Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
2.926
P-Index
This Author published in this journals
All Journal VALENSI PROSIDING SEMINAR NASIONAL Jurnal Ilmu Dasar Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology Jurnal Ilmu Farmasi dan Farmasi Klinik (Journal of Pharmaceutical Science and Clinical Pharmacy) Biomedika Pharmacon Chimica et Natura Acta JKPK (Jurnal Kimia dan Pendidikan Kimia) Urecol Journal. Part C: Health Sciences Prosiding University Research Colloquium Journal of Pharmaceutical and Sciences. Medical Sains : Jurnal Ilmiah Kefarmasian
Broto Santoso
Universitas Muhammadiyah Surakarta
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Humanities Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Computer Science & IT Control & Systems Engineering Dentistry Education Environmental Science Health Professions Immunology & microbiology Law, Crime, Criminology & Criminal Justice Materials Science & Nanotechnology Mathematics Medicine & Pharmacology Nursing Public Health Veterinary

Published : 62 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 62 Documents
Search

 3   4   5   6   7 
Afinitas Ikatan Senyawa Dalam Kulit dan Biji Buah Jeruk Keprok serta Adas Bintang terhadap sintase III 3-oksoasil-[asil-carrier-protein] dan Reduktase Enoyl-ACP (InhA) Myobacterium tuberculosis Prastiwi Wulaning Tyas; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Tuberculosis (TB) merupakan infectious killer yang disebabkan olehMyobacterium tuberculosis. Temuan kasus TB hingga tahun 2015 diIndonesia berdasarkan case notification rate (CNR) sebesar 117 kasusper 100.000 penduduk. Infeksi bakteri Myobacterium tuberculosisdapat berkembang menjadi multi drug resistence (MDR). Peningkatankasus MDR-TB menjadi perhatian penting karena jumlah kasus MDRTBtidak sebanding dengan jumlah pasien yang terobati. Tujuanpenelitian ini yaitu untuk mengetahui afinitas ikatan ligan dari adasbintang, kulit buah dan biji buah jeruk keprok terhadap protein target2x22 dan 1u6s. Studi Molecular docking difokuskan pada dua proteinpenting untuk Fatty acid synthesis (FAS) II M.tuberculosis yaituEnoyl-ACP Reductase (InhA) sub unit 2x22 dan 3-oxoacyl-[acylcarrier-protein] synthase III (FabH) sub unit 1u6s. Bagian ligan danprotein dipisahkan menggunakan software Chimera dan OpenBabel.Kedua protein tersebut dilakukan molecular docking dengan senyawaaktif turunan biji dan kulit buah jeruk keprok serta adas bintang.Software molecular docking yaitu PyRx 0.9.7 dengan metode VinaAutodock. Hasil Molecular docking diamati menggunakan proteinligandinteraction profiler (PLIP) dan Pymol. Molecular dockingdilakukan untuk mengetahui binding affinity terbaik antara ligandengan protein. Hasil analisis menunjukan senyawa kaempherol danmairin dalam adas bintang memiliki ikatan afinitas terhadap 1u6s dan2x22 masing-masing -8,8 Kkal/mol dan -10,1 Kkal/mol. Senyawamol001797 dan neohesperidin dalam kulit buah jeruk keprok memilikiikatan afinitas terhadap 1u6s dan 2x22 masing-masing -8,0 Kkal/moldan -9,9 Kkal/mol . Senyawa EIC dan asam zumarik dalam biji buahjeruk keprok memiliki ikatan afinitas terhadap 1u6s dan 2x22 masingmasing-6,9 Kkal/mol dan -6,8 Kkal/mol. Hasil analisis menunjukaninteraksi paling tinggi yaitu antara senyawa mairin dalam adasbintang dengan protein target Enoyl-ACP Reductase (InhA) sub unit2x22 sebesar -10,1 Kkal/mol.
