Garuda - Garba Rujukan Digital

Article Per Year (5 Year)

All

Menara Perkebunan

mpjurnal
Website

Published by Pusat Penelitian Kelapa Sawit

ISSN : 01259318 EISSN : 18583768 DOI : -

Core Subject : Agriculture,

Agriculture, Biological Sciences & Forestry

Menara Perkebunan as a communication medium for research in estate crops published articles covering original research result on the pre- and post-harvest biotechnology of estate crops. The contents of the articles should be directed for solving the problems of production and/or processing of estate crops of smallholder, private plantations and state-owned estates, based on the three dedications of plantation. Analyses of innovative research methods and techniques in biotechnology, which are important for advancing agricultural research. Critical scientific reviews of research result in agricultural and estate biotechnology.

Arjuna Subject : -

Articles 541 Documents

3 4 5 6 7

Optimasi simbiosis cendawan mikoriza arbuskula Acaulospora tuberculata dan Gigaspora margarita pada bibit kelapa sawit di tanah masam Optimizing arbuscular mycorrhizal fungi symbiosis Acaulospora tuberculata and Gigaspora margarita with oil palm seedling in acid soil) Happy WIDIASTUTI; Edi GUHARDJA; Nampiah SOEKARNO; L K DARUSMAN; Didiek Hadjar GOENADI; Sally SMITH
E-Journal Menara Perkebunan Vol 70, No 2: Desember 2002
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummaryAM fungal symbiosis increase the uptake of P in oil palm seedlings. However the optimum condition of symbiosis has to be determined to get higher benefit of AM fungal symbiosis. Optimization of the symbiosis Acaulospora tuberculata and Gigaspora margarita with oil palm seedling in acid soil was determined. An experiment was conducted in polybag sized 40 x 60 cm contained sterilized Cikopomayak soil. Three factors studied were AM fungal species (A. tuberculata, G. margarita), inoculant dose (0.0; 12.5; 25.0; and 37.5% w/w), and fertilizer rate (0; 25; 50; and 100% recommended dose) and each treatment replicated three times. The result showed that optimum growth reached on the inoculant addition of 36% (w/w) in the form of infected roots, hypha, and spores and fertilizer dose of 25% for A. tuberculata, while for G. margarita was 40% (w/w) inoculant and 26% fertilizer. Efectivity of fertilizer and P uptake of oil palm seedling were significantly increased with AM fungi inoculation. P uptake of oil palm seedling inoculated with A. tuberculata increase. RingkasanSimbiosis cendawan mikoriza arbuskula (CMA) dapat meningkatkan serapan P pada pembibitan kelapa sawit. Namun, untuk mendapatkan keuntungan simbiosis yang tinggi perlu diketahui kondisi optimum simbiosis. Simbiosis CMA dengan tanaman sangat dipengaruhi tingkat hara dan dosis inokulum. Percobaan dilakukan dalam polibag berukuran 40 x 60 cm berisi tanah Cikopomayak steril. Tiga faktor yang diuji ialah spesies CMA (A. tuberculata, G. margarita), dosis inokulum campuran (0,0; 12,5; 25,0; dan 37,5% b/b), dosis pupuk (0; 25; 50; dan 100% dosis rekomendasi) dan masing masing perlakuan diulang tiga kali. Hasil percobaan menunjukkan bahwa pertumbuhan optimum dicapai pada pemberian inokulum berupa akar terinfeksi, hifa, dan spora 36% (b/b) dan pupuk 25% untuk A. tuberculata, sedangkan untuk G. margarita ialah 40% (b/b) inokulum dan pupuk 26%. Keefektifan pupuk dan serapan P meningkat secara nyata dengan inokulasi CMA

Ekspresi dan kloning gen penyandi ADP-Glucose Phyrophosphorylase dari tanaman sagu (Metroxylon sagu Rottb.) Expression and cloning of gene encoding ADP-Glucose Phyrophosphorylase from sago palm (Metroxylon sagu Rottb.) Asmini BUDIANI1; Riza Arief PUTRANTO; Hayati MINARSIH; Imron RIYADI; . SUMARYONO; Barahima ABBAS
E-Journal Menara Perkebunan Vol 83, No 2: Desember 2015
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractSago palm (Metroxylon sagu Rottb.) is a potential food and energy resources becouse it is the highest starch producing plant. Breeding of sago palm should be directed to produce elite genotype with superior characters such as high starch content, wider pith diameter, without spine and high starch quality. However, research on sago palm in Indonesia so far is limited espescially in the field of cultivation and breeding, and attempt to produce such elite would take long time. Availability of molecular marker for starch content would be beneficial to shorten the length period of breeding. ADP-Glucose Phyrophosphorylase is one of the important enzymes in starch biosynthesis. Therefore its gene is an interesting subject in order to develope molecular marker of high starch content. This research was aimed to study the expression of gene encoding AGP in the sago palm with high starch content versus low starch content, and to clone the full cds of the gene. RNA was isolated from leaf and pith of both palms. Exspression analysis and amplify-cation of full cds were conducted by Reverse Transcryptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) using specific primers. The results showed that sago palm with higher starch content expressed AGP higher than that of sago palm with lower starch content. Expression of AGP in the full developing leaf was higher than in the young leaf, and there was no expression detected in the pith. The full cds of AGP was successfully amplified and cloned. Even though the DNA sequence showed high homology with DNA sequence of the same gene that has been deposited in GenBank, there were differences in severall nucleotide including that in the active domain of the enzyme.AbstrakTanaman sagu merupakan sumber pangan dan energi yang sangat potensial untuk dikembangkan karena merupakan tanaman penghasil karbihidrat tertinggi. Pemuliaan tanaman sagu mestinya diarah-kan untuk menghasilkan bibit sagu yang selain memiliki rendemen pati tinggi, juga memiliki diameter empulur besar, tidak berduri dan memiliki cita rasa pati yang enak. Namun, sampai saat ini riset mengenai sagu di Indonesia masih sangat terbatas, sehingga pemuliaan sagu untuk menghasilkan bibit unggul demikian akan memerlukan waktu lama. Ketersediaan penanda rendemen pati akan sangat membantu mempercepat pemuliaan tanaman tersebut. ADP-Glucose Pyrophosphorylase adalah salah satu enzim yang berperan penting dalam biosintesis pati, sehingga gene penyandinya merupakan subjek yang menarik dalam pengembangan marka kandungan pati tinggi. Sebagai bagian dari upaya untuk mendapat-kan penanda rendemen pati tinggi pada tanaman sagu, penelitian ini bertujuan untuk mempelajari ekspresi gen penyandi AGP. RNA diisolasi dari daun tanaman sagu rendemen pati rendah dan tanaman sagu rendemen pati tinggi. Perbedaan tingkat ekspresi gen penyandi AGP dari tanaman sagu rendemen pati tinggi vs rendemen pati rendah, dianalisis dengan teknik Reverse-Transcryptase PCR menggunakan primer spesifik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tanaman sagu rendemen pati tinggi mengekspresikan AGP lebih tinggi dibandingkan dengan tanaman sagu rendemen pati rendah. Ekspresi gen tersebut pada daun tua (full developing leaf) lebih tinggi di-bandingkan dengan pada daun muda, dan pada empulur tidak dideteksi ekspresi gen tersebut. Daerah penyandi lengkap AGP subunit kecil telah diklon. Meskipun memiliki homologi yang tinggi dengan sekuen DNA gen yang sama yang telah dideposit pada GenBank, namun terdapat perbedaan beberapa nukleotida termasuk pada daerah domain aktif dari enzim tersebut.

