Claim Missing Document
Check
Articles

Kajian Ikatan 3D Molekuler Senyawa Terpilih Ketumbar (Coriandrum sativum) dan Adas Bintang (Anisi Stellati) terhadap sintase 6,7-dimetil-8-ribitillumazin (2VI5, 2C92) Mycobacterium tuberculosis Karunia Dinda Ananta; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (241.248 KB)

Abstract

Tuberkulosis merupakan satu dari 10 terbanyak penyebab kematian didunia. Tahun 2016, 10,4 juta orang terkena TB, dan 1,7 jutadiantaranya meninggal dunia. Metode docking molekuler berperanpenting dalam perencanaan, perancangan, dan penemuan obat baru.Tujuan dari penelitian adalah untuk menganalisis potensi tanamanherbal sebagai anti tuberculosis melalui docking molekuler. Dockingmolekuler dilakukan dengan program PyRx-vina terhadap proteintarget sintase 6,7-dimetil-8-ribitillumazin (2VI5, 2C92)Mycobacterium tuberculosis untuk ligan dari ketumbar (Coriandrumsativum) dan adas bintang (Anisi stellati) dan ligan native masingmasingprotein, TP6 dan Y19. Hasil yang didapat dilihat dari nilaibinding afinity. Semakin kecil nilai binding afinity semakin kecil jugaenergi yang dibutuhkan untuk berikatan dengan protein sehingga lebihefektif sebagai anti TBC. Sebelum dilakukan docking molekulerdilakukan validasi terlebih dahulu terhadap ligan native TP6 dan Y19untuk menilai kelayakan metode yang digunakan. Ligan terbaik yangdidapat dari ketumbar dari hasil docking protein 2VI5 adalah ligla(binding afinity -4) dan 2C92 adalah EIC (binding afinity -6,4).Sedangkan untuk adas bintang, hasil docking protein 2VI5 didapatkanligan terbaik kaemferol (binding afinity -7,3) dan ligan terbaik 2C92adalah 5,7-dihidroxy-2-(4-hydroxyphenil)-3-[(2R, 3R, 4S, 5R, 6R)-3,4,5-trihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-2-yl]oxychromen-4-one(binding afinity -9). Terdapat residu dalam interaksi antara ligan ujidari adas bintang dengan protein 2C92 yang mempunyai kemiripandengan residu dari interaksi antara ligan native TP6 dengan protein2C92 yaitu ALA 59 dan TRP 27. Hal ini berarti ada kemungkinan adasbintang bisa digunakan sebagai obat TBC.
Skrining Molekular Senyawa Alam Patikan Kebo (Euphorbia hirta) dan Adas Bintang (Anisi stellati) pada Mycobacterium tuberculosisMenggunakan PyRx-vina Iin Chintika Irianti Dani Bintari; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (273.253 KB)

Abstract

Indonesia menjadi negara yang menduduki peringkat kedua sebagainegara menyumbang 56% kasus tuberculosis dari jumlah total globalpada tahun 2016. Molecular docking menjadi alternatif dalampenemuan senyawa poten pengganti isoniazid. Salah satu target aksiadalah protein enoyl-ACP reductase (InhA) M. tuberculosis denganPDB-ID 5MTP dan 5MTR sehingga penelitian ini bertujuan untukmencari senyawa alam poten sebagai anti tuberculosis, penggantiisoniazid melalui penargetan protein InhA. Skrining senyawa alamyang berasal dari herba patikan kebo (Euphorbia hirta) dan buah adasbintang (Anisi stellate) telah dilakukan menggunakan PyRx-vina. Hasilafinitas ikatan senyawa euphohelionone (herba patikan kebo) dansenyawa zinc02040907 (adas bintang) terhadap protein 5MTP danikatan senyawa lupeol (herba patikan kebo) dan senyawa kaempferol(adas bintang) terhadap 5MTR secara berturut-turut adalah -8,6; -8,2dan 8,1; -7,8 kkal/mol. Aktivitas dari senyawa-senyawa tersebutmenunjukkkan hasil yang lebih rendah dibandingkan native liganddengan proteinnya yaitu pada 53K pada protein 5MTP dan XT0 padaprotein 5MTR sehingga didalam herba patikan kebo dan buah adasbintang tidak ditemukan senyawa poten sebagai pengganti isoniaziduntuk pengobatan tuberkulosis.
Hasil Komputasi Vina untuk Kandungan Bawang Putih dan Adas Bintang Terhadap Protein Dehidrogenase Piruvat Mycobacterium tuberculosis Nur Cholis Endriyatno; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (178.431 KB)

