Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
4.039
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Journal of Tropical Life Science : International Journal of Theoretical, Experimental, and Applied Life Sciences Bioscience El-Hayah : Jurnal Biologi Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Biosfer: Jurnal Tadris Biologi Biogenesis: Jurnal Ilmiah Biologi Prosiding Seminar Biologi Jurnal Florea Al-Kimia Jurnal BIOEDUIN : Program Studi Pendidikan Biologi Jurnal Penelitian dan Pengkajian Ilmu Pendidikan: e-Saintika Jurnal Jejaring Matematika dan Sains JSMARTech : Journal of Smart Bioprospecting and Technology Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Jurnal Ilmiah Medicamento Jurnal Biosense Jurnal Penelitian Sains dan Pendidikan (JPSP) Medical Sains : Jurnal Ilmiah Kefarmasian Jurnal Sylva Lestari Makara Journal of Science Journal of Life Science and Technology Jurnal Farmasi Ma Chung: Sains, Teknologi, dan Klinis Komunitas Medical Sains : Jurnal Ilmiah Kefarmasian Alamtana
Sari, Dewi Ratih Tirto
Unknown Affiliation
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Humanities Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemistry Computer Science & IT Decision Sciences, Operations Research & Management Earth & Planetary Sciences Economics, Econometrics & Finance Education Energy Environmental Science Health Professions Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology Mathematics Medicine & Pharmacology Neuroscience Physics Public Health Social Sciences Other

Published : 38 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 38 Documents
Search

 1   2   3   4 
Potensi Coriatin dan Coriamyrtin Helixanthera sessiliflora (Merr.) Denser sebagai Kandidat Obat Penurun Hipertensi; Kajian in silico Sari, Dewi Ratih Tirto; Pratiwi, Maulidia Riska; Yusuf, Heny; Azkiyah, Siti Zamilatul
BIOMARAS : Journal of Life Science and Technology Vol 2 No 1 (2024): BIOMARAS : Vol 2, No 1 Februari 2024
Publisher : Fakultas Ilmu dan Teknologi Hayati Universitas Teknologi Sumbawa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

This study investigated bioactive compounds from Loranthaceae as antihypertension drug candidates through in silico approach. Coriatin and coriamyrtin structure as a targeted ligand was carried out from PubChem NCBI, lisinopril as a native ligand for control was used in this study. Targeted protein that chose for hypertension was angiotensin converting enzyme (ACE), which retrieved from protein data bank. Ligands and protein were docked by Molegro virtual docker version 5.0 and analyzed by PyMol 2.3 and Discovery studio version 21.1.1. docking results showed that coriatin and coriamyrtin posed interaction at the same sites of ACE protein as well as lisinopril. Some active residues of lisinopril that identified on coriatin were GLN281, HIS383, and TYR520, while residues of coriamyrtin that were same as lisinopril were GLU384, GLU411, HIS513, and HIS387. The same binding sites of coriatin and coriamyrtin with lisinopril indicated that both of compounds have potential activity as well as lisinopril. In conclusion, coriatin and coriamyrtin were potentially as antihypertension drug candidates. Further in vivo and in vitro should be conducted for future investigation.
Analisis In silico Heksosa, D-Manitol dan Asam Malat Kulit Kopi sebagai Penghambat Infeksi Virus Corona Bare, Yohanes; Timba, Frederiksen Novenrius Sini; Nurak, Maria Marcelina Dua; Sari, Dewi Ratih Tirto
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 8, No 2 (2023): June 2023
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v8i2.5970