Kultur in vitro pisang (Musa paradisiaca L.) cv. Kepok Merah untuk mikropropagasi cepat [In vitro culture of banana (Musa paradisiaca) cv. Kepok Merah for rapid micropropagation] Efah FITRAMALA; Eva KHAERUNNISA; Nina Ratna Djuita Ratna DJUITA; Hadi SUNARSO; Diah RATNADEWI
E-Journal Menara Perkebunan Vol 84, No 2 (2016): Desember 2016
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Banana (Musa paradisiaca L) cv. Kepok Merah has a high commercial value as it is used in food industries such as banana chip. Besides, Kepok Merah contains high B-complex vitamins that serve in energy metabolism and in the development of infant brain. The establishment of industrial plantations of this plant has been restricted by the lack of planting materials. This research aimed at ameliorating the capacity of plantlets multiplication up to rooting of this banana in a rapid way through in vitro multiplication techniques. Murashige and Skoog (MS) and Woody Plant (WP) media were used as the basic media. For the initiation stage, the media was fortified with 0.2 mg/L IAA and two levels of BA at 3 and 5 mg/L. For shoot multiplication, the concentrations of IAA as well as BA were increased. For rooting, 1 mg/L NAA or IBA was applied. The observations demonstrated that for shoots initiation, both basic media performed good results when enriched with 0.2 mg/L IAA and 5 mg/L BA. The highest rate of shoots multiplication at 6 – 17 shoots per explant, was obtained on MS medium added with 0.5 mg/L IAA and 5 mg/L BA. NAA at 1 mg/L in MS medium produced more rooted plantlets, 3 – 16 roots per plantlet, than those of other treatments. [Keywords: Musa paradisiaca cv. Kepok Merah, in vitro micropropagation, scalps.]AbstrakPisang (Musa paradisiaca L.) kultivar Kepok Merah memiliki nilai komersial yang cukup tinggi yaitu sebagai bahan dalam industri pembuatan keripik pisang. Selain itu, pisang Kepok Merah memiliki kandungan vitamin B kompleks cukup tinggi untuk membantu produksi energi dan pembentukan sel-sel otak pada bayi. Pertanaman pisang ini dalam skala industri terkendala oleh kurangnya ketersediaan sumber benih. Teknik kultur jaringan diharapkan dapat menghasilkan benih secara massal dalam waktu yang relatif singkat. Tujuan dari penelitian ini adalah meningkatkan keberhasilan multiplikasi tunas in vitro hingga pengakaran tanaman pisang Kepok Merah secara cepat. Pada tahap inisiasi tunas digunakan media dasar Murashige and Skoog (MS) dan Woody Plant (WP), ke dalam media dasar tersebut ditambahkan IAA 0,2 mg/L dan 2 taraf BA yaitu 3 dan 5 mg/L. Multiplikasi tunas dilakukan pada media dasar yang sama namun dengan taraf konsentrasi IAA serta BA yang ditingkatkan. Tahap perakaran menggunakan media dasar MS dan WP dengan auksin NAA 1 mg/L atau IBA 1 mg/L. Hasil penelitian menunjukkan bahwa untuk inisiasi tunas, media MS dan WP yang diperkaya dengan IAA 0,2 mg/L dan BA 5 mg/L sama baiknya. Untuk multiplikasi tunas, media MS dengan IAA 0,5 mg/L yang dikombinasikan dengan BA 5 mg/L memberikan jumlah tunas paling banyak, yaitu 6 – 17 tunas per eksplan, dan pertumbuhannyapun lebih baik. Pemberian NAA 1 mg/L pada media MS dapat memberikan lebih banyak tunas yang berakar, dengan jumlah akar 3 – 16 per planlet. [Kata kunci: Musa paradisiaca cv. Kepok Merah, mikropropagasi in vitro, nodul meristematik.]

