Garuda - Garba Rujukan Digital

Aktivitas ACCase mesokarp kelapa sawit dan kloning fragmen gen penyandi ACCase subunit biotin karboksilase ACCase activity of oil palm mesocarp and cloning of gene fragment encoding biotin carboxylase subunit of ACCase Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 74, No 1: Juni 2006
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Summary Genetic engineering to produce high yielding oil palm might be done by over expressing gene encoding key enzyme for oil biosynthesis in the oil palm mesocarp, one of which is ACCase. The objective of this research was to analyze ACCase activity of mesocarp from several developmental stages of fruit and to clone conserved region cDNA of gene encoding biotin carboxylase subunit of ACCase (BC-htACCase) from oil palm mesocarp. Activity of ACCase was analyzed by HPLC. Amplification of cDNA was done by means of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) using degenerate heterologous primer on several annealing temperature and MgCl2 concentration. The cDNA fragment of RT-PCR product was cloned, sequenced and analyzed to confirm that the cloned cDNA was conserved region of BC-htACCase. The result showed that ACCase activity increased from the 14 week to the 20 week-old fruit, and then decreased. Using heterologous degenerate primers, cDNA fragments of BC-htACCase conserved region (469 bp) can be specifically amplified at 60 oC annealing temperature with 2 mM MgCl2 concentration.The result of BlastX analysis showed that the sequence of cloned cDNA fragment was highly homologous with the conserved region of BC-htACCase from Glycine max, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum, and Brassica napus with 243, 237, 236, 231 bit score, and E. value 2e-63, 1e-61, 2e-61 and 5e-60, respectively. Ringkasan Rekayasa genetika untuk menghasilkan bibit kelapa sawit berdaya hasil tinggi dapat ditempuh dengan meningkatkan ekspresi gen penyandi enzim kunci biosintesis minyak pada kelapa sawit, salah satunya adalah ACCase. Tujuan penelitian ini adalah menguji aktivitas ACCase mesokarp beberapa tahap perkem-bangan buah sawit dan mengklon fragmen cDNA daerah konservatif gen penyandi ACCase heteromerik subunit biotin karbok-silase (BC-htACCase) dari mesokarp buah sawit. Aktivitas ACCase dianalisis dengan HPLC. Amplifikasi cDNA dilakukan dengan teknik RT-PCR menggunakan primer degene-rate heterologus pada berbagai suhu penempelan dan konsentrasi MgCl2. Fragmen cDNA hasil RT-PCR diklon, disekuen dan dianalisis untuk mengkonfirmasi bahwa cDNA terklon adalah daerah konservatif BC-htACCase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa aktivitas ACCase meningkat dari buah berumur 14 minggu hingga buah berumur 20 minggu, kemudian menurun kembali Dengan primer degenerate heterologus, fragmen cDNA daerah konservatif BC-htACCase (469 pb) dapat diamplifikasi secara spesifik pada suhu penempelan 60 oC dan konsentrasi MgCl2 2 mM. Hasil analisis BlastX dari sekuen DNA fragmen terklon menunjuk-kan bahwa sekuen tersebut mempunyai homologi tinggi antara lain dengan gen penyandi BC-htACCase dari Glycine max, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum dan Brassica napus, masing-masing dengan skor 243, 237, 236, 231 bit, dan E. value 2e-63, 1e-61, 2e-61 dan 5e-60.