Prediksi Ikatan Molekular Kemenyan Jawa dan Adas Bintang terhadap Mutase Korismat Mycobacterium tuberculosis (2fp2, 3st6) Rani Wulandari; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Tuberkulosis merupakan masalah utama kesehatan di seluruh dunia.Munculnya TB yang resisten terhadap multidrug 55 (TB-MDR) danobat (XDR-TB) mendorong pengembangan obat baru. Hal inimerupakan salah satu cara penting untuk mengendalikan tuberkulosis.Penelitian ini mengkaji interaksi senyawa dalam kemenyan jawa danadas bintang dengan protein Mutase Korismat (MTB-CM) melaluidocking molekular. Data tersebut diolah dengan metode moleculardocking dengan menggunakan program Pyrx-Autodock-Vina didukungdengan PyMOL dan PLIP (Protein Ligand Interaction Profiler) untukmembuat profil visual interaksi ligan-protein.. hasil dockingmenunjukkan kemenyan jawa mempunyai binding affinity dengantarget protein 2fp2 dan 3st6 -7.5 dan -9.1 sedangkan kemenyan jawa -7.3 dan -8.8.
Kajian in silico Senyawa yang terkandung dalam Jeruk Pahit dan Adas Bintang terhadap Ribosa-5-Fosfat Isomerase B Mycobacterium tuberculosis (2VVO, 2VVP)menggunakan PyRx Vina-Autodock Ghiyats Ramadhan; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri penyebab penyakittuberkulosis yang sampai sekarang masih menjadi permasalahanpenyakit utama di Indonesia dengan potensi tuberculosis multi-drugresistant (TB MDR) yang meningkat. Kajian in silico dilakukanterhadap target tuberkulosis jalur ribose-5-phospaye isomerase Bdenganvarian protein 2VVO dan 2VVP. Senyawa aktif yang dipakaipada kajian in silico ini adalah dari turunan jeruk pahit (Citrusaurantium). Protein dipisahkan dari residu dan diambil unique-liganddari protein tersebut menggunakan Chimera. Perolehan bindingaffinity sebagai kuantifikasi interaksi antara protein-ligan dilakukandengan PyRx metode Vina Autodock. Visualisasi interaksi liganproteindihasilkan dengan Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP)dan PyMol. Hasil docking menunjukkan bahwa 4 ligand native 1 dan 2(2VVO & 2VVP) memiliki nilai binding affinity sebesar -5,1 sampai -5,9 kkal/mol. Dua senyawaterbaik adas bintang yakni asam salisilatmemiliki binding affinity -4,7 kkal/mol yang tidak lebih baikdibandingkan ligand native, sementara lainnya yaitu heriguardmemiliki nilai binding affinity -5,6 kkal/mol, hal ini lebih baik dari dualigand native dan tidak lebih baik dari dua ligand native lainnya, adasbintang memiliki kesamaan interaksi residu dengan ligand nativeberupa HIS 12, GLY 70, GLY 72, SER 71, ASN 73, GLU 75, dan ARG113. Sementara, untuk senyawa terbaik jeruk pahit (hesperidin danlimonin) memiliki binding affinity lebih baik dari semua ligand nativedengan nilai masing-masing -6,9 kkal/mol dan -7 kkal/mol dengankesamaan interaksi residu HIS 12, GLY 70, SER 71, GLY 72, GLY 74,GLU 75, ARG 113. Nilai binding affinity yang paling kecil (dalam halini jeruk pahit) menunjukkan bahwasanya energi dari senyawa aktifuntuk mengikat protein lebih kecil sehingga diharapkan dapat lebihefektif sebagai anti tuberkulosis.Mycobacterium tuberculosis is a tuberculosis-causing bacteria that isstill a major disease problem in Indonesia with the potential forincreased multi-drug resistant tuberculosis (MDR TB). The silico studywas conducted on the target of ribose-5-phospaye isomerase Bpathogen tuberculosis with variant of 2VVO and 2VVP proteins. Theactive compounds used in this silico study are from bitter orangederivatives (Citrus aurantium). The protein is separated from theresidue and taken unique-ligand from the protein using Chimera. Theacquisition of affinity bindings as quantification of interactionsbetween protein-ligand is done with PyRx method of Vina Autodock.Visualization of ligand-protein interactions is generated with Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP) and PyMol. The docking results
