Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
4.073
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Agronomi Indonesia (Indonesian Journal of Agronomy) Buletin Agrohorti Jurnal Ilmu Pertanian Indonesia Jurnal Fitopatologi Indonesia Jurnal Hortikultura Indonesia (JHI) Agrovigor: Jurnal Agroekoteknologi Jurnal Hortikultura Jurnal Agroekoteknologi Buletin Kebun Raya BERITA BIOLOGI JURNAL HAMA DAN PENYAKIT TUMBUHAN TROPIKA Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Jurnal Penelitian Kelapa Sawit Journal of Tropical Crop Science JURNAL BUDIDAYA PERTANIAN Berkala Penelitian Agronomi Buletin Palma Jurnal Sains Agro Indonesian Journal of Applied Research (IJAR) International Journal of Agriculture System
Diny Dinarti
Departemen Agronomi Dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor (Bogor Agricultural University), Jl. Meranti, Kampus IPB, Darmaga, Bogor 16680, Indonesia
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Computer Science & IT Economics, Econometrics & Finance Immunology & microbiology Medicine & Pharmacology

Published : 51 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 3 Documents
Search
Journal : Jurnal Bioteknologi

 1 
ANALISIS BIOINFORMATIKA BERBASIS WEB PADA SEKUEN GENOM PARSIAL SAGU (Metroxylon sagu Rottb.) Purwoko, Devit; Cartealy, Imam Civi; Tajuddin, Teuku; Dinarti, Diny; Sudarsono, Sudarsono
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol 5, No 1 (2018): June 2018
Publisher : Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1161.678 KB) | DOI: 10.29122/jbbi.v5i1.2878

Abstract

WEB-based bioinformatic analysis on partial genome sequence of Sago (Metroxylon sagu Rottb.)ABSTRACTSago genome sequencing analysis is still very limited. This study is a preliminary study of sago sequence analysis obtained from NGS technology to understand and identify new genetic sequences that have homology to genes in the NCBI database. Sequences were analyzed using Blast2Go to determine the genetic function annotation, putative gene identification was performed on the Arabidopsis database using the BLASTx program with a 10-3 e-value limit on The Arabidopsis Information Resource (TAIR) (http://www.arabidopsis.org/index.jsp). Gene interactions were analyzed using DAVID and GeneMania programs. Based on sequence analysis with Blast2Go, 33 sequences with Blastx hit consisting of: 29 sequences had a high homology. The sago sequences with a similarity of ≥ 90% are glutamate decarboxylase and HT1-like serine threonine kinase with hit number 10. The distribution of interactions between genes from GeneMania analysis is known to be mostly interconnected in the 65.13% protein domain, predicted 19.83%, genes with 14.47% shared expression and the remaining 0.57% had localization together.Keywords: bioinformatics, gene annotation, gene ontology, genome sequence, Metroxylon sagu ABSTRAKKajian analisis sekuen genom sagu hingga saat ini masih amat terbatas. Penelitian ini merupakan riset pendahuluan analisis sekuen sagu yang diperoleh dari teknologi NGS untuk mengetahui dan mengidentifikasi sekuen gen baru yang memiliki homologi dengan gen pada database NCBI. Sekuen dianalisis menggunakan perangkat Blast2Go untuk mengetahui anotasi fungsional gen, identifikasi gen putatif dilakukan terhadap database Arabidopsis menggunakan program BLASTx dengan batas e-value 10-3 pada The Arabidopsis Information Resource (TAIR). Interaksi gen dianalisis menggunakan program DAVID dan GeneMania. Berdasarkan analisis sekuen dengan Blast2Go, diperoleh 33 sekuen dengan Blastx hit yang terdiri atas: 29 sekuen memiliki homologi yang tinggi. Gen dengan rataan kemiripan ≥ 90% adalah glutamate decarboxylase dan serine threonine-kinase HT1-like dengan jumlah hit 10. Persebaran interaksi antar gen hasil analisis GeneMania diketahui sebagian besar saling terkait pada domain protein 65,13%, koneksi yang berhasil diprediksi 19,83%, gen dengan ekspresi bersama 14,47% dan sisanya 0,57% memiliki peranan bersama. Kata Kunci: anotasi gen, bioinformatika, Metroxylon sagu, ontologi gen, sekuen genome 
ANALISIS BIOINFORMATIKA BERBASIS WEB PADA SEKUEN GENOM PARSIAL SAGU (Metroxylon sagu Rottb.) Purwoko, Devit; Cartealy, Imam Civi; Tajuddin, Teuku; Dinarti, Diny; Sudarsono, Sudarsono
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol. 5 No. 1 (2018): June 2018
Publisher : Balai Bioteknologi, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1161.678 KB) | DOI: 10.29122/jbbi.v5i1.2878

