Claim Missing Document
Check
Articles

Isolasi DNA Total dan Optimasi Suhu Annealing Pada Amplifikasi Fragmen COX2 Mitokondrial Ikan Kryptopterus limpok (Bleeker 1852) dari Sungai Kampar Provinsi Riau PUTRI PANJAITAN, KHAIRIZA UMAMI; ELVYRA, ROZA; ROSLIM, DEWI INDRIYANI
Jurnal Riau Biologia Vol 1, No 2 (2016)
Publisher : Jurusan Biologi FMIPA Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Sungai paparan banjir yang ada di provinsi Riau memiliki ciri khas yaitu memiliki keunikan habitat dan fauna, salah satu jenis ikan yang hidup di sungai paparan banjir Riau adalah ikan yang berasal dari genus Kryptopterus yang perlu dijaga kelestariannya. Isolasi DNA total merupakan teknik yang digunakan untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sampel. Molekul DNA total dan fragmen COX2 mitokondrial dari ikan Kryptopterus limpok yang didapatkan kemudian akan digunakan untuk penelitian analisis keanekaragaman genetik sebagai salah satu usaha konservasi terhadap ikan jenis ini. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi DNA dan menentukan suhu annealing untuk gen COX2 pada K. limpok. Sampel K. limpok berasal dari sungai paparan banjir yang ada di Provinsi Riau, yaitu Sungai Kampar. Otot yang digunakan untuk isolasi berasal dari bagian ekor ikan. Proses isolasi dan purifikasi dilakukan dengan menggunakan Kit isolasi dan purifikasi DNA Dneasy Blood and Tissue Kit dari Qiagen Proses amplifikasi menggunakan 4 pasang primer. Proses isolasi menggunakan Kit isolasi dan purifikasi DNA Dneasy Blood and Tissue Kit dari Qiagen menghasilkan DNA total yang utuh dan tidak smear yang digunakan sebagai cetakan untuk tahap amplifikasi. Pasangan primer COX2_SA_F1 dan COX2_SA_R1 dengan suhu annealing 49ºC merupakan pasangan primer yang tepat untuk amplifikasi fragmen COX2 ikan K. limpok. 
Morfometrik Ikan Selais Bungkuk (Hemisilurus heterorynchus, Bleeker 1854) Di Desa Langgam Dan Mentulik Sungai Kampar Provinsi Riau SARI, DELA MAYA; ELVYRA, ROZA
Jurnal Riau Biologia Vol 3, No 1 (2018)
Publisher : Jurusan Biologi FMIPA Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Sungai Kampar merupakan ekosistem sungai paparan banjir yang berada di Provinsi Riau.Penelitianini merupakan studi morfometrik ikan selais bungkuk (Hemisilurus heterorynchus) yang bertujuan untukmengetahui perbedaan karakter morfometrik ikan jantan dan betina di Desa Langgam dan Desa MentulikSungai Kampar. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode survei. Sampel yang digunakanberjumlah 120 ekor yang terdiri dari 60 ekor yaitu 30 ekor jantan dan 30 ekor betina pada setiap lokasipenelitian. Kisaran panjang total H. heterorynchusbetina 200-440 mm dan jantan 83-407 mm pada DesaLanggam sedangkan betina 83-520 mm dan jantan 101-309 mm pada Desa Mentulik. Uji t menunjukkan tidakterdapat perbedaan antar karakter H. heterorynchus betina pada Desa Langgam Desa Mentulik Sungai Kamparsedangkan jantan terdapat perbedaan beberapa karakter yaitu Panjang Standar, Panjang Kepala, Jarak Mata keTutup Insang, Panjang Kepala, Lebar Kepala, Lebar Badan, Jarak Sirip Dada ke Pangkal Sirip Ekor, Jarak SiripPerut ke Pangkal Sirip Ekor, Jarak Sirip Anus ke Pangkal Sirip Ekor, Tinggi Sirip Perut, Tinggi Sirip Anus,Panjang Dasar Sirip Dada, Tinggi Sirip Dada, Panjang Dasar Sirip Ekor dan Berat Badan.
Morfometrik ikan hidung budak (Ceratoglanis scleronema Bleeker, 1862) di Desa Langgam dan Mentulik Sungai Kampar, Provinsi Riau Saputri, Nia; Elvyra, Roza
Jurnal Riau Biologia Vol 2, No 2 (2017)
Publisher : Jurusan Biologi FMIPA Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Penelitian ini bertujuan mengetahui perbedaan karakteristik morfometrik ikan Ceratoglanis scleronemayang berada di Desa Langgam (Sungai Kampar) dan Desa Mentulik (Sungai Kampar Kiri). Penelitiandilakukan dari bulan Februari 2017 sampai April 2017. Jumlah sampel sebanyak 120 ekor ikan denganmasing-masing jumlah jantan dan betina sebnyakan 60 ekor. Analisis data yang digunakan adalah analisisregresi linier dengan bantuan software Microsoft Excel 2007 dan statistik spss versi 17,0. Hasil penelitianmenunjukkan bahwa ada karakter diagnostik untuk ikan C. scleronema jantan yaitu memiliki empat karakteryaitu tinggi kepala (TK), tinggi badan (TB), tinggi badan ekor (TBE), dan jarak mulut ke pangkal sirip perut(JMPSr). Kemudian pada ikan C. scleronema betina di kedua sungai karakternya yaitu panjang standar (PS)dan jarak sirip perut ke pangkal sirip ekor (JSPrPSE). Status pertumbuhan ikan C. scleronema jantan danbetina pada kedua lokasi sungai berbeda menunjukkan adanya allometrik negatif.
Isolasi DNA Total Dan Optimasi Suhu Annealing Untuk Primer COX2 Pada Ikan Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893) Asal Sungai Indragiri Hulu Riau SARAGIH, JESSICA RODEARNI; ELVYRA, ROZA; ROSLIM, DEWI INDRIYANI
Jurnal Riau Biologia Vol 1, No 2 (2016)
Publisher : Jurusan Biologi FMIPA Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Ikan selais Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893) merupakan fauna khas sungai paparan banjir yang perlu dilestarikan. Teknik molekuler yang berkembang saat ini memungkinkan eksplorasi penanda genetik. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk isolasi dan mengamplifikasi DNA mitokondrial (mtDNA) yang dapat digunakan untuk menunjang usaha konservasi dan perlindungan sumber daya genetik fauna paparan banjir. Otot dari setiap sampel ikan diisolasi DNA totalnya, lalu dilakukan optimasi primer COX2 dengan teknik PCR menggunakan empat pasang primer COX2. Molekul DNA total pada ikan O. eugeneiatus telah didapatkan sesuai dengan protokol dari kit isolasi DNA DNeasy Blood and Tissue dari Qiagen. Pasangan primer COX2_SA_F1 dan COX2_SA_R1 dengan suhu annealing 49 oC menghasilkan pita yang paling baik dalam visualisai hasil optimasi primer dengan ukuran 660pb pada O. eugeneiatus sehingga dapat digunakan sebagai primer dalam mendapatkan fragmen COX2 dengan menggunakan teknik PCR.
KARAKTERISTIK MORFOMETRIK DAN MERISTIK IKAN LAIS DANAU (Ompok hypophthalmus Bleeker, 1846) DI SUNGAI TAPUNG DAN SUNGAI SIAK Putri, Riri Anggraini; Elvyra, Roza; ', Yusfiati
Jurnal Online Mahasiswa (JOM) Bidang Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Vol 2, No 1 (2015): Wisuda Februari 2015
Publisher : Jurnal Online Mahasiswa (JOM) Bidang Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

