Zona riparian memberikan jasa layanan ekosistem dalam mengendalikan pencemaran. Peran vegetasi riparian berperan dalam proses regulasi nutrisi. Kualitas habitat riparian sangat bergantung pada gangguan yang terjadi pada zona riparian. Untuk menentukan kemampuan jasa layanan ekosistem hulu Sungai Brantas berdasarkan kualitas air sungai dan tingkat gangguan habitat. Penentuan kualitas air meliputi pengukuran parameter suhu air, derajat keasaman air (pH), konduktivitas air, oksigen terlarut, debit air, dan kecepatan arus air pada 3 stasiun dengan 3 kali ulangan pada hulu Sungai Brantas. Hasil penentuan kualitas air dianalisis menggunakan indeks Prati. Penentuan tingkat gangguan habitat dianalisis menggunakan indeks naturalness dan indeks hemeroby. Hasil penentuan kualitas air stasiun kedua hulu sungai masuk dalam kategori sangat baik dibandingkan stasiun pertama dan ketiga. Hasil penentuan tingkat gangguan habitat berdasarkan indeks naturalness, stasiun hulu sungai kedua masuk dalam kategori alami karena masih terdapat vegetasi lokal dan keberadaan bangunan tidak dominan serta pencemaran sedikit. Berdasarkan derajat Hemeroby, stasiun hulu sungai pertama dan ketiga masuk dalam kategori euhemerobic yang mana jauh dari kondisi alami, dan stasiun kedua berada ada kondisi mesohemerobic yang merupakan kondisi yang semi alami. Dengan demikian, kualitas stasiun hulu sungai kedua lebih baik dibandingkan dengan stasiun hulu sungai pertama dan kedua.