Abstract

Tuberculosis merupakan salah satu penyebab kematian terbanyak didunia. Penyakit ini disebabkan oleh Mycobacerium tuberculosis.Inovasi perlu dilakukan melihat potensi tuberculosis multi-drugresistant (TB MDR) yang meningkat. Molecular docking dilakukanterhadap target jalur Pyruvate dehydrogenase (PDH) dengan varianprotein 4MP2 dan 4MP7, senyawa aktif yang digunakan adalahturunan bawang putih (Allium sativum). . Penelitian ini bertujuanuntuk mencari senyawa alam yang dapat menghambat pertumbuhanMycobacterium tuberculosis. Protein dipisahkan dari residu dandiambil unique-ligand (PV1 dan TLA) dari protein tersebutmenggunakan Chimera. Perolehan binding affinity sebagaikuantifikasi interaksi antara protein-ligan dilakukan dengan PyRxmetode Vina Autodock. Visualisasi interaksi ligan-protein dihasilkandengan Protein-ligand Interaction Profiler (PLIP) danPyMol.Senyawa aktif dan ikatan ligan dengan protein adas bintangdengan 4MP2 (kaempferol), bawang putih dengan 4MP2 (quercetin),adas bintang dengan 4MP7(Benzaldoxime), dan bawang putih dengan4MP7 (Benzaldoxime) berturut-turut memiliki binding affinity sebesar-7,4; -5,9; -7,3; dan -5,8 sedangkan ligan native pada 4MP2 dan 4MP7 memiliki binding affinity -4,2 sampai -4,5. Nilai binding affinityyang paling kecil menunjukkan efektifitas sebagai anti tuberkulosis,disimpulkan bahwa dengan adanya kesamaan residu dan nilai bindingaffinity yang kecil senyawa alam dalam adas bintang lebih berpotensidibanding bawang putih, adas bintang dapat dikembangkan menjadisalah satu obat tuberculosis
Pengaruh Residu Fleksibel terhadap Nilai Afinitas Ikatan Protein dengan Ligan Native-nya menggunakan PyRx-vina Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Bidang MIPA dan Kesehatan
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1355.403 KB)

Abstract

Komputasi dockingsudah menjadi teknik alternatif yang membantumempercepat proses penemuan obat baru dalam bidang KimiaMedisinal. Hasil kajian sebelumnya menyatakan bahwa penentuanvolume gridbox dalam metode in silico menjadi kunci suksespendekatan komputasi. Penelitian ini ditujukan untuk menilaipengaruh residu fleksibel protein terhadap nilai afinitas ikatanprotein-ligan.Sejumlah 32 protein terpilih yang berasal dariMycobacterium tuberculosistelah diunduh dari www.rcsb.org,dilakukan preparasi, docking molekular dan interaction profilingmenggunakan software Chimera, PyRx-vina, PLIP dan PyMOL.Docking residu fleksibel telah berhasil dilakukan terhadap 97%protein karena terdapat satu protein yang tidak selesai proseskomputasinya. Residu fleksibel berhasil memberikan peningkatanafinitas ikatan pada 44% protein target sedangkan 17 diantaranyabelum menunjukkan adanya perbedaan dibandingkan nilai dasarnya.Hasil ini memperlihatkan bahwa selain penentuan volume gridbox,pemilihan dan pemanfaatan residu aktif menjadi fleksibel selamakomputasi akan memperpendek jarak pembeda antara prediksi dannilai sesungguhnya. Kajian berikutnya yang penting untukdieksplorasi adalah seberapa besar pengaruh dan hubungan antarapemilihan residu fleksibel dengan deskriptor ligan native atau ligantarget.
VALIDASI RUANG KOMPUTASI SENYAWA NATIVE TIDAK MEMENUHI ATURAN LIPINSKI MENGGUNAKAN PLANTS Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 8th University Research Colloquium 2018: Bidang MIPA dan Kesehatan
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (463.1 KB)

