Claim Missing Document
Check
Articles

VALIDASI RUANG KOMPUTASI SENYAWA NATIVE TIDAK MEMENUHI ATURAN LIPINSKI MENGGUNAKAN PLANTS Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 8th University Research Colloquium 2018: Bidang MIPA dan Kesehatan
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Taxol merupakan salah satu senyawa antikanker yang tidak mengikuti kaidah Lipinski. Bobot molekulnya yang melebihi 0,5 kDa disertai banyaknya akseptor dan donor ikatan hidrogen menjadikan senyawa ini dapat memiliki konformasi ruang melimpah. Kajian in silico ini ditujukan untuk melakukan validasi variasi ruang komputasi menggunakan PLANTS terhadap konformasi akhir komputasi docking dibandingkan dengan konformasi ruang senyawa native hasil pengukuran laboratorium. Program PLANTS digunakan untuk membatasi nilai RMSD Cluster ligan. Protein target yang digunakan merupakan protein Kinesin-8 manusia yang bertanggung jawab terhadap proses mitosis dengan kode PDB-ID 5oam, 5ocu, dan 5ogc. Semua program komputasi yang digunakan telah berhasil dijalankan di dalam sistem operasi Ubuntu 14.04, diantaranya adalah PLANTS versi 1.2, Chimera 1.12, PyMOL versi 2.1.0, dan PLIP 1.3.4. Pusat massa komputasi menggunakan koordinat pusat massa dari ligan native. Tidak ada satupun dari 7 variasi besaran radius grid bentuk sphere yang mampu menghasilkan konformasi molekul yang mirip dengan senyawa native. Hasil ini membuktikan bahwa pengujian molekul dengan konformasi ruang melimpah tidak dianjurkan untuk para penggiat komputasi pemula karena validasi ruang tidak mudah terpenuhi dan membuat hasil komputasi yang bias. Terlebih lagi konfigurasi grid-sphere dalam PLANTS tidak mendukung kombinasi koordinat ruang bentuk kubus. Program PLANTS dianjurkan untuk digunakan pada senyawa yang memenuhi aturan Lipinski.
Re-Scoring Skor Grid Hasil Docking Molekular Ligan Asli dari Protein Target T47D dan WiDr dengan Metode Skor GBSA-Hawkins-Zou dan Amber menggunakan Program DOCK6 Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 10th University Research Colloquium 2019: Bidang MIPA dan Kesehatan
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Prediksi energi ikatan ligan protein dapat dilakukan dengan teknik komputasi. Model skoring kekuatan ikatannya ditentukan oleh software dan metode perhitungan yang menyertainya. Selain penggunaan dataset ligan pembanding dan pengumpan, ligan terpilih yang potensial dapat diuji dengan berbagai model skoring untuk mendekatkan hasil dengan kondisi yang sesungguhnya. Re-Scoring dalam penelitian ini ditujukan untuk memperoleh karakteristik hasil ikatan ligan protein terbaik di semua model skoring yang digunakan. Protein target yang memiliki mekanisme aksi molekular terhadap sel T47D dan WiDr telah diunduh dari www.rcsb.org. Sebanyak 36 protein terpilih telah dilakukan pemisahan untuk didapatkan protein dan ligan native yang telah ditambahkan hidrogen dan muatannya (Amber-ff14SB) menggunakan bantuan program UCSF Chimera dan layanan online dari Docking Blaster (http://blaster.docking.org). Semua ligan native telah dihitung nilai skor Gridnya menggunakan DOCK6 terhadap semua protein target. Nilai RMSD-h ligan menjadi acuan validasi konformasi ruang hasil docking dengan konformasi pengukuran kristalografi untuk masing-masing protein target. Masing-masing skor dan interaksi ligan protein yang dipilih terbaik divisualisasi dan dianalisis menggunakan PyMOL, PLIP, dan PoseView online. Skor Amber dan Hawkins telah diperoleh untuk semua ligan native, namun hanya 47,22% protein target yang mempunyai skor Zou terhadap ligan native-nya. Hasil pengukuran afinitas ikatan ligan native secara silang menunjukkan bahwa terdapat 61,11 dan 80,56 % protein yang nilai afinitas ikatan ligan native-nya lebih rendah dibandingkan dengan ligan native dari protein lainnya. Teknik re-scoring telah terbukti memberikan penilaian lebih baik dalam melakukan evaluasi afinitas ikatan ligan protein dan konformasi ruang ligan dalam binding site pocket setiap protein.