Uji Aktivitas Antituberkulosis Senyawa Alam Daun Jeruk Keprok (Citrus reticulata) dan Adas Bintang (Anisi stellati) terhadap reduktoisomerase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dengan Metode Komputasi Docking Molekuler Afzalur Rahman; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Tahun 2016 terdapat 1,7 juta orang meninggal dari 10,4 juta orangyang terjangkit tuberkulosis. Penelitian sebelumnya telah melaporkanbahwa senyawa alam jeruk keprok memiliki aktivitas antimikroba padabeberapa bakteri gram positif dan gram negatif; sedangkan senyawaalam adas bintang dilaporkan tidak memiliki aktivitas antimikroba,akan tetapi dapat diharapkan minyak esensialnya mempunyai aktivitasantibakteri. Uji antituberkulosis dilakukan dengan membandingkaninteraksi ligan-protein kedua senyawa alam tersebut dengan molekulpoten yang telah ada menggunakan metode docking molekuler.Preparasi protein telah dilakukan menggunakan Chimera.Penambatan senyawa terpilih dilakukan terhadap molekul 3ZHY dan3ZHZ yang memiliki aktivitas inhibisi terhadap reduktoisomerase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dari Mycobacterium tuberculosis. Profilinteraksi ligan-protein dan visualisasinya dihasilkan dari PLIP(Protein-Ligand Interaction Profiler) dan PyMOL. Hasil docking ligannative masing-masing protein diperoleh -7,7 dan -8,7 kkal/mol.Senyawa alam adas bintang Astragalin dan MOL008479 memiliki nilaibinding affinity tertinggi pada protein 3ZHZ dan 3ZHY, yaitu -7,8 dan-8,1 kkal/mol. Sedangkan senyawa alam daun jeruk keprokMOL004746 memiliki nilai binding affinity tertinggi pada protein3ZHY dan 3ZHZ, yaitu -4,9 dan -5 kkal/mol. Tidak dihasilkansenyawa alam yang dapat memberikan aktivitas inhibisi lebih baik dariligan native. Senyawa alam dikatakan memiliki aktivitas lebih baikdari ligan native jika memiliki binding affinity lebih kecil dari ligannative.
Docking Molekular Patikan Kebo (Euphorbia hirta) dan Adas Bintang (Anisi stellati) sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dengan bantuan PyRx-vina Rinna Agustina; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Tuberkulosis disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis dan angkakejadian di negara berkembang dan berpenghasilan rendah mencapai95 % dan di Indonesia, didapati 60% dari total prevalensi dengan laju1 juta kasus tiap tahunnya. Potensi antituberkulosis pada senyawaalam dari adas bintang dan patikan kebo telah dilaporkan efektif.Penambatan senyawa dilakukakan terhadap sintase 1-deoksi-Dksilulosa-5-fosfat (2Y1D,3ZHZ) yang merupakan protein yangmemiliki ikatan target dengan M. tuberkulosis. Pemisahan protein danligan menggunakan Chimera-OpenBabel. Besaran interaksi liganproteinberdasarkan nilai binding affinity yang diperoleh dari PyRxVina-AutoDock. Interaksi protein-ligan divisualisasi dengan PLIP(Protein-Ligan Interaction Profiler) dan PyMOL. Penelitian inibertujuan untuk mengetahui potensi anti-tuberkulosis berdasarkanjenis ikatan yang timbul dari interaksi terbaik ligan-protein dan nilaibinding affinity. Hasil docking menunjukkan ligan native 2YID dan3ZHZ memiliki binding affinity sebesar -7,5 dan -11 kkal/mol. Hasilini menunjukkan bahwa senyawa terbaik patikan kebo dan adasbintang memiliki nilai yang lebih rendah untuk kedua protein secaraberurutan adalah -5,1; -7,4; -4,1; dan -7,1 kkal/mol. Lisin, serin,treonin, glisin, dlutamin, dan asparagin merupakan residu asam aminoyang menyebabkan interaksi hidrogen antara ligan-protein. Hal inimemperlihatkan bahwa ligan patikan kebo dan adas bintang diprediksikurang berpotensi sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat .
