Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
1.945
P-Index
This Author published in this journals
All Journal JPTK: Jurnal Pendidikan Teknologi dan Kejuruan Neo-Bis Jurnal Dinamika Sosial Budaya Jurnal Riset Ekonomi dan Bisnis Menara Perkebunan Indonesian Journal of Clinical Pathology and Medical Laboratory (IJCPML) Jurnal Ilmiah Edunomika (JIE) SOLUSI Jurnal Tanah dan Iklim Jurnal Bingkai Ekonomi (JBE) Unisia Sustainable Business Journal
Djoko Santoso
Unknown Affiliation
Religion Agriculture, Biological Sciences & Forestry Arts Humanities Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Decision Sciences, Operations Research & Management Economics, Econometrics & Finance Education Health Professions Medicine & Pharmacology Neuroscience Social Sciences Other

Published : 56 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 56 Documents
Search

 2   3   4   5   6 
Karakterisasi gen penyandi lipase dari kapang Rhizopus oryzae dan Absidia corymbifera Characterization of gene encoding lipase from fungus Rhizopus oryzae and Absidia corymbifera Riza A PUTRANTO; Djoko SANTOSO; . TRI-PANJI; . SUHARYANTO; Asmini BUDIANI
Menara Perkebunan Vol. 74 No. 1: 74 (1), 2006
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v74i1.118

Abstract

SummaryLipase is a group of enzymes which catalyze fat hydrolysis. Lipase is recently used to produce diacylglycerol (DAG) from triacylglycerol (TAG). Lipase  can be used to produce healthy oil. Having a rich biodiversity, Indonesia has the opportunity to produce lipase using indigenous microbes, such as molds. This research aimed to detect  LIPASE  gene on several strains of molds employing PCR technique. Genomic DNAs were isolated from four strains of molds (M. sitophila, R. oryzae, R. microsporus, and A. corymbifera). Heterologous primers for LIPASE  were designed based on the conserved region of 12 LIPASE  sequences accessed from GenBank and used to amplify the genomic DNA resulted in a 466 bp fragmen. BLAST analysis showed that the bands of DNAs have high homology with common lipase protein in several strains of  Rhizopus.Ringkasan Lipase merupakan kelompok enzim yang berfungsi sebagai biokatalis hidrolisis lemak. Lipase banyak digunakan untuk konversi triasilgliserol (TAG) menjadi diasilgliserol (DAG). Penggunaan lipase penting untuk produksi minyak sehat (healthy oil). Indonesia dengan keanekaragaman hayati tinggi berpeluang besar   mengembangkan   produksi   lipase   dari mikroba lokal, salah satunya adalah kapang. Deteksi gen merupakan langkah awal dalam upaya peningkatan produksi lipase melalui rekayasa genetika. DNA genomik empat galur kapang (M. sitophila, R. oryzae, R. microsporus, dan A. corymbifera) telah berhasil diisolasi. Sepasang primer heterologous telah berhasil dirancang berdasarkan daerah terkonservasi 12 sekuen gen LIPASE dari GenBank. Amplikon DNA yang diperoleh pada PCR menggunakan pasangan primer RLP memiliki panjang 466 bp. Analisis BLAST memperlihatkan bahwa amplikon PCR memiliki homologi yang tinggi dengan protein LIPASE  beberapa galur Rhizopus. 
Aktivitas ACCase mesokarp kelapa sawit dan kloning fragmen gen penyandi ACCase subunit biotin karboksilase ACCase activity of oil palm mesocarp and cloning of gene fragment encoding biotin carboxylase subunit of ACCase Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO
Menara Perkebunan Vol. 74 No. 1: 74 (1), 2006
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v74i1.119