Kloning cDNA lengkap penyandi ACCase subunit biotin carboxylase dari mesokarp kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Cloning of full length cDNA encoding ACCase subunit biotin carboxylase from mesocarp of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) Asmini BUDIANI; Antonius SUWANTO; Hajrial ASWIDINNOO; Djoko SANTOSO; Basil J NIKOLAU
E-Journal Menara Perkebunan Vol 81, No 2: Desember 2013
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractAcetyl-CoA Carboxylase (ACCase) is considered to beone of the key enzymes in palm oil biosynthesis. Availabilityof genes encoding this enzyme would give some advantagesin the molecular breeding of oil palm. Over expression ofthe genes in the oil palm mesocarp might increase the oilproduction in this tissue. On the other hand, downregulating of ACCase could divert the central metaboliteAcetyl-CoA to other product such as PHB (Polyhydroxy-butyrate), one of the known biodegradable plastic. Thispaper reported the work of cloning of the full length codingsequence of biotin carboxylase (BC), one subunit of theACCase. Based on the DNA sequence of the BC conservedregion that had cloned previously, primers pairs weredesigned to amplify 5’- and 3’- cDNA ends of BC usingRACE-PCR. The RACE products of 5’- and 3’- cDNA endsof BC were cloned into E.coli, and the DNAs weresequenced and analysed. The full cDNA of BC was obtainedby reisolation of the cloned 5’- and 3’- cDNA ends followedby digestion using KpnI, ligation into pGEM-T vector andcloning into E.coli. Colony PCR was carried out to confirmthat the target gene has been cloned. The recombinantplasmid containing full cDNA of BC was then isolated forDNA sequencing. The results showed that the 5’-BC (1367bp), 3’- BC (1032 bp), and the full length cDNA encodingBC (2182 bp) had been successfully cloned, and the DNAsequence had been confirmed as gene encoding ACCasesubunit biotin carboxylase.AbstrakAcetyl-CoA Carboxylase (ACCase) merupakan salahsatu enzim kunci dalam biosintesis minyak sawit. Keter-sediaan gen penyandi enzim ini sangat berguna dalampemuliaan kelapa sawit secara molekuler. Over-ekspresi genpenyandi ACCase pada mesokarp dapat meningkatkan pro-duksi minyak pada jaringan tersebut. Sebaliknya ekspresiACCase dapat ditekan melalui mekanisme down regulation sehingga metabolit central Acetyl-CoA dapat diarahkanuntuk menghasilkan produk lain seperti PHB (polyhydro-xybutyrate), salah satu jenis biodegradable plastik yangtelah banyak dikenal. Penelitian ini bertujuan untukmengklon cDNA lengkap penyandi ACCase subunit biotincarboxylase (BC) dari mesokarp kelapa sawit. Berdasarkansekuen DNA daerah konservatif BC yang telah diklon darimesokarp kelapa sawit pada penelitian sebelumnya, duapasang primer dirancang untuk mengamplifikasi daerahujung 5’- dan 3’- cDNA BC dengan RACE-PCR. Produk5’-RACE dan 3’-RACE diklon dan disekuen. cDNAlengkap penyandi BC diperoleh dengan jalan mengisolasikembali fragmen 5’- dan 3’- cDNA terklon, dilanjutkandengan digesti menggunakan enzim restriksi KpnI, ligasikedua fragmen ke vektor kloning pGEM-T, dan introduksike dalam E. coli. Setelah dilakukan PCR koloni untukmenguji keberhasilan kloning, plasmid rekombinan yangmengandung cDNA lengkap dari BC diisolasi untuk analisissekuen DNA. Dari penelitian ini fragmen cDNA 5’-BC(1367 pb) dan 3’- BC (1032 pb), serta cDNA lengkappenyandi BC berukuran 2182 pb telah diperoleh dan diklondalam E. coli. Analisis sekuen DNA mengkonfirmasi bahwacDNA terklon adalah benar gen penyandi ACCase subunitbiotin carboxylase.

Isolasi dan kloning fragmen cDNA dari tanaman karet dengan sifat resisten dan rentan terhadap Corynespora cassiicola menggunakan metode cDNA-AFLP Isolation and cloning of cDNA fragments from rubber plant with resistant and susceptible characters to Corynespora cassiicola using cDNA-AFLP method . NURHAIMI-HARIS; Antonius SUWANTO; Maggy T SUHARTONO; Hajrial ASWIDINNOOR
E-Journal Menara Perkebunan Vol 78, No 1: Juni 2010
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractLeaf fall disease caused by Corynespora cassiicola fungi is one of the most important diseases in rubber plant. Rubber clone AVROS 2037 is considered resistant to this pathogen while clone PPN 2444 is susceptible. These two rubberclones were used to identify genes or transcripts differentially expressed during interaction between rubber plants and the fungi, using cDNA-Amplified Fragment Length Polymorphism (cDNA-AFLP) method. Induced genes/transcripts expression was examined to compare differencies between plants uninfected and infected with C. cassiicola at 24, 36, 48 and 72 hours after inoculation. cDNA-AFLP analysis was performed using restriction enzyme VspI and TaqI so the adapters and primers also have the recognition site of these enzymes. By using 29 specific primers, 35 out of approximately 1450 fragments were differentially expressed between AVROS and PPN 2444 clones. All of these fragments were cloned and sequenced. The homology-based grouping of these sequences resulted in 19 contigs and nine individual sequences. Among these, 10 contigs and five sequences have significant sequence homology with known genes in gene bank data base, such as Ran binding protein, protein transporter and transcriptional regulators of some organisms; arginase, GTP-binding protein, heat shock protein (HSP) and aconitase. Ran binding protein, GTPbinding protein and protein transporter were known as membrane proteins while arginase and HSP usually expressed as a response to wounding or toxin treatment. The present of arginase is usually related to the availability of nitric oxide (NO) in plant tissue. NO is well known as a signal molecule on plant defense response. AbstrakPenyakit gugur daun yang disebabkan oleh fungi Corynespora cassiicola merupakan salah satu penyakit penting tanaman karet. Klon karet AVROS 2037menunjukkan sifat resisten terhadap patogen tersebut sedangkan klon PPN 2444 merupakan klon yang rentan. Kedua klon karet tersebut digunakan untuk mengidentifikasi gen atau transkrip yang diekspresikan secara diferensial selama terjadi interaksi antara tanaman karet dengan C. cassiicola menggunakan teknik cDNA-Amplified Fragment Length Polymorphism (cDNA-AFLP). Ekspresi gen/transkrip dipelajari untuk membandingkan perbedaan antara tanaman yang tidak diinfeksi dengan yang diinfeksi patogen pada waktu 24, 36, 48 dan 72 jam setelah inokulasi. Analisis cDNA-AFLP dilaksanakan dengan menggunakan pasangan enzim restriksi VspI dan TaqI sehingga adapter dan primer memiliki sekuen pengenalan kedua enzim restriksi tersebut. Dengan menggunakan 29 pasang primer spesifik, sebanyak 35 dari sekitar 1450 fragmen memiliki ekspresi berbeda antara klon AVROS 2037 dan PPN 2444. Semua fragmen yang berbeda tersebut kemudian diklon pada vektor kloning dan disekuen. Hasil sekuensing dikelompokkan berdasarkan homologi sekuennya dan menghasilkan 19 contigs serta sembilan macam sekuen yang tidak mengelompok. Sebanyak 10 dari 19 contigs dan lima dari sembilan sekuen tersebut memiliki homologi dengan produk gen yang telah dikenal yang terdapat di pangkalan data GenBank, seperti putative Ran binding protein, protein transporter, regulator transkripsi, arginase, GTP-binding protein, heat shock protein (HSP) dan aconitase. Beberapa di antaranya seperti putative Ran binding protein, protein transporter dan GTP-binding protein dikenal sebagai protein membran, sedangkan arginase dan HSP merupakan protein atau enzim yang ekspresinya pada tanaman antara lain dipengaruhi oleh adanya pelukaan dan perlakuan toksin. Keberadaan arginase sering berhubungan dengan ketersediaan nitric oxide (NO) pada jaringan tanaman. NO dikenal sebagai salah satu sinyal molekul dalam mekanisme pertahanan tanaman.