Analisis keragaman genetik Phytophthora palmivora dari tanaman kakao di Indonesia menggunakan AFLP Genetic diversity analysis of Phytophthora palmivora from cocoa in Indonesia using AFLP Agus PURWANTARA; Abu UMAYAH
E-Journal Menara Perkebunan Vol 78, No 2: Desember 2010
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Abstract Phytophthora palmivora is the causal agent of pod rot, stem canker, seedling and leaf blight and cherelle wilt of cacao (Theobroma cacao) in Indonesia. The genetic structure of the pathogen population across the country is unknown. In this study, a population of 20 cultures of P. palmivora isolated from cocoa at six major cocoa producing provinces namely Sumatera Utara, Lampung, Jawa Barat, Jawa Timur, Sulawesi Selatan and Sulawesi Tenggara in Indonesia was evaluated for genotypic diversity using amplified fragment length polymorphisms (AFLP). Ten primer combinations were used to evaluate all isolates, 68 out of 347 AFLP markers (19.6 %) produced were polymorphic. Results of the AFLP analyses showed that the P. palmivora population in Indonesia possessed high degree of similarity (96 %). AFLP banding patterns indicated that the isolates form two distinct groups, but with no genetic differentiation based on geography, types of cocoa or the part of the tree from which the isolates were obtained. These data suggest that frequent outbreaks of Phytophthora pod rot in various growing regions is probably resulted from changing of local climatic condition which is condusive for the disease epidemic rather than from different genetic structure or pathogenic populations of this pathogen, which would affect recommendations for disease management.Abstrak Phytophthora palmivora adalah penyebab penyakit busuk buah, kanker batang, hawar bibit dan daun, dan layu pentil pada tanaman kakao (Theobroma cacao) di Indonesia. Struktur genetik dari populasi patogen di seluruh negeri belum diketahui. Pada kajian ini, 20 kultur P. palmivora yang diisolasi dari berbagai bagian tanaman kakao dari enam provinsi penghasil kakao di Indonesia, yaitu Sumatera Utara, Lampung, Jawa Barat, Jawa Timur, Sulawesi Selatan dan Sulawesi Tenggara diuji keragaman genetiknya mengguna-kan amplified fragment length polymorphisms (AFLP). Sepuluh kombinasi primer digunakan untuk menguji semua isolat, 68 di antara 347 penanda AFLP (19,6 %) yang dihasilkan adalah polimorfik. Hasil analisis AFLP menun-jukkan bahwa populasi P. palmivora di Indonesia mempunyai tingkat kekerabatan yang tinggi (96 %). Pola pita AFLP menunjukkan bahwa kedua puluh isolat membentuk dua kelompok, tetapi tidak ada perbedaan berdasar letak geografis, tipe kakao atau bagian tanaman kakao asal isolat diperoleh. Data ini menunjukkan bahwa ledakan penyakit busuk buah Phytophthora yang sering terjadi di berbagai daerah diduga lebih diakibatkan oleh perubahan kondisi iklim setempat yang memicu terjadinya epidemi daripada karena perbedaan genetik atau patogenisitas dari populasi patogen, sehingga hasil ini dapat melengkapi saran-saran dalam pengelolaan penyakit.