Abstract

Summary Genetic engineering to produce high yielding oil palm might be done by over expressing gene encoding key enzyme for oil biosynthesis in the oil palm mesocarp, one of which is ACCase. The objective of this research was to analyze ACCase activity of mesocarp from several developmental stages of fruit and to clone conserved region cDNA of gene encoding biotin carboxylase subunit of ACCase (BC-htACCase) from oil palm mesocarp. Activity of ACCase was analyzed by HPLC. Amplification of cDNA was done by means of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) using degenerate heterologous primer on several annealing temperature and MgCl2 concentration. The cDNA fragment of RT-PCR product was cloned, sequenced and analyzed to confirm that the cloned cDNA was conserved region of BC-htACCase. The result showed that ACCase activity increased from the 14 week to the 20 week-old fruit, and then decreased. Using heterologous degenerate primers, cDNA fragments of BC-htACCase conserved region (469 bp) can be specifically amplified at 60 oC annealing temperature with 2 mM MgCl2 concentration.The result of BlastX analysis showed that the sequence of cloned cDNA fragment was highly homologous with the conserved region of BC-htACCase from Glycine max, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum,  and Brassica napus with 243, 237, 236, 231 bit score, and E. value 2e-63, 1e-61, 2e-61 and 5e-60, respectively. Ringkasan Rekayasa genetika untuk menghasilkan bibit kelapa sawit berdaya hasil tinggi dapat ditempuh dengan meningkatkan ekspresi gen penyandi enzim kunci biosintesis minyak pada kelapa sawit, salah satunya adalah ACCase. Tujuan penelitian ini adalah menguji aktivitas ACCase mesokarp beberapa tahap perkem-bangan buah sawit dan mengklon fragmen cDNA daerah konservatif gen penyandi ACCase heteromerik subunit biotin karbok-silase (BC-htACCase) dari mesokarp buah sawit. Aktivitas ACCase dianalisis dengan HPLC. Amplifikasi cDNA dilakukan dengan teknik RT-PCR menggunakan primer degene-rate heterologus pada berbagai suhu penempelan dan konsentrasi MgCl2. Fragmen cDNA hasil RT-PCR diklon, disekuen dan dianalisis untuk mengkonfirmasi bahwa cDNA terklon adalah daerah konservatif BC-htACCase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa aktivitas ACCase meningkat dari buah berumur 14 minggu hingga buah berumur  20 minggu, kemudian menurun kembali Dengan primer degenerate heterologus, fragmen cDNA daerah konservatif BC-htACCase  (469 pb) dapat diamplifikasi secara spesifik pada suhu penempelan 60 oC dan konsentrasi MgCl2 2 mM. Hasil analisis BlastX dari sekuen DNA fragmen terklon menunjuk-kan bahwa sekuen tersebut mempunyai homologi tinggi antara lain dengan gen penyandi BC-htACCase dari Glycine max, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum dan Brassica napus, masing-masing dengan skor 243, 237, 236, 231 bit, dan E. value 2e-63, 1e-61, 2e-61 dan 5e-60.
Deteksi dan analisis sekuen gen inhibitor proteinase pada beberapa klon kakao harapan tahan penggerek buah kakao dari Sulawesi Selatan Detection and sequence analysis of proteinase inhibitor gene in cacao clones putatively cacao pod borer-tolerant from South Sulawesi Abdul Mollah S. JAYA; Hajrial ASWIDINNOOR; Djoko SANTOSO
Menara Perkebunan Vol. 72 No. 1: 72 (1), 2004
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v72i1.124

Abstract

Summary Cacao is socially and economically an important commodity for Indonesia, in which the cacao plantations have been challenged with a threatening pest, cacao pod borer (CPB). This research aimed to identify and clone PIN (proteinase inhibitor), a gene carrying resistance of plant to some chewing pests like CPB. The methodology included several experiments. Detection of PIN in cacao was done by PCR using PIN-specific heterologous primers and cacao genomic DNA as templates. Cloning vector pGEM-T was utilized to clone the PCR products. Sequence analysis was conducted with BlastX and Blast Special programs from NCBI. Alignment analysis to determine genetic similarity was performed with ClustalW from EBI. Thirteen of the 18 clones tested were detected to have PIN homologs. Two DNA fragments from cacao clones putatively tolerant to CPB, MJ-1 and LW-1, were sequenced. One of them, MJ-1 was cloned. Sequence analyses of the fragments of both cacao clones, indicated that they have PIN homologs and a very closed genetic relation with 96% level of similarity. Ringkasan Kakao adalah komoditas yang secara sosial maupun ekonomi penting bagi Indonesia, dimana perkebunan kakao menghadapi masalah serius hamapenggerek buah kakao (PBK). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi dan mengklon PIN (inhibitor proteinase), gen yang membawa sifat ketahanan tanaman terhadap hama ulat seperti PBK. Metodologinya terdiri dari beberapa percobaan. Deteksi PIN di dalam kakao dikerjakan dengan PCR menggunakan primer heterologous yang spesifik terhadap PIN dan DNA genomik kakao sebagai templetnya. Vektor kloning pGEM-T digunakan untuk mengklon produk PCR. Analisis sekuen dilakukan dengan program BlastX dan Blast spesial dari NCBI. Analisis penjajaran (alignment) untuk menentukan kemiripan genetik menggunakan program ClustalW dari EBI. Tiga belas dari 18 klon kakao yang diuji  menunjukkan adanya  homolog  PIN. Dua DNA fragmen dari klon harapan tahan, MJ-1 dan LW-1, telah ditentukan sekuen nukleotidanya. Satu diantara-nya, MJ-1 berhasil diklon. Analisis sekuen  kedua klon tersebut menunjukkan identitas sebagai homolog PIN dan keduanya memiliki kemiripan genetik yang tinggi.
Kloning parsial gen penyandi enoil-ACP reduktase dari mesokarp buah kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Partial cloning of gene encoding enoyl-ACP reductase from mesocarp of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO
Menara Perkebunan Vol. 72 No. 1: 72 (1), 2004
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v72i1.126

