Claim Missing Document
Check
Articles

Antioxidant Activity of Polar Fraction of Methanol Extract from Tree Bark Of Shorea acuminatissima with DPPH Method Haryoto Haryoto; Broto Santoso; Hafid Nugroho
Jurnal ILMU DASAR Vol 8 No 2 (2007)
Publisher : Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (178.742 KB)

Abstract

Shorea accuminatissima, which is known locally as Meranti kuning, is one species of Dipterocarpaceae family. This plant contains compounds that are expected to have antioxidant activity. This research was carried out to examine the radical scavenger activity of polar fraction of methanolic extract from the tree bark of S. accuminatissima by using DPPH (2,2-difenil- 1-pikrilhidrazil) method with vitamin C as comparator. Powder of tree bark of S. accuminatissima was macerated in methanol. The methanolic extract was then evaporated to obtained dry extract. Extract with concentration of 200, 100, 50, 25 and 10 µg/mL were used to test its radical scavenger activity. The result showed that polar fraction of methanolic extract and vitamin has IC value of 319.83 and 3.72 µg/mL, respectively.
Study of Virtual Molecular Docking of Avocados Compounds against Pseudomonas aeruginosa (5N5H) by Carbapenemase using DOCK 6 Algorithm Hanidya Fidela Ulayya; Arifa Nursayyida; Fabiola Irianty Atmaja; Broto Santoso
JKPK (Jurnal Kimia dan Pendidikan Kimia) Vol 6, No 2 (2021): JKPK (Jurnal Kimia dan Pendidikan Kimia)
Publisher : Program Studi Pendidikan Kimia FKIP Universitas Sebelas Maret

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20961/jkpk.v6i2.54025

Abstract

Antimicrobial resistance from bacteria is a global health problem that can cause death, and the cause is the emergence of carbapenem resistance Pseudomonas aeruginosa through VIM (Verona integron-encode metallo-β-lactamase), which causes the carbapenem class of antibiotics not to work properly. This species is a gram-negative bacteria which is the main cause of nosocomial pneumonia infection. This study aims to determine in silico inhibitory activity of 50 compounds obtained from avocado (Persea Americana Mill) on VIM, preventing carbapenem antibiotic resistance. The molecular docking process was carried out to test carbapenem's antibiotic resistance control activity by 50 compounds. Docking using DOCK 6 software with a flexible and rigid method, Molecular docking on a protein with PDB ID 5N5H, The target protein was prepared using the Chimera application. Visualization of ligand-protein interactions was carried out with PyMOL and PLIP. The results of the native ligand grid score obtained by each method are -63.013 kcal/mol (Flexible) and -64.032 kcal/mol (Rigid). The best test ligands in the flexible method are 44257090, 14282775 and 44257819, and the grid score are -77.474, -75.274 and -73.219 kcal/mol. The best test ligands in the rigid method are 5280637, 14282775 and 5490064; the grid score is -62.191, -61.714, and -60.453 kcal/mol. The results of the test ligands can provide a better grid score than native ligands, namely in the flexible method. However, the rigid method of grid score results is no better than the native ligand. A good result is that the test ligand grid score is smaller than native ligands, so it has less energy to bind to the active site.
AKTIVITAS ANTIDIABETES EKSTRAK ETANOL RIMPANG LEMPUYANG EMPRIT (Zingiber amaricans BL) PADA TIKUS PUTIH YANG DIINDUKSI ALOKSAN Kasful Asra Sakika; Dedi Hanwar; Andi Suhendi; Ika Trisharyanti; Broto Santoso
Jurnal Ilmu Farmasi dan Farmasi Klinik Prosiding Seminar Nasional "Perkembangan Terbaru Pemanfaatan Herbal Sebagai Agen Preventif Pada Tera
Publisher : Universitas Wahid Hasyim Semarang

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (295.121 KB) | DOI: 10.31942/jiffk.v0i0.1194

