Claim Missing Document
Check
Articles

Found 16 Documents
Search

New Custom Primers for the Detection of SARS-CoV-2 using the Singleplex rRT‒PCR SYBR Green-Based Method with the NSP10 and N genes as Targets Gaffar, Shabarni; Shabrinna, Hanif; Putri, Rafika; Wiraswati, Hesti Lina; Hartati, Yeni Wahyuni; Ishmayana, Safri; Faridah, Lia; Ekawardhani, Savira
Chimica et Natura Acta Vol 13, No 1 (2025)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/cna.v13.n1.53493

Abstract

Although COVID-19 is no longer a global health emergency, rapid, sensitive, and specific detection tests are still needed. In this study, we developed a cost-effective test, the SYBR Green-based rRT‒PCR kit, using new custom primers targeting the N and NSP10 genes of the SARS-CoV-2 virus. The specificity of the designed primers was determined through agarose gel electrophoresis. A standard curve generated from a ten-fold dilution of SARS-CoV-2 RNA was used to determine the efficiency and sensitivity of the kit. Validation of this protocol was carried out on ten clinical specimens. As expected, the results showed that the N and NSP10 gene primers produced 134 and 161 bp products, respectively. The limits of detection and limit of quantification with N gene primers were 7.74 and 23.46 copies/μL, respectively, and those with the NSP10 gene primers were 4.69 and 14.21 copies/μL, with a PCR efficiency of 102.5% and 110.6%, respectively. The validation results with clinical specimens revealed that seven samples were true-positive for COVID-19 (Ct range 15.09–21.33), and three were confirmed to be true-negative. Costs associated with COVID-19 patient testing can be anticipated to decrease with the use of custom primers for the detection of SARS-CoV-2 via the use of the singleplex rRT‒PCR mix SYBR Green.
Pengaruh Perlakuan Awal, Variasi Suhu Pemanasan Serta Inokulasi Terhadap Viskositas Yoghurt Sumeru, Husain Akbar; Latifah, Rina Gaida; Nurrusyda, Fajriana Shafira; Ishmayana, Safri
Kimia Padjadjaran Vol 3, No 1 (2024)
Publisher : Kimia Padjadjaran

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Yoghurt merupakan produk fermentasi susu yang banyak digemari karena cita rasa, tekstur, manfaat kesehatannya serta dapat dikonsumsi oleh individu yang intoleransi laktosa. Mutu yoghurt dinilai berdasarkan beberapa parameter penting yang berkaitan dengan stabilitas dan daya terima produk di masyarakat, salah satunya yaitu viskositas. Viskositas dipengaruhi faktor-faktor seperti proses perlakuan awal pada susu, suhu pemanasan, dan suhu inokulasi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menyelidiki ketiga faktor tersebut terhadap viskositas yoghurt. Parameter penelitian yang digunakan adalah perlakuan awal susu (UHT, pasteurisasi, dan susu murni), suhu pemanasan (60℃, 70℃ dan 80℃), serta suhu inokulasi (30℃, 35℃, dan 40℃). Hasil fermentasi diukur dengan menggunakan viskometer Ostwald, kemudian data dianalisis secara deskriptif dan komparatif. Hasil menunjukkan bahwa suhu pemanasan 80℃ dan suhu inokulasi 40℃ menghasilkan viskositas tertinggi, dengan nilai tertinggi diperoleh pada susu murni sebesar 301,93 cP. Susu pasteurisasi dan UHT menunjukkan nilai viskositas yang lebih rendah, masing-masing 111,79 cP dan 88,82 cP. Penurunan viskositas juga diamati seiring dengan menurunnya suhu pemanasan dan inokulasi. Temuan ini mengindikasikan bahwa perlakuan awal susu dan perlakuan termal yang optimal berperan penting dalam membentuk emulsi yang menentukan kekentalan yoghurt.
Pengaruh Penambahan Psyllium dan Susu Full Cream terhadap Kadar Air dan Abu Produk Yoghurt Safari, Agus; Devi, Puspitasari Rosiana; Horasio, Debora Tamaris; Nurrusyda, Fajriana Shafira; Anggraeni, Nenden Indrayati; Fadhlillah, Muhammad; Soedjanaatmadja, Ukun M. S.; Ishmayana, Safri; Hafiz, Ersanda
Kimia Padjadjaran Vol 1, No 2 (2023)
Publisher : Kimia Padjadjaran