Abstract

Taxol merupakan salah satu senyawa antikanker yang tidak mengikuti kaidah Lipinski. Bobot molekulnya yang melebihi 0,5 kDa disertai banyaknya akseptor dan donor ikatan hidrogen menjadikan senyawa ini dapat memiliki konformasi ruang melimpah. Kajian in silico ini ditujukan untuk melakukan validasi variasi ruang komputasi menggunakan PLANTS terhadap konformasi akhir komputasi docking dibandingkan dengan konformasi ruang senyawa native hasil pengukuran laboratorium. Program PLANTS digunakan untuk membatasi nilai RMSD Cluster ligan. Protein target yang digunakan merupakan protein Kinesin-8 manusia yang bertanggung jawab terhadap proses mitosis dengan kode PDB-ID 5oam, 5ocu, dan 5ogc. Semua program komputasi yang digunakan telah berhasil dijalankan di dalam sistem operasi Ubuntu 14.04, diantaranya adalah PLANTS versi 1.2, Chimera 1.12, PyMOL versi 2.1.0, dan PLIP 1.3.4. Pusat massa komputasi menggunakan koordinat pusat massa dari ligan native. Tidak ada satupun dari 7 variasi besaran radius grid bentuk sphere yang mampu menghasilkan konformasi molekul yang mirip dengan senyawa native. Hasil ini membuktikan bahwa pengujian molekul dengan konformasi ruang melimpah tidak dianjurkan untuk para penggiat komputasi pemula karena validasi ruang tidak mudah terpenuhi dan membuat hasil komputasi yang bias. Terlebih lagi konfigurasi grid-sphere dalam PLANTS tidak mendukung kombinasi koordinat ruang bentuk kubus. Program PLANTS dianjurkan untuk digunakan pada senyawa yang memenuhi aturan Lipinski.
Re-Scoring Skor Grid Hasil Docking Molekular Ligan Asli dari Protein Target T47D dan WiDr dengan Metode Skor GBSA-Hawkins-Zou dan Amber menggunakan Program DOCK6 Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 10th University Research Colloquium 2019: Bidang MIPA dan Kesehatan
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (583.791 KB)

Abstract

Prediksi energi ikatan ligan protein dapat dilakukan dengan teknik komputasi. Model skoring kekuatan ikatannya ditentukan oleh software dan metode perhitungan yang menyertainya. Selain penggunaan dataset ligan pembanding dan pengumpan, ligan terpilih yang potensial dapat diuji dengan berbagai model skoring untuk mendekatkan hasil dengan kondisi yang sesungguhnya. Re-Scoring dalam penelitian ini ditujukan untuk memperoleh karakteristik hasil ikatan ligan protein terbaik di semua model skoring yang digunakan. Protein target yang memiliki mekanisme aksi molekular terhadap sel T47D dan WiDr telah diunduh dari www.rcsb.org. Sebanyak 36 protein terpilih telah dilakukan pemisahan untuk didapatkan protein dan ligan native yang telah ditambahkan hidrogen dan muatannya (Amber-ff14SB) menggunakan bantuan program UCSF Chimera dan layanan online dari Docking Blaster (http://blaster.docking.org). Semua ligan native telah dihitung nilai skor Gridnya menggunakan DOCK6 terhadap semua protein target. Nilai RMSD-h ligan menjadi acuan validasi konformasi ruang hasil docking dengan konformasi pengukuran kristalografi untuk masing-masing protein target. Masing-masing skor dan interaksi ligan protein yang dipilih terbaik divisualisasi dan dianalisis menggunakan PyMOL, PLIP, dan PoseView online. Skor Amber dan Hawkins telah diperoleh untuk semua ligan native, namun hanya 47,22% protein target yang mempunyai skor Zou terhadap ligan native-nya. Hasil pengukuran afinitas ikatan ligan native secara silang menunjukkan bahwa terdapat 61,11 dan 80,56 % protein yang nilai afinitas ikatan ligan native-nya lebih rendah dibandingkan dengan ligan native dari protein lainnya. Teknik re-scoring telah terbukti memberikan penilaian lebih baik dalam melakukan evaluasi afinitas ikatan ligan protein dan konformasi ruang ligan dalam binding site pocket setiap protein.
Pengaruh Koenzim dan Kofaktor Protein Target Reduktase Aldosa dalam Docking Molekular Menggunakan DOCK6 Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 11th University Research Colloquium 2020: Bidang Sains dan Teknologi
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1125.786 KB)