Abstract

ABSTRAK Lempuyang di masyarakat dikenal memiliki 3 spesies yaitu lempuyang gajah, wangi, dan emprit. Penelitian sebelumnya menunjukkan lempuyang gajah memiliki aktivitas antidiabetes pada tikus yang diinduksi aloksan. Skrining farmakologi terhadap lempuyang emprit (Zingiber amaricans BL) masih sangat terbatas. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi ekstrak etanol rimpang lempuyang emprit terhadap kadar glukosa darah tikus diabetes yang diinduksi aloksan. Hewan uji yang digunakan adalah 20 ekor tikus jantan putih galur Wistar yang dibagi menjadi 5 kelompok yaitu kelompok kontrol positif menggunakan glibenklamid, kontrol negatif menggunakan akuades, dan 3 kelompok perlakuan ekstrak etanol rimpang lempuyang emprit dengan tingkatan dosis  0,4 g/kg BB, 0,6 g/kg BB dan 0,8 g/kg BB. Pengukuran kadar glukosa darah pada hari ke-0, ke-4 dan ke-19. Data diuji dengan metode analisis statistik menggunakan software SPSS versi 17 for windows. Hasil pengujian menunjukkan bahwa tiga tingkatan dosis ekstrak etanol rimpang lempuyang emprit dan glibenkamid mampu menurunkan kadar glukosa darah dengan bermakna. Kadar rerata glukosa darah pada hari ke-4 untuk masing-masing kelompok dosis 0,4 g/kg BB, 0,6 g/kg BB, 0,8 g/kg BB dan kontrol positif adalah 264,5±18,86 mg/dL, 261,5±30,34 mg/dL, 245,0±29,02 mg/dL dan 264,5±14,30 mg/dL menurun menjadi 105±44,06 mg/dL, 149±45,20 mg/dL, 123,75±21,40 mg/dL dan 112,5±17,75 mg/dL pada hari ke-19. Kata kunci : antidiabetes, tikus jantan, Wistar, Zingiber amaricans.
Virtual Docking Kandungan Senyawa Daun Sangketan (Achyranthes aspera) dan Adas Bintang (Anisi Stellati Fructus) terhadap Protein dihydrofolate reductase Memanfaatkan PyRx-vina Aulia Rahman; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (340.417 KB)

Abstract

Pengembangan obat baru dengan initial docking senyawa alam daritanaman yang memiliki potensi sebagai obat untuk TB menjadi salahsatu alternatif yang dapat dilakukan untuk mencegah masalah MDRTB.Analisis docking telah dilakukan berdasarkan perolehan bindingaffinity dan hasil interaksi ligand-protein menggunakan PyRx-vina,PLIP dan PyMOL. Skor binding affinity terbaik dari senyawa adasbintang dan daun sangketan secara berurutan adalah -6,5 kkal/mol(mol000561) dan -6,6 kkal/mol (mol000511). Hasil ini lebih baikapabila dibandingkan dengan yang diperoleh oleh ligand native,yaitu -4,3 kkal/mol. Nilai binding affinity yang lebih kecil ini,menunjukan bahwa senyawa target dari adas bintang dan daunsangketan lebih mudah berikatan pada protein target TBC 4KL9karena energi yang dibutuhkan untuk berikatan lebih kecil. Energiyang lebih kecil ini memungkinkan senyawa target digunakan untukmenargetkan protein target TBC 4KL9.Hasil visualisasi denganPLIP menunjukan adanya kesamaan interaksi antara ligand nativedan molekul target yaitu ikatan hidrofobik pada 8GLN dan 131LEU.Kesamaan interaksi ini menunjukan bahwa senyawa target dapatberinteraksi dengan protein target TB 4KL9 pada kedua asam aminotersebut. Semakin banyak interaksi yang terjadi menunjukan semakinpoten pula senyawa target sebagai salah satu alternatif dalampengobatan TB.
Afinitas Ikatan Senyawa Dalam Kulit dan Biji Buah Jeruk Keprok serta Adas Bintang terhadap sintase III 3-oksoasil-[asil-carrier-protein] dan Reduktase Enoyl-ACP (InhA) Myobacterium tuberculosis Prastiwi Wulaning Tyas; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (292.96 KB)

