Indonesia memiliki perairan yang luas dengan potensi besar untuk pengembangan marikultur. Kabupaten Pulau Morotai adalah salah satu wilayah strategis untuk pengembangan marikultur. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kesesuaian lahan untuk pengembangan marikultur berbasis keramba jaring apung (KJA) di Kabupaten Pulau Morotai. Penelitian dilakukan di perairan Pulau Galo-Galo dan Pulau Loleba. Pengambilan data dilakukan pada enam stasiun di Pulau Galo-Galo dan empat stasiun di Pulau Loleba. Parameter kualitas air yang diamati meliputi parameter fisik, kimia, dan biologi. Data parameter fisik kualitas air yang diamati adalah keterlindungan, kedalaman, kecerahan air, kecepatan arus, suhu perairan, dan salinitas. Data parameter kimia kualitas air yang diamati adalah pH air, DO, TAN, nitrit, nitrat, dan fosfat. Sementara data parameter biologi yang diamati adalah kelimpahan plankton. Analisis data kesesuaian lahan dilakukan menggunakan GIS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perairan tersebut memiliki karakteristik terlindung dengan kedalaman berkisar antara 15-23 meter, kecepatan arus 0,20-0,50 m/s, kecerahan lebih dari 5 meter, suhu 24,30-30,70 ℃, dan salinitas 26-29 ppt. Parameter kimia menunjukkan nilai DO antara 3,10-5,50 mg/L, pH 7, TAN 0,004-0,078 mg/L, nitrit 0,008-0,062 mg/L, nitrat 0,002-0,052 mg/L, dan fosfat 0,007-0,017 mg/L. Parameter biologi menunjukkan kelimpahan plankton di perairan Pulau Galo – Galo adalah 4,1×109 sel/L dan Pulau Loleba 8,5×109 sel/L. Analisis kesesuaian lahan menunjukkan bahwa 1000 Ha lahan termasuk kategori sangat sesuai (S1) dan 1000 Ha lainnya termasuk kategori sesuai (S2). Kesimpulan penelitian ini adalah kawasan Pulau Galo-Galo dan Loleba memiliki potensi besar untuk pengembangan marikultur berbasis KJA karena kondisi kualitas air yang optimal dan kesesuaian lahan yang mendukung.