Optimasi pertumbuhan dan aktivitas enzim ligninolitik Omphalina sp. dan Pleurotus ostreatus pada fermentasi padat Optimization of growth and ligninolytic enzymes activity of Omphalina sp. and Pleurotus ostreatus using solid state fermentation Happy WIDIASTUTI; . SISWANTO; . SUHARYANTO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 75, No 2: Desember 2007
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummarySolid wastes of bagasse and empty fruitbunch (EFB) respectively from sugarcane andpalm oil mill in Indonesia are abundant. Nowdays, up to now these solid wastes have not yetbeen optimally utilized so that the added valueis still very low and even cause an environ-mental problem. Research on bioconversion ofbagasse and EFB with two culture of white-rotfungi (WRF) i.e., Omphalina sp. and Pleurotusostreatus to produce ligninolytic enzymes wasconducted to provide added value to thislignocellulosic waste. Production of extracellular enzymes from WRF was not onlydetermined by the type of isolate but also theculture condition. This research was aimed todetermine the optimum culture condition ofsolid state fermentation in producing lignino-lytic enzymes at laboratory scale. In thisresearch, WRF was examined for ligninolyticproducing enzymes (laccase, lignin peroxidase/ LiP and Mn-peroxidase / MnP), using mediaconsisting of bagasse and EFB separately asmain substrate with supplementation of ricebran, Cu 2+ with or without rice bran. Theobservation was based on their growth andligninolytic enzyme activities. Characteristicsof optimum pH of LiP, MnP and laccaseactivity were also determined. The resultsshowed that addition of supplement was notable to increase the Cu 2+ growth of myceliaespecially in the first and second months but inthe third month the addition of supplementenhanced the mycelia growth. The growth ofmycelia on the addition of Cu 2+ with or withoutrice bran significantly lower compared to thecontrols both of Omphalina sp. and P. ostreatusin bagasse and EFB. The optimum pH oflaccase, MnP, and LiP activities was five bothfor Omphalina sp. and P. ostreatus at EFBand bagasse. Omphalina sp. was better thanP. ostreatus in producing laccase on bagasseand EFB without any supplementations. Thehighest laccase activity showed by P. ostreatuswith bagasse and EFB media treated with Cuand Cu + rice bran. Supplementation withCu 2+ was more effective in increasing laccaseactivity than rice bran. Activities of Li-P onbagasse and EFB for the two WRF cultureswere significantly influenced by supple-mentation of both of rice bran and Cu 2+ . Li-Pactivity on EFB was slightly higher than thaton bagasse. Mn-P activity was not influencedby rice bran, Cu 2+ or the combination of both.However, these enzymes activities on EFBwere higher compared to bagasse especiallyfor P. ostreatus. Suplementation of Cu wasenhance the activity of laccase and LiP both ofP. ostreatus and Omphalina sp in baggasse andEFB though inhibited the growth of those fungiespecially in the initial growth.RingkasanLimbah padat bagas tebu dan tandankosong kelapa sawit (TKKS) masing-masingdari proses pengolahan gula tebu dan minyaksawit di Indonesia jumlahnya melimpah dansampai saat ini belum mendapat penangananyang efektif sehingga nilai tambahnya masihsangat rendah dan bahkan mengganggulingkungan. Penelitian biokonversi limbahpadat bagas tebu dan TKKS menggunakan duaisolat fungi pelapuk putih (FPP) yaituOmphalina sp. dan Pleurotus ostreatus untukproduksi enzim ligninolitik dilakukan untukmeningkatkan nilai tambah limbah ligno-selulosa tersebut. Penelitian ini, mengujiaktivitas enzim ekstraseluler dari FPP antaralain lakase, lignin peroksidase (LiP), dan Mn-peroksidase (MnP) dari dua spesies FPP yaituOmphalina sp. dan P. ostreatus. Penelitianbertujuan menetapkan kondisi optimum mediafermentasi untuk produksi enzim ligninolitikdari bagas tebu dan TKKS sebagai substrat dankarakterisasi pH optimum enzim ligninolitikdari dua FPP yaitu Omphalina sp. danP. ostreatus. Pengamatan dilakukan berdasar-kan laju pertumbuhan dan aktivitas enzimligninolitik. Enzim lakase, MnP, dan LiPdiekstraksi dan dikarakterisasi pH optimumaktivitasnya. Hasil penelitian menunjukkanbahwa pemberian suplemen menghambatpertumbuhan miselia pada satu dan dua bulanpertama inkubasi, namun laju pertumbuhanmiselium khususnya pada perlakuan pemberianCu 2+ dan Cu 2+ + dedak meningkat tajam padabulan ketiga setelah inkubasi. Pertumbuhanmiselium Omphalina sp dan P. ostreatus padamedium yang ditambah Cu 2+ dan Cu 2+ +dedaklebih rendah dibandingkan dengan kontrol.Pada inkubasi tiga bulan, aktivitas optimumlakase, MnP dan LiP diperoleh pada pH 5, baikuntuk Omphalina sp. maupun P. ostreatusyang diekstrak dari bahan lignoselulosa bagastebu dan TKKS. Aktivitas lakase dariOmphalina sp. lebih tinggi daripadaP. ostreatus pada substrat TKKS dan bagastebu tanpa suplementasi. Pemberian suplemenberupa Cu 2+ dan dedak atau kombinasinyameningkatkan aktivitas lakase baik pada bagastebu maupun pada TKKS. Aktivitas lakasetertinggi ditunjukkan oleh isolat P. ostreatuspada medium bagas tebu dan TKKS padaperlakuan pemberian Cu 2+ dengan atau tanpadedak. Aktivitas lakase nampaknya lebihdipengaruhi oleh penambahan Cu 2+ dibanding-kan dengan pemberian dedak. Aktivitas LiPbaik pada bagas tebu maupun TKKS untukkedua FPP yang diuji pada perlakuanpenambahan dedak dan Cu nyata lebih tinggidibandingkan dengan aktivitas LiP yangdiekstrak dari medium tanpa penambahansuplemen. Aktivitas LiP pada TKKS lebihtinggi dibandingkan dengan pada bagas tebukhususnya untuk P. ostreatus. Sedangkanaktivitas MnP tidak dipengaruhi penambahandedak dan Cu 2+ demikian pula kombinasikeduanya. Aktivitas MnP yang diekstrak dariTKKS lebih tinggi dibandingkan denganaktivitas MnP yang diekstrak dari bagas tebukhususnya untuk P. ostreatus. PenambahanCu 2+ meningkatkan aktivitas lakase dan LiPP. ostreatus dan Omphalina sp yang ditum-buhkan pada bagas dan TKKS walaupun ionlogam ini menghambat pertumbuhan keduaJPP ini khususnya pada awal pertumbuhan.