Kloning parsial gen penyandi enoil-ACP reduktase dari mesokarp buah kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Partial cloning of gene encoding enoyl-ACP reductase from mesocarp of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 72, No 1: Juni 2004
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Summary Enoyl-ACP reductase (ENR) is a component of fatty acid synthase (FAS) that is considered to play an important role in fatty acid elongation and oil accumulation of several plants. One of the proteins expressed coinciding with fruit development and oil accumulation in oil palm has been detected from the previous study and had homology with ENR. Therefore, as a part of genetic engineering program to improve oil content and quality in oil palm mesocarp, this research was aimed to clone cDNA conserved region of gene encoding enoyl-ACP reductase from oil palm mesocarp. Based on the amino acid sequence of the polypeptide that was homologous with ENR and combined with information of conserved region sequences of the same gene from other plant sources, primers were designed for amplifying conserved region of the ENR gene. Amplifi-cation was carried out by RT-PCR using total RNA as template, at several annealing temperatures and MgCl2 concentrations. Amplification product was cloned using pCR 2.1-TOPO, and the sequence was subjected into BlastN analysis. The results confirmed that the cloned cDNA fragment with 698 bp in size was the conserved region of the ENR gene. This sequence was highly homologous with the same gene from other plants such as Oryza sativa, Olea europaea, Brassica napus, Triticum aestivum and Arabidopsis thaliana with E-value 1e-96, 7e-77, 2e-64, 5e-41 and 3e-36, respectively. Based on this result, primers have been made and used to amplify the 5’- and 3’ ends of the ENR -cDNA of oil palm mesocarp. Ringkasan Enoil-ACP reduktase (ENR) merupakan salah satu komponen asam lemak sintase (FAS) yang berperan penting dalam pemanjangan asam lemak dan akumulasi minyak pada berbagai tanaman. Salah satu protein yang ter-ekspresi sejalan dengan tahapan perkembangan buah sawit dan akumulasi minyak pada penelitian sebelumnya diketahui mempunyai homologi dengan ENR. Oleh karena itu, sebagai salah satu bagian dari usaha rekayasa metabolisme minyak pada mesokarp buah sawit, penelitian ini bertujuan untuk mengklon cDNA daerah konservatif gen penyandi ENR dari mesokarp buah sawit. Berdasarkan sekuen asam amino polipeptida yang mempunyai homologi dengan ENR dan dikombinasikan dengan hasil penjajaran daerah konservatif gen tersebut dari berbagai anaman lain, dirancang primer untuk amplifikasi daerah konservatif ENR. Amplifikasi dilakukan dengan RT-PCR menggunakan templat RNA total pada berbagai suhu penempelan dan konsentrasi MgCl2. Hasil amplifikasi dimurnikan dari gel dan diklon menggunakan vektor kloning pCR2.1-TOPO serta dianalisis nya menggunakan BlastN. Hasilnya mengkonfirmasi fragmen cDNA terklon berukuran 698 pb sebagai daerah konservatif ENR tersebut mempunyai homologi tinggi dengan gen yang sama dari O. sativa, O. europaea, B. napus, T. aestivum dan A. thaliana masing-masing dengan E-value 1e-96, 7e-77, 2e-64, 5e-41 dan 3e-36. Berdasarkan hasil tersebut telah dibuat primer spesifik untuk amplifikasi cDNA daerah ujung 5’- dan 3’- gen ENR dari mesokarp kelapa

