Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0.817
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Majalah Kedokteran Bandung Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology JC-T (Journal Cis-Trans): Jurnal Kimia dan Terapannya Chimica et Natura Acta
Shabarni Gaffar -, Shabarni Gaffar
Department of Chemistry, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Padjadjaran University, Jl. Raya Bandung-Sumedang Km 21, Jatinangor, Sumedang 45363, East Java
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Computer Science & IT Environmental Science Materials Science & Nanotechnology Medicine & Pharmacology

Published : 8 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 8 Documents
Search

 1 
STUDI IN SILICO SINGLE CHAIN VARIABLE FRAGMENT (SCFV) SELEKTIF TERHADAP HORMON BASIC NATRIURETIC PEPTIDE (BNP) Gaffar, Shabarni; Masyhuri, Aga Adi; Hartati, Yeni Wahyuni; Rustaman, Rustaman
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (450.167 KB) | DOI: 10.24198/cna.v4.n2.10671

Abstract

Basic natriuretic peptide (BNP) merupakan polipeptida yang terdiri dari 32 asam amino yang disekresikan oleh bilik jantung untuk merespon peregangan yang berlebihan pada sel otot jantung. Pengeluaran BNP dimodulasi oleh ion kalsium. BNP berpotensi untuk digunakan sebagai marker untuk meramalkan pasien yang mengalami gagal jantung. Anti BNP single chain variable fragment (Anti BNP SCFV) merupakan gabungan polipeptida antara daerah yang bervariasi pada rantai heavy (VH) dan rantai light (VL) dari immunoglobulin. Anti BNP SCFV akan berikatan dengan BNP melalui pengenalan antigen-antibodi yang biasanya berada pada daerah CDR (Complementary Determining Region) yang merupakan bagian dari SCFV. Tujuan penelitian ini adalah untuk mempelajari selektivitas docking SCFV yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB) dengan BNP berdasarkan parameter energi intermolekular secara in silico. SCFV terpilih dimodifikasi melalui penggantian asam amino yang berperan pada interaksi untuk mendapatkan SCFV yang lebih selektif terhadap BNP dengan energi interaksi intermolekular yang lebih rendah. Docking dilakukan menggunakan program Autodock 4.2.3. Visualisasi dilakukan menggunakan program Molegro Virtual Viewer. Hasil penelitian menunjukkan SCFV dengan ID-PDB 4OUO merupakan SCFV yang selektif terhadap BNP dengan energi intermolekular -12,81 kkal/mol, Ki 0,9712 M, namun energi ikatan yang positif: 17,33 kkal/mol. Penggantian asam amino arginin 116 menjadi histidin pada SCFV 4OUO memperlihatkan pengikatan yang lebih selektif terhadap BNP dengan energi intermolekul -13,66 kkal/mol, energi ikatan 16,47 kkal/mol, dan Ki 0,9726 M. Bagaimanapun, metode prediksi interaksi antara BNP dan SCFV perlu dikembangkan lebih lanjut untuk mendapatkan hasil yang lebih baik.
DETEKSI URUTAN OLIGONUKLEOTIDA Mycobacterium tuberculosis SECARA VOLTAMMETRI MENGGUNAKAN SCREEN PRINTED CARBON ELECTRODE (SPCE) Hartati, Yeni Wahyuni; Yohan, Yohan; Nurmalasari, Ratna; Gaffar, Shabarni; Lubis, Rubianto A.
Chimica et Natura Acta Vol 4, No 2 (2016)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (204.19 KB) | DOI: 10.24198/cna.v4.n2.10674

Abstract

Mycobacterium tuberculosis merupakan bakteri penyebab tuberkulosis (TB). Pengembangan analisis secara biosensor DNA sangat menarik perhatian karena penerapannya mudah. Dalam penelitian ini telah dilakukan penentuan urutan pendek oligonukleotida M. tuberculosis gen RV0508 dari strain H37RV secara voltammetri pulsa differensial menggunakan screen printed carbon electrode (SPCE). Pendeteksian berdasarkan teknik hibridisasi urutan oligonukleotida probe yang diadsorpsi pada permukaan SPCE, dengan pasangan komplementernya dari DNA target, tanpa indikator hibridisasi, yaitu dengan mensubstitusi basa guanin probe dengan basa inosin. Respon hibridisasi berupa signal guanin DNA target di daerah potensial sekitar +0,9 V. Telah diperoleh korelasi linear antara arus puncak dengan konsentrasi DNA target pada rentang 5,0-20,0 µg/mL dengan batas deteksi 8,2 µg/mL.
IDENTIFIKASI POPULASI BAKTERI DALAM SPONS PENCUCI PIRING DENGAN METODE PCR-RFLP Gaffar, Shabarni; Maksum, Iman Permana; Julaeha, Euis
Chimica et Natura Acta Vol 2, No 2 (2014)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (293.895 KB) | DOI: 10.24198/cna.v2.n2.9154

