Articles
<![CDATA[ANALISIS GEN HAEMAGGLUTININ PADA VIRUS CAMPAK LIAR ]]>
<![CDATA[Subangkit, Subangkit]]>;
<![CDATA[Mursinah, Mursinah]]>;
<![CDATA[Bela, Budiman]]>;
<![CDATA[Ibrahim, Fera]]>
<![CDATA[ Media Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Vol 25, No 1 Mar (2015) ]]>
Publisher : <![CDATA[Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
Full PDF (360.115 KB)
<![CDATA[AbstrakPenyakit Campak disebabkan oleh virus campak yang termasuk genus Morbilivirus dan Family Paramyxoviridae. Penyakit campak masih menjadi masalah kesehatan karena masih ditemukan Kejadian Luar Biasa (KLB) di Indonesia. Salah satu penyebab terjadinya KLB tersebut diduga sebagaiakibat perbedaan antigenesitas antara strain vaksin yang digunakan dengan strain virus campak liar yang beredar di Indonesia. Penelitian ini bertujuan mendapatkan gambaran tentang karakteristik genetik gen Haemagglutinin virus campak liar yang ada di Indonesia. Spesimen yang digunakan sebanyak 27 isolat virus penyebab KLB dari 17 propinsi selama periode tahun 2003-2010. Isolat virus dilakukan pemeriksaan secara RT-PCR dan sekuensing dengan metode Sanger. Hasil sekuensing dianalisis dengan menggunakan perangkat lunak Bioedit 7.0 dan MEGA 4.0. Hasil penelitian didapatkan perbedaan 10 asam amino antara virus campak strain vaksin CAM-70 dan virus campak liar pada posisi D416N; K424T; V451M; N455T; V466I; I473T; F476L; Y481S atau Y481N; H495N; G505D. Kesimpulan penelitian ini adalah terdapat perbedaan karakteristik genetik antara virus campak liar di Indonesia berbeda dengan strain virus vaksin CAM-70.Kata kunci : Campak, Analisis Molekuler, Hemagglutinin, CD46AbstractMeasles is caused by virus belonging to the genus Morbilivirus and Family Paramyxoviridae. Measles is still a public health problem because outbreak of measles still found in Indonesia. Outbreak is suspected as a result of differences in antigenicity between vaccine strains used with wild-type measles virus strains circulating in Indonesia. This study aims to get genetic characteristics of wild-type measles virus haemagglutinin gene in Indonesia. The specimens were used 27 viral isolates from 17 provinces period 2003-2010. Viral isolates examined by RT-PCR and sequencing with Sanger method. Sequencing analysis were conducted using Bioedit 7.0 and MEGA 4.0 software. The results showed 10 amino acid differences between the vaccine strain measles virus CAM-70 and wild-type measles virus in position D416N; K424T; V451M; N455T; V466I; I473T; F476L; Y481S or Y481N; H495N; G505D. Conclusion: There is a difference between the genetic characteristics of wild-type measles virus in Indonesia and vaccine strain CAM-70.Keywords : Measles, Molecular Analisys, Haemagglutinin, CD46]]>
<![CDATA[Teknik reverse transcription – polymerase chain reaction (RT-PCR) dan hibridisasi dot blot dengan pelacak DNA untuk deteksi human immunodeficiency virus (HIV) dalam serum darah ]]>
<![CDATA[Rosilawati, Maria Lina]]>;
<![CDATA[Bela, Budiman]]>
<![CDATA[ Universa Medicina Vol 26, No 3 (2007) ]]>
Publisher : <![CDATA[Faculty of Medicine, Trisakti University ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.18051/UnivMed.2007.v26.111-119
