Claim Missing Document
Check
Articles

Found 34 Documents
Search

Eksplorasi Fungi Endofit Tumbuhan Mangrove Avicennia marina sebagai Penghasil Senyawa Antibakteri Agustina Monalisa Tangapo; Susan Marlein Mambu; Beivy Kolondam; Nelsyani Pasappa; Johanis Pelealu
Jurnal Ilmu Alam dan Lingkungan Vol. 13 No. 2 (2022): Jurnal Ilmu Alam dan Lingkungan
Publisher : Universitas Hasanuddin

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20956/jal.v13i2.22341

Abstract

Eksplorasi senyawa bahan alam masih terus dilakukan dari isolat-isolat mikroba baru seiring dengan resistensi terhadap senyawa antibiotik dan antimikroba. Tujuan penelitian ini untuk mengisolasi fungi endofit dari tumbuhan mangrove Avicennia marina dan mengoptimasi waktu fermentasi yang terbaik untuk aktivitas antibakteri. Metode yang digunakan adalah fermentasi fungi endofit pada media cair dan pengujian antibakteri dengan metode sumuran. Hasil penelitian ini diperoleh lima isolat fungi endofit dari A. marina yang memiliki kemampuan antibakteri terhadap bakteri jenis Escherichia coli, Staphylococcus aureus dan Pseudomonas aeruginosa. Satu isolat fungi endofit yaitu AVI.1 menunjukkan potensi yang sangat menjanjikan untuk dikembangkan karena memiliki waktu fermentasi tersingkat (lima hari) dan penghambatan yang kuat terhadap ketiga bakteri uji.
IDENTIFICATION OF POTENTIAL DIESEL OIL-DEGRADING BACTERIA ISOLATED FROM MANADO SEA PORT BASED ON 16S rRNA GENE Olivia H Abram; Trina E Tallei; Edwin de Queljoe; Beivy J Kolondam
JURNAL ILMIAH SAINS Volume 14 Nomor 2, Oktober 2014
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (289.928 KB) | DOI: 10.35799/jis.14.2.2014.5932

Abstract

ABSTRACT  Petroleum contamination and its derivate in ecosystem are considered as environmental threat all over the world. Some microorganisms exhibit potential to degrade hydrocarbon in contaminated environments. This study aims at identifying potential diesel oil-degrading bacteria grown on artificial media. Bacteria isolated from Manado Sea port were grown in nutrient agar containing artificial diesel oil plus salt water and diesel oil only, respectively. The growing bacteria were isolated and each of them was grown separately to obtain pure isolate. Three bacterial isolates namely AO2, OA3 and OA4 were identified using 16S rRNA gene as Pseudomonas aeroginosa, Klebsiella oxytoca, and Citrobacter sp, respectively. Keywords: diesel oil, diesel oil-degrading bacteria, Manado Sea Port, 16S rRNA gene IDENTIFIKASI BAKTERI YANG BERPOTENSI SEBAGAI PENDEGRADASI MINYAK DIESEL DI ISOLASI DARI PELABUHAN LAUT MANADO   ABSTRAK   Kontaminasi minyak bumi dan turunannya dalam ekosistem dianggap sebagai ancaman lingkungan di seluruh dunia. Beberapa mikroorganisme menunjukkan potensi yang dapat menurunkan hidrokarbon dalam lingkungan yang terkontaminasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi bakteri yang berpotensi sebagai pendegradasi minyak yang tumbuh pada media buatan. Bakteri diisolasi dari pelabuhan laut Manado dan ditumbuhkan dalam media NA yang mengandung minyak diesel dengan penambahan air garam buatan dan minyak diesel tanpa air garam buatan. Bakteri yang tumbuh diisolasi dan masing-masing ditanam secara terpisah untuk mendapatkan isolat murni. Tiga isolat bakteri yaitu AO2, AO3 dan AO4 yang telah diidentifikasi menggunakan 16S rRNA gen secara berturut-turut adalah  Pseudomonas aeroginosa, Klebsiella oxytoca, dan Citrobacter sp. Kata kunci: minyak diesel, bakteri pendegradasi minyak diesel, Pelabuhan Laut Manado, gen 16S rRNA
KETERKAITAN PROTEIN YANG MENGANDUNG THIOESTER (TEP) DENGAN IMUNITAS DARI NYAMUK ANOPHELES TERHADAP PLASMODIUM Presticilla D Irawan; Beivy J Kolondam
JURNAL ILMIAH SAINS Volume 16 Nomor 1, April 2016
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (326.312 KB) | DOI: 10.35799/jis.16.1.2016.12151

