Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
4.287
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Journal of Tropical Life Science : International Journal of Theoretical, Experimental, and Applied Life Sciences Bioscience El-Hayah : Jurnal Biologi Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Biosfer: Jurnal Tadris Biologi Biogenesis: Jurnal Ilmiah Biologi Prosiding Seminar Biologi Jurnal Florea Al-Kimia Jurnal BIOEDUIN : Program Studi Pendidikan Biologi Jurnal Penelitian dan Pengkajian Ilmu Pendidikan: e-Saintika Jurnal Jejaring Matematika dan Sains JSMARTech : Journal of Smart Bioprospecting and Technology Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Jurnal Ilmiah Medicamento Jurnal Biosense Jurnal Penelitian Sains dan Pendidikan (JPSP) Medical Sains : Jurnal Ilmiah Kefarmasian Jurnal Sylva Lestari Makara Journal of Science Journal of Life Science and Technology Jurnal Farmasi Ma Chung: Sains, Teknologi, dan Klinis Komunitas Medical Sains : Jurnal Ilmiah Kefarmasian Alamtana Metamorfosa: Journal of Biological Science Open Access DRIVERset
Sari, Dewi Ratih Tirto
Unknown Affiliation
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Humanities Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemistry Computer Science & IT Decision Sciences, Operations Research & Management Earth & Planetary Sciences Economics, Econometrics & Finance Education Energy Environmental Science Health Professions Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology Mathematics Medicine & Pharmacology Neuroscience Physics Public Health Social Sciences Other

Published : 39 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 39 Documents
Search

 1   2   3   4 
Siphonaxanthin, Keto-Karoteonid Alga Hijau, Kandidat Potensial Antidiabetes Sari, Dewi Ratih Tirto; Sarifah, Lailatus
Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 5 No 2 (2024): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v5i2.370

Abstract

Diabetes mellitus merupakan penyakit metabolisme kronik yang disebabkan oleh peningkatan glukosa dalam darah. Mekanisme terjadinya diabetes mellitus sangat kompleks, salah satunya melalui aktivasi fosforilasi jalur MAPK. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi potensi senyawa siphonaxantin sebagai antidiabetes melalui penghambatan protein kinase C (PKC) dalam mekanisme fosforilasi secara in silico. Penelitian menggunakan pendekatan in silico dengan molecular docking. Struktur 3D protein kinase C (PKC) diunduh dari database Protein Data Bank dengan kode akses PDB ID 3TXO. Struktur siphonaxantin diunduh dari PubChem NCBI dengan ID 11204185. Senyawa 2,6 – Naphthyridines  digunakan sebagai kontrol pembanding yang diperoleh dari protein data Bank 3TXO. Protein, senyawa pembanding dan siphonaxanting di docking dengan program molegro virtual docker dan dianalisis dengan PyMol 2.3 dan Discovery Studio ver.21.1..1. Senyawa siphonaxanthin berikatan dengan protein kinase C pada beberapa residu dengan 4 ikatan hydrogen dan 11 interaksi hidrofobik. Siphonaxantin juga menunjukkan daerah ikatan yang sama dengan 2, 6 – Naphthyridines, inhibitor control pada residu VAL369 dan PHE366. Berdasarkan energi ikatan, senyawa siphonaxanthin menunjukkan energi ikatan yang lebih rendah dari 2,6 napthyridines, yakni -258,6 kJ/mol. Penelitian ini disimpulkan bahwa siphonaxantin berpotensi sebagai kandidat obat antidiabetes dengan menghambat aktivasi fosforilasi oleh protein kinase C (PKC). Penelitian in vitro dan in vivo diperlukan untuk identifikasi lebih lanjut. 
Potensi Coriatin dan Coriamyrtin Helixanthera sessiliflora (Merr.) Denser sebagai Kandidat Obat Penurun Hipertensi; Kajian in silico Sari, Dewi Ratih Tirto; Pratiwi, Maulidia Riska; Yusuf, Heny; Azkiyah, Siti Zamilatul
BIOMARAS : Journal of Life Science and Technology Vol 2 No 1 (2024): BIOMARAS : Vol 2, No 1 Februari 2024
Publisher : Fakultas Ilmu dan Teknologi Hayati Universitas Teknologi Sumbawa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