<![CDATA[LATAR BELAKANGTeknik biologi molekuler seperti teknik reverse transcription – polymerase chain reaction (RT-PCR) dot blot hybridization dengan pelacak DNA berlabel biotin dapat mendeteksi human immunodeficiency virus (HIV) dalam serum darah. Teknik ini selanjutnya dapat diterapkan untuk skrining HIV donor jaringan biologi terutama dari Bank Jaringan Riset Badan Tenaga Nuklir Nasional (BATAN), seperti amnion, allograft steril radiasi, melalui darahnya. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan sensitivitas metode RT-PCR hibridisasi dot blot dengan pelacak DNA berlabel biotin dan RT-PCR elektroforesis gel agarosa untuk deteksi HIV.METODEPenelitian ini menggunakan serum darah dari Rumah Sakit Ketergantungan Obat (RSKO) Fatmawati. Jumlah serum yang dipakai sebanyak 55 sampel terdiri dari 5 sampel negatif HIV hasil uji serologi dengan rapid test dan 50 sampel dengan enzyme linked immunoassay (ELISA). Ekstraksi RNA HIV sampel darah dilaksanakan menggunakan kit RNA viral extraction sedangkan teknik one step RT-PCR digunakan untuk amplifikasi DNA. HASILHasil penelitian menunjukkan pada 55 sampel yang diuji baik dengan teknik RT-PCR elektroforesis gel agarosa maupun RT-PCR hibridisasi dot blot, 43 sampel positif mengandung HIV. Hasil RT-PCR hibridisasi dot blot jauh lebih jelas dibanding dengan RT-PCR-elektroforesis gel agarosa. Hal ini terlihat munculnya dot hitam tebal pada film sedangkan pada gel agarosa pita DNA tampak tipis untuk beberapa sampel positif HIV yang sama KESIMPULANTeknik RT-PCR hibridsasi dot blot dengan pelacak DNA berlabel biotin lebih sensitif dibanding dengan RT-PCR elektroforesis gel agarosa untuk mendeteksi HIV.]]>
<![CDATA[DETEKSI MUTASI GEN KATG MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS DENGAN METODE PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) - HIBRIDISASI DOT BLOT MENGGUNAKAN PELACAK OLIGONUKLEOTIDA BERTANDA 32 ]]>
<![CDATA[Maria Lina R.]]>;
<![CDATA[Budiman Bela]]>;
<![CDATA[Andi Yasmon]]>
<![CDATA[ Jurnal Ilmiah Aplikasi Isotop dan Radiasi Vol 5, No 1 (2009): Juni 2009 ]]>
Publisher : <![CDATA[BATAN ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.17146/jair.2009.5.1.525
<![CDATA[Penanganan dan pengendalian penyakit tuberkulosis (TB), penyakit yang disebabkan kuman M. tuberculosis, menjadi semakin sulit dengan meningkatnya kasus resistensi kuman penyebab terhadap obat anti tuberkulosis (oat) sepertiisoniazid. Resistensi dapat terjadi karena penggunaan obat yang tidak tepat dan tidak teratur, sehingga menimbulkan mutasi pada gen yang mengkode/menyandi target oatseperti gen katG (katalase peroxidase G) untuk isoniazid. Teknik biologi molekuler seperti PCR dilanjutkan dengan hibridisasi dot blot dengan pelacak oligonukleotida berlabel radioisotop merupakan teknik deteksi cepat adanya mutasi pada gen tersebut. Percobaan ini bertujuan menerapkan teknik PCR-hibridisasi dot blot dengan pelacak oligonukleotida bertanda radioisotop (32P) untuk mendeteksi adanya mutasigen katG pada kodon 315 yang menyebabkan M. tuberculosis resisten terhadap isoniazid. Dalam penelitian ini digunakan 89 contoh sputum dan kuman standar M. tuberculosis H37Rv. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan metode BOOMuntuk contoh sputum dan metode fenol kloroform untuk kuman standar. Primer oligonukleotida yang dipakai untuk proses PCR adalah Pt8 & Pt9 untuk mendeteksi Mycobacterium penyebab tuberkulosis dan RTB 59 & RTB36 untuk mendeteksi keberadaan gen katG, yang masing-masing dirancang dari daerah pada sekuens sisipan IS6110 dan gen katG M. tuberculosis. Hasil PCR dideteksi dengan teknik elektroforesis gel agarosa. Metode hibridisasi dot blot dengan pelacak oligonukleotida 315 mu bertanda radioisotop 32P, dilaksanakan untuk mengetahui adanya mutasi gen katG dari hasil PCR dengan primer RTB59 & RTB36. Proses PCR dengan primer Pt8dan Pt9 menunjukkan hasil positif untuk