Claim Missing Document
Check
Articles

Found 34 Documents
Search

Barcode DNA Anthurium Gelombang Cinta (Anthurium plowmanii) berdasarkan gen rbcL dan matK (The DNA Barcode of Anthurium Wave of Love (Anthurium plowmanii) based on rbcL and matK Genes) Kolondam, Beivy J; Lengkong, Edy; Polii-Mandang, J; Semuel, Runtunuwu; Pinaria, Arthur
JURNAL BIOS LOGOS Vol 3, No 1 (2013): JURNAL BIOSLOGOS
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jbl.3.1.2013.3385

Abstract

AbstrakMetode standar untuk identifikasi spesies tumbuhan melalui barcode DNA telah direkomendasikan untuk menggunakan dua gen plastida yaitu rbcL dan matK. Tujuan penelitian ini yaitu untuk menentukan tingkat kemiripan sekuens barcode DNA tanaman Anthurium Gelombang Cinta (Anthurium plowmanii) dibandingkan spesies kerabatnya yang sudah terdata dalam BOLD Systems dan untuk merekomendasi penggunaan barcode DNA yang bisa diandalkan dalam mengidentifikasi spesies ini. Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) digunakan dalam perbanyakan sekuens fragmen gen rbcL dan gen matK oleh primer universal yang tersedia. Hasil penelitian menyimpulkan bahwa sampel tanaman A. plowmanii menghasilkan sekuens barcode rbcL yang mirip 100% (identik) dengan spesies A. cubense. Ini berarti barcode DNA rbcL tidak dapat digunakan untuk identifikasi tingkat spesies. Sekuens barcode matK sampel menunjukkan kemiripan 99,1% dengan A. ravenii yang berbeda dalam morfologi daun. Sekuens matK sampel bersifat unik diantara anggota-anggota genus Anthurium sehingga direkomendasikam penggunaannya untuk identifikasi sampai tingkat spesies.Kata Kunci: barcode, rbcL, matK, Anthurium plowmaniiAbstractStandard method for plant species identification through DNA barcode has been recommended to use two plastids genes; the rbcL and matK. The aims of this research were to determine similarities in DNA barcode sequences of Anthurium Wave of Love (Anthurium plowmanii) with its close relatives that listed in BOLD Systems and to recommend the reliable DNA barcode for identification of this species. Polymerase Chain Reaction was employed to amplify rbcL and matK genes fragments using available universal primers. The result showed that A. plowmanii sample was 100% similar to A. cubense. For that reason, the rbcL gene is not a reliable for species identification. Sequence of matK barcode showed 99.1% in similarity with A. ravenii which has different leaf shape. The matK sequence of sample was unique among all listed Anthurium members, therefore, this barcode are recommended for plant identification to the species level.Keywords: barcode, rbcL, matK, Anthurium plowmanii
DNA Barcoding Tanaman Daluga (Cyrtosperma spp) dari Kepulauan Sangihe Berdasarkan Gen matK (DNA Barcoding Daluga Plant (Cyrtosperma spp) of Sangihe Island Based on matK Gene) Julianti, Eka; Pinaria, Arthur; Lengkong, Edy F; Kolondam, Beivy J
JURNAL BIOS LOGOS Vol 5, No 2 (2015): JURNAL BIOSLOGOS
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jbl.5.2.2015.10547