Abstract

Summary Enoyl-ACP reductase (ENR) is a component of fatty acid synthase (FAS) that is considered to play an important role in fatty acid elongation and oil accumulation of several plants. One of the proteins expressed coinciding with fruit development and oil accumulation in oil palm has been detected from the previous study and had homology with ENR. Therefore, as a part of genetic engineering program to improve oil content and quality in oil palm mesocarp, this research was aimed to clone cDNA conserved region of gene encoding enoyl-ACP reductase from oil palm mesocarp. Based on the amino acid sequence of the polypeptide that was homologous with ENR and combined with information of conserved region sequences of the same gene from other plant sources, primers were designed for amplifying conserved region of the ENR gene. Amplifi-cation was carried out by RT-PCR using total RNA as template, at several annealing temperatures and MgCl2 concentrations. Amplification product was cloned using pCR 2.1-TOPO, and the sequence was subjected into BlastN analysis. The results confirmed that the cloned cDNA fragment with 698 bp in size was the conserved region of the ENR gene.  This sequence was highly homologous with the same gene from other plants such as Oryza sativa, Olea europaea, Brassica napus, Triticum aestivum and Arabidopsis thaliana with E-value 1e-96, 7e-77, 2e-64, 5e-41 and 3e-36, respectively. Based on this result, primers have been made and used to amplify the 5’- and 3’ ends of the ENR -cDNA  of oil palm mesocarp. Ringkasan Enoil-ACP reduktase (ENR) merupakan salah satu komponen asam lemak sintase (FAS) yang berperan penting dalam pemanjangan asam lemak dan akumulasi minyak pada berbagai tanaman. Salah satu protein yang ter-ekspresi sejalan dengan tahapan perkembangan buah sawit dan akumulasi minyak pada penelitian sebelumnya diketahui mempunyai homologi dengan ENR. Oleh karena itu, sebagai salah satu bagian dari usaha rekayasa metabolisme minyak pada mesokarp buah sawit, penelitian ini bertujuan untuk mengklon cDNA daerah konservatif gen penyandi ENR dari mesokarp buah sawit. Berdasarkan  sekuen asam amino polipeptida yang mempunyai homologi dengan ENR dan dikombinasikan dengan hasil penjajaran daerah konservatif gen tersebut dari berbagai anaman lain, dirancang primer  untuk  amplifikasi daerah konservatif ENR. Amplifikasi dilakukan dengan RT-PCR menggunakan templat RNA total pada berbagai suhu   penempelan   dan   konsentrasi    MgCl2. Hasil amplifikasi dimurnikan dari gel dan diklon menggunakan vektor kloning pCR2.1-TOPO serta dianalisis nya menggunakan BlastN. Hasilnya mengkonfirmasi fragmen cDNA terklon berukuran 698 pb sebagai daerah konservatif ENR tersebut mempunyai homologi tinggi dengan gen yang sama dari    O. sativa,  O. europaea, B. napus, T. aestivum dan  A. thaliana masing-masing dengan E-value 1e-96, 7e-77, 2e-64, 5e-41 dan 3e-36. Berdasarkan hasil tersebut telah dibuat primer spesifik untuk amplifikasi cDNA daerah ujung 5’- dan 3’- gen  ENR dari mesokarp kelapa 
Nucleotide sequence of cryIA gene cloned from Btk isolate of Bacillus thuringiensis and comparison with cryIA(c) gene from B. thuringiensis subsp. kenyae Sekuen nukleotida gen cryIA dari B.thuringiensis isolat Btk dibandingkan dengan gen crylA(c) dari B. thuringiensis subsp. Kenyae Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO
Menara Perkebunan Vol. 68 No. 1: 68(1), 2000
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v68i1.134