Abstract

Spons pencuci piring 200.000 kali lebih kotor dibanding dudukan toilet. Berbagai bakteri penyebab penyakit seperti Eschericia coli, Pseudomonas dan Staphylococcus, berkembang biak di permukaan yang basah. Selain itu, 500 ribu bakteri hidup di dalam saluran pembuangan bak cuci piring. Jika spons dalam kondisi tidak kering (lembab karena direndam), maka akan menjadi markas semua bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan populasi bakteri yang terdapat pada spons cuci piring yang basah. Identifikasi dilakukan dengan metoda molekular berbasis DNA yaitu teknik PCR-RFLP gen 16s rDNA. Metoda PCR-RFLP merupakan genetik fingerprinting yang akurat, cepat dan sederhana. Koloni bakteri yang ditumbuhkan dari spons pencuci piring di lisis dan digunakan sebagai templat untuk PCR. Hasil PCR gen 16s rDNA yang berukuran 1400 pb, dipotong dengan enzim restriksi, Hinf1. Hasil penelitian menunjukkan terdapat empat pola pemotongan yang berbeda-beda. Pola yang berbeda ini menunjukkan terdapat empat populasi yang berbeda hidup pada spons basah. Kami mengidentifikasi bahwa salah satu mikroba yang tumbuh adalah E. coli yang merupakan bakteri patogen.
Ekspresi Prethrombin-2 Manusia Recombinan dalamPichia pastoris dan Optimasi Kondisi Ekspresinya Gaffar, Shabarni; Upay, Purba; Maksum, Iman Permana; Hasan, Khomaini; Subroto, Toto; Enus, Sutarya; Soemitro, Soetijoso; Pertiwi, Wulan
Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology Vol 4, No 1 (2017)
Publisher : Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (566.296 KB) | DOI: 10.15416/ijpst.v4i1.9766

Abstract

Pretrombin merupakan prekursor dari trombin yang memiliki aktivitas proteolitik. Trombin merubah fibrinogen menjadi benang fibrin yang salah satu aplikasinya adalah dapat digunakan sebagai lem untuk menggantikan teknik jahitan pasca bedah. Aplikasi trombin untuk pembuatan lem fibrin menuntut diproduksinya trombin rekombinan. Tujuan dari penelitian ini adalah ekspresi gen pretrombin-2 (PT2) manusia rekombinan menggunakan sistem ekspresi Pichia pastoris. Gen pengode PT2 dirancang sesuaidengan kodon preferensi P. pastoris. Fragmen PT2 diamplifikasi dengan metoda PCR dengan penambahan sisi restriksi EcoR1 pada ujung 5’ dan sisi restriksi SacII pada ujung 3’. Produk PCR yang berukuran 924 pb diligasi dengan vektor ekspresi pPICZaB untuk P. pastoris dan disubkloning dalam inang Escherichia coli. Urutan nukleotida dikonfirmasi dengan metoda dideoxy Sanger. Plasmid rekombinan pPICZaB-PT2 kemudian digunakan untuk mentransformasi P. pastoris SMD1168 defisien protease dengan metoda elektroporasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen PT2 berhasil diamplifikasi dan dikloning dalam E. coli. Analisis restriksi dan penentuan urutan DNA menunjukkan bahwa PT2 rekombinan 100% homologi dengan hasil rancangan. Hasil ekspresi PT2 oleh P. pastoris menggunakan metanol sebagai inducer memperlihatkan bahwa PT2 dengan berat molekul 35 kDa berhasil diekspresikan. Optimasi kondisi ekspresi melalui variasi konsentrasi metanol sebagai inducer dan sorbitol sebagai sumber karbon tambahan menunjukkan bahwa metanol 2% dan sorbitol 2% merupakan kondisi optimum ekspresi PT2.
Modifikasi Screen Printed Carbon Electrode Menggunakan Cerium dan Optimasi Kondisi Percobaan Biosensor Elektrokimia untuk Deteksi DNA Mitokondria Sus Scrofa Fajriyah, Maulida; Hartati, Yenni Wahyuni; Anggraeni, Anni; Gaffar, Shabarni
JC-T (Journal Cis-Trans): Jurnal Kimia dan Terapannya Vol 6, No 1 (2022)
Publisher : State University of Malang or Universitas Negeri Malang (UM)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (314.918 KB) | DOI: 10.17977/um0260v6i12022p032