Abstract

Abstrak  Tanaman daluga (Cyrtosperma spp.) termasuk dalam famili Araceae (talas-talasan), umbinya berpotensi sebagai tanaman pangan alternatif karena mempunyai nilai gizi yang tinggi. Tanaman ini banyak terdapat di Kepulauan Sangihe. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui DNA barcoding daluga hijau, kuning dan belang-belang dengan menggunakan gen matK (maturase K). Ekstraksi DNA menggunakan Genomic DNA Mini Kit Plant (Geneaid), amplifikasi DNA menggunakan Kit PCR 5x FirePol Master Mix (Solis Biodyne) dan sepasang primer universal yaitu matK-3F-r (5’CGTACAGTACTTTTGTGTTTACGAG 3’) dan matK-1R-f (5’ACC CAGTCCATCTGGAAATCTTGGTTC3’). Hasil penelitian menunjukkan bahwa tanaman daluga hijau, daluga kuning, dan daluga belang-belang dari Kepulauan Sangihe memiliki sekuens DNA yang identik (kemiripan 100%). Daluga yang diteliti memiliki kemiripan sekuens dengan sampel di NCBI yaitu dengan Cyrtosperma macrotum (99,88%), Podolasia stipitata (99,50%), Dracontium polyphyllum (99,38 %), Pycnospatha arietina (99,38%) dan Dracontioides desciscen (99%). Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa DNA barcoding tanaman daluga dari kepulauan Sangihe berdasarkan gen matK belum dapat membedakan variasi intraspesies. Kata kunci: daluga, dalugha, Cyrtosperma spp. Abstract  Daluga (Cyrtosperma spp.) plant belongs to the family Araceae, the corm is potential as an alternative food because it has a high nutritional value. The plant is widely available in Sangihe Island. This study aimed to determine the DNA barcoding of green daluga, yellow daluga and mottled daluga using matK gene (maturase K). The DNA extraction used Genomic DNA Mini Kit Plant (Geneaid) and DNA amplification used the Kit PCR 5x FirePol Master Mix (Solis Biodyne) and universal primers matK-3F-R (5' CGTACAGTACTT TTGTGTTTACGAG 3') and matK-1R-f (5'ACCCAGAAATGGATCTCTTCCTGG TTC3'). The result showed that the green daluga, yellow daluga and mottled daluga from Sangihe Islands were identical (100% similarity). Daluga from Sangihe had similarities with the sample sequences in NCBI, namely Cyrtosperma macrotum (99.88%), Podolasia stipitata (99.50%), Dracontium polyphyllum (99,38%) Pycnospatha arietina (99.38%) and Dracontioides desciscen (99%). From these results it could be concluded that DNA barcoding of daluga plant from Sangihe based on the matK gene could not  distinguish variations intraspesies. Keywords: daluga, dalugha, Cyrtosperma spp.
Identifikasi Tumbuhan Paku Air (Azolla sp.) Secara Morfologi dan Molekuler dengan Menggunakan Gen rbcL (Identification of Water Ferns (Azolla sp.) Based on Morphologycal Traits and Molecular Marker Using rbcL Gene) Mantang, Wianita; Mantiri, Feky R.; Kolondam, Beivy J.
JURNAL BIOS LOGOS Vol 8, No 2 (2018): JURNAL BIOSLOGOS
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jbl.8.2.2018.21445