Abstract

Ringkasan Perakitan tanaman perkebunan yang toleran terhadap serangga hama dapat ditempuh melalui rekayasa genetika menggunakan gen cry. Gen cryIA merupakan gen cry yang paling banyak dipelajari di antara gen cry lainnya. Berdasarkan homology sekuen dan spesifisitas protein yang disandinya terhadap serangga sasaran, gen ini telah diklasifikasikan menjadi 10 subklas. Tulisan ini melaporkan hasil sekuensing (ragmen gen cryIA penyandi domain toksin yang diisolasi dengan teknik PCR dari Bacillus thuringiensis isolat Btk dan diklon menggunakan vektor pGEM­T. Untuk menentukan sekuen gen cryIA yang berukuran sekitar 2 kb tersebut, dilakukan kons­truksi satu seri mutan terdelesi searah dari ujung 5' menggunakan kit Erase-a-Base-System. Tiga DNA gen cryIA mutan dengan tingkat delesi yang sesuai dan satu nonmutan dipilih untuk sekuensing DNAnya. Sekuensing dilakukan dari satu arah menggunakan primer universal SP6 pada alat ABI 377A automatic DNA sequencer. Sekuen lengkap dari gen cryIA diperoleh dengan cara meng­gabungkan sekuen ketiga mutan dengan sekuen dari gen cryIA nonmutan secara manual. Untuk konfirmasi sekuen ujung 3', dilakukan sekuensing dari arah lainnya menggunakan primer universal T7. Sekuen lengkap dari fragmen tersebut mengandung 2021 nukleotida dan menyandi protein dengan 673 asam amino. Dibandingkan dengan sekuen gen crylA(c) dari B. thuringiensis subsp. kenyae, terlihat adanya sepuluh mutasi titik masing-masing pada nukleotida ke 444, 477, 1089, 1092, 1098, 1242, 1566, 1869, 1906 dan 1961. Tujuh mutasi titik pada nukleotida ke 444, 477, 1089, 1092, 1242, 1566, dan 1869 tidak merubah asam amino, sedangkan tiga mutasi lainnya mengakibatkan perubahan asam amino, yaitu pada nukleotida ke 1098 (kodon ke 366, yang menyebabkan perubahan dari Phe menjadi Leu), nukleotida ke 1906 (kodon ke 636, yang mengubah Val menjadi Leu) dan pada nukleotida ke 1961(kodon ke 654, yang mengubah Cys menjadi Tyr).Summary Estate crops tolerant to pests can be devel­opment through genetic engineering using cry gene. CryIA is the best studied among cry genes. Based on the sequence homology and specificity of their encoded proteins to the, targeted insect, these genes have been classified into 10 sub­classes. This paper reports sequencing of cryIA gene fragment en-coding toxin domain isolated from Btk isolates of Bacillus thuringiensis using PCR technique and cloned with pGEM-T vector. To determine the full sequence of the 2-kb gene fragment, a series of mutants uni-directionally deleted at the 5'-end were constructed. Mutation was done using Erase-a Base-System kit. Three DNA mutants with appropriate degree of deletion and the un-mutated DNA were chosen for sequencing. Sequencing was conducted from one direction with SP6 universal primer using the ABI 377A automatic DNA sequencer. The full sequence of cryIA fragment was assembled manually using the sequences of DNA mutants and the non-mutant cryIA fragment. To confirm the sequence of the 3'-end, sequencing from the other direction was performed using the T7 universal primer.The completed sequence of the fragment contains 2021 nucleotides encoding a protein of 673 amino acids. Compares to the sequence of cryIA(c) from B. thuringiensis subsp. kenyae, it was shown that there were ten point mutations (nucleotides of 444, 477, 1089, 1092, 1098, 1242, 1566, 1869, 1906 and 1961), sevent of them (nucleotides of 444, 477, 1089, 1092, 1242, 1566 and 1869) were identified as silent mutations, while the other three substituted the amino acids, which are at the nucleotide 1089 (codon 366, substitution of Leu for Phe), nucleotide 1906 (codon 636, substitution of Leu for Val), and nucleotide 1961 (codon 654, substitution of Tyr for Cys).
Keragaman sekuen DNA fragmen gen penyandi ACCase subunit BCCP dari tiga tipe kelapa sawit Variability of DNA sequence of gene fragment encoding BCCP subunit of ACCase from three types of oil palm Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO; A.R. PURBA PURBA
Menara Perkebunan Vol. 75 No. 1: 75 (1), 2007
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v75i1.149