Potensi masak tebang lima tipe sagu (Metroxylon sagu Rottb.) di kawasan hutan sagu Sentani, Papua Mature palm potency of five types of sago (Metroxylon sagu Rottb.) at sago forest area of Sentani, Papua Tati ROSTIWATI; Rina BOGIDARMANTI; Batseba A SURIPATTY; Sofwan BUSTOMI
E-Journal Menara Perkebunan Vol 82, No 1: Juni 2014
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Abstract Sago palm (Metroxylon sagu Rottb.) is one of the most potential starch-producing crops, however its utilization has not yet optimal, only around 10%, and mostly from sago trees grown near the villages. The objective of this research was to collect data of the potentially productive trees which are Mid Trunk (MT) and Mature Palm (MP) at sago forest of Sentani, Papua province. Survey method was used for this research by making inventory tracks into three plots as subpopulation and three inventory tracks in every plot with 100 m length and 50 m width, and the distance between tracks was 150 m to find out the spreading and approximation of potential trees through multistage analysis. The observed parameters were number of cluster, number of MT and MP for every types of sago palm. The results show that there were three intra-species of spiny sago palms called Yakari, Bata, and Dondo, and two intra-species of unspiny sago palms called Yebha and Ojokuru. The dominant sago type was Yebha. The cluster was spreading sporadically with coefficient of variance (CV) at 24.3, The predicted number of MT was higher than MP. Numbers of MT and MP for every hectare of sago forest were very low, 1.3 MT/ha and 0.3 MP/haAbstrak Tanaman sagu (Metroxylon sagu Rottb.) merupakan tanaman penghasil karbohidrat yang sangat potensial, namun pemanfaataannya masih belum optimal, yaitu hanya sekitar 10%, dan sebagian besar merupakan tanaman sagu yang tumbuh di sekitar perkampungan. Tujuan dari peneli-tian ini adalah mendapatkan data pohon yang berpotensi produktif yaitu pohon Belum Masak Tebang (BMT) dan pohon Masak Tebang (MT) di kawasan hutan sagu Sentani, provinsi Papua. Metode survai digunakan pada penelitian ini dengan membuat jalur-jalur inventarisasi dalam tiga plot sebagai sub-populasi dan tiga jalur inventarisasi di setiap plot dengan panjang jalur 100 m, lebar jalur 50 m dan jarak antar jalur 150 m untuk mengetahui tebaran dan penaksiran potensi pohon melalui analisis multi tahap. Parameter yang diamati adalah jumlah rumpun, pohon BMT dan MT untuk setiap jenis sagu. Hasil yang diperoleh: menunjukkan bahwa terdapat tiga spesies sagu berduri yaitu, Yakari, Bata, Dondo dan dua spesies sagu tidak berduri yaitu:Yeba dan Ojokuru. Jenis yang mendominasi adalah Yebha. Terlihat adanya tebaran rumpun yang sporadis dengan koefisien keragaman (CV) =24,30, dengan jumlah pohon BMT yang lebih tinggi dibandingkan pohon MT. Hasil penaksiran menunjukkan bahwa jumlah pohon per hektar sangat rendah berturut-turut BMT 1,3 pohon/ha dan MT 0,3 pohon per ha.

Identifikasi famili gen putatif penyandi protease inhibitor dengan pendekatan in silico komparatif pada genom Hevea brasiliensis Muell. Arg (Identification of putative gene family encoding protease inhibitors by in silico comparative analysis in Hevea brasiliensis Muell. Arg genome) Irfan MARTIANSYAH; Riza Arief PUTRANTO; Nurul KHUMAIDA
E-Journal Menara Perkebunan Vol 85, No 2 (2017): Oktober 2017
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractProtease inhibitors (PIs) are small proteins that form complexes with proteases and inhibits their proteolytic activity. Its potential application as an antimicrobial agent has been studied. Most of PIs' molecule size is around 8-22 kDa depending on their protein families.To date, on the basis of sequence homologies of inhibitor domains, PIs have been classified into 48 families in all organisms. In plant, more than 13 families of PIs have been identified but they were not widely identified in the rubber tree (Hevea brasiliensis Muell.Arg). In the present study, 40 putative HbPI genes, designated as HbPI01 to HbPI36, were identified from whole-genome sequence of rubber tree clone Reyan 7-33-97 using 7453 scaffolds available online in NCBI with the accession code: LVXX01000000. Multiple sequence alignment using MUSCLE algorithm discovered seven conserved motifs (Motifs I-VII) among HbPIs. Phylogenetic analysis of 50 and 36 PI amino acid residues of 32 scaffolds containing putative PI genes from Arabidopsis thaliana and H. brasiliensis showed three clusters (families): LTP-I, SERPIN and LTP-II. LTP-I has 23 putative HbPI genes (HbPI05 to HbPI27) and 12 AtPI genes. SERPIN, a family member of serine protease inhibitor group, has 11 putative HbPI genes (HbPI01 to HbPI04 and HbPI28 to HbPI34) and 22 AtPI genes. LTP-II has 2 putative HbPI genes (HbPI35 to HbPI36) and 16 AtPI genes. In conclusion, this work provides valuable information for further functional characterization of HbPI genes in H. brasiliensis.[Key words: protease inhibitor, genome-wide, scaffold, in silico, Hevea brasiliensis]. AbstrakProtease inhibitor (PI) merupakan protein yang membentuk kompleks dengan protease dan menghambat aktivitas proteolitik dari enzim tersebut. Potensi penggunaan protease inhibitor sebagai agensia antimikroba telah diketahui. Kebanyakan PI memiliki ukuran molekul sekitar 8-22 kDa bergantung pada familinya. Saat ini, PI dapat diklasifikasikan menjadi 48 famili di seluruh organisme berdasarkan kemiripan sekuen dari domain inhibitornya. Pada tanaman, lebih dari 13 famili PI telah diketahui tetapi pada tanaman karet (Hevea brasiliensis Muell.Arg) belum diidentifikasi. Pada penelitian ini, sebanyak 40 gen putatif penyandi PI (HbPI01 hingga HbPI36) telah berhasil diidentifikasi dari 7453 scaffold genom utuh tanaman karet klon Reyan 7-33-97 yang tersedia secara daring dengan kode aksesi LVXX01000000. Penjajaran sekuen menggunakan algoritma MUSCLE memper-lihatkan tujuh konservasi motif (Motif I-VIII) pada famili gen putatif HbPIs. Analisis pohon filogenetik dari tanaman Arabidopsis thaliana dan H. brasiliensis sebanyak 50 dan 36 sekuen residu asam amino dari 32 scaffold yang mengandung gen putatif PI menunjukkan adanya tiga klaster besar, yaitu famili LTP-I, SERPIN dan LTP-II. LTP-I terdiri dari 23 gen putatif HbPI (HbPI05 hingga HbPI27) dan 12 gen AtPI. SERPIN yang merupakan anggota kelas protease inhibitor serin terdiri dari 11 gen putatif HbPI (HbPI01hingga HbPI04 dan HbPI28 hingga HbPI34) dan 22 gen AtPI. LTP-II terdiri dari 2 gen putatif HbPI (HbPI35 hingga HbPI36) dan 16 gen AtPIs. Penelitian ini menghasilkan informasi penting untuk melakukan karakterisasi fungsional lebih mendalam pada gen HbPI tanaman karet ke depannya.[Kata kunci: protease inhibitor, genome-wide,scaffold, in silico, Hevea brasiliensis].