semua contoh sputum yang menyatakan sputum mengandung Mycobacterium penyebab tuberkulosis. Hasil proses hibridisasi dot blot dengan pelacak oligonukleotida 315 mu bertanda 32P, memperlihatkan, 11 strain dari 89 strain M. tuberculosis pada contoh sputum, mengalami mutasi pada kodon 315 dari gen katG. Berdasarkan hasil tersebut, dapat dinyatakan bahwa teknik PCR-hibridisasi dot blot dengan pelacak oligonukleotida bertanda 32P adalah metode yang cepat, spesifik, dan sensitif untuk mendeteksi adanya mutasi gen katG M. tuberculosis yang berkaitan dengan resistensinya terhadap isoniazid.]]>
<![CDATA[Five Unique Amino Acid Residues of Hemagglutinin (HA) Proteins of Swine Influenza A (H1N1) Detected in 2009 in Jakarta, Indonesia ]]>
<![CDATA[ANDI YASMON]]>;
<![CDATA[YULIANTY MUHAYAR]]>;
<![CDATA[VIVI SETIAWATY]]>;
<![CDATA[BETI ERNAWATI DEWI]]>;
<![CDATA[BUDIMAN BELA]]>;
<![CDATA[FERA IBRAHIM]]>
<![CDATA[ Microbiology Indonesia Vol. 6 No. 2 (2012): June 2012 ]]>
Publisher : <![CDATA[Indonesian Society for microbiology ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
Full PDF (669.535 KB)
|
DOI: 10.5454/mi.6.2.3
<![CDATA[Nine HA genes of influenza A (H1N1) viruses originating from swine which were detected in 2009 in Jakarta, Indonesia, were characterized in this study. Nasopharyngeal and/or pharyngeal samples were extracted to obtain viral RNA genomes. Amplification of the HA segment was performed by using the reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR), and followed by nested PCR in cases of RT-PCR negative. DNA sequencing was performed by using eight overlapping primers. All the Jakarta strains were closely related to vaccine strain A/California/07/2009. Nine amino acid changes were found in the Jakarta strains, and 5 (P100S, S220T, G239D, R240Q, and I338V) of those were unique to all Jakarta strains with respect to strain A/California/07/2009 used to produce vaccine. An I338V substitution was detected in a cleavage site of HA and no amino acid changes were detected in potential sites for N-linked glycosylation. For seven sites (positions 131, 158, 160, 183, 187, 222, and 227) playing an important role in viral attachment to host receptor, none of the expected amino acid changes was detected; however, a S220T substitution close to amino acid 222 was found in all the Jakarta strains. All amino acid changes potentially affect the pathogenicity of the viruses and the efficacy of strain A/California/07/2009 in neutralizing the Jakarta strains.]]>
<![CDATA[Konstruksi Plasmid Pengekspresi Antigen Rekombinan HCV Berbasis Multiepitop untuk Deteksi Antibodi Anti-HCV ]]>
<![CDATA[Dian Amirulloh]]>;
<![CDATA[Silvia Tri Widyaningtyas]]>;
<![CDATA[Budiman Bela]]>
<![CDATA[ Media Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Vol 28 No 3 (2018) ]]>
Publisher : <![CDATA[Sekretariat Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.22435/mpk.v28i3.39
<![CDATA[AbstractHepatitis C virus (HCV) infection can cause chronic liver disease that develops into cirrhosis and liver cancer. It is estimated that are more than 170 million of th world’s population suffering from HCV. Accurate diagnosis is needed to provide appropriate early treatmen, including preventing further transmission of the virus. The purpose of this study was to construct plasmid expression of recombinant antigen for detection of anti-HCV antibodies. The antigen coding gene is designed so that is composed to epitopes that are immunodominant, sustainable and and represent HCV subtypes circulating in Indonesia and