Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
3.006
P-Index
This Author published in this journals
All Journal HAYATI Journal of Biosciences Media Teknologi Hasil Perikanan Jurnal MIPA PHARMACON JURNAL ILMIAH PLATAX Jurnal Bios Logos JURNAL BIOMEDIK Jurnal Ilmu Alam dan Lingkungan The Studies of Social Sciences Jurnal Perempuan dan Anak Indonesia ZOOTEC Makara Journal of Science Jurnal Ilmiah Sains Heca Journal of Applied Sciences Grimsa Journal of Science Engineering and Technology Kalwedo Sains (KASA)
BEIVY JONATHAN KOLONDAM
Department of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, University of Sam Ratulangi, Kampus UNSRAT Bahu, Manado 95115
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Humanities Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Computer Science & IT Decision Sciences, Operations Research & Management Earth & Planetary Sciences Economics, Econometrics & Finance Education Engineering Environmental Science Health Professions Immunology & microbiology Languange, Linguistic, Communication & Media Law, Crime, Criminology & Criminal Justice Mathematics Medicine & Pharmacology Physics Social Sciences Veterinary Other

Published : 34 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 34 Documents
Search

 1   2   3   4 
TRANSFORMASI PLASMID YANG MENGANDUNG GEN MERB PADA ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) Bernadus, Zefanya; Fatimawali, Fatimawali; Kolondam, Beivy
PHARMACON Vol 8, No 2 (2019)
Publisher : PHARMACON

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

ABSTRACTDNA transformation is one of the methods for inserting DNA into bacterial cells. The current transformation method is widely used to transfer plasmids containing genetic material. This study aims to evaluate the results of plasmid transformation containing merB gene in Escherichia coli BL21(DE3) bacteria. The stages of the research carried out were preceded by the microbiological identification of the E. coli BL21(DE3) bacteria used as hosts. Then the plasmid transformation containing merB gene into the E. coli BL21(DE3) host cell using the heat shock method was carried out. The transformation results were evaluated by observing at the presence of E. coli BL21(DE3) colonies on agar Luria Bertani (LB) media containing ampicillin antibiotics. Plasmids in E. coli BL21(DE3) were isolated and analyzed by 1% agarose gel electrophoresis. The results showed the success of the transformation indicated by the growth of E. coli BL21(DE3) bacteria in agar LB media containing ampicillin and the visualization on agarose gel resulted that the plasmid which carried the merB gene could be transformed in to the E. coli BL21(DE3) bacteria.Keywords : Plasmids, merB genes, heat shock, Escherichia coli BL21(DE3)ABSTRAKTransformasi DNA merupakan salah satu metode untuk memasukkan DNA ke dalam sel bakteri. Metode transformasi saat ini dipakai secara luas untuk mentransfer plasmid yang mengandung bahan genetika. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi hasil transformasi plasmid yang mengandung gen merB pada bakteri Escherichia coli BL21(DE3). Tahapan penelitian didahului dengan identifikasi secara mikrobiologi bakteri E. coli BL21(DE3) yang digunakan sebagai inang. Selanjutnya dilakukan transformasi plasmid yang mengandung gen merB kedalam sel inang E. coli BL21(DE3) menggunakan metode heat shock. Hasil transformasi dievaluasi dengan melihat adanya koloni E. coli BL21(DE3) pada media agar Luria Bertani (LB) yang mengandung antibiotik ampisilin. Plasmid pada E. coli BL21(DE3) diisolasi dan dianalisis dengan elektroforesis gel agarose 1%. Hasil penelitian menunjukkan keberhasilan transformasi dengan adanya pertumbuhan bakteri E. coli BL21(DE3) pada media LB yang mengandung ampisillin dan hasil visualisasi pada agarose gel terlihat bahwa plasmid yang membawa gen merB dapat ditransformasikan ke dalam bakteri E. coli BL21(DE3).Kata Kunci : Plasmid, gen merB, heat shock, Escherichia coli BL21(DE3)
PERAN GEN STRUKTURAL, GEN NON-STRUKTURAL, DAN UNTRANSLATED REGION DALAM PERAKITAN VIRUS DENGUE Pangerapan, Meiranty C.; Kolondam, Beivy J.
Jurnal Biomedik : JBM Vol 7, No 2 (2015): JURNAL BIOMEDIK : JBM
Publisher : UNIVERSITAS SAM RATULANGI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35790/jbm.7.2.2015.9322

