Menara Perkebunan Vol. 72 No. 2: 72 (2), 2004
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v72i2.122

Summary Leaf rust disease caused by Hemileia vastatrix is considered to be one of the most important diseases on arabica coffee plantation. In order to understand the mechanism underlying resistance of arabica coffee against leaf rust disease, this research was aimed to study expression of β-1,3 glucanase (GLU) and chitinase (CHI) genes in the arabica coffee S1934 and BLP10 that have been reported respectively as a resistant and susceptible varieties to H. vastatrix. The two varieties were essayed against H. vastatrix, and an RT-PCR (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction) using total RNAs from the S1934 and BLP10, both inoculated with H. vastatrix and uninnoculated was carried out for studying the expression of GLU and CHI. Two primer pairs were designed to amplify the conserved region of GLU and CHI. Amplification products were sequenced and the nucleotide sequences were subjected to BlastX analysis. The result of bioassay confirmed that arabica coffee S1934 was resistant to H. vastatrix, while BLP10 was susceptible. β-1,3 glucanase was expressed in all of the four samples, the inoculated and uninnoculated S1934, and BLP10 in different degree. S1934 expressed higher GLU compared to BLP10. In the inoculated S1934 the expression of this gene was higher compared to that of the uninoculated one. Expression of CHI was detected only in the S1934, both inoculated and uninoculated. Sequence analysis confirmed that the RT-PCR products were exon regions of genes encoding β-1,3 glucanase dan chitinase respectively. Both of the cDNA fragment have been cloned in E.coli. Ringkasan Karat daun yang disebabkan oleh jamur Hemileia vastatrix merupakan salah satu penyakit penting pada perkebunan kopi arabika. Untuk memahami mekanisme ketahanan kopi arabika terhadap karat daun, penelitian ini bertujuan untuk mempelajari ekspresi gen β-1,3 glukanase dan kitinase pada varietas kopi arabika S1934 yang dilaporkan tahan karat daun dan varietas BLP10 yang termasuk rentan karat daun. Untuk itu kedua varietas diuji kembali ketahanannya terhadap H. vastatrix melalui bioesai dan dilakukan RT-PCR menggunakan RNA total dari S1934 dan BLP10, baik yang diinokulasi dengan H. vastatrix maupun yang tidak diinokulasi, untuk mempelajari ekspresi gen GLU dan CHI. Dua pasang primer spesifik dirancang untuk mengamplifikasi daerah konservatif kedua gen tersebut. Hasil amplifikasi disekuen dan dianalisis menggunakan program BlastX. Hasil bioesai mengkonfirmasi bahwa S1934 tahan terhadap H. vastatrix, sedangkan BLP10 rentan. β-1,3 glukanase diekspresikan pada kedua varietas, baik yang diinokulasi maupun yang tidak diinokulasi, namun dengan tingkat ekspresi yang sedikit berbeda. Varietas S1934 mengekspresikan β-1,3 glukanase lebih tinggi dibandingkan dengan BLP10. Ekspresi gen tersebut pada S1934 yang diinokulasi lebih tinggi dibandingkan dengan yang tidak diinokulasi. Sedangkan kitinase hanya diekspresikan pada varietas S1934. Hasil sekuensing dan analisis DNA mengkonfirmasi bahwa sekuen hasil RT-PCR merupakan bagian ekson dari gen penyandi β-1,3 glukanase dan kitinase. Kedua fragmen tersebut telah diklon pada E. coli.

Title

Found 47 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 47 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 47 Documents
Search