Pengaruh Koenzim dan Kofaktor Protein Target Reduktase Aldosa dalam Docking Molekular Menggunakan DOCK6 Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 11th University Research Colloquium 2020: Bidang Sains dan Teknologi
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Kofaktor dan koenzim memiliki peran penting dalam mekanisme aksi obat di dalam tubuh. Molekul air telah terbukti memberikan pengaruh terhadap konformasi akhir ligan dalam uji insilico. Kajian ini ditujukan untuk memotret pengaruh koenzim dan kofaktor terhadap hasil dockingmolekular dengan studi kasus protein reduktase aldosa. Ketiga protein aldosereductase diunduh dari database bank protein (RCSB PDB). Kelompok senyawa uji dipilih dan diunduh dari databasePubChem berdasarkan informasi dari laman bindingdb.org. Software DOCK versi 6.9 digunakan untuk mendapatkan hasil interaksi ligan dan protein setelah dilakukan dockingmolekular yang dinyatakan dalam Grid-Score dan Amber-Score. Hanya terdapat satu senyawa native dengan konformasi ruang hasil docking mode rigid dan fleksibel menyerupai hasil pengukuran kristalografinya. Kedua protein target lainnya memiliki nilai Hungarianrootmeansquaredeviation (RMSDh) kurang dari 5 pada mode rigid saja. Hal yang sama juga didapati pada hasil rescoringnative dengan Amber-Score untuk mode fleksibel salah satu protein dan nilai RSD antar perlakuan diperoleh lebih dari 5%, sedangkan nilai Grid-Score ketiga native memperlihatkan hasil yang tidak berbeda antar perlakuan untuk kedua mode. Urutan tiga terbaik senyawa uji hasil docking memperlihatkan hasil yang berbeda termasuk nilai skoring ketiganya pada beda perlakuan kecuali nilai Grid-Score mode fleksibel.
Aktivitas Penghambatan Enzim ?-Glucosidase Ekstrak Daun Zingiber zerumbet Andi Suhendi; Dedi Hanwar; Broto Santoso; Subhan R Abidi
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 16th University Research Colloquium 2022: Bidang MIPA dan Kesehatan
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Penelitian sebelumnya menyatakan bahwa senyawa zerumbon dan kaempferol dari Zingiber zerumbet dan ekstraknya memiliki aktivitas penghambatan enzim ?- glukosidase. Oleh karena itu, daun zingiber zerumbet diduga memiliki aktivitas sebagai penghambat enzim ?-glukosidase. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas penghambatan enzim ?-glukosidase dan mekanisme penghambatannya. P-nitrofenol yang terbentuk dari reaksi antara enzim dengan p-nitrofenil-?-D-glukopiranosa (PNPG) diukur dengan microplate reader pada panjang gelombang 405 nm. Penghambatan enzim dilakukan dengan menggunakan berbagai konsentrasi ekstrak dan acarbose sebagai kontrol positif. Uji kinetika enzim menggunakan 4 seri konsentrasi substrat pnitrofenil- ?-D-glucopyranose (PNPG). Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstrak etanol daun Zingiber zerumbet memiliki aktivitas penghambatan enzim ?-glukosidase dengan nilai IC50 sebesar 22,21±0,20 ?g/mL. Sedangkan nilai IC50 acarbose adalah 47,41±2,37 ?g/mL. Aktivitas penghambatan ekstrak lebih baik dibandingkan acarbose. Mekanisme penghambatan merupakan tipe camnpuran karena nilai Kap>K dan Vap<V.
Pengaruh Spesifikasi Laptop terhadap Hasil Docking FlexAID pada Produk Alami dan Anti Diabetes Broto Santoso; Ratna Yuliani; Y Yuliansah; Mustaqim Alfarizky; Diva Ratna Shabrina; Dimas Satrio Utomo; Rizkiananda Wardani; Annisa Wifa Rizqi Madjid; Monarita Puspita Dewi; Naufal Farras
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 16th University Research Colloquium 2022: Bidang MIPA dan Kesehatan
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Laptop menjadi media komputasi yang portabel. FlexAID merupakan aplikasi docking berbasis PyMOL. Beberapa senyawa produk alami diujikan in silico pada target anti diabetes. Naskah ini ditujukan untuk menginformasikan hasil komputasi FlexAID antar laptop yang berbeda spesifikasi. FlexAID dalam aplikasi NRGSuite telah digunakan oleh 8 laptop dalam 3 kelompok protein dan ditambah 1 laptop yang sama dan disertakan di setiap kelompok dengan masing-masing 9 senyawa uji. Protein target, ligan, dan sistem docking adalah sama di setiap kelompok yang berbeda pada protein targetnya. Nilai RMSD native lebih dari 2 ditemukan pada 3 laptop di kelompok 3, namun laptop lainnya telah memenuhi nilai kesejajaran. Rentang nilai RSD (%) CF-score dan rasio secara berturut-turut untuk kelompok 1-3 adalah [3,66-25,25; 2,89-18,93], [2,44-37,35; 2,64- 35,94], dan [1,99-16,81; 4,26-16,97]. Perolehan RSD CF-score native masih di bawah 10% dimana nilai terendah didapati pada kelompok 2 sedangkan untuk 9 ligan setiap kelompok terdapat 2, 5 dan 6 senyawa yang berada di bawah nilai ini. Laptop dengan spesifikasinya mempunyai peranan penting dalam perhitungan docking FlexAID yang dimungkinkan pula dapat terjadi pada aplikasi lainnya yang serupa. Terdapat 2 senyawa potensial pada kelompok 1 dan 3 dengan nilai CF-score lebih baik dibandingkan dengan native.