Abstract

Kofaktor dan koenzim memiliki peran penting dalam mekanisme aksi obat di dalam tubuh. Molekul air telah terbukti memberikan pengaruh terhadap konformasi akhir ligan dalam uji insilico. Kajian ini ditujukan untuk memotret pengaruh koenzim dan kofaktor terhadap hasil dockingmolekular dengan studi kasus protein reduktase aldosa. Ketiga protein aldosereductase diunduh dari database bank protein (RCSB PDB). Kelompok senyawa uji dipilih dan diunduh dari databasePubChem berdasarkan informasi dari laman bindingdb.org. Software DOCK versi 6.9 digunakan untuk mendapatkan hasil interaksi ligan dan protein setelah dilakukan dockingmolekular yang dinyatakan dalam Grid-Score dan Amber-Score. Hanya terdapat satu senyawa native dengan konformasi ruang hasil docking mode rigid dan fleksibel menyerupai hasil pengukuran kristalografinya. Kedua protein target lainnya memiliki nilai Hungarianrootmeansquaredeviation (RMSDh) kurang dari 5 pada mode rigid saja. Hal yang sama juga didapati pada hasil rescoringnative dengan Amber-Score untuk mode fleksibel salah satu protein dan nilai RSD antar perlakuan diperoleh lebih dari 5%, sedangkan nilai Grid-Score ketiga native memperlihatkan hasil yang tidak berbeda antar perlakuan untuk kedua mode. Urutan tiga terbaik senyawa uji hasil docking memperlihatkan hasil yang berbeda termasuk nilai skoring ketiganya pada beda perlakuan kecuali nilai Grid-Score mode fleksibel.
Aktivitas Penghambatan Enzim α-Glucosidase Ekstrak Daun Zingiber zerumbet Andi Suhendi; Dedi Hanwar; Broto Santoso; Subhan R Abidi
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 16th University Research Colloquium 2022: Bidang MIPA dan Kesehatan
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Penelitian sebelumnya menyatakan bahwa senyawa zerumbon dan kaempferol dari Zingiber zerumbet dan ekstraknya memiliki aktivitas penghambatan enzim α- glukosidase. Oleh karena itu, daun zingiber zerumbet diduga memiliki aktivitas sebagai penghambat enzim α-glukosidase. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas penghambatan enzim α-glukosidase dan mekanisme penghambatannya. P-nitrofenol yang terbentuk dari reaksi antara enzim dengan p-nitrofenil-α-D-glukopiranosa (PNPG) diukur dengan microplate reader pada panjang gelombang 405 nm. Penghambatan enzim dilakukan dengan menggunakan berbagai konsentrasi ekstrak dan acarbose sebagai kontrol positif. Uji kinetika enzim menggunakan 4 seri konsentrasi substrat pnitrofenil- α-D-glucopyranose (PNPG). Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstrak etanol daun Zingiber zerumbet memiliki aktivitas penghambatan enzim α-glukosidase dengan nilai IC50 sebesar 22,21±0,20 μg/mL. Sedangkan nilai IC50 acarbose adalah 47,41±2,37 μg/mL. Aktivitas penghambatan ekstrak lebih baik dibandingkan acarbose. Mekanisme penghambatan merupakan tipe camnpuran karena nilai Kap>K dan Vap<V.
Pengaruh Spesifikasi Laptop terhadap Hasil Docking FlexAID pada Produk Alami dan Anti Diabetes Broto Santoso; Ratna Yuliani; Y Yuliansah; Mustaqim Alfarizky; Diva Ratna Shabrina; Dimas Satrio Utomo; Rizkiananda Wardani; Annisa Wifa Rizqi Madjid; Monarita Puspita Dewi; Naufal Farras