globally. Furthermore, the gene was made by synthetic DNA techniques by DNA synthesis service providers and accepted by the researchers in the form of blinding on the PUC57 plasmid to pQE80L plasmid with BamHI and HindIII cloning sites. Subcloned recombinant plasmids were then propagated on Top10 Escherichia coli cells and verified by PCR colony tecnique, restriction, and sequencing analysis. HCV recombinant antigen coding gene is 1200 bp. Cloning of these gene on the PUC57 vector produced a plasmid pUC57-HCV_ME (3910 bp) and subcloned in the pQE80L vector producing pQE80L-HCV_ME plasmid (5909bp). Based on verification results of pQE80L-HCV_ME plasmid the expression of recombinant antigen for detection of anti-HCV antibodies has been successfully constructed. AbstrakInfeksi hepatitis C virus (HCV) dapat menyebabkan penyakit hati kronis yang berkembang menjadi sirosis dan kanker hati. Diperkirakan terdapat lebih dari 170 juta penduduk dunia menderita HCV. Diagnosis yang akurat diperlukan untuk memberikan penanganan tepat secara dini, termasuk mencegah penularan virus tersebut lebih lanjut. Tujuan penelitian ini adalah mengonstruksi plasmid pengekspresi antigen rekombinan untuk deteksi antibodi anti-HCV. Gen pengode antigen tersebut dirancang sedemikian rupa sehingga tersusun atas epitop yang bersifat imunodominan, lestari, serta mewakili subtipe HCV yang bersirkulasi di Indonesia maupun global. Selanjutnya gen tersebut dibuat dengan teknik DNA sintetik oleh perusahaan penyedia jasa sintesis DNA dan diterima oleh peneliti dalam bentuk terklona pada plasmid pUC57. Untuk ekspresi pada sel Escherichia coli, gen penyandi antigen rekombinan disubklona dari plasmid pUC57 ke plasmid pQE80L dengan situs pengklonaan BamHI dan HindIII. Plasmid rekombinan hasil subklona kemudian dipropagasi pada sel Escherichia coli Top10 dan diverifikasi dengan teknik PCR koloni, analisis dengan enzim restriksi dan sekuensing. Gen penyandi antigen rekombinan HCV berbasis epitop multipel (HCV_ME) berukuran 1200 pb. Pengklonaan gen tersebut pada vektor pUC57 menghasilkan plasmid pUC57-HCV_ME (3910 pb) dan subklona pada vektor pQE80L menghasilkan plasmid pQE80L-HCV_ME (5909 pb). Berdasarkan pada hasil verifikasi plasmid pQE80L-HCV_ME pengekspresi antigen rekombinan untuk deteksi antibodi anti-HCV telah berhasil dikonstruksi.]]>
<![CDATA[Konstruksi Plasmid Rekombinan untuk Inisiasi Translasi Enhance Green Fluorescent Protein oleh Internal Ribosomal Entry Site HIV-1 ]]>
<![CDATA[Cintera Rahmagiarti]]>;
<![CDATA[Silvia Tri Widyaningtyas]]>;
<![CDATA[Budiman Bela]]>
<![CDATA[ Media Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Vol 28 No 2 (2018) ]]>
Publisher : <![CDATA[Sekretariat Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.22435/mpk.v28i2.181
<![CDATA[Human immunodeficiency virus (HIV) is a virus that causes acquired immunodeficiency virus syndrome (AIDS). The HIV genome has a cap structure at 5’ and polyadenylation at 3’ on mRNA resulting in a translation initiation through scanning at 5'untranslated region (UTR). The Vpr protein produced during viral replication causes the 5'cap scanning to be inhibited so HIV-1 can directly recruit the ribosome at the start codon via internal ribosomal entry site (IRES). IRES activity is high at G2/M phase and highest expression in monocyte cell line (THP-1) and lymphocyte (HPB-ALL). The role of HIV IRES however, is not yet known in infection of nondividing cells by HIV-1. HIV-1 IRES and egfp from pcDNA5FRT/TO were amplified with PCR. The insert DNA (HIV-1 