Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
3.996
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Journal of Tropical Life Science : International Journal of Theoretical, Experimental, and Applied Life Sciences Bioscience El-Hayah : Jurnal Biologi Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Biosfer: Jurnal Tadris Biologi Biogenesis: Jurnal Ilmiah Biologi Prosiding Seminar Biologi Jurnal Florea Al-Kimia Jurnal BIOEDUIN : Program Studi Pendidikan Biologi Jurnal Penelitian dan Pengkajian Ilmu Pendidikan: e-Saintika Jurnal Jejaring Matematika dan Sains JSMARTech : Journal of Smart Bioprospecting and Technology Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Jurnal Ilmiah Medicamento Jurnal Biosense Jurnal Farmasi Tinctura Jurnal Penelitian Sains dan Pendidikan (JPSP) As-Sidanah : Jurnal Pengabdian Masyarakat Medical Sains : Jurnal Ilmiah Kefarmasian Jurnal Sylva Lestari Makara Journal of Science Journal of Life Science and Technology Jurnal Farmasi Ma Chung: Sains, Teknologi, dan Klinis Komunitas Medical Sains : Jurnal Ilmiah Kefarmasian Alamtana
Sari, Dewi Ratih Tirto
Unknown Affiliation
Religion Agriculture, Biological Sciences & Forestry Humanities Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemistry Computer Science & IT Decision Sciences, Operations Research & Management Earth & Planetary Sciences Economics, Econometrics & Finance Education Energy Environmental Science Health Professions Immunology & microbiology Languange, Linguistic, Communication & Media Materials Science & Nanotechnology Mathematics Medicine & Pharmacology Neuroscience Physics Public Health Social Sciences Other

Published : 37 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 37 Documents
Search

 1   2   3   4 
Capsaicinoids from Capsicum annuum as an Alternative FabH Inhibitor of Mycobacterium Tuberculosis: In Silico Study Krisnamurti, Gabriella Chandrakirana; Sari, Dewi Ratih Tirto; Bare, Yohanes
Makara Journal of Science Vol. 25, No. 4
Publisher : UI Scholars Hub

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

The number of tuberculosis (TB) cases worldwide reached 1.5 million in 2018; thus, TB is considered a deadly disease. TB is caused by Mycobacterium tuberculosis and involves lipid synthesis. Considering the importance of lipid metabolism in bacteria, FabH may be an essential protein target for repressing lipid synthesis. Capsaicinoids from Capsicum annuum demonstrate potent antibacterial activity. This study predicted the ability of capsaicinoid compounds to inhibit FabH. In silico analysis was performed by retrieving the structure of FabH from PDB and those of selected capsaicinoid derivatives from PubChem. The compounds were docked using AutoDock Vina in PyRx 0.8 software. The interactions of FabH and different capsaicinoid derivatives showed identical binding characteristics. The bonding type most frequently observed was hydrogen bonds. In conclusion, capsaicinoid derivatives could block lipid synthesis through FabH. The relevant mechanism and biological processes should be studied further.
Interaksi Molekuler Senyawa D-Manitol (Kulit Kopi) terhadap PLPro Yohanes Bare; Frederiksen Novenrius Sini Timba; Maria Marcelina Dua Nurak; Dewi Ratih Tirto Sari; Marsiana Coo Mogi
SPIZAETUS: JURNAL BIOLOGI DAN PENDIDIKAN BIOLOGI Vol 3, No 3 (2022): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v3i3.79