Abstract

Abstrak Azolla merupakan salah satu tumbuhan paku air yang memiliki banyak manfaat, namun belum banyak dikenal dan sering dianggap sebagai tumbuhan gulma. Pengidentifikasian akan keberadaan jenis-jenis tumbuhan paku air (Azolla sp.) penting untuk dilakukan guna mendukung upaya pengembangan, pembudidayaan dan eksplorasi tumbuhan Azolla sp. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies tumbuhan paku air (Azolla sp.) secara morfologi dan molekuler dengan menggunakan gen rbcL. Hasil penelitian menunjukkan bahwa berdasarkan karakter morfologi sampel tumbuhan Azolla sp. asal Tondano Sulawesi Utara menunjukkan kemiripan dengan spesies A. pinnata dan Azolla asal Magelang Jawa Tengah menunjukkan kemiripan dengan spesies A. microphylla. Identifikasi menggunakan sekuens gen rbcL menunjukkan bahwa sekuens sampel tumbuhan Azolla asal Tondano (WM1) memiliki tingkat kemiripan 100% dengan A. pinnata dan Azolla asal Magelang (WM2) memiliki tingkat kemiripan 100% dengan A. microphylla yang terdapat dalam GenBank. Analisis jarak genetik menunjukkan kedua sampel WM1 dan WM2 memiliki hubungan kekerabatan yang cukup dekat dengan nilai jarak genetik 0,060.Kata kunci: Azolla sp., identifikasi morfologi, identifikasi molekuler, gen rbcL Abstract Azolla is one of the water ferns that has many benefits, but it is not yet widely known and is often regarded as a weed plant. Identification of water ferns (Azolla sp.) is important to be carried out to support the development, cultivation, and exploration of Azolla sp. This study aimed to identify species of aquatic plants (Azolla sp.) morphologically and molecularly using the gene rbcL. The results demonstrated that based on the morphological characters, the Azolla sp. from Tondano, North Sulawesi, showed similarity with species A. pinnata and Azolla from Magelang, Central Java, showed similarity to species A. microphylla. Identification using rbcL gene sequences showed that the sample sequence of plants Azolla from Tondano (WM1) had a 100% similarity level with A. pinnata and Azolla from Magelang (WM2) had a 100% similarity level with A. microphylla available in GenBank. Genetic distance analysis showed that both WM1 and WM2 samples had a close relationship with the genetic distance value of 0.060.Key words: Azolla sp., morphological identification, molecular identification, rbcL gene
Estimasi Densitas Tangkasi (Tarsius tarsier) di Luar Kawasan Hutan Hujan Tropis Dataran Rendah Sulawesi Utara Berdasarkan Sampling Duet Call Polii, Indra; ., Saroyo; Wahyudi, Lalu; Kolondam, Beivy J.
Jurnal MIPA Vol 5, No 1 (2016)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jm.5.1.2016.11190

Abstract

Telah dilakukan penelitian tentang densitas tangkasi (Tarsius tarsier) di luar kawasan hutan tropis dataran rendah Sulawesi Utara berdasarkan sampling duet call dengan tujuan untuk membandingkan densitasnya pada beberapa tipe habitat. Penelitian dilaksanakan di Kelurahan Batuputih untuk habitat pertanian, mangrove, dan semak; serta Gunung Klabat untuk habitat hutan dataran tinggi. Waktu penelitian dari bulan Mei sampai Juli 2013. Metode penelitian didasarkan pada sampling berdasarkan duet call dengan plot berbentuk lingkaran. Hasil penelitian menunjukkan densitas tangkasi ialah: 2,94 ekor/ha pada hutan dataran tinggi; 1,60 ekor/ha pada areal pertanian; 7,66 ekor/ha pada mangrove; dan 8,17 ekor/ha pada semak.A research about density of tangkasi (Tarsius tarsier) at the outside of lowland forest habitat in North Sulawesi has conducted to compare their density at several habitats based on the duet call. Research was done in Batuputih for farming area, mangrove, and shrub habitats and in Klabat Mountain for highland forest habitat. Time of research was May to July 2013. Method used was based on duet call sampling with circle plots. Results of this research were: density of tangkasi was 2.94 individuals/ha at highland forest, 1.60 individuals/ha at farming area, 7.66 individuals/ha at mangrove; and 8.17 individuals/ha at shrub.
Potensi Environmental DNA (e-DNA) Untuk Pemantauan dan Konservasi Keanekaragaman Hayati Marfuah, Siti; Kolondam, Beivy Jonathan; Tallei, Trina Ekawati
JURNAL BIOS LOGOS Vol 11, No 1 (2021): JURNAL BIOS LOGOS
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jbl.11.1.2021.31780