Abstract

Tuberculosis (TB) merupakan infectious killer yang disebabkan olehMyobacterium tuberculosis. Temuan kasus TB hingga tahun 2015 diIndonesia berdasarkan case notification rate (CNR) sebesar 117 kasusper 100.000 penduduk. Infeksi bakteri Myobacterium tuberculosisdapat berkembang menjadi multi drug resistence (MDR). Peningkatankasus MDR-TB menjadi perhatian penting karena jumlah kasus MDRTBtidak sebanding dengan jumlah pasien yang terobati. Tujuanpenelitian ini yaitu untuk mengetahui afinitas ikatan ligan dari adasbintang, kulit buah dan biji buah jeruk keprok terhadap protein target2x22 dan 1u6s. Studi Molecular docking difokuskan pada dua proteinpenting untuk Fatty acid synthesis (FAS) II M.tuberculosis yaituEnoyl-ACP Reductase (InhA) sub unit 2x22 dan 3-oxoacyl-[acylcarrier-protein] synthase III (FabH) sub unit 1u6s. Bagian ligan danprotein dipisahkan menggunakan software Chimera dan OpenBabel.Kedua protein tersebut dilakukan molecular docking dengan senyawaaktif turunan biji dan kulit buah jeruk keprok serta adas bintang.Software molecular docking yaitu PyRx 0.9.7 dengan metode VinaAutodock. Hasil Molecular docking diamati menggunakan proteinligandinteraction profiler (PLIP) dan Pymol. Molecular dockingdilakukan untuk mengetahui binding affinity terbaik antara ligandengan protein. Hasil analisis menunjukan senyawa kaempherol danmairin dalam adas bintang memiliki ikatan afinitas terhadap 1u6s dan2x22 masing-masing -8,8 Kkal/mol dan -10,1 Kkal/mol. Senyawamol001797 dan neohesperidin dalam kulit buah jeruk keprok memilikiikatan afinitas terhadap 1u6s dan 2x22 masing-masing -8,0 Kkal/moldan -9,9 Kkal/mol . Senyawa EIC dan asam zumarik dalam biji buahjeruk keprok memiliki ikatan afinitas terhadap 1u6s dan 2x22 masingmasing-6,9 Kkal/mol dan -6,8 Kkal/mol. Hasil analisis menunjukaninteraksi paling tinggi yaitu antara senyawa mairin dalam adasbintang dengan protein target Enoyl-ACP Reductase (InhA) sub unit2x22 sebesar -10,1 Kkal/mol.
Prediksi Ikatan Molekular Kemenyan Jawa dan Adas Bintang terhadap Mutase Korismat Mycobacterium tuberculosis (2fp2, 3st6) Rani Wulandari; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (342.52 KB)

Abstract

Tuberkulosis merupakan masalah utama kesehatan di seluruh dunia.Munculnya TB yang resisten terhadap multidrug 55 (TB-MDR) danobat (XDR-TB) mendorong pengembangan obat baru. Hal inimerupakan salah satu cara penting untuk mengendalikan tuberkulosis.Penelitian ini mengkaji interaksi senyawa dalam kemenyan jawa danadas bintang dengan protein Mutase Korismat (MTB-CM) melaluidocking molekular. Data tersebut diolah dengan metode moleculardocking dengan menggunakan program Pyrx-Autodock-Vina didukungdengan PyMOL dan PLIP (Protein Ligand Interaction Profiler) untukmembuat profil visual interaksi ligan-protein.. hasil dockingmenunjukkan kemenyan jawa mempunyai binding affinity dengantarget protein 2fp2 dan 3st6 -7.5 dan -9.1 sedangkan kemenyan jawa -7.3 dan -8.8.
Kajian in silico Senyawa yang terkandung dalam Jeruk Pahit dan Adas Bintang terhadap Ribosa-5-Fosfat Isomerase B Mycobacterium tuberculosis (2VVO, 2VVP)menggunakan PyRx Vina-Autodock Ghiyats Ramadhan; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (286.615 KB)