This research is one of study about morphometric-meristic of lais danau fish (Ompokhypophthalmus) in two different habitats, Tapung river and Siak river. The purpose of this research is to determine the difference between morphometric and meristic of male lais danau fish and female lais danau fish in Tapung river and Siak river. This research was conducted on January-March 2014. As many as 60 fish (consisting of 30 males and 30 females) were collected every month for each loacation. The data were analyzed using Microsoft Excel and SPSS Version 16. Morphometric characters of lais danau fish in Siak river, are smaller than the males and females of lais danau fish in Tapung river. The growth status of lais danau fish for each location of the research are positive allometric, negative allometric, and isometric. T-test showed that morphometric between male lais danau fish and female lais danau fish for each location of the research were significant different. Meristic of male lais danau fish and female lais danau fish for each location of the research were not significant different.
ISOLASI DNA TOTAL IKAN SELAIS Ompok eugeneiatus (Vaillant 1893) DARI SUNGAI KAMPAR KIRI DAN INDRAGIRI HULU PROVINSI RIAU ', Tasiah; Elvyra, Roza; Roslim, Dewi Indriyani
Jurnal Online Mahasiswa (JOM) Bidang Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Vol 1, No 2 (2014): Wisuda Oktober 2014
Publisher : Jurnal Online Mahasiswa (JOM) Bidang Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

DNA isolation is a process to obtain pure DNA. The total DNA isolated includes nuclei and cytoplasm DNA (mitochondrial and chloroplast DNA). The total DNA can be used as stock for further genetic diversity analysis. Scientific information on genetic diversity of selais fish in Indonesia, particularly in Riau is still limited. One of the dominant species of selais fish in Riau is Ompok eugeneiatus. The research was conducted to obtain the total DNA of selais fish which can be used as a template DNA for genetic diversity analysis. The research had been conducted from December 2013 to May 2014 and the study site was located in Kampar Kiri and Indragiri Hulu rivers, Riau Province. Ten samples were isolated from each river. The DNA isolation process used isolation and purification kit (Qiagen DNeasy Blood & Tissue brand). The DNA isolation process was conducted based on the existing protocol. The total DNA were then migrated on 1% agarose gel and then visualized using UV transluminator. This research obtained the total DNA from each selais fish samples of Ompok eugeneiatus from the Kampar Kiri and Indragiri Hulu rivers with different quantity. The total DNA obtained were not fragmented.
Kajian Aspek Reproduksi Ikan Lais Ompok hypophthalmus di Sungai Kampar, Kecamatan Langgam, Kabupaten Pelalawan, Provinsi Riau Elvyra, Roza; Solihin, Dedy Duryadi; Affandi, Ridwan; Junior, Zairin
Jurnal Natur Indonesia Vol 12, No 2 (2010)
Publisher : Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (106.146 KB) | DOI: 10.31258/jnat.12.2.117-123