The Easiness in silico Drug Development against SARS-CoV-2 Protease using JAMDA Broto Santoso; Ratna Yuliani
Urecol Journal. Part C: Health Sciences Vol. 2 No. 2 (2022): August-Dec
Publisher : Konsorsium LPPM Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.53017/ujhs.172

Abstract

Drug development can be accelerated and facilitated through the method of in silico by utilising a browser-based application. Universität Hamburg through the ZBH Centre for Bioinformatics has been giving full access to its applications until now. One of them is JAMDA. Forty-five flavonoids have been used as case studies of ligand binding affinity screening for five SARS-CoV-2 proteases. The 3D conformations of ligands and proteins were downloaded from the PubChem and RCSB databases, respectively. OpenBabel was used to combine multiple ligands to speed up the computation. It took at least 7.5 hours to complete the whole process using a single browser tab. Molecules of GC376 non-sulphonate, R8H, and 6”-O-acetylastragalin have top best scores than all investigated ligands. Their average scores ratio is 1.239, 1.234 and 1.188 respectively. PLIP predictions indicate that water molecules are actively involved in protein ligand interactions for four crystals of native and 6”-O-acetylstragalin on several proteins. This browser-based application is fast and easy to use but it is not recommended to use for novel compounds due to data privacy which is not guaranteed by the owner.
PEMBERDAYAAN KELOMPOK WANITA TANI PRODUSEN HERBAL HEALTHY DRINK BERBASIS ONLINE E- COMMERCE DI DESA BINAAN POTRONAYAN, BOYOLALI H Haryoto; Hidayah Karuniawati; Andi Suhendi; Broto Santoso; Tista Ayu Fortuna; Aflit Nuryulia Praswati; Triana Ariska Dewi; Aulita Keisya; Dhiyahul Auliya; Farhand Ahmad
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 19th University Research Colloquium 2024: Bidang Pengabdian Masyarakat
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Kabupaten Boyolali memiliki 19 kecamatan. Masing-masing kecamatan menghasilkan komoditas tanaman pangan yang berbeda beda. Salah satu komoditas yang dihasilkan di Kabupaten Boyolali adalah komoditas padi-padian, sayuran, dan empon-empon. Salah satu daerah penghasil empon-empon adalah desa Potronayan. Desa Potronayan merupakan desa binaan UMS yang terletak di pinggir Boyolali sebelah utara bandara Adisumarmo dengan jumlah penduduk sekitar 4.984 jiwa yang mayoritas penduduknya berpenghasilan dari bercocok tanam, salah satunya adalah tanaman yang merupakan jenis obat herbal seperti jahe, temulawak, kunyit, dan kencur. Rimpang (empon-empon) ini banyak digunakan sebagai ramuan obat tradisional dan sebagai bumbu dalam masakan. Selain itu empon-empon juga banyak digunakan untuk pengobatan maupun pencegahan gangguan kesehatan. Kegiatan ini bertujuan untuk (1). Meningkatkan harga jual empon-empon, (2). Membuat diversifikasi produk berupa herbal healthy drink, (3). Mempromosikan produk menggunakan platform online E-Commerce yang dapat diakses melalui internet. Kegiatan ini juga merancang dan mengaplikasikan green economy. Green economy meningkatkan kesejahteraan manusia dan kesetaraan sosial, sekaligus mengurangi risiko lingkungan secara signifikan. Hasil Kelompok Wanita tani berupa rimpang yang berkhasiat tersebut sebelum dijual bisa diolah menjadi suatu produk herbal healthy drink yang mempunyai daya jual lebih tinggi daripada bahan mentahnya.