IRES_egfp) and pcDNA3.1(+) were digested with EcoRI and ApaI and then ligated. The verification was performed with PCR colonies, restriction verification, and sequencing. The size of insert DNA is 1067 bp while the vector is 5379 bp. E. coli transformed with DNA ligation produces 70 colonies, control of ligation produces 5 colonies, and negative control didn’t grow. 19 colonies contain recombinant DNA, restriction verification was of the appropriate size, and the sequence verification didn’t find any mutation. Therefore, the subcloning process pcDNA3.1_IRES HIV-1_egfp was successfully performed. Abstrak Human immunodeficiency virus (HIV) merupakan virus penyebab acquired immunodeficiency virus syndrome (AIDS). Genom HIV memiliki struktur cap di 5’ dan poliadenilasi di 3’ mRNA sehingga proses inisiasi translasi melalui pemindaian 5’cap pada struktur untranslated region (UTR) di 5’ mRNA HIV. Protein Vpr yang dihasilkan selama replikasi virus menyebabkan pemindaian melalui 5’cap terhambat sehingga HIV-1 dapat langsung merekrut ribosom pada kodon awal translasi melalui struktur internal ribosomal entry site (IRES). Aktivitas IRES tinggi pada fase G2/M dan ekspresi gen tinggi pada sel line monosit (THP-1) dan limfosit (HPB-ALL). Namun, peran IRES HIV-1 belum diketahui pada sel tidak membelah yang merupakan sel target pada infeksi HIV-1. DNA sekuen IRES HIV-1 dan egfp dari pcDNA5FRT/TO diamplifikasi dengan PCR. DNA sisipan (IRES HIV-1_egfp) dan pcDNA3.1(+) dipotong dengan EcoRI dan ApaI lalu DNA sisipan diligasi dengan pcDNA3.1(+). Verifikasi hasil klona dilakukan dengan PCR koloni, verifikasi restriksi, dan sekuensing. Restriksi DNA sisipan menghasilkan pita berukuran 1067 pb. Restriksi vektor plasmid menghasilkan pita berukuran 5379 pb. E.coli yang ditransformasi DNA ligasi menghasilkan 70 koloni, kontrol ligasi 5 koloni, dan kontrol negatif tidak tumbuh. 19 koloni terverifikasi mengandung DNA rekombinan, verifikasi restriksi memiliki ukuran sesuai, dan verifikasi sekuensing tidak terdapat perubahan basa. Oleh karena itu, proses subkloning pcDNA3.1_IRES HIV-1_egfp berhasil dilakukan.]]>
<![CDATA[Konstruksi Plasmid Pengekspresi Antigen Gag dan Protein Penghantar VP22 untuk Pengembangan Vaksin HIV-1 ]]>
<![CDATA[Melinda Remelia]]>;
<![CDATA[Budiman Bela]]>;
<![CDATA[Silvia Tri Widyaningtyas]]>;
<![CDATA[Fera Ibrahim]]>
<![CDATA[ Media Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Vol 31 No 2 (2021) ]]>
Publisher : <![CDATA[Sekretariat Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.22435/mpk.v31i2.3046
<![CDATA[The endogenous HIV-1 vaccine based on Gag protein is expected to stimulate the immune response of CD8+ T cells (cytotoxic). The Gag protein that has been produced by the E.coli prokaryote system is an exogenous antigen. The fusion of VP22 protein is expected to deliver Gag antigen into the cytoplasm of cell, observed by eGFP markers. Sequences of VP22 (114 pb), GagHIV-1 (1506 pb), and eGFP (733 pb) were inserted into the pQE80L, respectively. The recombinant protein was expressed in the E.coli system and purified by the Ni-NTA method. Antigen delivery fused with VP22 and eGFP was observed with fluorescence and confocal microscopy. The recombinant plasmid constructs of protein expression eGFP, VP22-eGFP, GagHIV-1-eGFP, VP22-GagHIV-1-eGFP were verified by DNA sequencing according to the reference. The recombinant plasmid constructs of Gag HIV-1-eGFP and VP22-GagHIV-1-eGFP still need to be optimized so they can be expressed in the E.coli system. The recombinant protein VP22-eGFP (27.02 kDa) was succesfully obtained and fluorescent green (entered) into the cytoplasm and nucleus of vero cells. In addition to the HIV-1 vaccine, this recombinant plasmids pQE80L-eGFP and pQE80L-VP22-eGFP also have the potential to be used as tools in the development of endogenous vaccines for another viruses/microbes. Abstrak Vaksin endogen HIV-1 berbasis protein Gag diharapkan dapat menstimulus respons imun sel T CD8+ (sitotoksik). Protein Gag yang telah diproduksi dengan sistem prokariota E.coli merupakan antigen yang bersifat eksogen. Fusi protein VP22 diharapkan mampumenghantarkan antigen Gag masuk ke sitoplasma sel, diamati dengan marker eGFP. Sekuens VP22 (114 pb), GagHIV1 (1506 pb), dan eGFP (733 pb) telah diinsersikan pada vektor pQE80L. Protein rekombinan diekspresikan pada sistem E.coli dan dipurifikasi dengan metode Ni-NTA. Penghantaran antigen yang difusikan dengan VP22 dan marker eGFP diamati dengan mikroskop fluoresens dan konfokal. Konstruksi plasmid rekombinan pengekspresi protein eGFP, VP22-eGFP, GagHIV1-eGFP, dan VP22-GagHIV1-eGFP telah diverifikasi dengan sekuensing DNA sesuai dengan sekuen referensi. Plasmid rekombinan pengekspresi GagHIV1-eGFP dan VP22-GagHIV1-eGFP masih perlu dioptimasi agar dapat diekspresikan di sistem E.coli. Protein rekombinan VP22-eGFP (27,02 kDa) telah berhasil diperoleh serta berpendar fluoresens hijau (masuk) ke sitoplasma dan nukleus sel vero. Selain vaksin HIV-1, plasmid rekombinan pQE80L-eGFP dan pQE80L-VP22-eGFP juga berpotensi dapat digunakan sebagai ‘tools’ dalam pengembangan vaksin endogen dari virus atau mikroba lainnya.]]>
<![CDATA[Construction of plasmids expressing recombinant B cell epitopes of PD1 ]]>
<![CDATA[Sofy Meilany]]>;
<![CDATA[Andrijono Andrijono]]>;
<![CDATA[Pauline Phoebe Halim]]>;
<![CDATA[Budiman Bela]]>
<![CDATA[ Health Science Journal of Indonesia Vol 10 No 1 (2019) ]]>
Publisher : <![CDATA[Sekretariat Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.22435/hsji.v10i1.1848
<![CDATA[Latar Belakang: Pengobatan kanker di Indonesia umumnya menggunakan pengobatan dengan kemoterapi atau dengan operasi. Efek samping dari pengobatan ini antara lain adalah kerontokan rambut, mual dan penurunan berat badan. Saat ini sedang berkembang alternatif terapi kanker dengan menggunakan immunoterapi. Kemampuan sel kanker untuk menghindar dari sistem imun disebabkan adanya protein PD-1 pada sel T yang berikatan dengan ligannya PD-L1. Metode: Penelitian ini merupakan penelitian awal yaitu pembuatan rekombinan PQE PD-1 dan menggunakan bagian soluble dari PD-1 yang disebut dengan EP2PD1 yang akan digunakan untuk pembuatan antibodi monoklonal dan sistem pendeteksi antibodi monoklonal. Metode pembuatan rekombinan PD-1 dan EP2PD1 dengan cara penentuan sekuens epitop sel B yang paling imunogenik dilanjutkan dengan amplifikasi sekuen tersebut dengan PCR dan diligasi ke vektor pengekspresi PQE80. Hasil: Telah terbentuk konstruksi rekombinan PQE80 PD-1 dan PQEEP2PD1 yang diverifikasi menggunakan PCR koloni, pemotongan enzimatik dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa epitop PD1 telah terklona ke PQE 80 dan tidak ditemukan mutasi dalam urutan asam amino. Kesimpulan: Konstruksi yang dibuat tidak mempunya mutasi dan dapat dilanjutkan untuk pembuatan antibodi monoklonal. Kata Kunci: PD1, Epitop, Kanker, Immunotherapy Abstract Background: Medications on cancer to date in Indonesia is mostly by surgical or chemotherapy, this type of medications is not always curing the patients. The side effect of the chemotherapy