Abstract

Perkembangan virus dalam proses replikasi menjadi target dalam menghambat siklus hidup virus. Protein yang memiliki peran dalam replikasi adalah PLPro. Terapi PLPro dilakukan dengan memanfaatkan limbah kopi yang diprediski memilki bioaktif D-manitol dengan sifat farmakologis. Tujuan penelitian ini adalah mengalisis potensi senyawa D-manitol yang terkandung dalam kulit kopisebagai kandidat terapi corona melalui penghambatan PLPro. Metode penelitian Ligan D-manitol (CID: 88038555) sedangkan Protein Papain like protease (PLPro) (PDB ID 6w9c), sebagai target protein anti-coronavirus diunduh struktur tiga dimensinya di Protein Data Bank. Selanjutnya struktur protein dipreparasi protein atau ligan, docking, visualisasi mengikuiti penelitian. Hasil docking senyawa dan protein menggunakan program PyMol versi 2.2. analisis docking dilakukan dengan mengeksplorasi interaksi kompleks baik 3D dan 2d, jenis ikatan, jumlah interaksi. Analisis menggunakkan program Discovery Studio ver 21.1.1.). Senyawa D-manitol memiliki potensi sebagai salah satu terapi covid-19 melalui penghambatan PLPro sehingga menyebabkan terhambatnya replikasi virus corona. Potensi ini didukung dengan adanya energi ikatan yang terbentuk sehingga meningkatkan stabilitas ikatan sebesar -156 Kj/mol. Penelitian lanjutan perlu dilakukan untuk konfirmasi terhadap aktivitas D-manitol sebagai terapi virus.
Kajian in silico Penghambatan Spesifik 3C-like Protease SARS-CoV-2 Senyawa Quinic Acid, Gluconic Acid, dan Ferulic Acid pada Kulit Kopi Yohanes Bare; Frederiksen Novenrius Sini Timba; Dewi Ratih Tirto Sari; Oktavius Yoseph Tuta Mago; Maria Marcelina Dua Nurak
Jurnal Ilmiah Medicamento Vol 8 No 2 (2022): Jurnal Ilmiah Medicamento
Publisher : Fakultas Farmasi Universitas Mahasaraswati Denpasar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.36733/medicamento.v8i2.3971

Abstract

This study aims to explore the chemical compounds of the coffee pulp as an anti-covid-19 (anti-3C-like protease). In silico modeling was carried out by structure retrieval, protein preparation, and docking simulation. Specific Grid docking was used for ligands – protein interacting by using Molegro Virtual Docker 5, followed by visualizing Discovery studio version 21.1.1. Compounds contained in coffee pulp, quinic acid, gluconic acid, and ferulic acid separately bind to the same amino acid residues of 3CL Protease or each other. Furthermore, three compounds inhibited 3CLPro activity by catalytic site blocking of 3CLPro, indicating that coffee compounds have potential as molecular therapeutic materials for the coronavirus by inhibiting SARS-CoV-2 genome replication.
Studi in Silico Prediksi Potensi 6-Gingerol sebagai inhibitor c-Jun N-terminal kinases (JNK): Prediction Potential of 6-gingerol as c-Jun N-terminal kinases (JNK): In Silico approach Bare, Yohanes; Maulidi, Andri; Sari, Dewi Ratih Tirto; Tiring, Sri Sulystyaningsih Natalia Daeng
Jurnal Jejaring Matematika dan Sains Vol. 1 No. 2 (2019): Edisi Desember 2019
Publisher : Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Palangka Raya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.36873/jjms.v1i2.211

Abstract

Revolusi industri 4.0 mendorong pendidikan harus sesuai perkembangan teknologi. Penggunaan in silico merupakan metode dalam bidang biologi yang menggunakan komputer dan internet dalam kajiannya. Penyembuhan penyakit diabetes melitus tipe 2 (DMT2) menjadi perhatian dalam kajian in silico. Senyawa 6-gingerol dari jahe diinteraksikan dengan protein JNK. Tujuan dari penelitian dari penelitian ini untuk menganalsisi potensi 6-gingerol sebagai inhibitor JNK. Penelitian ini menggunakan metode in silico. Protein JNK (ID: 464Y) diperoleh dari Protein Data Bank (PDB) sedangkan ligan 6-gingerol (CID: 44559528) diperoleh dari database PubChem. Ligan dan protein diinteraksikan menggunakan HEX 8.0.0, visualisasi dan analisis data menggunakan Discovery studi client 4.1. Analisis yang dikaji adalah jumalah residu asam amino yang berinteraksi dengan JNK, ikatan hidrogen, dan energi yang dibentuk. Interaksi 6-gingerol dan JNK terdapat dua residu Arg107 dengan ikatan hidropobik dan Ser217 dengan ikatan hydrogen. Gaya van der Waals yang terbentuk pada residu asam amino ALA74, GLN75, ALA211, ALA214, LYS106, THR213, THR103, GLN1022, GLU384, dan HIS104. Energi yang terbentuk adalah -299.65cal/mol. Ligan 6-gingerol diprediksi memiliki potensi sebagai inhibitor JNK.
KAJIAN IN SILICO 6-PARADOL SEBAGAI HERBAL ALTERNATIF PENGOBATAN PENYAKIT ALZHEIMER: IN SILICO REPURPOSING OF 6-PARADOL AS AN ALTERNATIVE HERBAL MEDICINE FOR ALZHEIMER DISEASE Yohanes Bare; Dewi Ratih Tirto Sari; Wa Ode Ujiana; Paula Yunita Seku Ra'o; Krisna Pada
Medical Sains : Jurnal Ilmiah Kefarmasian Vol 7 No 2 (2022)
Publisher : Sekolah Tinggi Farmasi Muhammadiyah Cirebon