Abstract

Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri penyebab penyakittuberkulosis yang sampai sekarang masih menjadi permasalahanpenyakit utama di Indonesia dengan potensi tuberculosis multi-drugresistant (TB MDR) yang meningkat. Kajian in silico dilakukanterhadap target tuberkulosis jalur ribose-5-phospaye isomerase Bdenganvarian protein 2VVO dan 2VVP. Senyawa aktif yang dipakaipada kajian in silico ini adalah dari turunan jeruk pahit (Citrusaurantium). Protein dipisahkan dari residu dan diambil unique-liganddari protein tersebut menggunakan Chimera. Perolehan bindingaffinity sebagai kuantifikasi interaksi antara protein-ligan dilakukandengan PyRx metode Vina Autodock. Visualisasi interaksi liganproteindihasilkan dengan Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP)dan PyMol. Hasil docking menunjukkan bahwa 4 ligand native 1 dan 2(2VVO & 2VVP) memiliki nilai binding affinity sebesar -5,1 sampai -5,9 kkal/mol. Dua senyawaterbaik adas bintang yakni asam salisilatmemiliki binding affinity -4,7 kkal/mol yang tidak lebih baikdibandingkan ligand native, sementara lainnya yaitu heriguardmemiliki nilai binding affinity -5,6 kkal/mol, hal ini lebih baik dari dualigand native dan tidak lebih baik dari dua ligand native lainnya, adasbintang memiliki kesamaan interaksi residu dengan ligand nativeberupa HIS 12, GLY 70, GLY 72, SER 71, ASN 73, GLU 75, dan ARG113. Sementara, untuk senyawa terbaik jeruk pahit (hesperidin danlimonin) memiliki binding affinity lebih baik dari semua ligand nativedengan nilai masing-masing -6,9 kkal/mol dan -7 kkal/mol dengankesamaan interaksi residu HIS 12, GLY 70, SER 71, GLY 72, GLY 74,GLU 75, ARG 113. Nilai binding affinity yang paling kecil (dalam halini jeruk pahit) menunjukkan bahwasanya energi dari senyawa aktifuntuk mengikat protein lebih kecil sehingga diharapkan dapat lebihefektif sebagai anti tuberkulosis.Mycobacterium tuberculosis is a tuberculosis-causing bacteria that isstill a major disease problem in Indonesia with the potential forincreased multi-drug resistant tuberculosis (MDR TB). The silico studywas conducted on the target of ribose-5-phospaye isomerase Bpathogen tuberculosis with variant of 2VVO and 2VVP proteins. Theactive compounds used in this silico study are from bitter orangederivatives (Citrus aurantium). The protein is separated from theresidue and taken unique-ligand from the protein using Chimera. Theacquisition of affinity bindings as quantification of interactionsbetween protein-ligand is done with PyRx method of Vina Autodock.Visualization of ligand-protein interactions is generated with Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP) and PyMol. The docking results
Uji Aktivitas Antituberkulosis Senyawa Alam Daun Jeruk Keprok (Citrus reticulata) dan Adas Bintang (Anisi stellati) terhadap reduktoisomerase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dengan Metode Komputasi Docking Molekuler Afzalur Rahman; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (228.408 KB)

Abstract

Tahun 2016 terdapat 1,7 juta orang meninggal dari 10,4 juta orangyang terjangkit tuberkulosis. Penelitian sebelumnya telah melaporkanbahwa senyawa alam jeruk keprok memiliki aktivitas antimikroba padabeberapa bakteri gram positif dan gram negatif; sedangkan senyawaalam adas bintang dilaporkan tidak memiliki aktivitas antimikroba,akan tetapi dapat diharapkan minyak esensialnya mempunyai aktivitasantibakteri. Uji antituberkulosis dilakukan dengan membandingkaninteraksi ligan-protein kedua senyawa alam tersebut dengan molekulpoten yang telah ada menggunakan metode docking molekuler.Preparasi protein telah dilakukan menggunakan Chimera.Penambatan senyawa terpilih dilakukan terhadap molekul 3ZHY dan3ZHZ yang memiliki aktivitas inhibisi terhadap reduktoisomerase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dari Mycobacterium tuberculosis. Profilinteraksi ligan-protein dan visualisasinya dihasilkan dari PLIP(Protein-Ligand Interaction Profiler) dan PyMOL. Hasil docking ligannative masing-masing protein diperoleh -7,7 dan -8,7 kkal/mol.Senyawa alam adas bintang Astragalin dan MOL008479 memiliki nilaibinding affinity tertinggi pada protein 3ZHZ dan 3ZHY, yaitu -7,8 dan-8,1 kkal/mol. Sedangkan senyawa alam daun jeruk keprokMOL004746 memiliki nilai binding affinity tertinggi pada protein3ZHY dan 3ZHZ, yaitu -4,9 dan -5 kkal/mol. Tidak dihasilkansenyawa alam yang dapat memberikan aktivitas inhibisi lebih baik dariligan native. Senyawa alam dikatakan memiliki aktivitas lebih baikdari ligan native jika memiliki binding affinity lebih kecil dari ligannative.
Docking Molekular Patikan Kebo (Euphorbia hirta) dan Adas Bintang (Anisi stellati) sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dengan bantuan PyRx-vina Rinna Agustina; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (318.82 KB)