Abstract

KETERKAITAN PROTEIN YANG MENGANDUNG THIOESTER (TEP) DENGAN IMUNITAS DARI NYAMUK ANOPHELES TERHADAP PLASMODIUM ABSTRAK Protein thioester (TEP) merupakan promotor terjadinya fagositosis bakteri Gram positif dan Gram negatif dalam sistem imun serangga. Salah satu TEP, yaitu TEP1 pada nyamuk Anopheles berfungsi sebagai faktor komplemen yang membunuh Plasmodium. TEP1 nyamuk disintesis pada hemosit dan disekresikan dari hemolimfa. Hubungan TEP1 dengan protein dan enzim lain dapat menghalangi perkembangan ookista dan ookinet pada lambung nyamuk betina. TEP1 nyamuk terdiri dari dua alel yaitu alel R (refractory/resisten) dan alel S (susceptible/rentan). Efektivitas kematian ookinet pada nyamuk TEP-S hanya 80% dan pada nyamuk TEP-R terjadi 100%. Respon imun nyamuk beralel R efektif mematikan Plasmodium, namun nyamuk beralel S mendominasi populasi. Kata-kata kunci: TEP, Anopheles, plasmodium, immunitas, malaria CONNECTION OF THIOESTER PROTEIN (TEP) AND IMMUNITY OF ANOPHELES MOSQUITO TO PLASMODIUM ABSTRACT Protein thioester (TEP) is the promotor of phagocytosis for Gram Posistive and Gram negative bacteria in insects immune system. One of the TEPs, the TEP1 are acting as complement factor to eliminate Plasmodium. TEP1 is syntetized in hemocyte and secreted from hemolymph. The connection of TEP1 with other proteins and enzymes are able to inhibit the oocyst and ookinete in the gastric of female mosquitos. The TEP is consist of two alleles; The R (refractory) and the S (susceptible). The death of ookinete in TEP-S and TEP-R mosquitos are 80% and 100%, respectively. Immune respond of mosquitos with R-allele are effective to kill Plasmodium but the S-allele are dominant in the population. Kata-kata kunci: TEP, Anopheles, Plasmodium, immunity, malaria
ANALISIS SEKUENS DAN FILOGENETIK BEBERAPA TUMBUHAN Syzygium (MYRTACEAE) DI SULAWESI UTARA BERDASARKAN GEN matK Presticilla D Irawan; Trina E Tallei; Beivy J Kolondam
JURNAL ILMIAH SAINS Volume 16 Nomor 2, Oktober 2016
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (386.412 KB) | DOI: 10.35799/jis.16.2.2016.14022

Abstract

Syzygium (Myrtaceae) merupakan tumbuhan yang memiliki banyak manfaat di bidang ekonomi dan kesehatan. Informasi dan publikasi mengenai klasifikasi tumbuhan Syzygium masih sedikit. Pengelompokkan beberapa jenis tumbuhan dalam genus ini masih ditemui masalah, antara lain tumpang tindihnya nama Syzygium dengan Eugenia dan beberapa tumbuhan belum diketahui posisinya dalam klasifikasi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variasi sekuens gen matK dan mengkonstruksi pohon filogenetik pada beberapa tumbuhan Syzygium di Sulawesi Utara, yaitu pakoba, jamblang dan bombongan. Analisis variasi sekuens menunjukkan adanya perbedaan satu nukleotida antara tumbuhan pakoba dan jamblang, serta perbedaan 5-6 nukleotida antara bombongan dengan jamblang dan pakoba. Selain itu, variasi juga ditunjukan antara sekuens sampel tumbuhan Syzygium dengan sekuens kerabat yang diperoleh dari basis data GenBank yaitu adanya perbedaan 2-3 nukleotida dengan spesies kerabat terdekat dan perbedaan 5-6 nukleotida dengan spesies kerabat terjauh. Hasil perhitungan jarak genetik menggunakan Kimura-2-parameter menunjukkan nilai jarak interspesies kecil, yaitu 0.000-0.011.Kata Kunci: Variasi Genetik, Gen matK, Syzygium, Sulawesi Utara.
INTERAKSI ANTARA MIKROBIOTA USUS DAN SISTEM KEKEBALAN TUBUH MANUSIA Fitri Elizabrth Br Hasibuan; Beivy Jonathan Kolondam
JURNAL ILMIAH SAINS Volume 17 Nomor 1, April 2017
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (586.343 KB) | DOI: 10.35799/jis.17.1.2017.15221