Abstract

Abstract: Dengue virus is a single-stranded RNA virus that belongs to Flaviviridae family. This virus causes dengue fever which is transmitted by Aedes aegypti dan Aedes albopictus. There are four serotypes of dengue virus; all of them can cause dengue fever. Understanding the genomics of dengue virus is important for research and diagnostics. The genome of dengue virus is 11 kilo-base long. It consists of 5’-untranslated region (5’-UTR), three structural genes (coding capsid protein, pre-membrane/membrane, and envelope), seven non-structural genes (coding NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, and NS5 proteins) and 3’-UTR. Non-structural genes are encoding proteins of viral RNA replication, interferon response, viral assembly and secretion, endoplasmic reticulum membrane invagination induction, immune-mediator induction, and RNA 5’-caping.Keywords: dengue virus, genome, structural genes, non-structural genes, untranslated region.Abstrak: Virus dengue merupakan virus RNA beruntai tunggal yang termasuk dalam famili Flaviviridae. Virus ini adalah penyebab penyakit demam berdarah dengue yang ditransmisikan melalui nyamuk Aedes aegypti dan Aedes albopictus. Ada empat serotipe virus dengue yang telah dikenal secara luas yang ada semuanya dapat menimbulkan penyakit demam berdarah. Pemahaman tentang genomik virus dengue sangat penting untuk pengembangan penelitian dan juga untuk keperluan diagnostik. Genom virus dengue memiliki panjang 11 kilo basa. Genomnya tersusun atas 5’-untranslated region (5’-UTR), tiga gen struktural (mengodekan protein kapsid, premembran/membran dan amplop), tujuh gen non-struktural (mengodekan protein NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B dan NS5) dan 3’-UTR. Gen-gen non-struktural mengodekan protein untuk replikasi RNA virus, respon interferon, perakitan, sekresi partikel virus, menginduksi invaginasi membran retikulum endoplasma, induksi imunomediator dan penambahan tudung pada ujung 5’ RNA.Kata kunci: virus dengue, genom, gen struktural, gen non-struktural, untranslated region
IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI DALAM FESES KUCING (FELIS DOMESTICA) YANG DITUMBUHKAN PADA DE MANN ROGOSA SHARPE AGAR (MRSA) Mende, Pingkan S.; Pelealu, Johanis; Kolondam, Beivy
PHARMACON Vol 8, No 1 (2019): Pharmacon
Publisher : PHARMACON

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI DALAM FESES KUCING (Felis domestica) YANG DITUMBUHKAN PADA DE MANN ROGOSA SHARPE AGAR (MRSA)MOLECULAR IDENTIFICATION OF BACTERIA IN CAT (Felis domestica) FECES GROWN ON DE MANN ROGOSA SHARPE AGAR (MRSA)Pingkan Stela Mende1), Johanis Pelealu1), Beivy Kolondam1)1)Jurusan Biologi, FMIPA Unsrat Manado, 95115ABSTRACTBacteria has many important role in the digestive tract of animals. Beneficial bacteria in the digestive tract are thought to be able to inhibit the growth of pathogenic bacteria, while pathogenic bacteria can cause diseases and infections. This research aimed to grow bacteria living in cat feces and to identify it with molecular method. This study used moleculer identification based on 16S rRNA gene as marker. There were three isolate if bacteria taken from the culture. Two isolates were identified as Enterococcus faecalis (with 99% and 100% in similarity compared with GenBank database). One isolate was identified as Kurthia gibsonii (100% in similarity).Keywords: Bacteria, cat feces, MRS Agar, gen 16s rRNAABSTRAKBakteri memiliki peran penting dalam saluran pencernaan hewan. Bakteri yang menguntungkan dalam saluran pencernaan dianggap mampu menghambat pertumbuhan bakteri patogen, sedangkan bakteri yang merugikan dalam saluran pencernaan hewan dianggap mampu menyebabkan penyakit dan infeksi. Penelitian ini bertujuan untuk menumbuhkan bakteri-bakteri yang ada dalam feses kucing dan mengidentifikasikannya dengan metode molekuler. Penelitian ini menggunakan identifikasi molekuler berdasarkan gen 16S rRNA sebagai penanda. Hasil penelitian ini mendapatkan tiga isolat bakteri. Dua diantaranya teridentifikasi sebagai Enterococcus faecalis (kemiripan 99% dan 100% dengan yang ada di GenBank). Satu isolat teridentifikasi sebagai Kurthia gibsonii (kemiripan 100%).Kata kunci: Bakteri, feses kucing, Agar MRS, gen 16S rRNA 
PEMANFAATAN GEN 16S rRNA SEBAGAI PERANGKAT IDENTIFIKASI BAKTERI UNTUK PENELITIAN-PENELITIAN DI INDONESIA Akihary, Claudia Valleria; Kolondam, Beivy Jonathan
PHARMACON Vol 9, No 1 (2020): PHARMACON
Publisher : UNIVERSITAS SAM RATULANGI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/pha.9.2020.27405