Pertumbuhan biak kalus dan suspensi sel tanaman kina (Cinchona ledgeriana Moens) Growth of callus and cell suspension cultures of cinchona (Cinchona ledgeriana Moens) . SUMARYONO; Imron RIYADI
E-Journal Menara Perkebunan Vol 73, No 1: Juni 2005
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummaryIn vitro technology of plants can be used topropagate plants and to produce secondarymetabolites with a short and continuousproduction cycle. Callus cultures of cinchona(Cinchona ledgeriana Moens) on solid media andcell cultures in liquid media have beenestablished. Callus could be easily initiated fromvarious explants of cinchona clone CB5, GA22and QRC312. The best callus initiation andproliferation were obtained on a Woody Plant(WP) solid medium supplemented with 15 µMpicloram,0.5 µM BAP and 1 µM phloroglucinol.In this medium the fresh weight of callusincreased by 12 to 14-fold within 5 to 6 weeks.Callus that constantly grew fast was selected as amaterial source for cell suspension cultures. InWP liquid medium with the same composition,the cells remained to grow fast where cell volumeafter sedimentation (CVS) increased by almost4-fold in two weeks. However, repeated sub-cultures decreased cell growth rate. The cellsuspension culture was then scaled-up in a 5-Lbioreactor. The culture medium was the same asin Erlenmeyer flasks. Cells in a bioreactor grewvery slowly, the cell biomass fresh weight andpacked cell volume (PCV) increased by 34% and50% respectively after 21 days of culture,although most of the cells remained viable.RingkasanTeknologi in vitro tanaman dapat digunakanuntuk memperbanyak tanaman dan memproduksisenyawa sekunder dengan siklus sangat singkatdan berkelanjutan. Biak kalus tanaman kina(Cinchona ledgeriana Moens) pada mediumpadat dan biak sel di medium cair telahdikembangkan. Kalus dengan mudah dapatdiinduksi dari berbagai jenis eksplan tanamankina klon CB5, GA22 dan QRC312. Inisiasi danproliferasi kalus terbaik diperoleh pada mediaWoody Plant (WP) padat dengan pikloram 15µM, BAP 0,5 µM dan floroglusinol 1 µM. Padamedium ini bobot basah kalus meningkat 12-14kali lipat dalam waktu 5-6 minggu. Kalus yangtetap tumbuh cepat dipilih sebagai sumber bahanuntuk biak suspensi sel. Dalam medium cair WPdengan komposisi yang sama, sel tetap tumbuhdengan pesat, volume sel setelah pengendapan(CVS) meningkat hampir empat kali lipat dalamwaktu dua minggu. Namun subkultur berulangmenurunkan laju pertumbuhan sel. Skala biaksuspensi sel kemudian diperbesar dalam bio-reaktor kapasitas 5 L. Medium kultur yangdigunakan sama dengan medium pada labuErlenmeyer. Pertumbuhan sel dalam bioreaktorsangat lambat, bobot basah sel dan packed cellvolume (PCV) hanya bertambah berturut-turutsebesar 34% dan 50% setelah 21 hari dalamkultur, walaupun sebagian besar sel tetap viabel.

Aktivitas antibakteri ekstrak kulit buah kakao (Theobroma cacao L.) terhadap Escherichia coli, Bacillus subtilis, dan Staphylococcus aureus Agustin Sri MULYATNI; Asmini BUDIANI; Darmono TANIWIRYONO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 80, No 2: Desember 2012
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractCocoa (Theobroma cacao L.), one of the most important export commodities from Indonesia, is widely planted with current total area of 1.6 million Ha, producing 500.000 metric tons of dry bean in 2011 . At the time of harvest, instead of seed approximately the same volume cacao husk is produced. The aim of the study was to assess the potential of cocoa husk extract as an antibacterial against Escherichia coli, Bacillus subtilis, and Staphylococcus aureus, and to determine the minimum inhibitory concentration (MIC) of cocoa husk extract to the three test bacteria. Extraction of cocoa husk conducted by maceration method using ethanol 96%. Analysis of antibacterial activity was done by paper disc diffusion method. Completely Randomized Design of single factor presentage that is extract concentration of 0; 1; 2; 4; 8; 16; 32; and 64% (g/mL) with three replicans were applied.The results showed that the extract of cocoa pod husk has antibacterial activity against S. aureus, B. subtilis, and E. coli with the MIC are 8% (g/ mL), 16% (g/ mL), and 32% (g/ mL) respectively.AbstrakKakao (Theobroma cacao L.), salah satu komoditi ekspor terpenting Indonesia, ditanam secara luas dengan total luasan 1,6 juta Ha, menghasilkan 500.000 ton biji kering pada tahun 2011. Di samping biji sebagai hasil utama, pada saat panen juga dihasilkan kulit buah dengan volume yang hampir sama dengan biji. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji potensi ekstrak kulit buah kakao sebagai antibakteri terhadap Escherichia coli, Bacillus subtilis, dan Staphylococcus aureusserta menentukan konsentrasi hambat minimum (KHM) ekstrak kulit buah kakao terhadap ketiga bakteri uji. Ekstraksi kulit buah kakao dilakukan dengan metode Maserasi menggunakan pelarut etanol 96%. Analisis aktivitas antibakteri dilakukan dengan metode difusi cakram kertas. Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) dengan faktor tunggal konsen-trasi ekstrak, yaitu 0; 1; 2; 4; 8; 16; 32; dan 64% (g/mL), masing-masing dengan tiga kali ulangan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstrak kulit buah kakao berpotensi sebagai antibakteri terhadap S. aureus, B. subtilis dan E. coli, dengan KHM berturut-turut adalah 8% (g/mL), 16% (g/mL), dan 32% (g/mL).

