Claim Missing Document
Check
Articles

Pemodelan Interaksi Protein GF14–XopQ secara In-Silico sebagai Pendekatan Bioinformatika untuk Mendukung Studi Ketahanan Padi terhadap Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) Nur Andita Prasetyo; Yagus Wijayanto; Ach. Fauzan Mas'udi; Mas’ud Hermansyah; Adin Novitasari; Aminatun Nisa; Much. Misbah Muhtadi; Sri Rejeki Utami; Agus Wedi Pratama; Mas’ud Hermansyah; Stanislaus Jiwandana Pinasthika
Plumula : Berkala Ilmiah Agroteknologi Vol. 14 No. 1: Januari 2026
Publisher : Program Studi Agroteknologi, Fakultas Pertanian, UPN "Veteran" Jawa Timur

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.33005/plumula.v14i1.280

Abstract

Protein GF14 berperan penting dalam regulasi jalur sinyal pertahanan tanaman, sementara XopQ merupakan efektor utama yang disekresikan Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) untuk menekan imunitas padi. Akan tetapi, mekanisme interaksi GF14–XopQ belum dipahami secara komprehensif. Penelitian ini memodelkan interaksi GF14–XopQ menggunakan pendekatan bioinformatika melalui docking protein–protein menggunakan ClusPro dan estimasi energi ikatan menggunakan PRODIGY. Dari 30 cluster yang dihasilkan, Cluster 4 merupakan model paling stabil dengan energi bebas ikatan ΔG = –11,5 kcal/mol dan dissociation constant (Kd) ≈ 3,4×10⁻⁹ M. Analisis antarmuka mengungkap dominasi interaksi hidrofobik, ikatan hidrogen, dan kontak elektrostatik pada groove konservatif GF14. Temuan ini mengindikasikan bahwa XopQ berpotensi berikatan kuat dengan GF14 dan mungkin mengganggu jalur pertahanan padi. Hasil penelitian ini menjadi dasar bagi studi lanjutan seperti pemodelan mutasi, dinamika molekuler, dan validasi eksperimental.
Co-Authors Abdillah, Moc. Reza Wahyu Ach. Fauzan Mas'udi Adam Dika Lazuardi Adin Novitasari Agung Sih Kurnianto Agung, Sih Agus Wedi Pratama Ahmad Ilham Tanzil Ahmad Ilham Tanzil Amelia Tri Arsita Aminatun Nisa Andriyan, Ricky Anggreini, Rizqi Aprilia Putri Antonio, Ach. Farhad Septian Arthayasa, Raden Mochammad Yudishtira Ageng Arthur Frans Cesar Regar Arthur Frans Cesar Regar Ati Kusmiati Bambang Hermiyanto Bambang Kusmanadhi Bejo Apriyanto Bowo , Cahyoadi Brian, Ida Bagus Daniswara Budiman, Subhan Arif Burhanudin, Ahmad Cindy Febrian, Berlian Clarissa Myra Ananta Edy Prastyanto Elan Artono Nurdin Else Emilia Rumekso Ersya Kamelia Rosana Fahmi Arif Kurnianto Fahrudi Ahwan Ikhsan Firmawati, Julvia Nurlaeli Gabrillo, Christina A. Ghuvara, Rihlana Ardhian Hermiyanto, Bambang Hidayat, Naufal Akbar Alfatih Ibanah, Indah Ika Purnamasari Ika Purnamasari Ika Purnamasari Irwanto Sucipto Kharisma Adi Bagaskara Kurnianto, Fahmi Arif Kurniawan, Bintang Kustianto, Muhammad Aldian Dwi Lailatus Sufiaah, Annisa Lenny Widjayanthi Leona, Agis M. Faris Al-Ghofiqi Mas’ud Hermansyah Mas’ud Hermansyah Moch. Reza Wahyu Abdilah Much. Misbah Muhtadi Muhammad Aldian Dwi Kustianto Muthi, Ornela Nabila Nur Aisyah Al Ayyubi Naufal Akbar Alfatah Nur Andita Prasetyo Pangastuti, Era Iswara Prasojo, Sri Irawan Laras Pusparani, Syafina Rachmandhika, Yusuf Ratnasari, Tri Regar, Arthur FC Rina Kumalasari Riska Annisyafira Ristiyana, Suci Romadhona Destria Putri Roni Bahtiar Safitri, Mahardika Sigit PRASTOWO SRI ASTUTIK Sri Irawan Laras Prasojo Sri Rejeki Utami Stanislaus Jiwandana Pinasthika Subhan Arif Budiman Subhan Arif Budiman Suci Ristiyana Sultan Ghozi Imaduddin Syafina Pusparani Tri Agus Siswoyo Tri Ratnasari Tri Wahyu Saputra Ummi Sholikah Ummi Sholikhah Wahyu Nurkholis Hadi Syahputra Wildan Muhlison, Wildan Wirawan, Ahmad Agam Wulanjani, Distiana Wulanjari, Distiana Yeremia Rivieri Yoandita Velina Aprilia Yoni Cahyono Yusuf Rachmandhika Zaky Firmansyah Maulana