This study investigated bioactive compounds from Loranthaceae as antihypertension drug candidates through in silico approach. Coriatin and coriamyrtin structure as a targeted ligand was carried out from PubChem NCBI, lisinopril as a native ligand for control was used in this study. Targeted protein that chose for hypertension was angiotensin converting enzyme (ACE), which retrieved from protein data bank. Ligands and protein were docked by Molegro virtual docker version 5.0 and analyzed by PyMol 2.3 and Discovery studio version 21.1.1. docking results showed that coriatin and coriamyrtin posed interaction at the same sites of ACE protein as well as lisinopril. Some active residues of lisinopril that identified on coriatin were GLN281, HIS383, and TYR520, while residues of coriamyrtin that were same as lisinopril were GLU384, GLU411, HIS513, and HIS387. The same binding sites of coriatin and coriamyrtin with lisinopril indicated that both of compounds have potential activity as well as lisinopril. In conclusion, coriatin and coriamyrtin were potentially as antihypertension drug candidates. Further in vivo and in vitro should be conducted for future investigation.
Analisis In silico Heksosa, D-Manitol dan Asam Malat Kulit Kopi sebagai Penghambat Infeksi Virus Corona Bare, Yohanes; Timba, Frederiksen Novenrius Sini; Nurak, Maria Marcelina Dua; Sari, Dewi Ratih Tirto
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 8, No 2 (2023): June 2023
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v8i2.5970

Abstract

COVID-19 merupakan penyakit infeksi saluran pernapasan yang disebabkan oleh virus corona, dan telah menjadi pandemik dari 2019 hingga 2022. Berbagai terapi telah dilakukan dan dikembangkan oleh banyak peneliti, termasuk pembuatan vaksin COVID-19. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi senyawa pada kulit kopi sebagai agen penghambat kompleks antara spike glycoprotein SARS-CoV-2 dan Angiotensin-Converting Enzyme 2 (ACE2) secara in silico. Kajian in silico dilakukan dengan mengunduh struktur 3D senyawa yaitu heksosa, asam malat, dan D-manitol dari PubChem NCBI, serta kompleks spike glycoprotein SARS-CoV-2 – ACE2 dari Protein Data Bank. Interaksi masing-masing senyawa uji dan kompleks dianalisis dengan Molegro Virtual Docker dan divisualisasi dengan Discovery Studio. Hasil analisis menunjukkan bahwa heksosa, asam malat dan D-manitol mengikat bagian diantara spike glycoprotein SARS-CoV-2 dan ACE2. Residu sisi aktif ikatan antara kompleks dengan ketiga senyawa uji merupakan residu protein dari ACE2 dan spike glycoprotein SARS-CoV-2. Jenis ikatan yang terbentuk antara senyawa dan kompleks protein didominasi oleh ikatan hidrogen, dan beberapa gaya Van der Waals. Dari hasil analisis dapat disimpulkan bahwa senyawa heksosa, asam malat, dan D-manitol yang ada pada kulit kopi memiliki potensi sebagai anti SARS-CoV-2, namun demikian itu perlu dilakukan pembuktian secara in vitro dan in vivo. 
Efek Hipoglikemia Formula Herbal Antidiabetes Pada Tikus Diabetes Yang Diinduksi Alloxan Sarifah, Lailatus; Jannah, Raodatul; Sari, Dewi Ratih Tirto
Jurnal Penelitian Sains dan Pendidikan (JPSP) Vol 4 No 1 (2024)
Publisher : IAIN Palangka Raya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.23971/jpsp.v4i1.8010

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk menguji efek hipoglikemia formula herbal antidiabetes secara in vivo. Herbal yang digunakan dalam penelitian yaitu simplisia daun kencana wungu, kayu secang, kayu manis, dan daun jati cina, dengan formula rasio yang digunakan 5:2:2:1 (F5221) dan rasio 3:3:2:2 (F3322). Sebanyak 12 tikus betina strain wistar dikelompokkan menjadi empat kelompok dengan jumlah masing-masing kelompok 3 ekor tikus. Kelompok perlakuan antara lain tikus normal, tikus diabetes mellitus (DMT2), tikus DMT2+ F3322, dan tikus DMT2+F5221. Tikus model diabetes mellitus diinduksi dengan menginjeksikan 175 mg/Kg BB alloxan secara subkutan dan melakukan observasi kadar glukosa darah 3
Analisis Molekular Doking Dan Dinamik Senyawa Minyak Atsiri Serai Sebagai Kandidat Penghambat Orexin (Ox1r/ Ox2r) Dalam Terapi Anti-Insomnia Joko Raharjo, Sentot; Sari, Dewi Ratih Tirto; Wijayanti, Ernanin Dyah
Metamorfosa: Journal of Biological Sciences Vol. 12 No. 1 (2025)
Publisher : Program Magister Ilmu Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Udayana