drugs sometimes more challenging such as hair loss, nausea and lost weight. One of the promising targets for cancer is using immune therapy. Cancer cells can avoid immune response by surprising immunity through activation of specific inhibitory signalling pathways, referred to as immune checkpoints. Immune check points like PD-1, PD-L1 are breakthrough therapies in oncology and this monoclonal antibody have been approved by the FDA for treatment. In this research we develop full PD-1 and part of PD1 sequence as an insert then we construct with plasmid PQE80L. This recombinant called PQE PD-1 and PQEEP2PD1. The aim of this study is to make recombinant which would be used to detect PD1 full clone monoclonal antibodies. Methods: In this study, we designed our recombinants using Indonesian HLA and others using in silico models, this prototype will not only cover Indonesian patients but also other country. Results: The result showed that the epitope sequence of PD1 has been clone to PQE 80 wt and verified using colony PCR, Enzyme Digestion and Sanger Sequencing. The Clone than will be expressed and injected to animal model to produce antibody. Conclusion: Construction of recombinant PQE PD-1 and PQE EP2PD1 are constructed without any mutation in the sequence, this recombinant can be used in the next study for protein expression of PQE PD-1 and PQE EP2PD1. Keywords: PD1, Epitope , Cancer, Immunotherapy]]>
<![CDATA[Cloning and expression of Human Papilloma virus type 16 L1 capsid protein in bacteria ]]>
<![CDATA[Silvia Tri Widyaningtyas]]>;
<![CDATA[Sofy Meilany]]>;
<![CDATA[Budiman Bela]]>
<![CDATA[ Health Science Journal of Indonesia Vol 10 No 2 (2019) ]]>
Publisher : <![CDATA[Sekretariat Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
DOI: 10.22435/hsji.v12i2.2442
<![CDATA[Latar belakang: Secara alamiah protein kapsid L1 Human Papillomavirus (HPV) tipe 16 dapat mengalami auto assembly untuk membentuk Viral like particle (VLP). Terkait dengan penelitian vaksin HPV, VLP dapat digunakan untuk berbagai keperluan seperti vaksin, pseudovirion atau SpyTag-Spycatcher. Penelitian ini ditujukan untuk mendapatkan plasmid rekombinan yang digunakan untuk produksi protein L1 HPV 16. Metode: Gen penyandi protein L1 HPV 16 diklona ke dalam vector pQE80L, suatu plasmid yang mengandung sistem ekspresi untuk prokariota. DNA penyandi HPV 16 L1 disisipkan pada situs restriksi BamHI dan Hind III plasmid pQE80L. Plasmid rekombinan yang mengandung gen L1 HPV 16dikonfirmasi menggunakan PCR dan analisis enzim restriksi. Lebih lanjut untuk memastikan bahwa gen rekombinan L1 HPV 16 dapat diekspresikan dalam prokariota, plasmid rekombinan ditransformasikan ke bakteri Escherichia coli BL21 (DE3). Bakteri diinduksi dengan Isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG) dengan berbagai konsentrasi dan berbagai waktu inkubasi. Hasil: protein rekombinan L1, berat 56 kDa, telah berhasil diekspresikan dalam sistem prokariota. Protein rekombinan L1 dapat dimurnikan menggunakan TalonR dalam kondisi denaturasi. Kesimpulan: gen L1 HPV 16 telah dikloning ke dalam pQE80L dan berhasil diekspresikan dalam sistem prokariota. (Health Science Journal of Indonesia 2019;10(2):82-9) Kata kunci: L1, HPV 16, cervical cancer Abstract Background: Naturally Human Papillomavirus (HPV) type 16 L1 capsid protein can auto assemble to form Viral like particles (VLP). Concerning to vaccine development for HPV, VLP can be used for a variety of needs such as a vaccine, pseudovirion or SpyTag-Spycatcher. In this study, to obtain