Abstract

SummaryHeteromeric acetyl-CoA carboxylase (ht-ACCase) is one of key enzymes in palm oilbiosynthesis. Isolation and characterization ofthe gene is an important step in metabolicengineering to increase palm oil content andquality. The objective of this research was toisolate DNA fragment of gene encoding biotincarboxyl carrier protein (BCCP) subunit of ht-ACCase from three different oil palm types(Simalungun, Hibrida and Backcross) andinvestigate the variation of its DNA sequence.Total RNA was isolated from the mesocarp ofoil palm. DNA fragment encoding BCCP wasamplified by means of Reverse TranscriptasePolymerase Chain Reaction (RT-PCR) usingspecific primers with total RNA as a template.The products of RT-PCR were then purifiedfrom the gel, cloned and sequenced. The DNAsequences were analyzed for their homologiesto BCCP gene using BlastN and aligned todetect the sequence variability using ClustalWprogram from BioEdit. The results show thatone of the two RT-PCR products at about 300bp was highly homologous with the geneencoding BCCP from Glycine max, Brassicanapus and Arabidopsis thaliana. Nucleotidesequences of that BCCP fragments from thethree types of oil palm displayed some degreesof variability. Further investigation is neededto analyze the variability of the DNA sequencesof the full-length gene in relation with oilcontent or other characterRingkasanAsetil-CoA karboksilase heteromerik (ht-ACCase) merupakan salah satu enzim kuncidalam biosintesis minyak sawit. Isolasi dankarakterisasi gen tersebut merupakan langkahpenting dalam upaya rekayasa metabolismeuntuk peningkatan rendemen dan kualitasminyak sawit. Penelitian ini bertujuan untukmengisolasi fragmen DNA penyandi subunitbiotin carboxyl carrier protein (BCCP) dari ht-ACCase dari tiga tipe kelapa sawit yang ber-beda (Simalungun, Hibrida dan Backcross)dan mempelajari keragaman susunan nukleo-tidanya. RNA total diisolasi dari mesokarpbuah sawit. Fragmen gen penyandi BCCPdiamplifikasi dengan Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) meng-gunakan primer spesifik dan templat RNA total.Fragmen hasil RT-PCR dimurnikan dari gel,diklon kemudian disekuen. Sekuen DNA yangdiperoleh dianalisis homologinya dengan genBCCP menggunakan BlastN dan disejajarkanuntuk mengetahui keragamannya mengguna-kan program ClustalW dari BioEdit. Hasilnyamenunjukkan bahwa satu dari dua fragmenhasil RT-PCR yang berukuran sekitar 300 pbmemiliki homologi yang tinggi denganfragmen gen penyandi BCCP dari Glycine max,Brassica napus dan Arabidopsis thaliana.Urutan nukleotida fragmen BCCP dari ketigatipe kelapa sawit menunjukkan keragaman.Perlu analisis lebih lanjut mengenai keragamansekuen DNA dari gen lengkapnya dan dikajihubungannya dengan akumulasi minyak ataukarakter lain
Identifikasi dan isolasi promoter gen pembungaan kakao TcLFY Identification and isolation for promoter of TcLFY cacao flowering gene Djoko SANTOSO; Agustina A. HANDAYAN; Sukarti MOELJOPAWIRO
Menara Perkebunan Vol. 75 No. 1: 75 (1), 2007
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v75i1.150

Abstract

SummaryPromoter is a regulator of geneexpression for a phenotype or trait carried bythe gene. In the structure, a promoter locatedbeyond the 5’ end of the open reading frame ofthe gene on which its expression is regulated.This research aimed to isolate the DNAfragment flanking TcLFY at the 5’ end and toanalyze whether the fragment has charac-teristics of the promoter, primarily the coremotifs of promoter. Using Genome Walkingtechnique, DNA fragments flanking the TcLFYgene at its 5’ end was isolated. Analysis of theDNA sequence was done using onlinecomputer software accessible through web sitewww.softberry.com and an entry sequence ofthe flanking DNA fragment along with the 2.5kb TcLFY sequence. The result indicated thatthe flanking fragment has core motifs for apromoter at proper positions, which are TATAbox at position –80, CAT boxes (CCAAT) at -387 and –626, and GC boxes that are known asUAS were found at the -323 and –537positions. To obtain a conclusive result, thispromoter sequence needs to be furtherexamined to confirm its function.RingkasanPromoter merupakan pengendali ekspresigen untuk memunculkan fenotipe atau karakteryang dibawa oleh gen tersebut. Di dalamstrukturnya, promoter umumnya terletak didaerah ujung 5’ gen yang dikendalikanekspresinya. Tujuan penelitian ini adalahmendapatkan fragmen DNA yang mengapitgen pengendali pembungaan kakao (TcLFY)dan menganalisisnya apakah memilikikarakteristik promoter, yaitu mengandungmotif-motif inti (core motifs) dari promoter.Dengan teknik Genome Walking, fragmenDNA pengapit gen TcLFY di ujung 5’ dapatdiisolasi. Analisis sekuen menggunakanperangkat lunak komputer online (www.softberry.com) dengan input data fragmentersebut ditambah gen TcLFY 2,5 kb dibawahnya, mengindikasikan adanya beberapamotif inti promoter pada posisi yang sesuai,yaitu kotak TATA pada lokasi –80, kotak CAT(CCAAT) di posisi -387 dan –626, dan kotakGC yang merupakan UAS dijumpai padalokasi -323 dan –537. Untuk memperoleh hasilyang bersifat konklusif, sekuen promoter inimasih perlu diuji fungsinya.
Kloning gen LEAFY kakao dari jaringan bantalan bunga aktif Cloning of cacao LEAFY gene from the active flower cushions Tetty CHAIDAMSARI; Rita HAYATI; Auzar SYARIEF; Aswaldi ANWAR; Djoko SANTOSO
Menara Perkebunan Vol. 77 No. 2: 77 (2), 2009
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v77i2.179