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24843/metamorfosa.2025.v12.i01.p7

Abstract

Insomnia merupakan gangguan mental kedua yang paling umum dan menyebabkan beberapa risiko kesehatan. Serai adalah bumbu tradisional yang populer dan memberikan manfaat kesehatan. Penelitian ini menyelidiki potensi peran senyawa minyak atsiri serai terhadap target terapi insomnia melalui mekanisme reseptor orexin-1 (OX1R) dan orexin-2 (OX2R) dengan analisis molekuler doking dan molekuler dinamik. Sebanyak 28 senyawa minyak atsiri hasil analisis KG-SM minyak atsiri dan protein diambil dari database, kemudian dilakukan docking ulang dan dianalisis interaksinya. Hasil docking menunjukkan bahwa senyawa bioaktif minyak atsiri serai terikat pada sisi aktif yang sama melalui reseptor orexin-1 (OX1R) dan orexin-2 (OX2R) terhadap ligan Lemborexant dan Suvorexant. Simulasi dinamika molekul dilakukan untuk mempelajari interaksi pengikatan inhibitor ligan senyawa dengan skor docking terbaik selin-6-en-4-alpha-ol terhadap OX2R (7XRR) menggunakan OpenMM di Google Colab. Afinitas pengikatan senyawa minyak atsiri serai cenderung relatif selektif terhadap orexin-2 (OX2R). Afinitas pengikatan senyawa minyak atsiri serai cenderung relatif selektif terhadap orexin-2 (OX2R). Selin-6-en-4-alpha-ol merupakan senyawa minyak atsiri serai yang paling baik selektivitasnya terhadap orexin-2 dibandingkan orexin-1. Kesimpulannya selin-6-en-4-alpha-ol dari minyak atsiri serai diprediksi dapat mengatasi insomnia melalui penghambatan pada kedua OX1R/OX2R dalam mekanisme anti-insomnia. Kata kunci: anti-insomnia, minyak atsiri, serai, selin-6-en-4-alpha-ol, orexin receptor
Analisis Molekular Doking Dan Dinamik Senyawa Minyak Atsiri Serai Sebagai Kandidat Penghambat Orexin (Ox1r/ Ox2r) Dalam Terapi Anti-Insomnia Joko Raharjo, Sentot; Sari, Dewi Ratih Tirto; Wijayanti, Ernanin Dyah
Metamorfosa: Journal of Biological Sciences Vol. 12 No. 1 (2025)
Publisher : Program Magister Ilmu Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Udayana

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24843/metamorfosa.2025.v12.i01.p7