Konstruksi pustaka cDNA dari daun klon karet AVROS 2037 yang diinfeksi patogen Corynespora cassiicola Construction of a cDNA library from leaf of AVROS 2037 rubber clone infected by Corynespora cassiicola pathogen . NURHAIMI-HARIS; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO; Maggy T. SUHARTONO; Nurita TORUAN-MATHIUS; Agus PURWANTARA
E-Journal Menara Perkebunan Vol 73, No 2: Desember 2005
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummaryConstruction of cDNA library derived fromtranscripts made under certain condition is animportant first step to understand diseaseresistant mechanisms. To identify rubber genesor transcripts involved in defense responsetoward Corynespora cassiicola, cDNA librarywas constructed using rubber clone AVROS2037, one of resistant clone to this pathogen.cDNA library was constructed based on thestrategy of leaves infection using conidia, withthe assumption that transcript expression relatedto defense response would be induced bypathogen infection. RNA was isolated from leavesthree days after inoculation with conidia ofC. cassiicola. Steps involved in the cDNA libraryconstruction were RNA isolation, mRNApurification, cDNA synthesis, vector modifcation,cDNA insert ligation, plasmid transformation andclone verifications. Each gram of leaf producedapproximately 300  g RNA, and 0.25% of themwas mRNA. The mRNA was used to synthesizedcDNA. Ligation of cDNA and modified vectorwas facilitated by restriction enzyme SfiI. Theconstructs were transformed into the E. coliDH5 competent cells. A total of 8000 colonieswere produced. Random examination of 270colonies showed that approximately 93% of thesecolonies carried plasmid vector with DNA insertsize of 200 – 2000 bp, with average size of 500 –800 bp. cDNA library construction of rubberleaves from AVROS 2037 clone as well as somenecessary modification steps are presented in thispaper.RingkasanKonstruksi pustaka cDNA yang me-ngandung transkrip yang diekspresikan dalamkondisi tertentu merupakan tahap awal yangsangat penting dalam berbagai studi biologi.Untuk mengidentifikasi gen karet atau transkripyang berperan dalam respons pertahanan tanamankaret terhadap Corynespora cassiicola, pustakacDNA dibuat dengan menggunakan daun klonAVROS 2037 yang merupakan salah satu klonresisten terhadap patogen tersebut. PustakacDNA dibuat berdasarkan strategi menginfeksidaun dengan konidia C. cassiicola denganpertimbangan bahwa ekspresi transkrip yangberperan dalam respons pertahanan akandiinduksi oleh adanya infeksi patogen. Dengandemikian pustaka cDNA yang dibuat diharapkanmengandung gen atau bagian gen yang ber-hubungan dengan respons pertahanan. RNAdiisolasi dari daun setelah daun diinokulasiselama tiga hari dengan konidia C. cassiicola.Beberapa tahapan telah dilakukan, dimulaidengan isolasi RNA, pemurnian mRNA, sintesiscDNA, modifikasi vektor kloning, ligasi fragmencDNA utas ganda dengan vektor kloning sertatransformasi hasil ligasi ke bakteri Escherichiacoli DH5 kompeten. Dari setiap gram jaringandaun berhasil diisolasi RNA sekitar 300 g, dandari jumlah tersebut sekitar 0,25% mRNA dapatdiisolasi. mRNA yang diisolasi digunakan untuksintesis cDNA. cDNA dipotong dengan enzimrestriksi SfiI dan diligasi ke vektor plasmid yangdimodifikasi dengan menyisipkan situs enzimSfiI. cDNA-vektor rekombinan ditransformasi kedalam sel bakteri E. coli DH5 kompeten meng-gunakan metode standar. Transformasi konstrukini menghasilkan 8.000 koloni. Pengujian PCRterhadap 270 koloni yang dipilih secara acakmengindikasikan bahwa sekitar 93% kolonitersebut membawa cDNA sisipan dengan ukuranfragmen cDNA yang menyisip berkisar antara200 sampai 2000 bp. cDNA sisipan terbanyakterdapat pada ukuran antara 500 – 800 bp. Dalamtulisan ini dibahas tahap demi tahap proses yangdilakukan untuk membuat pustaka cDNA asaldaun karet klon AVROS 2037 serta beberapamodifikasi yang diperlukan.

