Padi berasosiasi dengan berbagai mikroba bersifat patogenik maupun non patogenik yang berasal dari golongan jamur. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi jamur yang terdapat pada tanaman padi (Oryza sativa L.) yang dibudidayakan di kawasan Kecamatan Melaya, Kabupaten Jembrana, Bali. Penelitian ini dilakukan pada bulan April 2023 sampai bulan September 2023. Sampel diambil pada bagian daun tanaman padi dan jamur yang terdapat di dalam jaringan daun diisolasi dengan metode pengenceran, dimurnikan dan diidentifikasi secara morfologi di Laboratorium Fakultas Pertanian dan Bisnis, Universitas Mahasaraswati, Denpasar. Identifikasi molekuler dilaksanakan di Lab Biosm Indonesia Jakarta. Hasil penelitian menemukan 4 isolat jamur yaitu isolat Black, Darkgreen, Softgreen, dan White. Hasil pembacaan urutan nukleotida pada BLAST menunjukkan bahwa isolat Black memiliki kemiripan sebesar 100% dengan jamur Curvularia pseudobrachyspora asal Thailand, isolat jamur Dark Green identik 100% dengan Aspergillus clavatus dari Malaysia. Isolat, isolat Soft Green memiliki kemiripan sebesar 99,97% dengan jamur Trichoderma reesei asal China, isolat White memiliki kemiripan sebesar 99,96% dengan jamur Schizophyllum commune asal India. Berdasarkan pohon filogeni dengan similaritas >97% maka dapat disimpulkan terdapat empat spesies jamur pada tanaman padi yaitu: Curvularia pseudobrachyspora, Aspergillus clavatus, Trichoderma reesei, dan Schizophyllum commune.