Abstract

SummaryAttempts to improve productivity of cacaoplantations lead us to study the molecularmechanism of flowering. In the model speciesArabidopsis thaliana as well as some otherspecies, LEAFY is a central regulatory gene forthe transition of shoot apical meristems toflowering meristems. Different from that ofArabidopsis, cacao inflorescence is acauliflorous type, by which flowers can developrepeatedly from the same flower cushion on thetrunk. In this research, a LEAFY homolog wasisolated from active flower cushion with RT-PCRusing a pair of DNA primer specifically designedto isolate its complete cds. Gel electrophoresisexamination indicated the presence of a 1.2 kbamplicon. Purified from the gel, this DNAfragment was cloned into competent cells ofE. coli XL1 Blue using pGEM-T Easy cloningvector at an orientation according to the T7promoter of the plasmid. Sequence analysis usingBLASTX, showed that the amplicon was LEAFY(LFY) homolog. Alignment analysis using ClustalW indicated that the cTcLFY highly homologousto those from other perennial crops such ascitrus, grape, apple and poplar. The highesthomology (conserved region) was found in the Cterminal of the encoded proteins.RingkasanUsaha untuk meningkatkan produktivitasperkebunan kakao telah mendorong penelitianmolekuler tentang mekanisme pembungaankakao. Pada tanaman model Arabidopsis thalianadan lainnya, LEAFY merupakan gen kunci dalamtransisi meristem tunas jadi meristem bunga.Berbeda dengan sistem pada Arabidopsis,pembungaan kakao termasuk tipe cauliflorous,bunga dapat muncul dari bantalan bunga yangsama sepanjang tahun. Dalam penelitian inihomolog LFY diisolasi dari bantalan bunga aktifmenggunakan RT-PCR dengan sepasang primerspesifik yang dirancang berdasarkan sekuenDNA di kedua ujung gen tersebut. Pemeriksaangel elektroforesis menunjukkan adanya amplikontunggal berukuran 1,2 kb. Setelah dimurnikandari gel, amplikon dapat diklon ke dalam selkompeten E. coli galur XL1 Blue menggunakanvektor pGEM-T Easy dengan orientasi yangsesuai dengan promoter T7 dari vektor. AnalisisBLASTX sekuen DNA membuktikan bahwaamplikon tersebut adalah homolog dari genLEAFY. Analisis penjajaran dengan mengguna-kan ClustalW menunjukkan bahwa gen cTcLFYtersebut memiliki homologi yang tinggi dengangen sejenis dari tanaman keras lainnya sepertitanaman jeruk, anggur, apel dan poplar.Homologi tertinggi (daerah terkonservasi)terdapat pada ujung (terminal) C dari proteinyang disandinya.
Keefektifan Agrobacterium mentransfer gen P5CS ke dalam kalus tebu klon PS 851 Effectiveness of Agrobacterium to transfer P5CS gene into sugarcane callus PS 851 clone Niyyah FITRANTY; F NURILMALA; Djoko SANTOSO; Hayati MINARSIH
Menara Perkebunan Vol. 71 No. 1: 71 (1), 2003
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v71i1.181