Abstract

WEB-based bioinformatic analysis on partial genome sequence of Sago (Metroxylon sagu Rottb.)ABSTRACTSago genome sequencing analysis is still very limited. This study is a preliminary study of sago sequence analysis obtained from NGS technology to understand and identify new genetic sequences that have homology to genes in the NCBI database. Sequences were analyzed using Blast2Go to determine the genetic function annotation, putative gene identification was performed on the Arabidopsis database using the BLASTx program with a 10-3 e-value limit on The Arabidopsis Information Resource (TAIR) (http://www.arabidopsis.org/index.jsp). Gene interactions were analyzed using DAVID and GeneMania programs. Based on sequence analysis with Blast2Go, 33 sequences with Blastx hit consisting of: 29 sequences had a high homology. The sago sequences with a similarity of ≥ 90% are glutamate decarboxylase and HT1-like serine threonine kinase with hit number 10. The distribution of interactions between genes from GeneMania analysis is known to be mostly interconnected in the 65.13% protein domain, predicted 19.83%, genes with 14.47% shared expression and the remaining 0.57% had localization together.Keywords: bioinformatics, gene annotation, gene ontology, genome sequence, Metroxylon sagu ABSTRAKKajian analisis sekuen genom sagu hingga saat ini masih amat terbatas. Penelitian ini merupakan riset pendahuluan analisis sekuen sagu yang diperoleh dari teknologi NGS untuk mengetahui dan mengidentifikasi sekuen gen baru yang memiliki homologi dengan gen pada database NCBI. Sekuen dianalisis menggunakan perangkat Blast2Go untuk mengetahui anotasi fungsional gen, identifikasi gen putatif dilakukan terhadap database Arabidopsis menggunakan program BLASTx dengan batas e-value 10-3 pada The Arabidopsis Information Resource (TAIR). Interaksi gen dianalisis menggunakan program DAVID dan GeneMania. Berdasarkan analisis sekuen dengan Blast2Go, diperoleh 33 sekuen dengan Blastx hit yang terdiri atas: 29 sekuen memiliki homologi yang tinggi. Gen dengan rataan kemiripan ≥ 90% adalah glutamate decarboxylase dan serine threonine-kinase HT1-like dengan jumlah hit 10. Persebaran interaksi antar gen hasil analisis GeneMania diketahui sebagian besar saling terkait pada domain protein 65,13%, koneksi yang berhasil diprediksi 19,83%, gen dengan ekspresi bersama 14,47% dan sisanya 0,57% memiliki peranan bersama. Kata Kunci: anotasi gen, bioinformatika, Metroxylon sagu, ontologi gen, sekuen genome 
ANALISIS BIOINFORMATIKA BERBASIS WEB PADA SEKUEN GENOM PARSIAL SAGU (Metroxylon sagu Rottb.) Devit Purwoko; Imam Civi Cartealy; Teuku Tajuddin; Diny Dinarti; Sudarsono Sudarsono
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol. 5 No. 1 (2018): June 2018
Publisher : Balai Bioteknologi, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1161.678 KB) | DOI: 10.29122/jbbi.v5i1.2878