Kloning cDNA lengkap penyandi ACCase subunit biotin carboxylase dari mesokarp kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Cloning of full length cDNA encoding ACCase subunit biotin carboxylase from mesocarp of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) Asmini BUDIANI; Antonius SUWANTO; Hajrial ASWIDINNOO; Djoko SANTOSO; Basil J NIKOLAU
Menara Perkebunan Vol. 81 No. 2: 81 (2), 2013
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v81i2.43

AbstractAcetyl-CoA Carboxylase (ACCase) is considered to beone of the key enzymes in palm oil biosynthesis. Availabilityof genes encoding this enzyme would give some advantagesin the molecular breeding of oil palm. Over expression ofthe genes in the oil palm mesocarp might increase the oilproduction in this tissue. On the other hand, downregulating of ACCase could divert the central metaboliteAcetyl-CoA to other product such as PHB (Polyhydroxy-butyrate), one of the known biodegradable plastic. Thispaper reported the work of cloning of the full length codingsequence of biotin carboxylase (BC), one subunit of theACCase. Based on the DNA sequence of the BC conservedregion that had cloned previously, primers pairs weredesigned to amplify 5’- and 3’- cDNA ends of BC usingRACE-PCR. The RACE products of 5’- and 3’- cDNA endsof BC were cloned into E.coli, and the DNAs weresequenced and analysed. The full cDNA of BC was obtainedby reisolation of the cloned 5’- and 3’- cDNA ends followedby digestion using KpnI, ligation into pGEM-T vector andcloning into E.coli. Colony PCR was carried out to confirmthat the target gene has been cloned. The recombinantplasmid containing full cDNA of BC was then isolated forDNA sequencing. The results showed that the 5’-BC (1367bp), 3’- BC (1032 bp), and the full length cDNA encodingBC (2182 bp) had been successfully cloned, and the DNAsequence had been confirmed as gene encoding ACCasesubunit biotin carboxylase.AbstrakAcetyl-CoA Carboxylase (ACCase) merupakan salahsatu enzim kunci dalam biosintesis minyak sawit. Keter-sediaan gen penyandi enzim ini sangat berguna dalampemuliaan kelapa sawit secara molekuler. Over-ekspresi genpenyandi ACCase pada mesokarp dapat meningkatkan pro-duksi minyak pada jaringan tersebut. Sebaliknya ekspresiACCase dapat ditekan melalui mekanisme down regulation sehingga metabolit central Acetyl-CoA dapat diarahkanuntuk menghasilkan produk lain seperti PHB (polyhydro-xybutyrate), salah satu jenis biodegradable plastik yangtelah banyak dikenal. Penelitian ini bertujuan untukmengklon cDNA lengkap penyandi ACCase subunit biotincarboxylase (BC) dari mesokarp kelapa sawit. Berdasarkansekuen DNA daerah konservatif BC yang telah diklon darimesokarp kelapa sawit pada penelitian sebelumnya, duapasang primer dirancang untuk mengamplifikasi daerahujung 5’- dan 3’- cDNA BC dengan RACE-PCR. Produk5’-RACE dan 3’-RACE diklon dan disekuen. cDNAlengkap penyandi BC diperoleh dengan jalan mengisolasikembali fragmen 5’- dan 3’- cDNA terklon, dilanjutkandengan digesti menggunakan enzim restriksi KpnI, ligasikedua fragmen ke vektor kloning pGEM-T, dan introduksike dalam E. coli. Setelah dilakukan PCR koloni untukmenguji keberhasilan kloning, plasmid rekombinan yangmengandung cDNA lengkap dari BC diisolasi untuk analisissekuen DNA. Dari penelitian ini fragmen cDNA 5’-BC(1367 pb) dan 3’- BC (1032 pb), serta cDNA lengkappenyandi BC berukuran 2182 pb telah diperoleh dan diklondalam E. coli. Analisis sekuen DNA mengkonfirmasi bahwacDNA terklon adalah benar gen penyandi ACCase subunitbiotin carboxylase.

Isolasi dan kloning fragmen cDNA dari tanaman karet dengan sifat resisten dan rentan terhadap Corynespora cassiicola menggunakan metode cDNA-AFLP Isolation and cloning of cDNA fragments from rubber plant with resistant and susceptible characters to Corynespora cassiicola using cDNA-AFLP method . NURHAIMI-HARIS; Antonius SUWANTO; Maggy T SUHARTONO; Hajrial ASWIDINNOOR
Menara Perkebunan Vol. 78 No. 1: 78 (1), 2010
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v78i1.78

