Pada abad ke-21 ini, pesatnya perkembangan pendidikan dan teknologi menuntut penguasaan keterampilan berpikir kritis. Namun, keterampilan berpikir kritis siswa SMA di Indonesia masih tergolong rendah dibuktikan dari hasil berbagai penelitian sebelumnya. Oleh karena itu, dibutuhkan media pembelajaran inovatif yang mendorong keterlibatan aktif siswa terutama dalam proses berpikir kritis. Materi Pertumbuhan dan Perkembangan Tumbuhan mengandung pemahaman kompleks biologi dan tergolong sulit dipahami siswa dalam pembelajaran. Penelitian ini bertujuan mengembangkan E-Book berbasis Project Based Learning (PjBL) pada materi tersebut untuk melatihkan keterampilan berpikir kritis siswa yang layak berdasarkan validitas, kepraktisan, dan keefektifan. Penelitian ini menggunakan model pengembangan 4D (Define, Design, Develop, dan Disseminate). Data penelitian diperoleh melalui metode validasi, observasi, angket, dan tes. Instrumen penelitian meliputi lembar validasi, lembar observasi aktivitas siswa, angket respon, serta lembar pre-test dan post-test. Subjek penelitian ini berjumlah 20 siswa kelas XII 10 SMAN 16 Surabaya. Hasil penelitian adalah E-Book yang telah dikembangkan mengintegrasikan model PjBL dalam eksperimen langsung dilengkapi fitur BioMedia Hub, BioCase Explorer, BioProject Builder, BioSelf Assess, dan BioCritical Quest untuk melatih keterampilan berpikir kritis. Hasil validasi dinyatakan sangat valid dengan persentase rata-rata 98,72% berdasarkan kelayakan penyajian, isi, dan bahasa. Hasil kepraktisan memperoleh persentase rata-rata 100% dan 98,34% berdasarkan berdasarkan lembar observasi aktivitas dan respon siswa yang terkategori sangat praktis. Hasil keefektifan berdasarkan hasil pre-test dan post-test memperoleh skor N-gain sebesar 0,76 yang terkategori tinggi. Berdasarkan hasil tersebut, dapat disimpulkan bahwa E-Book berbasis PjBL yang dikembangkan dinyatakan valid, praktis, dan efektif untuk layak digunakan dalam pembelajaran serta mampu melatihkan keterampilan berpikir kritis siswa.