Abstract

Insomnia merupakan gangguan mental kedua yang paling umum dan menyebabkan beberapa risiko kesehatan. Serai adalah bumbu tradisional yang populer dan memberikan manfaat kesehatan. Penelitian ini menyelidiki potensi peran senyawa minyak atsiri serai terhadap target terapi insomnia melalui mekanisme reseptor orexin-1 (OX1R) dan orexin-2 (OX2R) dengan analisis molekuler doking dan molekuler dinamik. Sebanyak 28 senyawa minyak atsiri hasil analisis KG-SM minyak atsiri dan protein diambil dari database, kemudian dilakukan docking ulang dan dianalisis interaksinya. Hasil docking menunjukkan bahwa senyawa bioaktif minyak atsiri serai terikat pada sisi aktif yang sama melalui reseptor orexin-1 (OX1R) dan orexin-2 (OX2R) terhadap ligan Lemborexant dan Suvorexant. Simulasi dinamika molekul dilakukan untuk mempelajari interaksi pengikatan inhibitor ligan senyawa dengan skor docking terbaik selin-6-en-4-alpha-ol terhadap OX2R (7XRR) menggunakan OpenMM di Google Colab. Afinitas pengikatan senyawa minyak atsiri serai cenderung relatif selektif terhadap orexin-2 (OX2R). Afinitas pengikatan senyawa minyak atsiri serai cenderung relatif selektif terhadap orexin-2 (OX2R). Selin-6-en-4-alpha-ol merupakan senyawa minyak atsiri serai yang paling baik selektivitasnya terhadap orexin-2 dibandingkan orexin-1. Kesimpulannya selin-6-en-4-alpha-ol dari minyak atsiri serai diprediksi dapat mengatasi insomnia melalui penghambatan pada kedua OX1R/OX2R dalam mekanisme anti-insomnia. Kata kunci: anti-insomnia, minyak atsiri, serai, selin-6-en-4-alpha-ol, orexin receptor
Kajian Bioinformatika Penghambatan Alosterik Asemanan Dan Glukomanan Terhadap C-JUN NH2 Terminal Kinase (JNK) Sari, Dewi Ratih Tirto; Ustiatik, Reni; Witoyo, Jatmiko Eko; Krisnamurti, Gabriella Chandrakirana; Bare, Yohanes
Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 2 No 2 (2021): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v2i2.47

Abstract

cJun NH2 terminal Kinase (JNK) merupakan protein kinase family MAPK yang berperan dalam j alur pensinyalan penyakit metabolisme, salah satunya dalam regulasi faktor resiko obesitas. Penelitian in bertujuan untuk mengeksplorasi potensi asemanan dan glukomanan dalam menghambat JNK sebagai antidiabetes.metode pendekatan molecular docking digunakan untuk mengidentifikasi interaksi antara senyawa asemanan dan glukomanan terhadap protein JNK. Asemanan dan glukomanan berikatan di sisi aktif yang berbeda satu sama lain. Residu sisi aktif asemanan berada di close gate protein JNK, sedangkan glukomanan menunjukkan sisi aktif jalur ikatan inhibitor dari JNK. Asemanan dan glukomanan menghambat aktivitas JNK dengan berikatan di sisi non-katalitik dan diprediksi penghambatan protein JNK oleh kedua senyawa secara alosterik yang dapat merubah konformasi protein JNK. Selain itu, asemanan berikatan dengan kuat terhadap protein JNK dengan jenis ikatan hydrogen, interaksi hidrofobik dan elektrostatik dengan energi ikatan yang lebih rendah dari glukomanan – JNK. Penelitian disimpulkan bahwa senyawa asemanan dan glukomanan berpotensi sebagai antiobesitas dengan peranannya sebagai inhibitor terhadap protein JNK.
Studi Komparasi Sappanon A dan Sappanon B terhadap Penambatan Protein Tyrosin Phospatase 1B Sari, Dewi Ratih Tirto; Lailiyah, Fatinatul; Bare, Yohanes
Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 3 No 2 (2022): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v3i2.65

Abstract

Sappanon A dan sappanon B merupakan senyawa turunan sappanin yang terkandung dalam Caesalpinia sappan  dan menjadi ciri khas dari kandungan metabolit kayu secang. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi potensi aktivitas antidiabetes senyawa sappanon A dan sappanon B melalui penambatan protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B). kajian insilico digunakan dalam penelitian ini yaitu dengan menginteraksikan senyawa sappanon A dan sappanon B dengan protein PTP1B dengan program Molegro virtual docker versi 5. Tahap selanjutnya, hasil docking dianalisis dan divisualisasi dengan PyMol dan Discovery Studio versi 21.1.1. analisis penambatan PTP1B menunjukkan senyawa sappanon A dan sappanon B menghambat PTP1B di daerah yang sama, yaitu daerah inhibitor. Hal ini ditunjukkan dengan beberapa residu yang sama pada sappanon A, sappanon B dan senyawa kontrol inhibitor PTP1B. jenis ikatan pada kompleks senyawa – PTP1B yaitu ikatan hydrogen, interaksi hidrofobik, dan unfavorable bond. Berdasarkan energi ikatan yang dihasilkan, senyawa sappanon A menunjukkan energi ikatan paling rendah yang mengindikasikan ikatan senyawa yang paling kuat. Penelitian ini disimpulkan bahwa sappanon A dan sappanon B berpotensi sebagai antidiabetes dengan menghambat protein PTP1B pada daerah inhibitor.
Interaksi Molekuler Senyawa D-Manitol (Kulit Kopi) terhadap PLPro Bare, Yohanes; Timba, Frederiksen Novenrius Sini; Nurak, Maria Marcelina Dua; Sari, Dewi Ratih Tirto; Mogi, Marsiana Coo
Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 3 No 3 (2022): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v3i3.79