Kultur akar rambut Cinchona ledgeriana dan C. succirubra dalam kultur in vitro Hairy root culture of Cinchona ledgeriana and C. succirubra by in vitro culture Nurita TORUAN-MATHIUS; . REFLINI; . NURHAIMI-HARIS; . JOKO-SANTOSO; A PRIANGANI-ROSWIEM
E-Journal Menara Perkebunan Vol 72, No 2: Desember 2004
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Summary Problems encountered in hairy root culture of C. ledgeriana and C. succirubra are low percentage of transformation of explants by Agrobacterium rhizogenes and slow growth of hairy root. The objective of this research was to evaluate the potential of several A. rhizogenes strains for initiation hairy roots of C. succirubra and C. ledgeriana, and to obtain the best medium for hairy root culture of Cinchona spesies. Axenic shoot and leaves explants of eight-month-old of C. ledgeriana and C. succirubra seedlings were inoculated with A. rhizogenes strain ATCC-15834, ATCC-8196, R-20001, 07-20001, A4, R-MAFFA, TISTR509, TISTR510 and LBA9457. Inoculated explants were cultured in solid MS medium with the addition of 100 mg/L amphicylin. Subculture of the hairy root was performed by transferred of root pieces into fresh liquid basal medium MS, B5, White and Heller. Hairy roots from the best of basal medium were subcultured on the same medium with the addition of 50 and 100 mg/L L-tryptophane, three or five times concentration of MS vitamins. The integration of T-DNA of A. rhizogenes in hairy root was confirmed with specific primer for TL and TR-DNA of plasmid by Polymerase Chain Reaction analysis. The results showed that only A. rhizogenes strain LBA 9457 were effective for transformation of explants from both Cinchona species. The fastest hairy roots growth were found in MS medium, while growth in others medium was poor. Hairy roots of C. ledgeriana has vigor and growth better than hairy roots of C. succirubra. MS with the addition of 50 mg/L L-tryptophane and three times the concen-trations of vitamin is the best medium for hairy root growth and vigor. Hairy roots of C. succirubra and C. ledgeriana used in this studies were confirmed that hairy roots contained TL and TR-DNA region of Ri plasmid with molecular weight 780 and 1600 bp. The results showed that strain of A. rhizogenes, plant species, source of explant and composition of medium affect the initiation, growth, development and vigor of hairy roots.Ringkasan Masalah dalam kultur akar rambut C. ledgeriana dan C. succirubra adalah rendahnya tingkat keberhasilan transformasi eksplan dengan Agrobacterium rhizogenesdan pertumbuhannya yang lambat. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi potensi dari beberapa galur A. Rhizogenes untuk inisiasi, mendapatkan komposisi medium terbaik untuk pertumbuhan akar rambut C. ledgeriana dan C. succirubra, serta konfirmasi terintegrasinya TR dan TL-DNA Ri plasmid ke dalam jaringan eksplan. Eksplan batang dan daun berasal dari kecambah aksenik C. ledgeriana dan C. succirubra berumur delapan bulan diinokulasi dengan A. rhizogenes galur 15834, 8196, R-20001, 07-20001, A4, R.MAFFA,TISTR 509, TISTR 510 dan LBA 9457. Eksplan yang sudah diinokulasi dikulturkan dalam medium MS padat. Subkultur dilakukan dengan cara mentransfer potongan ujung akar rambut ke dalam medium cair MS, B5, White dan Heller. Akar rambut dari medium kultur yang terbaik kemudian disubkultur ke dalam medium yang sama dengan penambahan 50 dan 100 mg/L L-triptofan dengan konsentrasi vitamin sebanyak tiga kali dan lima kali dari konsentrasi normal MS. Integrasi T-DNA dalam akar rambut dikonfirmasi meng-gunakan Polymerase Chain Reaction dengan primer spesifik untuk TL dan TR-DNA plasmid. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa hanya A.rhizogenes galur LB9457 yang efektif menginfeksi eksplan baik batang maupun daun dari kedua spesies kina. Induksi, pertumbuhan dan vigor akar rambut yang terbaik diperoleh dari medium MS dengan penambahan 50 mg/L L-triptofan dan tiga kali konsentrasi vitamin. Hasil konfirmasi akar rambut baik dari batang maupun daun menggunakan PCR, menunjukkan bahwa TL dan TR-DNA dari Ri plasmid A. rhizogenes mampu menghasilkan pita-pita DNA dengan BM780 dan 1600 pb. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa galur A. rhizogenes, spesies tanaman, sumber eksplan dan komposisi medium berpengaruh terhadap inisiasi, pertumbuhan, perkembangan dan vigor akar rambut.