AbstractLeaf fall disease caused by Corynespora cassiicola fungi is one of the most important diseases in rubber plant. Rubber clone AVROS 2037 is considered resistant to this pathogen while clone PPN 2444 is susceptible. These two rubberclones were used to identify genes or transcripts differentially expressed during interaction between rubber plants and the fungi, using cDNA-Amplified Fragment Length Polymorphism (cDNA-AFLP) method. Induced genes/transcripts expression was examined to compare differencies between plants uninfected and infected with C. cassiicola at 24, 36, 48 and 72 hours after inoculation. cDNA-AFLP analysis was performed using restriction enzyme VspI and TaqI so the adapters and primers also have the recognition site of these enzymes. By using 29 specific primers, 35 out of approximately 1450 fragments were differentially expressed between AVROS and PPN 2444 clones. All of these fragments were cloned and sequenced. The homology-based grouping of these sequences resulted in 19 contigs and nine individual sequences. Among these, 10 contigs and five sequences have significant sequence homology with known genes in gene bank data base, such as Ran binding protein, protein transporter and transcriptional regulators of some organisms; arginase, GTP-binding protein, heat shock protein (HSP) and aconitase. Ran binding protein, GTPbinding protein and protein transporter were known as membrane proteins while arginase and HSP usually expressed as a response to wounding or toxin treatment. The present of arginase is usually related to the availability of nitric oxide (NO) in plant tissue. NO is well known as a signal molecule on plant defense response. AbstrakPenyakit gugur daun yang disebabkan oleh fungi Corynespora cassiicola merupakan salah satu penyakit penting tanaman karet. Klon karet AVROS 2037menunjukkan sifat resisten terhadap patogen tersebut sedangkan klon PPN 2444 merupakan klon yang rentan. Kedua klon karet tersebut digunakan untuk mengidentifikasi gen atau transkrip yang diekspresikan secara diferensial selama terjadi interaksi antara tanaman karet dengan C. cassiicola menggunakan teknik cDNA-Amplified Fragment Length Polymorphism (cDNA-AFLP). Ekspresi gen/transkrip dipelajari untuk membandingkan perbedaan antara tanaman yang tidak diinfeksi dengan yang diinfeksi patogen pada waktu 24, 36, 48 dan 72 jam setelah inokulasi. Analisis cDNA-AFLP dilaksanakan dengan menggunakan pasangan enzim restriksi VspI dan TaqI sehingga adapter dan primer memiliki sekuen pengenalan kedua enzim restriksi tersebut. Dengan menggunakan 29 pasang primer spesifik, sebanyak 35 dari sekitar 1450 fragmen memiliki ekspresi berbeda antara klon AVROS 2037 dan PPN 2444. Semua fragmen yang berbeda tersebut kemudian diklon pada vektor kloning dan disekuen. Hasil sekuensing dikelompokkan berdasarkan homologi sekuennya dan menghasilkan 19 contigs serta sembilan macam sekuen yang tidak mengelompok. Sebanyak 10 dari 19 contigs dan lima dari sembilan sekuen tersebut memiliki homologi dengan produk gen yang telah dikenal yang terdapat di pangkalan data GenBank, seperti putative Ran binding protein, protein transporter, regulator transkripsi, arginase, GTP-binding protein, heat shock protein (HSP) dan aconitase. Beberapa di antaranya seperti putative Ran binding protein, protein transporter dan GTP-binding protein dikenal sebagai protein membran, sedangkan arginase dan HSP merupakan protein atau enzim yang ekspresinya pada tanaman antara lain dipengaruhi oleh adanya pelukaan dan perlakuan toksin. Keberadaan arginase sering berhubungan dengan ketersediaan nitric oxide (NO) pada jaringan tanaman. NO dikenal sebagai salah satu sinyal molekul dalam mekanisme pertahanan tanaman.

Aktivitas ACCase mesokarp kelapa sawit dan kloning fragmen gen penyandi ACCase subunit biotin karboksilase ACCase activity of oil palm mesocarp and cloning of gene fragment encoding biotin carboxylase subunit of ACCase Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO
Menara Perkebunan Vol. 74 No. 1: 74 (1), 2006
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v74i1.119

