Saat ini kelebihan air di beberapa areal tebu masih menjadi kendala akibat anomali iklim terutama di daerah Kalimantan Barat dengan jenis tanah dominan gambut sehingga berpotensi banjir saat musim hujan. Oleh karena itu perlu adanya varietas yang toleran pada lahan gambut yang tergenang. Tujuan penelitian yaitu mengetahui pengaruh cekaman genangan terhadap respon fisiologi pada pembibitan tiga varietas tebu di media gambut, mengetahui varietas tebu yang tahan terhadap cekaman genangan serta respon fisiologinya pada pembibitan di media gambut. Penelitian disusun menggunakan Rancangan Acak Kelompok (RAK) dengan 4 ulangan. Faktor pertama adalah kondisi lahan dengan taraf L1 = tanpa genangan, L2 = genangan dan perlakuan kedua yaitu tiga varietas tebu yaitu V1 = PS881, V2 = BM1677 V3 = Lokal. hasil pengamatan dianalisis dengan sidik ragam apabila sidik ragam terdapat pengaruh nyata maka diuji lanjut menggunakan uji Duncan Multiple Range Test (DMRT) pada taraf 5%. Parameter yang diamati yaitu lebar bukaan stomata, kerapatan stomata, laju transpirasi dan kandungan klorofil total. Hasil penelitian menunjukkan bahwa genangan berpengaruh terhadap lebar bukaan stomata, laju transpirasi dan klorofil sedangkan varietas berpengaruh terhadap kerapatan stomata, Ketiga varietas dapat beradaptasi pada lahan gambut yang tergenang dengan respon fisiologi menutupkan dan merapatkan stomatanya serta mengurangi laju transpirasinya.