Metode Docking untuk Aktivitas Virtual Adas Bintang terhadap Protein Dehidratase 3-Dehidrokuinat (3n76) dan Dehidrokuinase tipe II (4ki7) sebagai Anti-tuberkulosis Yurnanda Ambar Mustika; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Tuberkulosis(TB) telah menyerang 680.000 penduduk Indonesia ditahun 2011. Adas bintang (Anisi stellati) memiliki kemampuan sebagaipenyegarkan nafas, dan antibakteri serta anti jamur terhadap asma,bronkitis, dan batuk kering. Penelitian ini dilakukan untuk mengujiaktivitas dari adas bintang (Anisi stellati) terhadap protein 3n76 dan4ki7 untuk mengatasi TB. Docking dilakukan terhadap proteindehidratase 3-dehidrokuinat (3n76) dan dehidrokuinase tipe II (4ki7)Mycobacterium tuberculosis dan ligan dari adas bintang (Anisistellati). Protein dan ligan dipisahkan menggunakan aplikasi Chimera.PyRx Vina-AutoDock digunakan untuk mengetahui interaksi antaraligan dan protein. Interaksi ligan dengan protein dikonversimenggunakan PLIP dan PyMOL. Hasil komputasi menunjukkanbahwa ligan yang terkandung dalam adas bintang memiliki afinitasikatan dengan kedua protein (3n76; 4ki7) Mycobacterium tuberculosis.Skor docking ligan tereftaldehid dan mairin dari adas bintangterhadap protein 3n76 dan 4ki7 berturut-turut memiliki afinitas ikatansebesar -9,7 dan -8,9 kkal/mol. Aktifitas tersebut lebih baik dibandingdari ligan native 3n76 dan 4ki7 terhadap proteinnya masing-masingyaitu sebesar -5,7 dan -7,5 kkal/mol. Hasil yang diperolehmenunjukkan bahwa ligan tereftaldehid dan mairin dari adas bintangmemiliki aktivitas sebagai anti-tuberkulosis..
Kajian Ikatan 3D Molekuler Senyawa Terpilih Ketumbar (Coriandrum sativum) dan Adas Bintang (Anisi Stellati) terhadap sintase 6,7-dimetil-8-ribitillumazin (2VI5, 2C92) Mycobacterium tuberculosis Karunia Dinda Ananta; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Tuberkulosis merupakan satu dari 10 terbanyak penyebab kematian didunia. Tahun 2016, 10,4 juta orang terkena TB, dan 1,7 jutadiantaranya meninggal dunia. Metode docking molekuler berperanpenting dalam perencanaan, perancangan, dan penemuan obat baru.Tujuan dari penelitian adalah untuk menganalisis potensi tanamanherbal sebagai anti tuberculosis melalui docking molekuler. Dockingmolekuler dilakukan dengan program PyRx-vina terhadap proteintarget sintase 6,7-dimetil-8-ribitillumazin (2VI5, 2C92)Mycobacterium tuberculosis untuk ligan dari ketumbar (Coriandrumsativum) dan adas bintang (Anisi stellati) dan ligan native masingmasingprotein, TP6 dan Y19. Hasil yang didapat dilihat dari nilaibinding afinity. Semakin kecil nilai binding afinity semakin kecil jugaenergi yang dibutuhkan untuk berikatan dengan protein sehingga lebihefektif sebagai anti TBC. Sebelum dilakukan docking molekulerdilakukan validasi terlebih dahulu terhadap ligan native TP6 dan Y19untuk menilai kelayakan metode yang digunakan. Ligan terbaik yangdidapat dari ketumbar dari hasil docking protein 2VI5 adalah ligla(binding afinity -4) dan 2C92 adalah EIC (binding afinity -6,4).Sedangkan untuk adas bintang, hasil docking protein 2VI5 didapatkanligan terbaik kaemferol (binding afinity -7,3) dan ligan terbaik 2C92adalah 5,7-dihidroxy-2-(4-hydroxyphenil)-3-[(2R, 3R, 4S, 5R, 6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxychromen-4-one(binding afinity -9). Terdapat residu dalam interaksi antara ligan ujidari adas bintang dengan protein 2C92 yang mempunyai kemiripandengan residu dari interaksi antara ligan native TP6 dengan protein2C92 yaitu ALA 59 dan TRP 27. Hal ini berarti ada kemungkinan adasbintang bisa digunakan sebagai obat TBC.