Abstract

(Article History: Received January 6, 2021; Revised February 12, 2021; Accepted February 28, 2021) ABSTRAK Hilangnya spesies dan adanya spesies invasif dalam suatu habitat dapat menjadi ancaman bagi spesies asli dalam satu ekosistem. Untuk itu diperlukan teknik terkini yang mampu mendeteksi keberadaan suatu organisme. Salah satu teknik yang dapat mendeteksi organisme target di lingkungan secara cepat dan akurat yaitu environmental DNA (e-DNA).Tujuan dari ulasan artikel ini yaitu untuk mengeksplorasi kemampuan e-DNA secara ekogenomik untuk pemantauan dan konservasi keanekaragaman hayati. Ulasan artikel ini menggunakan data sekunder yang diperoleh dari berbagai database yang berbasis dalam jaringan. Hasil analisis memperlihatkan bahwa dengan menggunakan pendekatan e-DNA pemantauan dan konsevasi keanekaragaman hayati dapat dideteksi sesuai dengan taksonomi organisme dan penanda molekuler. Penanda molekuler Cytochrome c Oxidase subunit 1 (COI) mampu mendeteksi berbagai spesies baik langka dan invasif. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa pendekatan e-DNA dapat dijadikan sebagai metode untuk pemantauan dan konsevasi keanekaragaman hayati pada berbagai ekosistem.Kata - kata kunci: environmental DNA; keanekaragaman hayati dan konservasi; penanda molekuler  ABSTRACTThe loss of species and the presence of invasive species in a habitat can be a threat to native species in an ecosystem. So we need the latest techniques that are able to detect the presence of an organism. One technique that can detect target organisms in the environment quickly and accurately is environmental DNA (e-DNA). The purpose of this review article is to explore the ecogenomic ability of e-DNA for monitoring and conservation of biodiversity. This article reviews using secondary data obtained from various network-based databases. The results of the analysis show that by using the e-DNA approach, monitoring and conservation of biological diversity can be detected according to the taxonomy of organisms and molecular markers. Cytochrome c Oxidase subunit 1 (COI) molecular markers are capable of detecting a variety of both rare and invasive species. Thus it can be concluded that the e-DNA approach can be used as a method for monitoring and conservation of biological diversity in various ecosystems.Keywords: environmental DNA; biodiversity and conservation; molecular markers
Optimalisasi Pengolah Limbah Organik Penghasil Biogas Skala Rumah Tangga dan Pupuk Organik Cair untuk Meningkatkan Ekonomi Kreatif Kampung Organik Kelompok Wanita Kecamatan Tikala Mambu, Susan Marlein; Mangindaan, Glanny; Kolondam, Beivy
JPAI: Jurnal Perempuan dan Anak Indonesia Vol 3, No 1 (2021): JPAI: Jurnal Perempuan dan Anak Indonesia
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35801/jpai.3.1.2021.36750

Abstract

Berbagai upaya dan strategi terus dilakukan untuk mengintegrasikan gender ke dalam arus pembangunan, antara lain dengan cara menempatkan perempuan sebagai subjek pembangunan dan menghilangkan faktor kendala yang dihadapi perempuan dalam pembangunan. Kegiatan PKM ini melibatkan Mitra kegiatan PKM yang merupakan Kelompok Wanita Organik di Kecamatan Tikala, dengan sebagian besar anggotanya adalah ibu rumah tangga. Meskipun mereka tinggal di ibukota Propinsi Sulawesi Utara, peluang kerja menjadi sangat terbatas, karena keterampilan yang minim. Salah satu ide untuk peningkatan kompetensi dan kesejahteraan ekonomi adalah melalui kegiatan Kampung Organik berupa pemanfaatan dan pengelolaan limbah organik melalui reaktor biogas yang dapat menghasilkan pupuk organik cair dan biogas. Program kemitraan ini bertujuan untuk memanfaatkan limbah organik skala rumah tangga yang mengalami proses pengolahan melalui reaktor biogas untuk menghasilkan pupuk organik cair (POC) yang berguna untuk meningkatkan kandungan bahan organik dan unsur hara dalam tanah, sehingga terjadi perbaikan sifat fisik, kimia dan biologi tanah, yang akhirnya berdampak pada peningkatan produktivitas tanah dan meningkatkan pertumbuhan dan produksi tanaman sebagai peluang bisnis yang bisa menjadi alternatif penghasilan tambahan bagi kelompok Wanita kampung organik serta menghasilkan biogas yang dapat digunakan untuk proses memasak sehari-hari. Metode pelaksanaan kegiatan yaitu metode berbasis kelompok yang dilakukan secara komprehensif meliputi penyuluhan, demonstrasi serta tutorial untuk meningkatkan pengetahuan tentang pembuatan pupuk organik cair yang dihasilkan melalui proses dekomposisi pada reaktor biogas, dan meningkatkan keterampilan bertanam sayuran maupun tanaman hias. Kegiatan tim PKM dilakukan secara terukur disertai proses monitoring evaluasi untuk mengukur ketercapaian target. Hasil kegiatan pengabdian ini menunjukkan terjadinya peningkatan pengetahuan para anggota kelompok wanita organik, yang awalnya sebagian besar kurang mengenal tentang pengolahan limbah organik rumah tangga menjadi pupuk organik cair dan biogas. Terjadi pula peningkatan keterampilan dalam bercocok tanam sayuran dan tanaman hias.
Identifikasi Zooplankton di Perairan Pulau Bunaken Manado Ruga, Lisa; Langoy, Marnix; Papu, Adelfia; Kolondam, Beivy
Jurnal MIPA Vol 3, No 2 (2014)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jm.3.2.2014.5856