Abstract

Summary Transformation of a P5CS gene construct into plant cells coupled with regeneration for transgenic plantlets should develop sugarcane tolerant to drought stress. The purpose of the research is to increase the effectiveness and efficiency of Agrobacterium transferring the gene into sugarcane callus. In this method, recombinant plasmid of pBI-P5CS could be transferred into host cells of Agrobacterium LBA4404 through triparental mating with pRK2013 helper. The parameters were tested to increase the effectiveness and efficiency of Agrobacterium  transferring the gene into sugarcane callus were the addition of antioxidant and 1.0% glucose, callus age (2, 3, and   4 weeks), medium pH (4.5; 5.0; and 5.6), treated with air dry for 30 minutes, wetting agent of silwet with and without short vacuum treatment, and acetosyringone consentration (100, 500, and 1000 mg/L). Identification of the transgene in sugarcane  was conducted by PCR using spesific primers, and the expression was tested by measuring  of the proline content. The result showed that addition of acetosyringone 100 ppm or more, P5CS transfer into the sugarcane explants by Agrobacterium was effective. The genetic transformation could be optimized by selecting proper age of calli, which was four weeks after sub-culture. The effectiveness could be maintained and slightly improved by inoculation at pH  4.5, addition 1.0% glucose, wetting agent of silwet with short vacuum treatment, or treated with air drying for 30 minutes. In vitro cultures for transgenic regeneration required addition of antioxidant to prevent browning in the culture media. The amplified DNA fragment demonstrated that the gene was transferred into sugarcane plantlets, and P5CS gene expression showed  increasing  proline content in transgenic sugarcane plantlets.Ringkasan Transformasi transgen P5CS yang diikuti dengan regenerasi tanaman transgeniknya diper-kirakan mampu menghasilkan tanaman tebu transgenik yang toleran terhadap cekaman kekeringan. Penelitian ini bertujuan untuk me-ningkatkan efektivitas dan efisiensi Agro-bacterium mentransfer gen P5CS ke dalam kalus tebu. Dalam metode ini, plasmid rekombinan pBI-P5CS berhasil dengan baik ditransformasi-kan ke dalam sel. Agrobacterium   LBA4404   dengan  pendekatan triparental mating meng-gunakan helper pRK2013. Parameter yang diuji untuk meningkatkan kondisi efektif dan efisien dalam transfer gen P5CSke dalam kalus tebu adalah penambahan antioksidan dan glukosa 1,0%, umur kalus (2, 3, dan 4 minggu), pH medium (4,5; 5,0; dan 5,6), pengeringan kalus   30 menit, bahan pembasah silwet tanpa dan dengan pemakuman, dan konsentrasi aseto-siringon (100, 500, dan 1000 mg/L). Pengujian keberadaan transgen P5CS dilakukan dengan PCR menggunakan primer spesifik, sedangkan ekspresinya diuji dengan mengukur kandungan prolin dari tanaman tebu. Hasil percobaan menunjukkan bahwa dengan penambahan asetosiringon 100 ppm atau lebih, penggunaan Agrobacterium terbukti efektif dan efisien dalam transfer konstruk transgen P5CS ke dalam eksplan kalus tebu. Transformasi dapat dioptimalkan dengan memilih eksplan kalus tebu yang baik, yaitu yang umur subkulturnya empat minggu. Efektivitasnya juga dapat dijaga atau sedikit ditingkatkan dengan inokulasi pH 4,5, penambahan glukosa 1,0%, bahan pembasah silwet dengan pemakuman, ataupun pemberian perlakuan pengeringan udara selama 30 menit. Kultur kalus transgenik memerlukan penambahan antioksidan untuk mencegah terjadinya pen-cokelatan. Adanya fragmen DNA hasil amplifikasi dengan primer spesifik P5CS menunjukkan pada tanaman tebu telah terdapat gen P5CS.  Demikian pula dengan ekspresi gen P5CS, menunjukkan adanya peningkatan kandungan prolin pada tanaman tebu transgenik. 
Pengaruh TDZ terhadap induksi embrio somatik sagu (Metroxylon sagu Rottb.) pada tiga metode kultur berbeda (Effect of TDZ on the somatic embryo induction of sago palm (Metroxylon sagu Rottb.) in three different culture methods) Imron Riyadi; Darda EFENDI; Bambang S PURWOKO; Djoko SANTOSO
Menara Perkebunan Vol. 86 No. 1 (2018): 86 (1), 2018
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v1i1.258