Abstract

WEB-based bioinformatic analysis on partial genome sequence of Sago (Metroxylon sagu Rottb.)ABSTRACTSago genome sequencing analysis is still very limited. This study is a preliminary study of sago sequence analysis obtained from NGS technology to understand and identify new genetic sequences that have homology to genes in the NCBI database. Sequences were analyzed using Blast2Go to determine the genetic function annotation, putative gene identification was performed on the Arabidopsis database using the BLASTx program with a 10-3 e-value limit on The Arabidopsis Information Resource (TAIR) (http://www.arabidopsis.org/index.jsp). Gene interactions were analyzed using DAVID and GeneMania programs. Based on sequence analysis with Blast2Go, 33 sequences with Blastx hit consisting of: 29 sequences had a high homology. The sago sequences with a similarity of ≥ 90% are glutamate decarboxylase and HT1-like serine threonine kinase with hit number 10. The distribution of interactions between genes from GeneMania analysis is known to be mostly interconnected in the 65.13% protein domain, predicted 19.83%, genes with 14.47% shared expression and the remaining 0.57% had localization together.Keywords: bioinformatics, gene annotation, gene ontology, genome sequence, Metroxylon sagu ABSTRAKKajian analisis sekuen genom sagu hingga saat ini masih amat terbatas. Penelitian ini merupakan riset pendahuluan analisis sekuen sagu yang diperoleh dari teknologi NGS untuk mengetahui dan mengidentifikasi sekuen gen baru yang memiliki homologi dengan gen pada database NCBI. Sekuen dianalisis menggunakan perangkat Blast2Go untuk mengetahui anotasi fungsional gen, identifikasi gen putatif dilakukan terhadap database Arabidopsis menggunakan program BLASTx dengan batas e-value 10-3 pada The Arabidopsis Information Resource (TAIR). Interaksi gen dianalisis menggunakan program DAVID dan GeneMania. Berdasarkan analisis sekuen dengan Blast2Go, diperoleh 33 sekuen dengan Blastx hit yang terdiri atas: 29 sekuen memiliki homologi yang tinggi. Gen dengan rataan kemiripan ≥ 90% adalah glutamate decarboxylase dan serine threonine-kinase HT1-like dengan jumlah hit 10. Persebaran interaksi antar gen hasil analisis GeneMania diketahui sebagian besar saling terkait pada domain protein 65,13%, koneksi yang berhasil diprediksi 19,83%, gen dengan ekspresi bersama 14,47% dan sisanya 0,57% memiliki peranan bersama. Kata Kunci: anotasi gen, bioinformatika, Metroxylon sagu, ontologi gen, sekuen genome 
Co-Authors , Krisantini Agus Purwito Ali Husni Anas Dinurrohman Susila Aqlima , Aqlima, nFN Arfan Nazhri Simamora Arfan Nazhri Simamora ARSYAD, MIRZA ARSIATY ASMONO, DWI Awang Maharijaya Aziz, Sandra Arifin Azzahra, Elmi Irmayanti Bambang S. Purwoko Cartealy, Imam Civi Cartealy, Imam Civi Chitra Priatna Cucun Yuliana Debi Rani Mutiara Dendih Sukmadijaya Devit Purwoko Dodo R. Sastra Donny Hartanto Dwi Murti Puspitaningtyas, Dwi Murti Efendi, Darda Efi Toding Tondok Erviana Eka Pratiwi Fahmi Muhammad Cokrosudibyo Fathur Rahmi, Atika Fatsan, Ahmad Fitri Fatma Wardani Fitri Fatma Wardani Fitri Rachmawati Fitri Yulianti Fitro Adi Cahyo Hailu, Molla Gebreyohannes Halimah Widyaningrum Imam Civi Cartealy Ismail Maskromo Isna Tustiyani Joko Ridho Witono Khairiyah, Hayat Kusumawardani, Annisa Try Marai Rahmawati Maria Utami Dewi Wardhani, Maria Utami Dewi Megayani Sri Rahayu Meliyana Mufa'adi, Ardianto Muhamad Syukur Muhammad Alif Baharudin Muhammad Reza Zakie Nazhira, Amalia Ni Made Armini Wiendi Nurul Khumaida Nurul Khumaida Prabawati Hyunita Putri Purwoko, Bambang Sapto purwoko, devit Purwoko, Devit Rachmani, Inda Hidayati Rahmadara, Gemilang Rahmi Fajri Refa Yulianingsih Rusmiyati, Henny Ryan Budi Setiawan Sandra A. Aziz Sandra Arifin Aziz Sari Nurulita Sari, Dewi Citra Sari, Rahmah Dian Shandra Amarillis Siti Shofiya Nasution Sobir Sobir SRI HENDRASTUTI HIDAYAT Sri Wening Sudarsono Sudarsono Sudarsono Sudarsono Sudarsono Sudarsono Sudarsono SUDARSONO, nFn Sugiyanta Suparjo Syaiful Anwar Syarifah Iis Aisyah Teuku Tajuddin Teuku Tajuddin TINCHE, nFn Ulil Azmi Nurlaili Afifah Urip Sayekti Wening Kusuma Wardani Widaningsih, Ida Wika Anrya Darma, Wika Anrya Willy Bayuardi Suwarno Winarni, Utin Winarso D. Widodo Witono, dan Joko Ridho Yayu Alitalia Yuliana, Cucun Yupi Isnaini Yusnita Sari, Yusnita Yusup Bahrul Ulum