Abstract

Penggunaan cerium dalam aplikasi sensor telah banyak dikembangkan. Dalam penelitian ini, biosensor elektrokimia telah dikembangkan untuk mendeteksi DNA mitokondria Sus scrofa menggunakan screen printed carbon elektrode-cerium (SPCE-Ce). Permukaan elektrode SPCE sebelum dan sesudah dimodifikasi dengan cerium dikarakterisasi menggunakan Scanning Electron Microscopy (SEM) dan voltammetri siklik (CV). Desain urutan nukleotida babi sebagai DNA probe, ditentukan dengan menggunakan program NCBI blast dan T-Coffee. DNA probe diamobilisasikan pada SPCE-Ce melalui interaksi elektrostatik antara permukaan cerium dengan tulang punggung fosfat dari DNA. Selanjutnya proses hibridisasi DNA probe - target dikarakterisasi menggunakan voltammetri diferensiasi pulsa (DPV). Permukaan SPCE dan SPCE-Ce secara SEM menunjukkan perbedaan morfologi yaitu permukaan yang lebih halus dan rata setelah permukaan karbon tertutupi cerium. Voltammogram siklik menunjukkan adanya kenaikan puncak arus redoks dari spesi elektroaktif ferisianida pada SPCE-Ce. Urutan DNA probe adalah 5’-TATTIATACCAATCACTAIC-3’ yang memiliki homologi 100% dengan DNA babi dan homologi 0% dengan DNA ayam dan sapi. Persamaan linier konsentrasi target terhadap arus menghasilkan persamaan I = 0,0303 [target] + 3,947 untuk rentang konsentrasi DNA target 5,0 sampai 30,0 µg/mL, dan nilai LoD adalah 1,44 µg/mL. Biosensor ini selanjutnya dapat digunakan untuk penentuan konsentrasi mtDNA babi dalam sampel.
Dysobinol Extracted from Chisocheton Macrophyllus Triggers Proliferation Inhibition, Potential Apoptosis, and Cell Cycle Arrest of He La Cancer Cell Lines Gaffar, Shabarni; Hafiz, Ersanda; Wiraswati, Hesti Lina; Ishmayana, Safri; Nurlelasari, Nurlelasari
Majalah Kedokteran Bandung Vol 56, No 1 (2024)
Publisher : Faculty of Medicine, Universitas Padjadjaran

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15395/mkb.v56.3249

Abstract

Dysobinol is a new limonoid from C. macrophyllus seeds reported to have an anticancer activity. This study aimed to determine the cytotoxic activity of Dysobinol against HeLa cancer cell lines and evaluate its mechanism of action by determining the expression level of several carcinogenesis genes related to apoptosis and cell cycle. In this experimental study, the cytotoxic activity was determined using the MTS assay and gene expression by real-time reverse transcriptase PCR. The result shows that Dysobinol has an anticancer activity in a dose and time-dependent manner against HeLa cells and was categorized as toxic with IC50 values of 52.92, 52.70, and 14.96 μg/ml for 24, 48, and 72 hours, respectively. Dysobinol significantly increased the expression of Bax, Cas-8, and Cas-3 and decreased the expression of Cyc D1 at both doses (IC50 and 2x IC50) but only high doses (2x IC50) could affect Cas9 and NF-κB expressions, indicating that Dysobinol can induce apoptosis via the extrinsic pathway and inhibits the cell cycle through the Cyc D1 regulator. Dysobinol has the potential to be developed as a chemotherapy drug or an adjuvant agent for cervical cancer treatment.
Exploration of Anti-FABP3 Aptamer Conformation Using Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation Aathirah, A Sayyidatina; Hardianto, Ari; Gaffar, Shabarni
Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology Vol 12 (2025): Vol. 12 Suppl. 2 (2025)
Publisher : Indonesian Journal of Pharmaceutical Science and Technology