a vector expression that can be used in the production of HPV L1 protein, we cloned gene coding HPV 16 L1 protein into pQE80L a plasmid contains an expression system for prokaryote. Methods: The DNA coding HPV 16 L1 was inserted at BamHI and Hind III restriction sites of pQE80L plasmid. The recombinant plasmid containing the HPV L1 gene was confirmed using PCR colony and enzyme restriction. Further to ensure the recombinant HPV 16 L1 gene could be expressed in a prokaryote, the recombinant plasmid was transformed into bacteria Escherichia coli BL21 (DE3). The bacteria were induced with IPTG with various concentrations and various incubation time. Result: L1 recombinant protein, 56 kDa in weight, has successfully been expressed in prokaryote system. L1 recombinant protein can be purified using TalonR under denaturing conditions. Conclusion: L1 HPV 16 gene has been cloned into pQE80L and successfully expressed in prokaryote system. (Health Science Journal of Indonesia 2019;10(2):82-9) Keywords: L1, HPV 16, cervical cancer]]>
<![CDATA[Deteksi Acinetobacter baumannii Multiresisten Obat Penghasil Biofilm menggunakan Pewarnaan Berbasis Crystal Violet ]]>
<![CDATA[Ardiana Kusumaningrum]]>;
<![CDATA[Iin Maemunah]]>;
<![CDATA[Dimas Seto Prasetyo]]>;
<![CDATA[Fera Ibrahim]]>;
<![CDATA[Budiman Bela]]>
<![CDATA[ The Indonesian Journal of Infectious Diseases Vol 5, No 2 (2019): The Indonesian Journal of Infectious Disease ]]>
Publisher : <![CDATA[Rumah Sakit Penyakit Infeksi Prof Dr. Sulianti Saroso ]]>
Show Abstract
|
Download Original
|
Original Source
|
Check in Google Scholar
|
Full PDF (120.703 KB)
|
DOI: 10.32667/ijid.v5i2.86
<![CDATA[Pendahuluan: Kasus infeksi terkait biofilm merupakan masalah besar pada dunia kesehatan karena sifat kekebalannya terhadap antibiotik dan respon imun, terutama pada kasus infeksi kronik akibat Acinetobacter baumannii. Saat ini terdapat berbagai metode deteksi pembentukan biofilm, namun pemeriksaan tersebut belum dilakukan secara rutin karena berbagai keterbatasan. Oleh karena itu, perlu dilakukan optimasi metode deteksi biofilm menggunakan bahan yang rutin tersedia di laboratorium serta mengukur proporsi sampel yang mengandung bakteri penghasil biofilm Metode: Desain penelitian ini adalah uji eksperimental. Pada penelitian ini dilakukan pengembangan deteksi pembentukan biofilm menggunakan metoda tabung microcentrifuse tube 1,5 ml berbahan polypropylene dengan zat warna berbasis crystal violet konsentrasi 0,1% dan 1%. Optimasi yang dilakukan meliputi media biakan, lama inkubasi, inokulum bakteri yang digunakan serta bahan pembilas. Isolat bakteri Pseudomonas aeruginosa ATCC 10145, A. baumannii ATCC 19606 dan Staphylococcus aureus ATCC 25923 digunakan sebagai kontrol positif dan kontrol negatif pemeriksaan yang dilakukan. Hasil: Pemeriksaan optimasi yang dilakukan, diperoleh kondisi optimal pembentukan biofilm menggunakan media Luria Bertani dengan besar inokulum 1 sengkelit penuh, lama inkubasi 30 jam dan pewarnaan dilakukan menggunakan crystal violet 0,1% serta bahan pembilas berupa PBS steril. Proporsi pembentukan biofilm pada A. baumannii multiresisten obat sebesar 55,3%. Kesimpulan: Metode deteksi pembentukan biofilm menggunakan metode tabung polypropylene yang dimodifikasi dan pewarnaan zat warna crystal violet 0,1% merupakan metode deteksi yang mudah dikerjakan, reproducible dan efisien, sehingga dapat dilakukan di laboratorium mikrobiologi klinik sederhana. Proporsi bakteri penghasil biofilm adalah lebih dari 50% A. baumannii resisten multiobat.]]>