Skrining Molekular Senyawa Alam Patikan Kebo (Euphorbia hirta) dan Adas Bintang (Anisi stellati) pada Mycobacterium tuberculosisMenggunakan PyRx-vina Iin Chintika Irianti Dani Bintari; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Indonesia menjadi negara yang menduduki peringkat kedua sebagainegara menyumbang 56% kasus tuberculosis dari jumlah total globalpada tahun 2016. Molecular docking menjadi alternatif dalampenemuan senyawa poten pengganti isoniazid. Salah satu target aksiadalah protein enoyl-ACP reductase (InhA) M. tuberculosis denganPDB-ID 5MTP dan 5MTR sehingga penelitian ini bertujuan untukmencari senyawa alam poten sebagai anti tuberculosis, penggantiisoniazid melalui penargetan protein InhA. Skrining senyawa alamyang berasal dari herba patikan kebo (Euphorbia hirta) dan buah adasbintang (Anisi stellate) telah dilakukan menggunakan PyRx-vina. Hasilafinitas ikatan senyawa euphohelionone (herba patikan kebo) dansenyawa zinc02040907 (adas bintang) terhadap protein 5MTP danikatan senyawa lupeol (herba patikan kebo) dan senyawa kaempferol(adas bintang) terhadap 5MTR secara berturut-turut adalah -8,6; -8,2dan 8,1; -7,8 kkal/mol. Aktivitas dari senyawa-senyawa tersebutmenunjukkkan hasil yang lebih rendah dibandingkan native liganddengan proteinnya yaitu pada 53K pada protein 5MTP dan XT0 padaprotein 5MTR sehingga didalam herba patikan kebo dan buah adasbintang tidak ditemukan senyawa poten sebagai pengganti isoniaziduntuk pengobatan tuberkulosis.
Hasil Komputasi Vina untuk Kandungan Bawang Putih dan Adas Bintang Terhadap Protein Dehidrogenase Piruvat Mycobacterium tuberculosis Nur Cholis Endriyatno; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Tuberculosis merupakan salah satu penyebab kematian terbanyak didunia. Penyakit ini disebabkan oleh Mycobacerium tuberculosis.Inovasi perlu dilakukan melihat potensi tuberculosis multi-drugresistant (TB MDR) yang meningkat. Molecular docking dilakukanterhadap target jalur Pyruvate dehydrogenase (PDH) dengan varianprotein 4MP2 dan 4MP7, senyawa aktif yang digunakan adalahturunan bawang putih (Allium sativum). . Penelitian ini bertujuanuntuk mencari senyawa alam yang dapat menghambat pertumbuhanMycobacterium tuberculosis. Protein dipisahkan dari residu dandiambil unique-ligand (PV1 dan TLA) dari protein tersebutmenggunakan Chimera. Perolehan binding affinity sebagaikuantifikasi interaksi antara protein-ligan dilakukan dengan PyRxmetode Vina Autodock. Visualisasi interaksi ligan-protein dihasilkandengan Protein-ligand Interaction Profiler (PLIP) danPyMol.Senyawa aktif dan ikatan ligan dengan protein adas bintangdengan 4MP2 (kaempferol), bawang putih dengan 4MP2 (quercetin),adas bintang dengan 4MP7(Benzaldoxime), dan bawang putih dengan4MP7 (Benzaldoxime) berturut-turut memiliki binding affinity sebesar-7,4; -5,9; -7,3; dan -5,8 sedangkan ligan native pada 4MP2 dan 4MP7 memiliki binding affinity -4,2 sampai -4,5. Nilai binding affinityyang paling kecil menunjukkan efektifitas sebagai anti tuberkulosis,disimpulkan bahwa dengan adanya kesamaan residu dan nilai bindingaffinity yang kecil senyawa alam dalam adas bintang lebih berpotensidibanding bawang putih, adas bintang dapat dikembangkan menjadisalah satu obat tuberculosis