Abstract

INTERAKSI ANTARA MIKROBIOTA USUS DAN SISTEM KEKEBALAN TUBUH MANUSIA Fitri Elizabrth Br Hasibuan dan Beivy Jonathan Kolondam ABSTRAK Sejumlah besar mikrobiota yang menghuni sistem pencernaan manusia memiliki peran penting dengan sistem kekebalan tubuh. Mikrobiota ini melaksanakan fungsi penting untuk fisiologi inang. Dalam tubuh manusia terdapat sekitar 10-100 triliun mikrobiota. Jumlah mikrobioma pada manusia paling banyak terdapat di usus, yaitu sekitar 100 triliun sel-sel mikrobiota yang terdiri dari 1.000 spesies berbeda. Mikrobiota adalah seluruh mikroba yang hidup di tubuh manusia yang terdiri dari bakteri, archae, virus, dan jamur yang pada umumnya hidup di setiap bagian tubuh manusia seperi kulit, vagina, hidung dan mulut. Bakteri pada mikrobioma manusia memiliki peran pada imunitas, nutrisi, dan perkembangan manusia. Di sini ditinjau tentang interaksi antara koloni mikroba dan sistem kekebalan tubuh dan implikasi dari temuan ini bagi kesehatan manusia. Kata-kata kunci: mikrobiota usus, sistem kekebalan tubuh, interaksi, bakteria.   INTERACTION BETWEEN GUT MICROBIOTA AND THE HUMAN IMMUNE SYSTEM ABSTRACT Most of the gut microbiota has important role in human immune system. These microbiota conducts important function for host physiology. The microbiota in the human body can range around 10 to 100 billion in number which contained 1,000 different species. Microbiota are the whole microbes living in human body such as bacteria, archaea, virus, and fungi, located on the skin or inside the vagina, nose and mouth. Bacteria in human microbiome has important roles in nutrition, immunity, and human development. This article discussed about interaction of microbes and immune system along with the implication of the interaction for human health. Keywords: Gut microbiota, immune system, interaction, bacteria
Evaluasi Deteksi Berbasis PCR untuk Bakteri Bifidobacterium longum dalam Sampel Feses Bayi dari Kota Manado Beivy Jonathan Kolondam
JURNAL ILMIAH SAINS Volume 20 Nomor 1, April 2020
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (973.534 KB) | DOI: 10.35799/jis.20.1.2020.27702

Abstract

Bifidobakteria merupakan mikroflora yang umum hidup dalam usus manusia sejak bayi. Peran Bifidobacterium longum yang positif sebagai salah satu bakteri yang menunjang kesehatan inangnya membuat bakteri ini menjadi objek studi yang menarik. Salah satu instrumen dalam penelitian adalah adalah metode deteksi bakteri B. longum yang berbasis PCR (Polymerase Chain Reaction) gen 16S rRNA. Dengan mempertimbangkan bahwa perancangan primer untuk deteksi ini sudah lebih dari 20 tahun, penelitian ini bertujuan mengevaluasi hasil deteksi melalui PCR terhadap B. longum dalam feses bayi. Akurasi hasil dilihat melalui sekuensing terhadap hasil PCR sampel yang terdeteksi positif. Dua sampel feses bayi di Manado yang diperiksa menunjukkan hasil positif dan produk PCR tersebut dilakukan sekuensing. Panjang DNA yang nyata dari hasil deteksi ini yaitu 829 bp dan bukan 831 bp. Sekuens DNA kedua sampel ini identik satu sama lain. Hasil BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) mengonfirmasi kesamaan 100% (identik) dari kedua specimen dari Kota Manado dengan sekuens gen 16S rRNA specimen bakteri B. longum yang telah ada dalam GenBank.Kata-kata kunci: Bifidobacterium longum, Polymerase Chain Reaction, deteksi, feses, bayi. Evaluation of PCR-Based Detection for Bifidobacterium longum in Infant Fecal Samples from Manado City ABSTRACTBifidobacteria are common members of the gut microflora of humans since infant. The Bifidobacterium longum has positive roles and one of supportive bacteria to the host, which made interesting as a study object. One instrument in studying this bacterial species is the detection method based on PCR of 16S rRNA gene. In consideration of the design of primers for this detection method is already more than 20 years, this research aimed to evaluate the PCR-based detection of B. longum in infant feces. The accuracy of the method was evaluated from sequencing of DNA fragment from positive results. Two fecal samples in Manado City shown positive result were sent for sequencing. The actual length of DNA amplified by PCR was 829 bp, not 831 bp. The DNA sequence of both samples were identical to each other. The BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) result confirmed the similarity of both samples from Manado with 16S rRNA gene sequence of B. longum specimens in GenBank.Keywords: Bifidobacterium longum, Polymerase Chain Reaction, detection, feces, infant.
A Review on Mitochondrial Genome of Ants (Hymenoptera: Formicidae) Kolondam, Beivy Jonathan; Tallei, Trina Ekawati; Koneri, Roni; Abas, Abdul Hawil; Mamahit, Juliet Merry Eva
Heca Journal of Applied Sciences Vol. 1 No. 2 (2023): October 2023
Publisher : Heca Sentra Analitika