Summary Genetic engineering to produce high yielding oil palm might be done by over expressing gene encoding key enzyme for oil biosynthesis in the oil palm mesocarp, one of which is ACCase. The objective of this research was to analyze ACCase activity of mesocarp from several developmental stages of fruit and to clone conserved region cDNA of gene encoding biotin carboxylase subunit of ACCase (BC-htACCase) from oil palm mesocarp. Activity of ACCase was analyzed by HPLC. Amplification of cDNA was done by means of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) using degenerate heterologous primer on several annealing temperature and MgCl2 concentration. The cDNA fragment of RT-PCR product was cloned, sequenced and analyzed to confirm that the cloned cDNA was conserved region of BC-htACCase. The result showed that ACCase activity increased from the 14 week to the 20 week-old fruit, and then decreased. Using heterologous degenerate primers, cDNA fragments of BC-htACCase conserved region (469 bp) can be specifically amplified at 60 oC annealing temperature with 2 mM MgCl2 concentration.The result of BlastX analysis showed that the sequence of cloned cDNA fragment was highly homologous with the conserved region of BC-htACCase from Glycine max, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum, and Brassica napus with 243, 237, 236, 231 bit score, and E. value 2e-63, 1e-61, 2e-61 and 5e-60, respectively. Ringkasan Rekayasa genetika untuk menghasilkan bibit kelapa sawit berdaya hasil tinggi dapat ditempuh dengan meningkatkan ekspresi gen penyandi enzim kunci biosintesis minyak pada kelapa sawit, salah satunya adalah ACCase. Tujuan penelitian ini adalah menguji aktivitas ACCase mesokarp beberapa tahap perkem-bangan buah sawit dan mengklon fragmen cDNA daerah konservatif gen penyandi ACCase heteromerik subunit biotin karbok-silase (BC-htACCase) dari mesokarp buah sawit. Aktivitas ACCase dianalisis dengan HPLC. Amplifikasi cDNA dilakukan dengan teknik RT-PCR menggunakan primer degene-rate heterologus pada berbagai suhu penempelan dan konsentrasi MgCl2. Fragmen cDNA hasil RT-PCR diklon, disekuen dan dianalisis untuk mengkonfirmasi bahwa cDNA terklon adalah daerah konservatif BC-htACCase. Hasil penelitian menunjukkan bahwa aktivitas ACCase meningkat dari buah berumur 14 minggu hingga buah berumur 20 minggu, kemudian menurun kembali Dengan primer degenerate heterologus, fragmen cDNA daerah konservatif BC-htACCase (469 pb) dapat diamplifikasi secara spesifik pada suhu penempelan 60 oC dan konsentrasi MgCl2 2 mM. Hasil analisis BlastX dari sekuen DNA fragmen terklon menunjuk-kan bahwa sekuen tersebut mempunyai homologi tinggi antara lain dengan gen penyandi BC-htACCase dari Glycine max, Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum dan Brassica napus, masing-masing dengan skor 243, 237, 236, 231 bit, dan E. value 2e-63, 1e-61, 2e-61 dan 5e-60.

Kloning parsial gen penyandi enoil-ACP reduktase dari mesokarp buah kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Partial cloning of gene encoding enoyl-ACP reductase from mesocarp of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) Asmini BUDIANI; Djoko SANTOSO; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO
Menara Perkebunan Vol. 72 No. 1: 72 (1), 2004
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v72i1.126

Summary Enoyl-ACP reductase (ENR) is a component of fatty acid synthase (FAS) that is considered to play an important role in fatty acid elongation and oil accumulation of several plants. One of the proteins expressed coinciding with fruit development and oil accumulation in oil palm has been detected from the previous study and had homology with ENR. Therefore, as a part of genetic engineering program to improve oil content and quality in oil palm mesocarp, this research was aimed to clone cDNA conserved region of gene encoding enoyl-ACP reductase from oil palm mesocarp. Based on the amino acid sequence of the polypeptide that was homologous with ENR and combined with information of conserved region sequences of the same gene from other plant sources, primers were designed for amplifying conserved region of the ENR gene. Amplifi-cation was carried out by RT-PCR using total RNA as template, at several annealing temperatures and MgCl2 concentrations. Amplification product was cloned using pCR 2.1-TOPO, and the sequence was subjected into BlastN analysis. The results confirmed that the cloned cDNA fragment with 698 bp in size was the conserved region of the ENR gene. This sequence was highly homologous with the same gene from other plants such as Oryza sativa, Olea europaea, Brassica napus, Triticum aestivum and Arabidopsis thaliana with E-value 1e-96, 7e-77, 2e-64, 5e-41 and 3e-36, respectively. Based on this result, primers have been made and used to amplify the 5’- and 3’ ends of the ENR -cDNA of oil palm mesocarp. Ringkasan Enoil-ACP reduktase (ENR) merupakan salah satu komponen asam lemak sintase (FAS) yang berperan penting dalam pemanjangan asam lemak dan akumulasi minyak pada berbagai tanaman. Salah satu protein yang ter-ekspresi sejalan dengan tahapan perkembangan buah sawit dan akumulasi minyak pada penelitian sebelumnya diketahui mempunyai homologi dengan ENR. Oleh karena itu, sebagai salah satu bagian dari usaha rekayasa metabolisme minyak pada mesokarp buah sawit, penelitian ini bertujuan untuk mengklon cDNA daerah konservatif gen penyandi ENR dari mesokarp buah sawit. Berdasarkan sekuen asam amino polipeptida yang mempunyai homologi dengan ENR dan dikombinasikan dengan hasil penjajaran daerah konservatif gen tersebut dari berbagai anaman lain, dirancang primer untuk amplifikasi daerah konservatif ENR. Amplifikasi dilakukan dengan RT-PCR menggunakan templat RNA total pada berbagai suhu penempelan dan konsentrasi MgCl2. Hasil amplifikasi dimurnikan dari gel dan diklon menggunakan vektor kloning pCR2.1-TOPO serta dianalisis nya menggunakan BlastN. Hasilnya mengkonfirmasi fragmen cDNA terklon berukuran 698 pb sebagai daerah konservatif ENR tersebut mempunyai homologi tinggi dengan gen yang sama dari O. sativa, O. europaea, B. napus, T. aestivum dan A. thaliana masing-masing dengan E-value 1e-96, 7e-77, 2e-64, 5e-41 dan 3e-36. Berdasarkan hasil tersebut telah dibuat primer spesifik untuk amplifikasi cDNA daerah ujung 5’- dan 3’- gen ENR dari mesokarp kelapa