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 16th University Research Colloquium 2022: Bidang MIPA dan Kesehatan
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Laptop menjadi media komputasi yang portabel. FlexAID merupakan aplikasi docking berbasis PyMOL. Beberapa senyawa produk alami diujikan in silico pada target anti diabetes. Naskah ini ditujukan untuk menginformasikan hasil komputasi FlexAID antar laptop yang berbeda spesifikasi. FlexAID dalam aplikasi NRGSuite telah digunakan oleh 8 laptop dalam 3 kelompok protein dan ditambah 1 laptop yang sama dan disertakan di setiap kelompok dengan masing-masing 9 senyawa uji. Protein target, ligan, dan sistem docking adalah sama di setiap kelompok yang berbeda pada protein targetnya. Nilai RMSD native lebih dari 2 ditemukan pada 3 laptop di kelompok 3, namun laptop lainnya telah memenuhi nilai kesejajaran. Rentang nilai RSD (%) CF-score dan rasio secara berturut-turut untuk kelompok 1-3 adalah [3,66-25,25; 2,89-18,93], [2,44-37,35; 2,64- 35,94], dan [1,99-16,81; 4,26-16,97]. Perolehan RSD CF-score native masih di bawah 10% dimana nilai terendah didapati pada kelompok 2 sedangkan untuk 9 ligan setiap kelompok terdapat 2, 5 dan 6 senyawa yang berada di bawah nilai ini. Laptop dengan spesifikasinya mempunyai peranan penting dalam perhitungan docking FlexAID yang dimungkinkan pula dapat terjadi pada aplikasi lainnya yang serupa. Terdapat 2 senyawa potensial pada kelompok 1 dan 3 dengan nilai CF-score lebih baik dibandingkan dengan native.
Virtual Docking Kandungan Senyawa Daun Sangketan (Achyranthes aspera) dan Adas Bintang (Anisi Stellati Fructus) terhadap Protein dihydrofolate reductase Memanfaatkan PyRx-vina Aulia Rahman; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Pengembangan obat baru dengan initial docking senyawa alam daritanaman yang memiliki potensi sebagai obat untuk TB menjadi salahsatu alternatif yang dapat dilakukan untuk mencegah masalah MDRTB.Analisis docking telah dilakukan berdasarkan perolehan bindingaffinity dan hasil interaksi ligand-protein menggunakan PyRx-vina,PLIP dan PyMOL. Skor binding affinity terbaik dari senyawa adasbintang dan daun sangketan secara berurutan adalah -6,5 kkal/mol(mol000561) dan -6,6 kkal/mol (mol000511). Hasil ini lebih baikapabila dibandingkan dengan yang diperoleh oleh ligand native,yaitu -4,3 kkal/mol. Nilai binding affinity yang lebih kecil ini,menunjukan bahwa senyawa target dari adas bintang dan daunsangketan lebih mudah berikatan pada protein target TBC 4KL9karena energi yang dibutuhkan untuk berikatan lebih kecil. Energiyang lebih kecil ini memungkinkan senyawa target digunakan untukmenargetkan protein target TBC 4KL9.Hasil visualisasi denganPLIP menunjukan adanya kesamaan interaksi antara ligand nativedan molekul target yaitu ikatan hidrofobik pada 8GLN dan 131LEU.Kesamaan interaksi ini menunjukan bahwa senyawa target dapatberinteraksi dengan protein target TB 4KL9 pada kedua asam aminotersebut. Semakin banyak interaksi yang terjadi menunjukan semakinpoten pula senyawa target sebagai salah satu alternatif dalampengobatan TB.