SISTEM INFORMASI PENCATATAN PENGGUNAAN INSTRUMEN LABORATORIUM DENGAN MEMANFAATKAN GOOGLE CLOUD DI FARMASI UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SURAKARTA Broto Santoso; Al Wathony; R Riyanto
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 19th University Research Colloquium 2024: Bidang Pengabdian Masyarakat
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Pekerjaan laboratorium membutuhkan penggunaan instrumen dimana mengetahui masa pakainya untuk perbaikan dan penggantian suku cadang menjadi bagian penting dari upaya pencegahan kerusakan fatal. Pencatatan penggunaan menjadi penting agar diketahui kapan waktu untuk penggantian suku cadang habis pakai atau pengecekan dan perbaikan rutin. Laboratorium lingkup Farmasi UMS masih menggunakan sistem pencatatan di buku log secara manual dimana terdapat kendala dalam proses perekapan dan pengarsipannya. Kegiatan pengabdian ini ditujukan untuk membangun sistem informasi yang memudahkan dalam proses monitoring, perekapan, dan pengarsipan catatan penggunaan instrumen laboratorium. Langkah yang dilakukan adalah pemanfaatan fitur dari Google Form, Google Sheets, dan QR code yang secara berurutan digunakan untuk merekam dan menampung data pengguna dan instrumen yang digunakannya, mengolah dan menampilkan data tersebut sesuai dengan kebutuhan informasi dalam monitoring dan pelaporan, dan menyederhanakan dalam menampilkan tautan penting. Gambar QR code digunakan untuk tautan register pengguna, data input waktu mulai dan berakhir pencatatan untuk setiap instrumen. Data pengguna dan pencatatan yang diperoleh dibuat dalam tabulasi data identitas pengguna dikaitkan dengan waktu, durasi, dan instrumen yang digunakan. Hasil akhir kegiatan pengabdian ini adalah sistem informasi berupa dasboard untuk monitoring (realtime) dan pelaporan penggunaan instrumen laboratorium di lingkup Farmasi UMS.
FOUR COMPOUNDS IN AEGLE MARMELOS ARE POTENTIAL AS ANTIDIABETIC BY TARGETING PPARG IN SILICO Broto Santoso; Ratna Yuliani
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 19th University Research Colloquium 2024: Bidang MIPA dan Kesehatan
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

The protein PPARG, which has 2 types of binding-site pockets as coactivators and corepressors, can be a target for type 2 antidiabetes. Aegle marmelos has been reported to contain 181 compounds, and some parts of this plant have antidiabetic activity. Dynamic interactions between PPARG and compounds contained in A. marmelos are believed to occur. This study aims to determine their in silico affinities. Initial preparation and modification of ligands and proteins have been conducted using protoss (proteins.plus) and UCSF chimera. The protein is conditioned with and without water content, which is actively involved in ligand-protein interactions. Molecular docking is performed using the standard SeeSAR mode. The obtained data represent a range between the lower and upper bounds of predicted affinity values, which are analyzed and presented alongside visual data on ligand-protein interactions. The results of this study indicate that almost half of the compounds contained in A. marmelos (48.1%) have a strong affinity for the coactivator-type binding-site pocket on PPARG, while 25.4% of the compounds interact with its corepressor-type, and the rest do not or have weak interactions with the binding-site pocket on PPARG. Fatty acid compounds have a strong affinity for both types of binding-site pockets on PPARG. Therefore, fatty acids might have no antidiabetic activity, which targets PPARG. There are 4 non-fatty acid compounds that only bind and interact with the coactivator-type on PPARG, namely N-[2-methoxy-2-[4-(3-methylbut-2-enoxy)phenyl]ethyl]-3-phenylprop-2-enamide, epoxyaurapten, 4-[2-(2,6-dimethoxy-4-prop-2-enylphenoxy)propyl]-2-methoxyphenol, and 7-(2,6,7-trihydroxy-7-methyl-3-methylideneoctoxy)chromen-2-one. Hence, these compounds might have antidiabetic activity. Further studies are needed to compare the antidiabetic activities of active compounds in A. marmelos, both individually and in combination.
The Usage of Information System for Documenting Number of Users of Research Laboratory at Faculty of Pharmacy, Universitas Muhammadiyah Surakarta: Pemanfaatan Sistem Informasi dalam Dokumentasi Jumlah Pengguna Laboratorium Penelitian di Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah Surakarta Muhammad Haqqi Hidayatullah; Broto Santoso; Al Wathony; R Riyanto
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 18th University Research Colloquium 2023: Bidang Teknik dan Rekayasa
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Laboratories are important infrastructure for learning and research in academic sector, especially in the field of science, such as the Faculty of Pharmacy, Muhammadiyah University of Surakarta. In fact, laboratory utility records are obtained manually by writing them in a laboratory activity logbook. The time required was not efficient and did not visualize real time data are obstacles to create a recapitulation of users data per time. The system has been built by utilizing the features in Google Forms and Google Sheets. Laboratory users has been asked to fill in the required data for the main database. Furthermore, users are instructed to make a presence using Google Forms when entering and leaving the laboratory. The data can be processed and analyzed according to laboratory needs. There were 50 data users who have registered to use the research laboratory. The result is that the system has been running properly for documenting laboratory user occupancy. The system can still be upgraded if necessary. The limitations of this system are the system still needs to be improved continuously, there is no system management level, and data processing automation needs to be adjusted manually at the beginning.