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/ijpst.v12s2.58912

Abstract

Aptamers have been extensively utilized in the development of diagnostic and therapeutic methodologies for a variety of diseases. Aptamer N13, obtained through the SELEX process in previous research, has been identified as an anti-FABP3 ssDNA aptamer to enhance diagnostic techniques for myocardial infarction. This study provides an in-depth examination of the conformation and structural dynamics of aptamer N13 using in-silico methods. These include secondary structure prediction via DNA-fold, 3D structures modeling through RNA-Composer, and coarse-grained molecular dynamics (MD) simulations with SIRAH AMBER. The 83 μs MD simulation results reveal that the predicted conformation generally struggles to maintain stability, as indicated by the RMSD values and their fluctuations. However, residues 1-50 demonstrate relatively stable conformations, particularly beyond the 40 μs point in the simulation. In contrast, residues 51-90, constituting the free end, exhibit persistent conformational instability. This instability is likely attributable to their single-stranded and free nature compared to the other regions characterized by loops that confer greater stability. Our findings suggest that the predicted conformation from existing tools does not yet provide the most stable reference structure, necessitating further exploration through extended molecular dynamics simulations. While current simulations offer a relatively stable conformational reference, additional simulations are warranted to determine the most stable configuration of the free-end region, thereby elucidating its role in the aptamer’s affinity and specificity
New Custom Primers for the Detection of SARS-CoV-2 using the Singleplex rRT‒PCR SYBR Green-Based Method with the NSP10 and N genes as Targets Gaffar, Shabarni; Shabrinna, Hanif; Putri, Rafika; Wiraswati, Hesti Lina; Hartati, Yeni Wahyuni; Ishmayana, Safri; Faridah, Lia; Ekawardhani, Savira
Chimica et Natura Acta Vol 13, No 1 (2025)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/cna.v13.n1.53493

Abstract

Although COVID-19 is no longer a global health emergency, rapid, sensitive, and specific detection tests are still needed. In this study, we developed a cost-effective test, the SYBR Green-based rRT‒PCR kit, using new custom primers targeting the N and NSP10 genes of the SARS-CoV-2 virus. The specificity of the designed primers was determined through agarose gel electrophoresis. A standard curve generated from a ten-fold dilution of SARS-CoV-2 RNA was used to determine the efficiency and sensitivity of the kit. Validation of this protocol was carried out on ten clinical specimens. As expected, the results showed that the N and NSP10 gene primers produced 134 and 161 bp products, respectively. The limits of detection and limit of quantification with N gene primers were 7.74 and 23.46 copies/μL, respectively, and those with the NSP10 gene primers were 4.69 and 14.21 copies/μL, with a PCR efficiency of 102.5% and 110.6%, respectively. The validation results with clinical specimens revealed that seven samples were true-positive for COVID-19 (Ct range 15.09–21.33), and three were confirmed to be true-negative. Costs associated with COVID-19 patient testing can be anticipated to decrease with the use of custom primers for the detection of SARS-CoV-2 via the use of the singleplex rRT‒PCR mix SYBR Green.
Co-Authors Aathirah, A Sayyidatina Anni Anggraeni, Anni Ari Hardianto Euis Julaeha Fajriyah, Maulida Hafiz, Ersanda Hesti Lina Wiraswati IMAN PERMANA MAKSUM KHOMAINI HASAN Lia Faridah Lubis, Rubianto A. Masyhuri, Aga Adi Nurlelasari Nurlelasari Nurmalasari, Ratna Pertiwi, Wulan PUTRI, RAFIKA Rustaman Rustaman Safri Ishmayana Savira Ekawardhani Shabrinna, Hanif Soetijoso Soemitro Sutarya Enus Toto Subroto Upay, Purba Yeni Wahyuni Hartati Yenni Wahyuni Hartati, Yenni Wahyuni Yohan Yohan