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.60084/hjas.v1i2.74

Abstract

Ants, which are members of the Formicidae family, have been the subject of considerable scientific scrutiny due to their remarkable diversity and ecological importance. Extensive research endeavors have been directed towards understanding the complex behaviors and ecological responsibilities exhibited by these organisms. The advent of cutting-edge sequencing technology in recent times has sparked a significant breakthrough in the deciphering of mitochondrial genomes in many animals, including ants. The objective of this review paper is to provide an informative summary of the mitochondrial DNA of ants. Exploring the intricate structural aspects, we investigate the genetic diversity that exists in the mitochondrial genomes of ants. The investigation of evolutionary processes provides insight into the complex alterations that have shaped genomes throughout time. The broader ramifications of these genetic differences for the fields of ant biology and conservation are thoroughly considered. An examination is conducted on the structural characteristics, genetic variations, and evolutionary features of ant mitochondrial genomes, along with an investigation into their physiological impacts. As the molecular complexities of ant mitochondrial genomes are revealed, there is an opportunity to further explore their realm, leading to a more comprehensive comprehension of these extraordinary organisms.
PCR-RFLP Design for Authentication of Red Snapper Species Based on CYB Gene Timbuleng, Kevin; Kolondam, Beivy J; Katili, Deidy
Jurnal Ilmiah Platax Vol. 9 No. 1 (2021): ISSUE JANUARY - JUNE 2021
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jip.9.1.2021.33541

Abstract

The PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) technique is a species identification method that can facilitate food inspection agencies to overcome mislabelling. In addition, this technique is simple, fast, powerful, and cheap compared to DNA barcodes. This study aimed to accommodate the problem in determining restriction endonuclease enzymes for the digestion of PCR end products through the design of snapper species authentication using the CYB gene in silico. Differentiation of CYB gene sequences with DNA barcoding showed that all species could be differentiated with the highest similarity level in Red Fish (Sebastes) species by 98.9% and snapper species between L. malabaricus and L. erythropterus by 99.8%. Enzyme tracing based on sequences variation of snapper species with substitution species found three potential enzymes from the CYB gene sequence, namely, Accl, Fnu4HI, and Tsp45I. Where all these enzymes can discriminate red snapper species among other.Key words: PCR-RFLP; CYB gene; Red snapperAbstrakTeknik PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) merupakan metode identifikasi spesies yang dapat memfasilitasi lembaga inspeksi makanan untuk mengatasi mislabelling. Selain itu, teknik ini sederhana, cepat, kuat, dan murah dibandingkan dengan barcode DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mengakomodasi masalah dalam menentukan enzim restriksi endonuklease untuk digesti produk akhir PCR lewat perancangan autentikasi spesies ikan kakap menggunakan gen CYB secara in silico. Diferensiasi sekuens gen CYB dengan DNA barcoding menunjukkan semua spesies dapat dibedakan dengan tingkat kesamaan tertinggi pada spesies Red Fish (Sebastes) sebesar 98,9% dan spesies kakap antara L. malabaricus dan L. erythropterus sebesar 99,8%. Penelusuran enzim berdasarkan variasi sekuens spesies kakap dengan spesies substitusi ditemukan sebanyak tiga enzim yang berpotensi yaitu, Accl, Fnu4HI, dan Tsp45I. Semua enzim tersebut dapat memdiskriminasikan spesies kakap merah dari spesies lainnya.Kata kunci: PCR-RFLP; gen CYB; ikan kakap merah
Evaluation of 16S rRNA Gene Sequence for DNA Barcoding of Tuna Fish Kolondam, Beivy J
Jurnal Ilmiah Platax Vol. 10 No. 1 (2022): ISSUE JANUARY-JUNE 2022
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jip.v10i1.38861