Abstract

Perkembangan virus dalam proses replikasi menjadi target dalam menghambat siklus hidup virus. Protein yang memiliki peran dalam replikasi adalah PLPro. Terapi PLPro dilakukan dengan memanfaatkan limbah kopi yang diprediski memilki bioaktif D-manitol dengan sifat farmakologis. Tujuan penelitian ini adalah mengalisis potensi senyawa D-manitol yang terkandung dalam kulit kopisebagai kandidat terapi corona melalui penghambatan PLPro. Metode penelitian Ligan D-manitol (CID: 88038555) sedangkan Protein Papain like protease (PLPro) (PDB ID 6w9c), sebagai target protein anti-coronavirus diunduh struktur tiga dimensinya di Protein Data Bank. Selanjutnya struktur protein dipreparasi protein atau ligan, docking, visualisasi mengikuiti penelitian. Hasil docking senyawa dan protein menggunakan program PyMol versi 2.2. analisis docking dilakukan dengan mengeksplorasi interaksi kompleks baik 3D dan 2d, jenis ikatan, jumlah interaksi. Analisis menggunakkan program Discovery Studio ver 21.1.1.). Senyawa D-manitol memiliki potensi sebagai salah satu terapi covid-19 melalui penghambatan PLPro sehingga menyebabkan terhambatnya replikasi virus corona. Potensi ini didukung dengan adanya energi ikatan yang terbentuk sehingga meningkatkan stabilitas ikatan sebesar -156 Kj/mol. Penelitian lanjutan perlu dilakukan untuk konfirmasi terhadap aktivitas D-manitol sebagai terapi virus.
Co-Authors Afza, Hadfina Agustina Elizabeth Andri Maulidi Andri Maulidi Angeliana Desimaris Nita Anna Roosdiana Apriani Herni Rophi Bare, Yohanes Cairns, James Robert Ketudat Catur Retnaningdyah Dadang Suherman Daeng Tiring, Sri Sulistyaningsih Natalia Ernanin Dyah Wijayanti Estri Laras Arumingtyas fatchiyah . Fitra Arya Dwi Nugraha Frederiksen Novenrius Sini Timba Gabriella Candrakirana Krisnamurti Gabriella Chandrakirana Krisnamurti Handayani, Aisyah Heny Yusuf Ihwan Ihwan Indahsari, Lilin Ika Nur Jatmiko Eko Witoyo Joko Raharjo, Sentot Krisna Pada Krisnamurti, Gabriella Candrakirana Krisnamurti, Gabriella Chandrakirana Kuki, Agustina Dua Lailaty, Intani Quarta Lailiyah, Fatinatul Laily Sifaiyah Laily, Siti Lorenza, Margaretha Rika Wahyu Gabrella Luchman Hakim Lydia Efliani Coriessa Meak M A Yohanita Nirmalasari Mansur S Maria Marcelina Dua Nurak Maria Marcelina Dua Nurak Marsiana Coo Mogi Maximus M Taek Mogi, Marsiana Coo Nanang Yunarto Nisa, Mujiatun Nita, Angeliana Desimaris Nur Dina Camelia Nurak, Maria Marcelina Dua Oktavius Yoseph Tuta Mago Paula Yunita Seku Ra'o Pranoto, M. Eko Pratiwi, Maulidia Riska Raodatul Jannah Rosyidah, A'liyatur S, Mansur Safitri, Anna Sarifah, Lailatus Siti Zamilatul Azkiyah Sri Sulistyaningsih Natalia Daeng Tiring Sri Sulystyaningsih Natalia Daeng Tiring Taek, Maximus M Theopilus W Watuguly Udrika Lailatul Qodri Ustiatik, Reni Wa Ode Ujiana Yoga Tribakti Rachmad Yoga Tribakti Rachmad Yusuf, Heny