Abstract

Lais fish of Ompok hypophthalmus is one of high economic fish in Kampar river. It should be protected fromdecreasing of it population estimated due to decreasing of habitat quality and increasing of exploitation. Theobjectives of the research are to study reproduction biology of lais fish as the basic data for conservation. Thisresearch was conducted from January 2007 to January 2008. The results of O. hypophthalmus reproductionaspect show that the smallest female of maturity is 22,9 cm and male is 22,6 cm; the spawning season onSeptember to November; O. hypophthalmus is more appropriate spawning location to oxbow lake that closerelation with tributary; the spawning pattern indicated total spawner fish; the fecundity ranges from 3111 to 11164eggs and the egg diameter ranges 0,41-1,13 mm.
Kajian Penanda Genetik Gen Sitokrom b DNA Mitokondria Ikan Lais dari Sungai Kampar Riau Elvyra, Roza; Solihin, Dedy Duryadi
Jurnal Natur Indonesia Vol 10, No 1 (2007)
Publisher : Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat Universitas Riau

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (177.49 KB) | DOI: 10.31258/jnat.10.1.6-12

Abstract

The mitochondrial cytochrome b (cyt-b) gene as a phylogenetic marker of lais fish Kryptopterus schilbeides from Kampar River in Riau has been studied. This is a prelimininary research on the utility of cyt-b gene as a molecular marker to obtain species diversity and phylogenetic relationship among Kryptopterus fishes from Kampar River. The primers of L14841 and H15149 were used to amplify the cyt-b gene. The results showed that K. schilbeides has isoleusine at site-81 and metionine at site-114; K. schilbeides from Kampar River and K. schilbeides from GenBank form a phylogeny cluster at 45% value.
PELATIHAN STANDAR HIGIENE DAN SANITASI UNTUK PENINGKATAN PEMBERDAYAAN UKM OLAHAN IKAN PATIN Roza Elvyra; Dewi Indriyani Roslim; Nazaruddin Nazaruddin
Jurnal Pengabdian UntukMu NegeRI Vol 2 No 2 (2018): Pengabdian Untuk Mu negeRI
Publisher : LPPM UMRI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (3335.467 KB) | DOI: 10.37859/jpumri.v2i2.837

Abstract

Pelatihan standar higiene dan sanitasi dilaksanakan sebagai kegiatan pengabdian kepada masyarakat oleh Perguruan Tinggi terhadap UKM Olahan Ikan Patin di Kampung Patin, Desa Koto Mesjid, Kecamatan XIII Koto Kampar, Kabupaten Kampar Provinsi Riau. Peserta pelatihan adalah anggota dari UKM Negeri Patin dan UKM Mr. Patin. Produk UKM berupa nugget, bakso, abon, kerupuk kulit dan fillet dari bahan baku ikan patin. Pelatihan dilaksanakan sebagai bentuk transfer pengetahuan mengenai standar higiene dan sanitasi serta cara dan persyaratan pengurusan izin edar produk pangan untuk peningkatan pemberdayaan UKM olahan ikan patin. Pelatihan ini bekerjasama dengan pemateri dari BBPOM di Pekanbaru. Dari hasil kuisioner diketahui bahwa peserta pelatihan mendapatkan peningkatan pengetahuan yaitu dari 35% peserta yang sudah memahami mengenai standar higiene dan sanitasi sebelumnya, meningkat menjadi 95% peserta yang betul-betul memahami setelah pelatihan. Anggota UKM juga mendapatkan tambahan pengetahuan mengenai cara dan persyaratan pengurusan izin edar produk pangan, yatitu dari 20% peserta yang sudah mengetahuinya sebelum pelatihan meningkat menjadi 95% peserta yang memahami setelah pelatihan
PELATIHAN PROSEDUR LABORATORIUM ANALISIS DNA Dewi Indriyani Roslim; Herman Herman; Roza Elvyra; Nery Sofiyanti; Ennie Chahyadi
Jurnal Pengabdian UntukMu NegeRI Vol 2 No 2 (2018): Pengabdian Untuk Mu negeRI
Publisher : LPPM UMRI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (3335.456 KB) | DOI: 10.37859/jpumri.v2i2.873

Abstract

Currently, analysis based on DNA is one of the techniques for solving the problems such as paternity test, determining the identity of accident victims, natural disasters victims, and authentication of foods ingredients. But not everyone knows about the stages of DNA analysis laboratory procedures. The purpose of this workshop is to provide knowledgments about DNA analysis laboratory procedures. The training was attended by 30 participants from various universities and research centers in Riau Province. Workshop materials include DNA isolation of animal, plant and bacterial, electrophoresis, polymerase chain reaction (PCR), and visualization of DNA bands. Evaluation uses a questionnaire distributed to participants. Questionnaire analysis showed that workshop was very useful especially for beginners who want to be involved in DNA analysis activities in the laboratory.