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Yogurt termasuk pangan fungsional, yaitu salah satu pangan yang tidak hanya memenuhi kebutuhan tetapi memiliki fungsi untuk kesehatan tubuh. Yogurt dapat diperoleh dari fermentasi susu oleh bakteri asam laktat yang akan menghasilkan aroma khas, tekstur semi padat dan halus, kompak serta rasa asam yang segar. Kandungan gizi pada yogurt lebih tinggi dibandingkan susu murni karena adanya penambahan zat-zat gizi hasil sintesa mikroba dan kandungan gizi dari mikroba itu sendiri seperti protein, vitamin, asam folat, riboflavin, kalsium serta fosfor. Salah satu karakteristik kualitas yogurt yang paling penting adalah tekstur dan tampak keseluruhan yang sesuai dengan tingkat sineresis yang rendah. Beberapa penelitian menunjukkan bahwa cara untuk memperbaiki keadaan fisik, tekstur, dan reologi dari yogurt adalah dengan menambahkan berbagai bahan penstabil ke dalam susu. Selain penstabil, komponen susu yang berpengaruh pada tekstur yoghurt adalah jumlah lemak yang terkandung didalamnya. Psyllium digunakan bahan penstabil dikarenakan polisakarida pada psyllium ini dapat meningkatkan konsistensi dan stabilitas sistem melalui pembentukan gel yang kuat. Kemudian untuk menambah lemak digunakan susu full cream. Kombinasi kedua variable ini dioptimasi menggunakan Response Surface Method-Central Composite Design (RSM-CCD), kemudian dianalisa kadar lemak dan kadar abunya untuk mengetahui pengaruh psyllium dan susu full cream terhadap sineresis. Melalui penelitian didapatkan hasil kadar air sebesar 70,87% dan kadar abu sebesar 3,96%.
Evaluasi Kandungan Polifenol dan Profil Nutrien Yogurt dengan Penambahan Kulit Buah Naga Merah (Hylocereus polyrhizus) Fadhlillah, Muhammad; Fahruddin, Muhammad Fahmi; Anggraeni, Nenden Indrayati; Ginting, Sani D. R. Br; Soedjanaatmadja, Ukun M. S.; Ishmayana, Safri
Kimia Padjadjaran Vol 3, No 1 (2024)
Publisher : Kimia Padjadjaran

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Yogurt, sebagai susu fermentasi, kaya akan probiotik yang berkontribusi pada kesehatan pencernaan dan metabolisme lipid. Kulit buah naga merah (Hylocereus polyrhizus, KBNM) sebagai limbah yang belum termanfaatkan, mengandung pigmen dan senyawa polifenol alami yang berpotensi meningkatkan nilai fungsional yogurt. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi efek penambahan ekstrak KBNM terhadap kandungan total polifenol (metode Folin–Ciocalteu dengan standar asam askorbat), komposisi nutrien (laktosa, protein, lemak, air, abu), serta kadar asam laktat (titrasi) pada yogurt kontrol dan yogurt yang ditambah ekstrak KBNM. Hasil menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan signifikan antara yogurt kontrol dan yogurt+KBNM untuk kadar polifenol (18,40 vs 18,26 mM), protein (~1,08 %), lemak (~2,80 vs 2,51 % b/v), air (~12 %), dan abu (~12 %). Namun, kadar laktosa dan asam laktat menunjukkan perbedaan yang signifikan, di mana yogurt+KBNM memiliki kadar laktosa lebih tinggi (1,36 vs 0,45 mg/mL) yang berkorelasi dengan kadar asam laktat yang lebih rendah (12,08 vs 18,27 % b/v), menandakan konsumsi laktosa oleh mikroba fermentasi yang lebih sedikit dan produksi asam laktat yang lebih rendah. Hubungan ini konsisten dengan mekanisme metabolisme lactate-producing bacteria yang memfermentasi laktosa menjadi asam laktat dalam yogurt. Fortifikasi dengan ekstrak KBNM pada konsentrasi rendah tidak meningkatkan kadar polifenol maupun nutrien secara signifikan, namun secara signifikan memengaruhi pola metabolisme karbohidrat dan produk asam laktat dalam yogurt.
Deteksi Kontaminasi Babi pada Olahan Daging dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Nurrusyda, Fajriana S; Ishmayana, Safri; Fadhlillah, Muhammad; Safari, Agus; Zamzahra, Salma; Septiana, Reysha A. Q. A.; Wiliandini, Fadilla; Nabila, Najwa; Sumeru, Husain A.; Latifah, Rina G.
Kimia Padjadjaran Vol 1, No 2 (2023)
Publisher : Kimia Padjadjaran