Abstract

ABSTRACTThe 16S rRNA gene has hyper variable region and different for one bacterial species to another. The gene is being used as research tool to help for accurate identification of bacteria in many fields in Indonesia. As a useful tool, the 16S rRNA gene sequence is important as to explore the potencies of a bacterial species. Sequencing of this gene is very useful for research in clinical study, fisheries, marine science, agricultural science, and animal husbandry in Indonesia.   Keywords: 16S rRNA gene, research tool, bacteria, Indonesia                                                                     ABSTRAKGen 16S rRNA memiliki region yang sangat bervariasi dan berbeda setiap spesies bakteri. Penggunaannya sebagai perangkat penelitian, gen 16S rRNA telah banyak membantu dalam proses identifikasi berbagai jenis bakteri secara akurat untuk berbagai penelitian di Indonesia. Gen 16S rRNA tidak hanya dapat mengidentifikasi tetapi dapat dijadikan arahan dalam mengetahui potensi suatu bakteri. Sekuensing gen 16S rRNA telah digunakan secara luas untuk penelitian di bidang klinis, perikanan, kelautan, pertanian dan peternakan di Indonesia.Kata Kunci: Gen 16S rRNA, perangkat penelitian, Bakteri, Indonesia.
Variasi Sekuens Gen COI untuk DNA Barcoding Ikan Tuna Kolondam, Beivy J
Media Teknologi Hasil Perikanan Vol 8, No 2 (2020)
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/mthp.8.2.2020.28378

Abstract

DNA barcoding has been used for species identification of fishes, especially for fish product authentication. In tuna fish food products authentication, DNA barcoding is needed due to its requirement of small amount of samples for species identification. The COI gene, located in mitochondria of animal cells, is established as standard marker for animal DNA barcoding. This research aimed to study the variation in COI gene of tuna fish species in three groups, such as Bluefin tuna (five species), Yellowfin tuna (three species), and other tuna species (five species). The variation comparison showed that this gene can differentiate 11 out of 13 tuna species. The Thunnus orientalis and T. thynnus has 100% similarity over COI gene (identical). Therefore, another marker gene is required to differentiate this two species. Variation in COI gene has the ability to differentiate all species in the genus Thunnus with other genus (Auxis, Euthynnus, and Katsuwonus) by 29 nucleotide sites. Bluefin tuna group has one site unique to two other groups. Yellowfin tuna group did not have site for differentiation. Other tuna species has 33 nucleotide sites for differentiation with two other groups.
IDENTIFIKASI MOLEKULER BAKTERI DALAM FESES KUCING (Felis domestica) YANG DITUMBUHKAN PADA DE MANN ROGOSA SHARPE AGAR (MRSA) Mende, Pingkan Stela; Pelealu, Johanis; Kolondam, Beivy
PHARMACON Vol 8, No 1 (2019): PHARMACON
Publisher : UNIVERSITAS SAM RATULANGI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/pha.8.2019.29239