Abstract

COVID-19 merupakan penyakit infeksi saluran pernapasan yang disebabkan oleh virus corona, dan telah menjadi pandemik dari 2019 hingga 2022. Berbagai terapi telah dilakukan dan dikembangkan oleh banyak peneliti, termasuk pembuatan vaksin COVID-19. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi senyawa pada kulit kopi sebagai agen penghambat kompleks antara spike glycoprotein SARS-CoV-2 dan Angiotensin-Converting Enzyme 2 (ACE2) secara in silico. Kajian in silico dilakukan dengan mengunduh struktur 3D senyawa yaitu heksosa, asam malat, dan D-manitol dari PubChem NCBI, serta kompleks spike glycoprotein SARS-CoV-2 – ACE2 dari Protein Data Bank. Interaksi masing-masing senyawa uji dan kompleks dianalisis dengan Molegro Virtual Docker dan divisualisasi dengan Discovery Studio. Hasil analisis menunjukkan bahwa heksosa, asam malat dan D-manitol mengikat bagian diantara spike glycoprotein SARS-CoV-2 dan ACE2. Residu sisi aktif ikatan antara kompleks dengan ketiga senyawa uji merupakan residu protein dari ACE2 dan spike glycoprotein SARS-CoV-2. Jenis ikatan yang terbentuk antara senyawa dan kompleks protein didominasi oleh ikatan hidrogen, dan beberapa gaya Van der Waals. Dari hasil analisis dapat disimpulkan bahwa senyawa heksosa, asam malat, dan D-manitol yang ada pada kulit kopi memiliki potensi sebagai anti SARS-CoV-2, namun demikian itu perlu dilakukan pembuktian secara in vitro dan in vivo. 
Efek Hipoglikemia Formula Herbal Antidiabetes Pada Tikus Diabetes Yang Diinduksi Alloxan Sarifah, Lailatus; Jannah, Raodatul; Sari, Dewi Ratih Tirto
Jurnal Penelitian Sains dan Pendidikan (JPSP) Vol 4 No 1 (2024)
Publisher : IAIN Palangka Raya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.23971/jpsp.v4i1.8010

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk menguji efek hipoglikemia formula herbal antidiabetes secara in vivo. Herbal yang digunakan dalam penelitian yaitu simplisia daun kencana wungu, kayu secang, kayu manis, dan daun jati cina, dengan formula rasio yang digunakan 5:2:2:1 (F5221) dan rasio 3:3:2:2 (F3322). Sebanyak 12 tikus betina strain wistar dikelompokkan menjadi empat kelompok dengan jumlah masing-masing kelompok 3 ekor tikus. Kelompok perlakuan antara lain tikus normal, tikus diabetes mellitus (DMT2), tikus DMT2+ F3322, dan tikus DMT2+F5221. Tikus model diabetes mellitus diinduksi dengan menginjeksikan 175 mg/Kg BB alloxan secara subkutan dan melakukan observasi kadar glukosa darah 3
Kajian Bioinformatika Penghambatan Alosterik Asemanan Dan Glukomanan Terhadap C-JUN NH2 Terminal Kinase (JNK) Sari, Dewi Ratih Tirto; Ustiatik, Reni; Witoyo, Jatmiko Eko; Krisnamurti, Gabriella Chandrakirana; Bare, Yohanes
Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 2 No 2 (2021): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v2i2.47

Abstract

cJun NH2 terminal Kinase (JNK) merupakan protein kinase family MAPK yang berperan dalam j alur pensinyalan penyakit metabolisme, salah satunya dalam regulasi faktor resiko obesitas. Penelitian in bertujuan untuk mengeksplorasi potensi asemanan dan glukomanan dalam menghambat JNK sebagai antidiabetes.metode pendekatan molecular docking digunakan untuk mengidentifikasi interaksi antara senyawa asemanan dan glukomanan terhadap protein JNK. Asemanan dan glukomanan berikatan di sisi aktif yang berbeda satu sama lain. Residu sisi aktif asemanan berada di close gate protein JNK, sedangkan glukomanan menunjukkan sisi aktif jalur ikatan inhibitor dari JNK. Asemanan dan glukomanan menghambat aktivitas JNK dengan berikatan di sisi non-katalitik dan diprediksi penghambatan protein JNK oleh kedua senyawa secara alosterik yang dapat merubah konformasi protein JNK. Selain itu, asemanan berikatan dengan kuat terhadap protein JNK dengan jenis ikatan hydrogen, interaksi hidrofobik dan elektrostatik dengan energi ikatan yang lebih rendah dari glukomanan – JNK. Penelitian disimpulkan bahwa senyawa asemanan dan glukomanan berpotensi sebagai antiobesitas dengan peranannya sebagai inhibitor terhadap protein JNK.
Studi Komparasi Sappanon A dan Sappanon B terhadap Penambatan Protein Tyrosin Phospatase 1B Sari, Dewi Ratih Tirto; Lailiyah, Fatinatul; Bare, Yohanes
Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 3 No 2 (2022): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v3i2.65

