Integrasi antara agama dan sains dalam pendidikan merupakan respons terhadap fragmentasi epistemologis yang terjadi dalam sistem pendidikan modern. Pendidikan yang terlalu berfokus pada aspek kognitif dan sains-positivistik cenderung mengabaikan dimensi spiritual dan etika, sehingga melahirkan krisis moral, kekeringan makna, dan dehumanisasi. Artikel ini bertujuan untuk menganalisis secara konseptual pendekatan integratif antara agama dan sains dalam pendidikan, baik dari segi landasan filosofis, kerangka epistemologis, strategi implementasi, maupun tantangan dan prospek ke depan. Metode yang digunakan adalah studi kualitatif-deskriptif berbasis kajian pustaka, dengan pendekatan analisis isi dan interpretasi filosofis terhadap literatur klasik dan kontemporer. Artikel ini menemukan bahwa integrasi agama dan sains memiliki basis yang kuat dalam epistemologi tauhidik, dan dapat diterapkan melalui pengembangan kurikulum berbasis nilai, metode pembelajaran transdisipliner, dan pemanfaatan teknologi digital bernuansa spiritual. Meskipun menghadapi tantangan seperti resistensi ideologis dan keterbatasan pedagogis, integrasi ini memiliki potensi besar untuk membentuk sistem pendidikan yang lebih holistik, inklusif, dan transformatif.