Page 5 of 55 | Total Record : 541

3 4 5 6 7

Filter by Year

2000 2025

Filter By Issues

All Issue Vol. 93 No. 1 (2025): 93(1), 2025 Vol. 92 No. 2 (2024): 92(2), 2024 Vol. 92 No. 1 (2024): 92(1), 2024 Vol. 91 No. 2 (2023): 91 (2), 2023 Vol. 91 No. 1 (2023): 91 (1), 2023 Vol. 90 No. 2 (2022): 90 (2), 2022 Vol. 90 No. 1 (2022): 90 (1), 2022 Vol 90, No 2 (2022): Oktober, 2022 Vol. 90 No. 2 (2022): Oktober, 2022 Vol 90, No 1 (2022): April, 2022 Vol. 89 No. 2 (2021): 89 (2), 2021 Vol. 89 No. 1 (2021): 89 (1), 2021 Vol 89, No 2 (2021): Oktober, 2021 Vol 89, No 1 (2021): April, 2021 Vol. 88 No. 2 (2020): 88 (2), 2020 Vol. 88 No. 1 (2020): 88 (1), 2020 Vol 88, No 2 (2020): Oktober,2020 Vol 88, No 1 (2020): April, 2020 Vol. 87 No. 2 (2019): 87 (2), 2019 Vol. 87 No. 1 (2019): 87 (1), 2019 Vol 87, No 2 (2019): OKTOBER, 2019 Vol 87, No 1 (2019): April, 2019 Vol. 86 No. 2 (2018): 86 (2), 2018 Vol. 86 No. 1 (2018): 86 (1), 2018 Vol 86, No 2 (2018): Oktober 2018 Vol 86, No 1 (2018): April, 2018 Vol. 85 No. 2 (2017): 85 (2), 2017 Vol. 85 No. 1 (2017): 85 (1), 2017 Vol 85, No 2 (2017): Oktober 2017 Vol 85, No 1 (2017): April, 2017 Vol. 84 No. 2 (2016): 84 (2), 2016 Vol. 84 No. 1 (2016): 84 (1), 2016 Vol 84, No 2 (2016): Desember 2016 Vol 84, No 1: Oktober 2016 Vol. 83 No. 2: 83 (2), 2015 Vol. 83 No. 1: 83 (1), 2015 Vol 83, No 2: Desember 2015 Vol 83, No 1: Juni 2015 Vol. 82 No. 2: 82 (2), 2014 Vol. 82 No. 1: 82 (1), 2014 Vol 82, No 2: Desember 2014 Vol 82, No 1: Juni 2014 Vol. 81 No. 2: 81 (2), 2013 Vol. 81 No. 1: 81 (1), 2013 Vol 81, No 2: Desember 2013 Vol 81, No 1: Juni 2013 Vol. 80 No. 2: 80 (2), 2012 Vol. 80 No. 1: 80 (1), 2012 Vol 80, No 2: Desember 2012 Vol 80, No 1: Juni 2012 Vol. 79 No. 2: 79 (2), 2011 Vol. 79 No. 1: 79 (1), 2011 Vol 79, No 2: Desember 2011 Vol 79, No 1: Juni 2011 Vol. 78 No. 2: 78 (2), 2010 Vol. 78 No. 1: 78 (1), 2010 Vol 78, No 2: Desember 2010 Vol 78, No 1: Juni 2010 Vol. 77 No. 2: 77 (2), 2009 Vol. 77 No. 1: 77 (1), 2009 Vol 77, No 2: Desember 2009 Vol 77, No 1: Juni 2009 Vol. 76 No. 2: 76 (2), 2008 Vol. 76 No. 1: 76 (1), 2008 Vol 76, No 2: Desember 2008 Vol 76, No 1: Juni 2008 Vol. 75 No. 2: 75 (2), 2007 Vol. 75 No. 1: 75 (1), 2007 Vol 75, No 2: Desember 2007 Vol 75, No 1: Juni 2007 Vol. 74 No. 2: 74 (2), 2006 Vol. 74 No. 1: 74 (1), 2006 Vol 74, No 2: Desember 2006 Vol 74, No 1: Juni 2006 Vol. 73 No. 2: 73 (2), 2005 Vol. 73 No. 1: 73 (1), 2005 Vol 73, No 2: Desember 2005 Vol 73, No 1: Juni 2005 Vol. 72 No. 2: 72 (2), 2004 Vol. 72 No. 1: 72 (1), 2004 Vol 72, No 2: Desember 2004 Vol 72, No 1: Juni 2004 Vol. 71 No. 2: 71 (2), 2003 Vol. 71 No. 1: 71 (1), 2003 Vol 71, No 2: Desember 2003 Vol 71, No 1: Juni 2003 Vol. 70 No. 2: 70 (2), 2002 Vol. 70 No. 1: 70 (1), 2002 Vol 70, No 2: Desember 2002 Vol 70, No 1: Juni 2002 Vol. 69 No. 2: 69 (2), 2001 Vol. 69 No. 1: 69 (1), 2001 Vol 69, No 2: Desember 2001 Vol 69, No 1: Juni 2001 Vol. 68 No. 2: 68 (2), 2000 Vol. 68 No. 1: 68(1), 2000 Vol 68, No 2: Desember 2000 Vol 68, No 1: Juni 2000 More Issue

Home Page

OAI Link

Editorial Team

Contact

Reviewer

Google Scholar

Contact Name
Hayati Minarsih

Contact Email
menaraperkebunanppbbi@gmail.org

Phone
-

Journal Mail Official
menaraperkebunan@iribb.org

Editorial Address
Jalan Taman Kencana No.1 Bogor 16128, Jawa Barat

Location
Kab. bogor,

Jawa barat

INDONESIA

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Home Page

OAI Link

Editorial Team

Contact

Reviewer

Google Scholar

Contact Name Hayati Minarsih

Contact Email menaraperkebunanppbbi@gmail.org

Phone -

Journal Mail Official menaraperkebunan@iribb.org

Editorial Address Jalan Taman Kencana No.1 Bogor 16128, Jawa Barat

Location Kab. bogor, Jawa barat INDONESIA

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Contact Name
Hayati Minarsih

Contact Email
menaraperkebunanppbbi@gmail.org

Phone
-

Journal Mail Official
menaraperkebunan@iribb.org

Editorial Address
Jalan Taman Kencana No.1 Bogor 16128, Jawa Barat

Location
Kab. bogor,

Jawa barat

INDONESIA