Abstract

Sappanon A dan sappanon B merupakan senyawa turunan sappanin yang terkandung dalam Caesalpinia sappan  dan menjadi ciri khas dari kandungan metabolit kayu secang. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi potensi aktivitas antidiabetes senyawa sappanon A dan sappanon B melalui penambatan protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B). kajian insilico digunakan dalam penelitian ini yaitu dengan menginteraksikan senyawa sappanon A dan sappanon B dengan protein PTP1B dengan program Molegro virtual docker versi 5. Tahap selanjutnya, hasil docking dianalisis dan divisualisasi dengan PyMol dan Discovery Studio versi 21.1.1. analisis penambatan PTP1B menunjukkan senyawa sappanon A dan sappanon B menghambat PTP1B di daerah yang sama, yaitu daerah inhibitor. Hal ini ditunjukkan dengan beberapa residu yang sama pada sappanon A, sappanon B dan senyawa kontrol inhibitor PTP1B. jenis ikatan pada kompleks senyawa – PTP1B yaitu ikatan hydrogen, interaksi hidrofobik, dan unfavorable bond. Berdasarkan energi ikatan yang dihasilkan, senyawa sappanon A menunjukkan energi ikatan paling rendah yang mengindikasikan ikatan senyawa yang paling kuat. Penelitian ini disimpulkan bahwa sappanon A dan sappanon B berpotensi sebagai antidiabetes dengan menghambat protein PTP1B pada daerah inhibitor.
Interaksi Molekuler Senyawa D-Manitol (Kulit Kopi) terhadap PLPro Bare, Yohanes; Timba, Frederiksen Novenrius Sini; Nurak, Maria Marcelina Dua; Sari, Dewi Ratih Tirto; Mogi, Marsiana Coo
Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 3 No 3 (2022): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v3i3.79

Abstract

Perkembangan virus dalam proses replikasi menjadi target dalam menghambat siklus hidup virus. Protein yang memiliki peran dalam replikasi adalah PLPro. Terapi PLPro dilakukan dengan memanfaatkan limbah kopi yang diprediski memilki bioaktif D-manitol dengan sifat farmakologis. Tujuan penelitian ini adalah mengalisis potensi senyawa D-manitol yang terkandung dalam kulit kopisebagai kandidat terapi corona melalui penghambatan PLPro. Metode penelitian Ligan D-manitol (CID: 88038555) sedangkan Protein Papain like protease (PLPro) (PDB ID 6w9c), sebagai target protein anti-coronavirus diunduh struktur tiga dimensinya di Protein Data Bank. Selanjutnya struktur protein dipreparasi protein atau ligan, docking, visualisasi mengikuiti penelitian. Hasil docking senyawa dan protein menggunakan program PyMol versi 2.2. analisis docking dilakukan dengan mengeksplorasi interaksi kompleks baik 3D dan 2d, jenis ikatan, jumlah interaksi. Analisis menggunakkan program Discovery Studio ver 21.1.1.). Senyawa D-manitol memiliki potensi sebagai salah satu terapi covid-19 melalui penghambatan PLPro sehingga menyebabkan terhambatnya replikasi virus corona. Potensi ini didukung dengan adanya energi ikatan yang terbentuk sehingga meningkatkan stabilitas ikatan sebesar -156 Kj/mol. Penelitian lanjutan perlu dilakukan untuk konfirmasi terhadap aktivitas D-manitol sebagai terapi virus.
Interaksi Molekuler Senyawa D-Manitol (Kulit Kopi) terhadap PLPro Yohanes Bare; Frederiksen Novenrius Sini Timba; Maria Marcelina Dua Nurak; Dewi Ratih Tirto Sari; Marsiana Coo Mogi
Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 3 No 3 (2022): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v3i3.79