Abstract

Perairan Pulau Bunaken merupakan objek wisata yang terdapat di Manado Sulawesi Utara dan merupakan daerah perlindungan laut. Perairannya dijaga agar tetap menunjang diversitas organisme di sekitar pantai dan menghasilkan nilai tambah dari segi estetika dan ketersediaan ikan-ikan yang menjadi sumber pencarian bagi masyarakat nelayan di pesisir. Salah satu indikator keberadaan ikan dan kesuburan perairan adalah adanya zooplankton. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi zooplankton yang ada di perairan Pulau Bunaken, Manado. Pengambilan sampel zooplankton dalam penelitian ini dilakukan di empat stasiun. Stasiun penelitian ini dipilih berdasarkan tempat pemanfaatannya, yaitu di daerah tubir, daerah liang, daerah dermaga perkampungan dan daerah observasi. Pengambilan sampel plankton di lakukan menggunakan plankton net dan sampel kemudian di identifikasi di Laboratorium Biokonservasi Biologi FMIPA UNSRAT. Hasil penelitian menunjukkan bahwa zooplankton yang ditemukan di Pulau Bunaken Manado secara umum termasuk dalam 14 kelas dan 28 genus dengan jumlah 7.676 individu. Stasiun yang mempunyai jumlah kelas terbanyak adalah stasiun III dan IV yaitu sebanyak 11 kelas.The waters of Bunaken Island is a tourism area located in Manado, North Sulawesi, and is a protected marine area. It is conserved to support the diversity of organisms around the coast and result in added value in terms of aesthetics and availability of fish that became the source of income for fishermen in coastal communities. One of the indicators for the presence of fish and water fertility is zooplankton. The purpose of this study was to identify zooplankton in the waters of Bunaken Island, Manado. Zooplankton sampling was performed at four stations. The stations were selected based on the utilization, those are in the edge region, the canal, the village dock, and observation area. Plankton sampling was done by using a plankton net and samples collected were identified in the laboratory of Bioconservation, Departement of Biology Faculty of Sciences UNSRAT. The results showed that zooplankton found in Bunaken Island, Manado was generally included in 14 classes and 28 genus with the number of sample of 7,676 individuals. Stations that have the highest number of 11 classes were III and IV.
AMPLIFIKASI GEN COI DARI SAMPEL DARAH ULAR DENGAN MENGGUNAKAN BEBERAPA PASANGAN PRIMER UNIVERSAL Pahlevi, Dylan R.; de Queljoe, Edwin; Kolondam, Beivy J.
ZOOTEC Vol 39, No 2 (2019)
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (178.387 KB) | DOI: 10.35792/zot.39.2.2019.25413