Abstract

For fish product authentication, DNA barcoding has been a reliable tool. This is due to its requirement of a small amount of tissue sample in order to conduct a full analysis for species identification. This research aimed to conduct an assessment for the use of 16S rRNA gene sequence for tuna fish identification through DNA barcoding. Previous in silico studies using the COI gene and CYB gene were conducted using the same tuna fish specimens. A comparison of 16S rRNA gene sequence between Bluefin tuna (five species), Yellowfin tuna (three species), and another group of tuna (five species) showed the reliability of this gene in differentiating all species represented by the respective specimens. The multiple sequence alignment of 1695 bp in this research is reliable for accurate identification. All specimens of Thunnus (Bluefin group and Yellowfin group) were able to be differentiated with other genera (Auxis, Euthynnus, and Katsuwonus) group in 27 sites. The other tuna fish genera group members are similar in 27 sites and the member Thunnus group has a polymorphism in the same location. The similarity among the Bluefin group is 99.3% to 99.8%. The similarity among Yellowfin group is 99.6% to 99.9%. The similarity among the other group is 97.5% to 99.5%. In conclusion, the 16S rRNA gene is a reliable marker for DNA barcoding of tuna fish.Keywords: DNA barcoding; 16S rRNA gene; tuna fishAbstrakUntuk kepentingan autentikasi produk-produk dari ikan, DNA barcoding merupakan perangkat yang dapat diandalkan. Ini disebabkan karena metode ini hanya membutuhkan sedikit sampel jaringan untuk analisis identifikasi spesies. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan asesmen penggunaan sekuens gen 16S rRNA untuk identifikasi ikan tuna melalui DNA barcoding. Studi in silico sebelumnya untuk gen COI dan gen CYB dilaksanakan menggunakan spesimen ikan tuna yang sama. Perbandingan sekuens gen 16S rRNA antara kelompok ikan tuna Bluefin (lima spesies), kelompok ikan tuna Yellowfin (tiga spesies), dan kelompok ikan tuna jenis lain (lima spesies) menunjukkan kemampuan gen ini dalam membedakan semua spesies. Dari hasil yang diperoleh, penjajaran multisekuens dari 1695 bp dapat diandalkan untuk indentifikasi yang akurat. Semua spesimen genus Thunnus (kelompok Bluefin dan kelompok Yellowfin) dapat dibedakan dengan spesimen lainnya pada 27 titik nukleotida. Kelompok tuna jenis lain juga memiliki nukleotida yang seragam di 27 lokasi dibandingkan dengan yang dari genus Thunnus. Tingkat kesamaan antar spesimen kelompok tuna Bluefin yaitu 99,3% sampai 99,8%. Tingkat kesamaan antar spesimen kelompok tuna Yellowfin yaitu 99,6% sampai 99,9%. Tingkat kesamaan antar kelompok tuna jenis lain yaitu 97,5% sampai 99,5%. Dari penelitian ini dapat disimpulkan bahwa gen 16S rRNA merupakan gen yang dapat diandalkan untuk DNA barcoding ikan tuna.Kata-kata kunci: DNA barcoding; gen 16S rRNA; ikan tuna
Benefits of Green Tea Polyphenols for Kidney Health: A Literature Review Sari, Nadia Warda Sekar; Tallei, Trina Ekawati; Kolondam, Beivy Jonathan
Grimsa Journal of Science Engineering and Technology Vol. 1 No. 2 (2023): December 2023
Publisher : Graha Primera Saintifika

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.61975/gjset.v1i2.13

Abstract

The issue of kidney health has emerged as a global public health concern. Kidneys play a vital role in eliminating toxic substances and maintaining fluid and chemical balance in the body. Preserving kidney health is tantamount to safeguarding overall bodily health, as kidney damage can adversely affect other organs and organ systems. This can give rise to various ailments and compromise one’s physical condition. Throughout ancient history, plants have been employed for medicinal purposes in treating a wide array of ailments with one such plant being tea (Camellia sinensis L). Tea is renowned for its antioxidant and anti-inflammatory properties. It contains bioactive compounds, notably polyphenols, which contribute to enhancing health. Polyphenols serve as therapeutic agents for the kidneys and can prevent the onset of other degenerative disease. Prior research has demonstrated that EGCG, a derivative of polyphenols, can safeguard the kidneys against ischemia-reperfusion injury, kidney fibrosis, and inflammation. Catechins, a subcategory of polyphenols, act as antioxidants, anti-inflammatories, and anti-apoptotic agents, thereby shielding kidney cells.