Konstruksi pustaka cDNA dari daun klon karet AVROS 2037 yang diinfeksi patogen Corynespora cassiicola Construction of a cDNA library from leaf of AVROS 2037 rubber clone infected by Corynespora cassiicola pathogen . NURHAIMI-HARIS; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO; Maggy T. SUHARTONO; Nurita TORUAN-MATHIUS; Agus PURWANTARA
Menara Perkebunan Vol. 73 No. 2: 73 (2), 2005
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v73i2.156

SummaryConstruction of cDNA library derived fromtranscripts made under certain condition is animportant first step to understand diseaseresistant mechanisms. To identify rubber genesor transcripts involved in defense responsetoward Corynespora cassiicola, cDNA librarywas constructed using rubber clone AVROS2037, one of resistant clone to this pathogen.cDNA library was constructed based on thestrategy of leaves infection using conidia, withthe assumption that transcript expression relatedto defense response would be induced bypathogen infection. RNA was isolated from leavesthree days after inoculation with conidia ofC. cassiicola. Steps involved in the cDNA libraryconstruction were RNA isolation, mRNApurification, cDNA synthesis, vector modifcation,cDNA insert ligation, plasmid transformation andclone verifications. Each gram of leaf producedapproximately 300  g RNA, and 0.25% of themwas mRNA. The mRNA was used to synthesizedcDNA. Ligation of cDNA and modified vectorwas facilitated by restriction enzyme SfiI. Theconstructs were transformed into the E. coliDH5 competent cells. A total of 8000 colonieswere produced. Random examination of 270colonies showed that approximately 93% of thesecolonies carried plasmid vector with DNA insertsize of 200 – 2000 bp, with average size of 500 –800 bp. cDNA library construction of rubberleaves from AVROS 2037 clone as well as somenecessary modification steps are presented in thispaper.RingkasanKonstruksi pustaka cDNA yang me-ngandung transkrip yang diekspresikan dalamkondisi tertentu merupakan tahap awal yangsangat penting dalam berbagai studi biologi.Untuk mengidentifikasi gen karet atau transkripyang berperan dalam respons pertahanan tanamankaret terhadap Corynespora cassiicola, pustakacDNA dibuat dengan menggunakan daun klonAVROS 2037 yang merupakan salah satu klonresisten terhadap patogen tersebut. PustakacDNA dibuat berdasarkan strategi menginfeksidaun dengan konidia C. cassiicola denganpertimbangan bahwa ekspresi transkrip yangberperan dalam respons pertahanan akandiinduksi oleh adanya infeksi patogen. Dengandemikian pustaka cDNA yang dibuat diharapkanmengandung gen atau bagian gen yang ber-hubungan dengan respons pertahanan. RNAdiisolasi dari daun setelah daun diinokulasiselama tiga hari dengan konidia C. cassiicola.Beberapa tahapan telah dilakukan, dimulaidengan isolasi RNA, pemurnian mRNA, sintesiscDNA, modifikasi vektor kloning, ligasi fragmencDNA utas ganda dengan vektor kloning sertatransformasi hasil ligasi ke bakteri Escherichiacoli DH5 kompeten. Dari setiap gram jaringandaun berhasil diisolasi RNA sekitar 300 g, dandari jumlah tersebut sekitar 0,25% mRNA dapatdiisolasi. mRNA yang diisolasi digunakan untuksintesis cDNA. cDNA dipotong dengan enzimrestriksi SfiI dan diligasi ke vektor plasmid yangdimodifikasi dengan menyisipkan situs enzimSfiI. cDNA-vektor rekombinan ditransformasi kedalam sel bakteri E. coli DH5 kompeten meng-gunakan metode standar. Transformasi konstrukini menghasilkan 8.000 koloni. Pengujian PCRterhadap 270 koloni yang dipilih secara acakmengindikasikan bahwa sekitar 93% kolonitersebut membawa cDNA sisipan dengan ukuranfragmen cDNA yang menyisip berkisar antara200 sampai 2000 bp. cDNA sisipan terbanyakterdapat pada ukuran antara 500 – 800 bp. Dalamtulisan ini dibahas tahap demi tahap proses yangdilakukan untuk membuat pustaka cDNA asaldaun karet klon AVROS 2037 serta beberapamodifikasi yang diperlukan.

Title

Found 10 Documents
Search
Journal : Menara Perkebunan

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 10 Documents Search Journal : Menara Perkebunan

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 10 Documents
Search
Journal : Menara Perkebunan