Abstract

ABSTRACTBacteria has many important role in the digestive tract of animals. Beneficial bacteria in the digestive tract are thought to be able to inhibit the growth of pathogenic bacteria, while pathogenic bacteria can cause diseases and infections. This research aimed to grow bacteria living in cat feces and to identify it with molecular method. This study used moleculer identification based on 16S rRNA gene as marker. There were three isolate if bacteria taken from the culture. Two isolates were identified as Enterococcus faecalis (with 99% and 100% in similarity compared with GenBank database). One isolate was identified as Kurthia gibsonii (100% in similarity). Keywords: Bacteria, cat feces, MRS Agar, gen 16s rRNA ABSTRAKBakteri memiliki peran penting dalam saluran pencernaan hewan. Bakteri yang menguntungkan dalam saluran pencernaan dianggap mampu menghambat pertumbuhan bakteri patogen, sedangkan bakteri yang merugikan dalam saluran pencernaan hewan dianggap mampu menyebabkan penyakit dan infeksi. Penelitian ini bertujuan untuk menumbuhkan bakteri-bakteri yang ada dalam feses kucing dan mengidentifikasikannya dengan metode molekuler. Penelitian ini menggunakan identifikasi molekuler berdasarkan gen 16S rRNA sebagai penanda. Hasil penelitian ini mendapatkan tiga isolat bakteri. Dua diantaranya teridentifikasi sebagai Enterococcus faecalis (kemiripan 99% dan 100% dengan yang ada di GenBank). Satu isolat teridentifikasi sebagai Kurthia gibsonii (kemiripan 100%).
TRANSFORMASI PLASMID YANG MENGANDUNG GEN merB PADA Escherichia coli BL21(DE3) Bernadus, Zefanya G; Fatimawali, Fatimawali; Kolondam, Beivy
PHARMACON Vol 8, No 1 (2019): PHARMACON
Publisher : UNIVERSITAS SAM RATULANGI

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/pha.8.2019.29254

Abstract

ABSTRACTDNA transformation is one of the methods for inserting DNA into bacterial cells. The current transformation method is widely used to transfer plasmids containing genetic material. This study aims to evaluate the results of plasmid transformation containing merB gene in Escherichia coli BL21(DE3) bacteria. The stages of the research carried out were preceded by the microbiological identification of the E. coli BL21(DE3) bacteria used as hosts. Then the plasmid transformation containing merB gene into the E. coli BL21(DE3) host cell using the heat shock method was carried out. The transformation results were evaluated by observing at the presence of E. coli BL21(DE3) colonies on agar Luria Bertani (LB) media containing ampicillin antibiotics. Plasmids in E. coli BL21(DE3) were isolated and analyzed by 1% agarose gel electrophoresis. The results showed the success of the transformation indicated by the growth of E. coli BL21(DE3) bacteria in agar LB media containing ampicillin and the visualization on agarose gel resulted that the plasmid which carried the merB gene could be transformed in to the E. coli BL21(DE3) bacteria.Keywords : Plasmids, merB genes, heat shock, Escherichia coli BL21(DE3)ABSTRAKTransformasi DNA merupakan salah satu metode untuk memasukkan DNA ke dalam sel bakteri. Metode transformasi saat ini dipakai secara luas untuk mentransfer plasmid yang mengandung bahan genetika. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi hasil transformasi plasmid yang mengandung gen merB pada bakteri Escherichia coli BL21(DE3). Tahapan penelitian didahului dengan identifikasi secara mikrobiologi bakteri E. coli BL21(DE3) yang digunakan sebagai inang. Selanjutnya dilakukan transformasi plasmid yang mengandung gen merB kedalam sel inang E. coli BL21(DE3) menggunakan metode heat shock. Hasil transformasi dievaluasi dengan melihat adanya koloni E. coli BL21(DE3) pada media agar Luria Bertani (LB) yang mengandung antibiotik ampisilin. Plasmid pada E. coli BL21(DE3) diisolasi dan dianalisis dengan elektroforesis gel agarose 1%. Hasil penelitian menunjukkan keberhasilan transformasi dengan adanya pertumbuhan bakteri E. coli BL21(DE3) pada media LB yang mengandung ampisillin dan hasil visualisasi pada agarose gel terlihat bahwa plasmid yang membawa gen merB dapat ditransformasikan ke dalam bakteri E. coli BL21(DE3).Kata Kunci : Plasmid, gen merB, heat shock, Escherichia coli BL21(DE3)
Uji Antibakteri Nanopartikel Kitosan terhadap Pertumbuhan Bakteri Staphylococcus aureus dan Escherichia coli. Magani, Alce K; Tallei, Trina E; Kolondam, Beivy J
JURNAL BIOS LOGOS Vol 10, No 1 (2020): JURNAL BIOS LOGOS
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jbl.10.1.2020.27978