Abstract

AbstractA right combination of cytokinin is able to support the process of callus differentiation to somatic embryo formation in plant somatic embryogenesis. Liquid culture application could increase the efficiency of in vitro culture process on plants. This research aimed to determine the best concentration of TDZ combined with kinetin for callus differentiation to  somatic embryo of sago palm on three culture methods. Plant material used was embryogenic callus derived from tips meristem culture from sucker of Alitir sago palm. Callus was cultured on modified MS media added with: 0.0, 0.1, 0.5 and 1.0 mg/L TDZ combined with 0.5 mg/L kinetin for 12 weeks with subcultures every 6 weeks. Three culture methods used were suspension, temporary immersion system (TIS), and solid media. There were 12 treatments with 4 replicates. The results showed that the highest number of somatic embryos was achieved on TIS culture with 1.0 mg/L TDZ and 0.5 mg/L kinetin in 6 weeks (167.3 embryos/flask) and 12 weeks (389.2 embryos/flask) with its fresh weight of 18.4 g and 29.1 g, respectively. The highset survival rate in final culture (12 weeks) was achieved on TIS culture with 1.0 mg/L TDZ and 0.5 mg/L kinetin (100%). The shortest time for somatic embryos expression was achieved on TIS culture with 1.0 mg/L TDZ and 0.5 mg/L kinetin in two weeks after culture. Histological analysis of early-stage somatic embryos showed the presence of dense and compact cellular arrangements which formed growth spot axis for shoot or SAM (shoot apical meristem) and root or RAM (root apical meristem) that connected each other. [Key words: culture method, embryogenic callus, Metroxylon sagu Rottb., kinetin, sago palm, TDZ]   AbstrakAplikasi kombinasi sitokinin yang tepat dapat mendorong proses diferensiasi kalus membentuk embrio somatik pada proses embriogenesis somatik tanaman. Penggunaan metode kultur cair dapat meningkatkan efisiensi proses kultur in vitro tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan konsentrasi TDZ terbaik dikombinasikan dengan kinetin dalam proses diferensiasi kalus membentuk embrio somatik tanaman sagu pada tiga metode kultur. Bahan tanam penelitian  berupa kalus embriogenik tanaman sagu asal kultur meristem pucuk dari anakan sagu jenis Alitir. Kalus dikulturkan pada media modifikasi dengan penambahan  TDZ dengan konsentrasi 0,1; 0,5; dan 1,0 mg/L dikombinasikan dengan kinetin 0,5 mg/L selama 12 minggu yang disubkultur pada umur 6 minggu. Metode kultur yang digunakan terdiri atas tiga macam yaitu: kultur suspensi, sistem perendaman sesaat (SPS) dan media padat. Perlakuan terdiri atas 12 kombinasi perlakuan dengan empat ulangan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rerata jumlah embrio somatik tertinggi dicapai pada perlakuan metode kultur SPS dengan TDZ 1,0 mg/L baik pada umur kultur 6 minggu (167,3 buah) maupun umur 12 minggu (389,2 buah). Rerata bobot segar tertinggi juga diperoleh pada perlakuan metode kultur SPS dengan TDZ 1,0 mg/L  pada umur kultur 6 minggu (18,4 g) dan  12 minggu (29,1 g). Rerata daya hidup kultur akhir (12 minggu) tertinggi  sebesar 100% diperoleh pada perlakuan SPS. Induksi embrio somatik  tercepat yakni setelah  dua minggu diperoleh pada  metode kultur SPS dengan TDZ 1,0 mg/L dikombinasikan dengan kinetin 0,5 mg/L. Analisis histologi embrio somatik stadium awal  menunjukkan adanya susunan sel yang rapat dan kompak yang menyusun semacam poros atau berkas titik tumbuh tunas atau SAM (shoot apical meristem) maupun akar atau RAM (root apical mersitem) yang saling terhubung.[Kata kunci: kalus embriogenik, metode kultur, kinetin, TDZ, sagu, Metroxylon sagu]
Co-Authors . Mansyurdin . SAMANHUDI . SYAFARUDDIN A. H. SARAGIH SARAGIH A.R. PURBA PURBA Abdul Mollah S. JAYA Agustina A. HANDAYAN Ahmad Isyabul Izzi Aida Farida Ajeng Nuzulia H Antonius Suwanto Anwar, Aswaldi Aprih Santoso Asmini Budiani Auzar SYARIEF B. MARAHIMIN MARAHIMIN Bambang S PURWOKO Bambang Wahyudiyono Basil J NIKOLAU Candra Auromiqo Christantius Dwiatmadja Deden Dewantara ERIS DEDI SOLEH EFFENDI Dini Astika SARI Efendi, Darda F NURILMALA Fauziatul FITRIYAH GALUH WENING PERMATASARI Hajrial ASWIDINNOO HAJRIAL ASWIDINNOOR Hanny Hafiar Happy Widiastuti HAPPY WIDIASTUTI Hayati MINARSIH Hayati Minarsih I GEDE PUTU WIGENA Imron Riyadi Indarto Indarto Indarto Irma KRESNAWATY Isnu Irwantoro Jayawarsa, A.A. Ketut Jisman SINAGA K. PANJAITAN PANJAITAN M. A. GHONI GHONI Mayta Novaliza Isda Memed WIRAMIHARDJA Muhammad Jusuf Muhammad Munir Musliar Kasim Niyyah FITRANTI Niyyah FITRANTY Oktaviany Ferry TRIASTANTO Patni Ninghardjanti Pratama, Azka Dhiya R.D.B LEFROY Rita Hayati Riza A PUTRANTO Riza A. PUTRANTO Roedhy Poerwanto Roesalia Anggraenie SATRIYAS ILYAS Soekarno Mismana Putra Suharyanto Sukarti Moeljopawiro Tetty CHAIDAMSARI Tri Panji Umi Rochayati VS Ariyanto Wyati Saddewisasi Yora FARAMITHA Yuli Budiati Yuniarti Anis Pramukawati