Abstract

Perkembangan virus dalam proses replikasi menjadi target dalam menghambat siklus hidup virus. Protein yang memiliki peran dalam replikasi adalah PLPro. Terapi PLPro dilakukan dengan memanfaatkan limbah kopi yang diprediski memilki bioaktif D-manitol dengan sifat farmakologis. Tujuan penelitian ini adalah mengalisis potensi senyawa D-manitol yang terkandung dalam kulit kopisebagai kandidat terapi corona melalui penghambatan PLPro. Metode penelitian Ligan D-manitol (CID: 88038555) sedangkan Protein Papain like protease (PLPro) (PDB ID 6w9c), sebagai target protein anti-coronavirus diunduh struktur tiga dimensinya di Protein Data Bank. Selanjutnya struktur protein dipreparasi protein atau ligan, docking, visualisasi mengikuiti penelitian. Hasil docking senyawa dan protein menggunakan program PyMol versi 2.2. analisis docking dilakukan dengan mengeksplorasi interaksi kompleks baik 3D dan 2d, jenis ikatan, jumlah interaksi. Analisis menggunakkan program Discovery Studio ver 21.1.1.). Senyawa D-manitol memiliki potensi sebagai salah satu terapi covid-19 melalui penghambatan PLPro sehingga menyebabkan terhambatnya replikasi virus corona. Potensi ini didukung dengan adanya energi ikatan yang terbentuk sehingga meningkatkan stabilitas ikatan sebesar -156 Kj/mol. Penelitian lanjutan perlu dilakukan untuk konfirmasi terhadap aktivitas D-manitol sebagai terapi virus.
In Silico Insight the Prediction of Chlorogenic Acid in Coffee through Cyclooxygenase-2 (COX2) Interaction Bare, Yohanes; Sari, Dewi Ratih Tirto; Rachmad, Yoga Tribakti; Krisnamurti, Gabriella Candrakirana; Elizabeth, Agustina; Maulidi, Andri
Biogenesis: Jurnal Ilmiah Biologi Vol 7 No 2 (2019)
Publisher : Department of Biology, Faculty of Sci and Tech, Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24252/bio.v7i2.9847

Abstract

Inflammation was signs of pathological or abnormality in tissue to give an alert as a trouble signal to the system. Therapeutic using NSAIDs has some side effects. This research explored the potential role of chlorogenic acid as natural therapeutic compound to inhibit the inflammation target such as COX-2 by interaction model. The research method used in this study was the molecular docking approach, which binds ligand and protein. Protein data provided by Protein Data Bank (ID: 6cox) while, chlorogenic acid obtain from PubChem (CID: 1794427). We docked COX-2 and chlorogenic acid using Hex 8.0.0. Visualization and analysis of the molecular interactions of chlorogenic acid and COX-2 conducted by the Discovery Studio Client 4.1 software. Chlorogenic acid has a high permeability and is easily absorbed based on five Lipinski Rule. Interestingly, we found Fifteen amino acid was binding with chlorogenic acid that formed by hydrogen bond and van der Waals.The interaction between ligand-protein results in energy binding -327.59cal/mol. Chlorogenic acid has a potential role to inhibit inflammation pathway by inhibiting COX-2. We predicted chlorogenic acid has a potential as therapy anti-inflammatory to suppress COX-2 as mediator inflammation.
Co-Authors Afza, Hadfina Agustina Elizabeth Andri Maulidi Andri Maulidi Angeliana Desimaris Nita Anna Roosdiana Apriani Herni Rophi Bare, Yohanes Cairns, James Robert Ketudat Catur Retnaningdyah Dadang Suherman Daeng Tiring, Sri Sulistyaningsih Natalia Estri Laras Arumingtyas fatchiyah . Fitra Arya Dwi Nugraha Frederiksen Novenrius Sini Timba Gabriella Chandrakirana Krisnamurti Handayani, Aisyah Heny Yusuf Ihwan Ihwan Indahsari, Lilin Ika Nur Jatmiko Eko Witoyo Krisna Pada Krisnamurti, Gabriella Candrakirana Krisnamurti, Gabriella Chandrakirana Kuki, Agustina Dua Lailaty, Intani Quarta Lailiyah, Fatinatul Laily Sifaiyah Laily, Siti Lorenza, Margaretha Rika Wahyu Gabrella Luchman Hakim Lydia Efliani Coriessa Meak M A Yohanita Nirmalasari Mansur S Maria Marcelina Dua Nurak Maria Marcelina Dua Nurak Marsiana Coo Mogi Marsiana Coo Mogi Maximus M Taek Mogi, Marsiana Coo Nanang Yunarto Nisa, Mujiatun Nita, Angeliana Desimaris Nur Dina Camelia Nurak, Maria Marcelina Dua Oktavius Yoseph Tuta Mago Paula Yunita Seku Ra'o Pranoto, M. Eko Pratiwi, Maulidia Riska Rachmad, Yoga Tribakti Raodatul Jannah Rosyidah, A'liyatur S, Mansur Safitri, Anna Sarifah, Lailatus Siti Zamilatul Azkiyah Sri Sulistyaningsih Natalia Daeng Tiring Sri Sulystyaningsih Natalia Daeng Tiring Taek, Maximus M Theopilus W Watuguly Udrika Lailatul Qodri Ustiatik, Reni Wa Ode Ujiana Yoga Tribakti Rachmad Yusuf, Heny