Abstract

Uji Antibakteri Nanopartikel Kitosan terhadap Pertumbuhan Bakteri Staphylococcus aureus dan Escherichia coli.(Antibacterial Test of Chitosan Nanoparticles against Staphylococcus aureus and Escherichia coli) Alce K. Magani*, Trina E. Tallei, Beivy J. KolondamProgram Studi Biologi, FMIPA Universitas Sam Ratulangi, Manado 95115*Email korespondensi: alcemagani@gmail.com (Article History: Received 30-12-2019; Revised 15-01-2020; Accepted 23-01-2020) Abstrak Antibakteri merupakan zat yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri dan dapat membunuh bakteri penyebab infeksi. Staphylococcus aureus dan Escherichia coli merupakan bakteri Gram positif dan Gram negatif yang dapat menimbulkan infeksi atau penyakit dalam tubuh. Penelitian ini bertujuan untuk menguji aktivitas bakteri patogen dengan memakai nanopartikel kitosan sebagai antibakteri yang dibuat dalam empat konsentrasi (0,5%, 1%, 1,5% dan 2%) serta penggunaan kontrol asam asetat 1%, ciprofloxacin dan air steril sebagai pembanding. Metode penelitian yang digunakan yaitu metode gelasi ionik untuk pembuatan nanopartikel kitosan dan difusi agar untuk pengujian antibakteri. Data dianalisis dengan One Way Anova yang dilanjutkan dengan metode BNT (Beda Nyata Terkecil). Hasil penelitian diperoleh penghambatan pertumbuhan bakteri S. aureus dan E. coli tertinggi pada konsentrasi 0,5%, dengan diameter zona hambat hari pertama sampai hari ketiga 12,31 mm, 9,98 mm, dan 20,46 mm pada S. aureus dan 15,88 mm, 18,71 mm, dan 20,43 mm pada E. coli, kategori kuat, dan bersifat bakteriostatik dan penghambatan terendah pada konsentrasi 2% dengan diameter zona hambat pada S. aureus yaitu 5,56 mm, 5,50 mm, dan 5,40 mm, dan pada E. coli yaitu 5,93 mm, 9,64 mm, dan 12,58 mm, kategori sedang, dan bersifat bakteriostatik. Kata kunci: Kitosan, nanopartikel kitosan, aktivitas antibakteri.  Abstract Antibacteria is a substance that can inhibit the growth of bacteria and able to kill bacteria that cause infections. Staphylococcus aureus and Escherichia coli are Gram positive and Gram negative bacteria that able to cause infections or diseases. This study aimed to examine the activity of pathogenic bacteria by using chitosan nanoparticles as antibacterial. The treatments were made in four concentrations (0.5%, 1%, 1.5% and 2%) and, for comparison, there were also acetic acid control, ciprofloxacin and sterile water. The research method used is the ionic gelation method for the manufacture of chitosan nanoparticles and agar diffusion for antibacterial testing. Data were analyzed with One Way Anova followed by LSD (Least Significant Difference) method. The results showed the highest inhibition of growth of S. aureus and E. coli bacteria at a concentration of 0.5%, with a diameter of inhibition zones of the first day to the third day of 12.31 mm, 9.98 mm, and 20.46 mm in S. aureus and 15,88 mm, 18,71 mm, and 20,43 mm in E. coli, the strong category, and are bacteriostatic and the lowest inhibition was at 2% concentration with inhibition zone diameters in S. aureus namely 5.568 mm, 5.50 mm, and 5, 40 mm, and in E. coli, 5.93 mm, 9.63 mm and 12.58 mm, the medium category and bacteriostatic.Key words: Chitosan, nanoparticles chitosan, antibacterial activity.
Barcode DNA berdasarkan Gen rbcL dan matK Anggrek Payus Limondok (Phaius tancarvilleae) (DNA Barcode of Payus Limondok Orchid (Phaius tancarvilleae) Based on the rbcL and matK genes) Kolondam, Beivy J; Lengkong, Edy; J. Polii, Mandang; Pinaria, Arthur; Runtunuwu, Semuel
JURNAL BIOS LOGOS Vol 2, No 2 (2012): JURNAL BIOSLOGOS
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jbl.2.2.2012.1041