Abstract

AMPLIFICATION OF COI GENE FROM SNAKE BLOOD SAMPLES USING TWO UNIVERSALPRIMER PAIRS. This study aims to amplify COI (Cytochrome Oxidase Subunit I) gene fragments from snake blood. Four samples were obtained from four different snake individuals that were captured in Tapahan Telu Waterfall, Kali Village, Minahasa Regency. Total DNA from the sample was isolated and then the COI gene was amplified through the PCR (Polymerase Chain Reaction) reaction using two primer pairs, LCO1490-HCO2198 and FF2d-FR1d. These four samples were successfully amplified using different primers, i.e. DRP1 and DRP3 by FF2d-FR1d and DRP2 and DRP4 by LCO1490-HCO2198 primers. The success of amplification marked by the presence of 710 bp (LCO1490-HCO2198) and 707 bp (FF2d-FR1d) bands, which were indicated by those bands were located close to the standard 750 bp DNA ladder. Key words: Snake, Amplification, COI gene, Primers, PCR
DNA Barcoding of Sangihe Nutmeg (Myristica fragrans) using matK Gene TRINA EKAWATI TALLEI; BEIVY JONATHAN KOLONDAM
HAYATI Journal of Biosciences Vol. 22 No. 1 (2015): January 2015
Publisher : Bogor Agricultural University, Indonesia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1458.482 KB) | DOI: 10.4308/hjb.22.1.41

Abstract

Nutmeg (family: Myristicaceae) is a plant that originated from Banda islands and is widely cultivated in several places in the world. Secondary metabolites of this plant have a high value because of their benefits for the health, food, and beauty industries. This study aims at developing DNA barcode for nutmeg (Myristica fragrans) using standard recommended fragment of matK (maturase K) gene. Universal matK primer pairs were used to amplify 889 bp DNA fragment. BLAST search from NCBI site showed that Sangihe nutmeg has 100% identity with Myristica fatua, M. maingayi, and M. globosa. It also has 3 nucleotides difference with Rivola sebifera (identity 99.58%) and 4 nucleotides difference with Knema laurina (identity 99.43%). It can be inferred from this study that single locus of matK gene cannot be used to differentiate species in Myristica; it can only be used to differentiate the genus level within family Myristicaceae.
Sequence Analysis of the Cytochrome C Oxidase Subunit I Gene of Pseudagrion pilidorsum (Odonata: Coenagrionidae) Tallei, Trina Ekawati; Koneri, Roni; Kolondam, Beivy Jonathan
Makara Journal of Science Vol. 21, No. 1
Publisher : UI Scholars Hub

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Pseudagrion pilidorsumis1of over 140 species of Pseudagrion (in thefamily Coenagrionidae), the largest genus of damselfly. This species exhibits dimorphism due to the different body colorations of males and females, making them difficult to distinguish from other congeneric species. This study analyzed thecytochrome C oxidase subunit I (COI) gene sequence of P.pilidorsum found in Bogani Nani Wartabone National Park (North Sulawesi) and compared it with other sequences of P. pilidorsum from distinct geographical locations in Asia. The COI gene for the Sulawesi specimen was amplified using the universal primer pair LCO1490 and HCO2198. A sequence homology search was conducted through BLAST. Multiple sequence alignment was executed using CLUSTALO (1.2.1). A phylogenetic tree was constructed using the Neighbor-Joining method, and genetic distance was calculated using the Kimura 2-parameter. The COI gene sequence of the Sulawesi specimen lies in the range of 83.99-89.10% with other P. pilidorsum deposited at Gen Bank, namely KF369526 (Sarawakspecimen), AB708543, AB708544, and AB708545 (Japan specimens). The genetic distance falls in the range of 0.146-0.149 between the Sarawak specimen and the Japan specimen; 0.122-0.125 between the Sulawesi and Japan specimens; and 0.185 between the Sulawesi specimen and the Sarawak specimen. It can thus be inferred that the Sarawak and Japan specimens may not belong to the same species; the Sulawesi and Japan specimens may not belong to the same species; and the Sarawak specimen and Sulawesi specimens might be placed in different genera.