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Kontaminasi daging babi pada produk olahan daging menjadi masalah yang sering terjadi, terutama bagi konsumen yang memerhatikan keyakinan agama atau budaya mereka. Oleh karena itu, deteksi keberadaan kontaminasi daging babi dalam produk olahan daging menjadi penting untuk memastikan keaslian dan keamanan produk tersebut. Dalam beberapa penelitian sebelumnya, metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer cytochrome b banyak digunakan untuk mendeteksi DNA babi karena memiliki kepekaan yang tinggi dalam identifikasi kontaminasi DNA babi pada bahan pangan. Penelitian ini bertujuan untuk menguji metode PCR dalam mendeteksi kontaminasi daging babi pada olahan daging. Sampel yang digunakan adalah bakso sapi dan bakso babi dengan tiga tahapan utama yaitu isolasi DNA, amplifikasi DNA dengan menggunakan PCR, dan visualisasi produk PCR dengan elektroforesis. Berdasarkan hasil yang didapatkan dalam penelitian ini menunjukkan bahwa metode PCR dengan primer cytotchrome b merupakan metode yang efektif untuk mendeteksi kontaminasi babi pada olahan daging dapat dilakukan karena metode ini sensitif, spesifik, dan relatif mudah untuk dilakukan
Analisis Kualitatif Bakteri Koliform pada Air Kemasan dengan Metode Most Probable Number Nurrusyda, Fajriana Shafira; Mawalia, Khiftul; Hasriani, Shela Amelia; Shahab, Ali Ridho; Tambunan, Clara Junita; Budiman, Mulydayana Reanifah; Harahap, Winni Suryani; Gobel, Khaeriska Rahayu; Ishmayana, Safri; Sumeru, Husain Akbar
Kimia Padjadjaran Vol 3, No 1 (2024)
Publisher : Kimia Padjadjaran

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Air merupakan sumber daya utama bagi kehidupan manusia yang digunakan untuk konsumsi, rumah tangga, dan industri. Kualitas mikrobiologis air minum perlu diawasi karena keberadaan bakteri indikator koliform mencerminkan kontaminasi fekal dan risiko penyakit. Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Republik Indonesia No. 2 Tahun 2023, air minum yang aman tidak boleh mengandung bakteri koliform dalam 100 mL sampel. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis keberadaan Escherichia coli pada air minum isi ulang menggunakan metode Most Probable Number (MPN), yaitu metode estimasi jumlah bakteri secara statistik berdasarkan jumlah tabung positif pada seri pengenceran tertentu. Uji dilakukan melalui dua tahap yaitu uji penduga untuk mendeteksi keberadaan bakteri koliform melalui pembentukan gas akibat fermentasi laktosa, dan uji konfirmasi untuk memastikan keberadaan E. coli pada media diferensial. Hasil uji penduga menunjukkan adanya gas pada satu tabung LB 2X (10 mL) dan satu tabung LB 1X (1 mL), sedangkan pada tabung LB 1X (0,1 mL) tidak terbentuk gas. Kombinasi hasil 1–1–0 menunjukkan estimasi MPN sebesar 3 bakteri/100 mL, yang termasuk kontaminasi rendah. Pada uji konfirmasi, koloni dengan warna ungu kehitaman dan kilau logam hijau pada media EMB teridentifikasi sebagai E. coli. Dengan demikian, sampel air minum isi ulang mengandung E. coli dan tidak memenuhi syarat sebagai air minum layak konsumsi.