Abstract

Metode identifikasi spesies telah disepakati menggunakan barcode DNA standar yaitu gen rbcL dan gen matK. Tujuan penelitian ini untuk menentukan tingkat kemiripan sekuens barcode DNA tanaman Anggrek Payus Limondok (Phaius tancarvilleae) dengan spesies kerabatnya yang sudah terdata dalam BOLD Systems, merekomendasi penggunaan barcode untuk mengidentifikasi atau mengkonfirmasi spesies ini, dan mengamati variasi intraspesifik. Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) digunakan untuk mengamplifikasi sekuens gen rbcL dan matK melalui primer universal. Barcode rbcL menunjukkan kemiripan 100% (identik) dengan dua spesies berbeda dalam famili yang sama (Orchidaceae), sehingga tidak bisa diandalkan untuk identifikasi spesies P. tancarvilleae secara akurat. Sekuens matK sampel menghasilkan kemiripan 100% dengan spesies sama yang sebelumnya telah terdata dalam BOLD Systems. Kemiripan ini mengindikasikan rendahnya variasi genetik intraspesies tetapi sekuens matK dapat diandalkan untuk identifikasi atau konfirmasi spesies anggrek P. tancarvilleae.Kata Kunci: barcode, rbcL, matK, Phaius tancarvilleae AbstractSpecies identification methods convention have been recommended to use standard DNA barcode for plants; the rbcL and matK genes. The aims of this research were to determine similarities in barcode DNA sequences of Payus Limondok Orchid (Phaius tancarvilleae) with its close relatives that listed in BOLD Systems, to recommend the use of DNA barcodes for identification or confirmation of this species, and to observe intraspecific variations. Polymerase Chain Reaction technique was employed to amplify rbcL and matK genes using universal primers. The rbcL barcode of Payus Limondok resulted identical hit with other two different species in the same family (Orchidaceae), therefore, unreliable for accurate P. tancarvilleae species identification. The matK sequence of this plant was 100% similar with the same plant species listed in BOLD Systems. This similarity indicated low genetic variation within the species, but the matK sequence was found to be reliable for P. tancarvilleae orchid species identification or confirmation.Keywords: barcode, rbcL, matK, Phaius tancarvilleae
Variasi Gen matK dan Filogenetik Tumbuhan Kantong Semar (Nepenthes sp.) dari Gunung Mahawu dan Gunung Soputan di Sulawesi Utara (The Variation of matK Gene and the Phylogeny of Nepenthes sp. Obtained from Mount Mahawu and Mount Soputan in North Sulawesi) Tambuwun, Jenifer; Kolondam, Beivy J; Tallei, Trina E
JURNAL BIOS LOGOS Vol 7, No 1 (2017): JURNAL BIOSLOGOS
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jbl.7.1.2017.15816