Abstract

Tuberkulosis disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis dan angkakejadian di negara berkembang dan berpenghasilan rendah mencapai95 % dan di Indonesia, didapati 60% dari total prevalensi dengan laju1 juta kasus tiap tahunnya. Potensi antituberkulosis pada senyawaalam dari adas bintang dan patikan kebo telah dilaporkan efektif.Penambatan senyawa dilakukakan terhadap sintase 1-deoksi-Dksilulosa-5-fosfat (2Y1D,3ZHZ) yang merupakan protein yangmemiliki ikatan target dengan M. tuberkulosis. Pemisahan protein danligan menggunakan Chimera-OpenBabel. Besaran interaksi liganproteinberdasarkan nilai binding affinity yang diperoleh dari PyRxVina-AutoDock. Interaksi protein-ligan divisualisasi dengan PLIP(Protein-Ligan Interaction Profiler) dan PyMOL. Penelitian inibertujuan untuk mengetahui potensi anti-tuberkulosis berdasarkanjenis ikatan yang timbul dari interaksi terbaik ligan-protein dan nilaibinding affinity. Hasil docking menunjukkan ligan native 2YID dan3ZHZ memiliki binding affinity sebesar -7,5 dan -11 kkal/mol. Hasilini menunjukkan bahwa senyawa terbaik patikan kebo dan adasbintang memiliki nilai yang lebih rendah untuk kedua protein secaraberurutan adalah -5,1; -7,4; -4,1; dan -7,1 kkal/mol. Lisin, serin,treonin, glisin, dlutamin, dan asparagin merupakan residu asam aminoyang menyebabkan interaksi hidrogen antara ligan-protein. Hal inimemperlihatkan bahwa ligan patikan kebo dan adas bintang diprediksikurang berpotensi sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat .
Metode Docking untuk Aktivitas Virtual Adas Bintang terhadap Protein Dehidratase 3-Dehidrokuinat (3n76) dan Dehidrokuinase tipe II (4ki7) sebagai Anti-tuberkulosis Yurnanda Ambar Mustika; Broto Santoso
Prosiding University Research Colloquium Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)
Publisher : Konsorsium Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Perguruan Tinggi Muhammadiyah 'Aisyiyah (PTMA) Koordinator Wilayah Jawa Tengah - DIY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (141.066 KB)

Abstract

Tuberkulosis(TB) telah menyerang 680.000 penduduk Indonesia ditahun 2011. Adas bintang (Anisi stellati) memiliki kemampuan sebagaipenyegarkan nafas, dan antibakteri serta anti jamur terhadap asma,bronkitis, dan batuk kering. Penelitian ini dilakukan untuk mengujiaktivitas dari adas bintang (Anisi stellati) terhadap protein 3n76 dan4ki7 untuk mengatasi TB. Docking dilakukan terhadap proteindehidratase 3-dehidrokuinat (3n76) dan dehidrokuinase tipe II (4ki7)Mycobacterium tuberculosis dan ligan dari adas bintang (Anisistellati). Protein dan ligan dipisahkan menggunakan aplikasi Chimera.PyRx Vina-AutoDock digunakan untuk mengetahui interaksi antaraligan dan protein. Interaksi ligan dengan protein dikonversimenggunakan PLIP dan PyMOL. Hasil komputasi menunjukkanbahwa ligan yang terkandung dalam adas bintang memiliki afinitasikatan dengan kedua protein (3n76; 4ki7) Mycobacterium tuberculosis.Skor docking ligan tereftaldehid dan mairin dari adas bintangterhadap protein 3n76 dan 4ki7 berturut-turut memiliki afinitas ikatansebesar -9,7 dan -8,9 kkal/mol. Aktifitas tersebut lebih baik dibandingdari ligan native 3n76 dan 4ki7 terhadap proteinnya masing-masingyaitu sebesar -5,7 dan -7,5 kkal/mol. Hasil yang diperolehmenunjukkan bahwa ligan tereftaldehid dan mairin dari adas bintangmemiliki aktivitas sebagai anti-tuberkulosis..