Pengaruh Residu Fleksibel terhadap Nilai Afinitas Ikatan Protein dengan Ligan Native-nya menggunakan PyRx-vina Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Bidang MIPA dan Kesehatan
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Komputasi dockingsudah menjadi teknik alternatif yang membantumempercepat proses penemuan obat baru dalam bidang KimiaMedisinal. Hasil kajian sebelumnya menyatakan bahwa penentuanvolume gridbox dalam metode in silico menjadi kunci suksespendekatan komputasi. Penelitian ini ditujukan untuk menilaipengaruh residu fleksibel protein terhadap nilai afinitas ikatanprotein-ligan.Sejumlah 32 protein terpilih yang berasal dariMycobacterium tuberculosistelah diunduh dari www.rcsb.org,dilakukan preparasi, docking molekular dan interaction profilingmenggunakan software Chimera, PyRx-vina, PLIP dan PyMOL.Docking residu fleksibel telah berhasil dilakukan terhadap 97%protein karena terdapat satu protein yang tidak selesai proseskomputasinya. Residu fleksibel berhasil memberikan peningkatanafinitas ikatan pada 44% protein target sedangkan 17 diantaranyabelum menunjukkan adanya perbedaan dibandingkan nilai dasarnya.Hasil ini memperlihatkan bahwa selain penentuan volume gridbox,pemilihan dan pemanfaatan residu aktif menjadi fleksibel selamakomputasi akan memperpendek jarak pembeda antara prediksi dannilai sesungguhnya. Kajian berikutnya yang penting untukdieksplorasi adalah seberapa besar pengaruh dan hubungan antarapemilihan residu fleksibel dengan deskriptor ligan native atau ligantarget.
Co-Authors Aflit Nuryulia Praswati Afzalur Rahman Ahsaninnisa, Azizah Al Wathony Andi Suhendi Annisa Wifa Rizqi Madjid Arifa Nursayyida Aulia Rahman Aulita Keisya Bella Permatasani Cantika Nukitasari Choirulisa, Nur Dwi Dedi Hanwar Dedy Priyatama Dhiyahul Auliya Diah Mukti Sari Dimas Satrio Utomo Diva Ratna Shabrina Erwinda Kusumaningtyas Fabiola Irianty Atmaja Fakhmi, Nurul Farhand Ahmad Fauzi Ahmad Muda Fauziyah Ardli Oktavianingrum Fitri Kusvila Aziz Ghiyats Ramadhan Hafid Nugroho Hanidya Fidela Ulayya Haryoto Haryoto Hidayah Karuniawati Iin Chintika Irianti Dani Bintari Ika Trisharyanti Dian Kusumowati Karisma Enggar Saputri Karunia Dinda Ananta Kasful Asra Sakika Kusumaningtyas, Erwinda Lestari, Susi Indah Lita Windy Aryati M. Kuswandi M. Kuswandi, M. Monarita Puspita Dewi Muhammad Haqqi Hidayatullah Mustaqim Alfarizky Naufal Farras Nur Cholis Endriyatno Nur Dwi Choirulisa Nurkholifah Pujiastuti Nurul Fakhmi Permatasani, Bella Prastiwi Wulaning Tyas Priyatama, Dedy R Riyanto Rani Wulandari Ratna Yuliani Ratna Yuliani Rinna Agustina Rizkiananda Wardani Saputri, Karisma Enggar Sari, Diah Mukti Subhan R Abidi Susi Indah Lestari Tista Ayu Fortuna Triana Ariska Dewi Y Yuliansah Yurnanda Ambar Mustika Zafarani Azzuhra, Alifia