Abstract

Abstrak Kantong semar (Nepenthes sp.) merupakan salah satu tumbuhan langka yang dilindungi. Eksploitasi yang berlebihan, serta alih fungsi hutan menjadi ancaman bagi kehidupan Nepenthes sp. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan variasi gen matK dari tumbuhan Nepenthes sp. di Gunung Mahawu (JTM) dan Gunung Soputan (JTS) di Sulawesi Utara dan membandingkannya dengan kerabat terdekat di GenBank, serta membuat pohon filogenetiknya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hanya terdapat satu perbedaan nukleotida sekuens gen matK antara Nepenthes sp. dari Gunung Mahawu dan Gunung Soputan. Selain itu, variasi juga ditunjukan pada Nepenthes sp. yang diperoleh dari basis data GenBank dengan adanya perbedaan 1-7 basa nukleotida dengan sampel penelitian ini. Hasil analisis menggunakan ABGD (Automatic Barcode Gap Discovery) menunjukkan bahwa variasi intraspesies untuk Nepenthes sp. berada dalam rentang 0,000 – 0,004. Apabila mempertimbangkan barcode gap tersebut sebagai pembatas spesies, maka diasumsikan bahwa JTM, JTS, N. fusca, N. pilosa, N. maxima, N. faizaliana, dan N. clipeata merupakan spesies yang sama. Hal ini ditunjang oleh rekonstruksi pohon filogenetik menggunakan gen matK.Kata Kunci: ABGD, barcode gap, gen matK, Nepenthes sp., pohon filogenetik, variasi sekuens. Abstract Tropical pitcher plant (Nepenthes sp.) is listed as one of the endangered and protected plants. Excessive exploitation and forest conversion threaten the life of this Nepenthes sp. This research was aimed to determine variation in matK gene of Nepenthes sp. obtained from Mount Mahawu (JTM) and Mount Soputan (JTS) North Sulawesi, and compare the matK sequences with their allied taxa in public domain data base. Analysis of matK gene showed that there was only one nucleotide difference of matK gene sequence between Mahawu and Soputan samples. There were 1-7 different nucleotides between those samples and their allied taxa. Analysis of barcode gap using ABGD (Automatic Barcode Gap Discovery) showed that the range of intraspecies variation of Nepenthes sp. was 0,000 – 0,004. Considering this barcode gap generated from ABGD as species delimination, it could be assumed that JTM, JTS, N. fusca, N. pilosa, N. maxima, N. faizaliana, dan N. clipeata were the same species. These results were also supported by the reconstruction of phylogenetic tree using matK gene.Keywords: ABGD, barcode gap, matK gene, Nepenthes sp., phylogeneteic tree, sequence variation. 
Co-Authors Abas, Abdul Hawil Adelfia Papu Agustina Monalisa Tangapo Akihary, Claudia Valleria Arthur G. Pinaria Balansa, Endrile Golmen Bernadus, Zefanya Bernadus, Zefanya G Dantje Tarore Deidy Katili Edwin de Queljoe Edy F Lengkong, Edy F Edy Lengkong Eka Julianti Fatimawali . Feky R. Mantiri Fitri Elizabrth Br Hasibuan Indra Polii, Indra J Polii-Mandang J. Polii, Mandang Johanis Pelealu Johanis Pelealu Koneri , Roni Laksono Trisnantoro Lalu Wahyudi Lisa Ruga Loho, Jesica C. M. Magani, Alce K Makagansa, Marbela Mamahit, Juliet Merry Eva Mangindaan, Glanny Mantang, Wianita Marnix L. D. Langoy Marnix L.D. Langoy Marnix Langoy Meiranty C. Pangerapan, Meiranty C. Mende, Pingkan S. Mende, Pingkan Stela Nelsyani Pasappa Olivia H Abram Pahlevi, Dylan R. Pience Veralyn Maabuat Presticilla D Irawan Presticilla D Irawan Presticilla D Irawan, Presticilla D Roni Koneri Runtunuwu Semuel Runtunuwu, Semuel Salaki, Christina Leta Sari, Nadia Warda Sekar Saroyo . Susan Marlein Mambu Susan Marlein Mambu Tambuwun, Jenifer Timbuleng, Kevin Trina E Tallei Trina E Tallei Trina Ekawati Tallei TRINA EKAWATI TALLEI TRINA EKAWATI TALLEI