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.37874/ms.v7i2.289

Abstract

Jahe mengandung beberapa senyawa volatil dan non-volatil yaitu 6-paradol yang memiliki manfaat kesehatan dan kinerja nutrisi dan antioksidan yang tinggi. Penelitian ini mengeksplorasi dan menyelidiki potensi senyawa bioaktif dari jahe sebagai anti-alzheimer. Aplikasi In silico dilakukan dalam penelitian, beberapa senyawa bioaktif disaring dan senyawa terpilih dari jahe digunakan 6-paradol (CID 94378), diperoleh struktur 3D dari Database PubChem. Choline acetyltransferase (PDB ID 2FY3) dipilih sebagai protein alzheimer dan berinteraksi dengan senyawa jahe. Kolin sebagai ligan asli untuk Choline acetyltransferase digunakan sebagai kontrol. Struktur tiga dimensi senyawa jahe dengan Choline acetyltransferase menunjukkan interaksi yang tepat, menunjukkan semua senyawa terpilih menurunkan aktivitas Choline acetyltransferase Menariknya, 6-paradol berinteraksi dengan Choline acetyltransferase di situs choline yang berarti menghambat interaksi kolin- Kolin asetiltransferase. Kesimpulan, senyawa 6-paradol memiliki aktivitas potensial untuk mengurangi Choline acetyltransferase Dinamika molekuler lebih lanjut, penelitian in vitro dan in vivo diperlukan
Analisis In silico Heksosa, D-Manitol dan Asam Malat Kulit Kopi sebagai Penghambat Infeksi Virus Corona Bare, Yohanes; Timba, Frederiksen Novenrius Sini; Nurak, Maria Marcelina Dua; Sari, Dewi Ratih Tirto
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 8, No 2 (2023): June 2023
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v8i2.5970

Abstract

COVID-19 merupakan penyakit infeksi saluran pernapasan yang disebabkan oleh virus corona, dan telah menjadi pandemik dari 2019 hingga 2022. Berbagai terapi telah dilakukan dan dikembangkan oleh banyak peneliti, termasuk pembuatan vaksin COVID-19. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi senyawa pada kulit kopi sebagai agen penghambat kompleks antara spike glycoprotein SARS-CoV-2 dan Angiotensin-Converting Enzyme 2 (ACE2) secara in silico. Kajian in silico dilakukan dengan mengunduh struktur 3D senyawa yaitu heksosa, asam malat, dan D-manitol dari PubChem NCBI, serta kompleks spike glycoprotein SARS-CoV-2 – ACE2 dari Protein Data Bank. Interaksi masing-masing senyawa uji dan kompleks dianalisis dengan Molegro Virtual Docker dan divisualisasi dengan Discovery Studio. Hasil analisis menunjukkan bahwa heksosa, asam malat dan D-manitol mengikat bagian diantara spike glycoprotein SARS-CoV-2 dan ACE2. Residu sisi aktif ikatan antara kompleks dengan ketiga senyawa uji merupakan residu protein dari ACE2 dan spike glycoprotein SARS-CoV-2. Jenis ikatan yang terbentuk antara senyawa dan kompleks protein didominasi oleh ikatan hidrogen, dan beberapa gaya Van der Waals. Dari hasil analisis dapat disimpulkan bahwa senyawa heksosa, asam malat, dan D-manitol yang ada pada kulit kopi memiliki potensi sebagai anti SARS-CoV-2, namun demikian itu perlu dilakukan pembuktian secara in vitro dan in vivo. 
Virtual Screening: Prediksi potensi 8-shogaol terhadap c-Jun N-Terminal Kinase (JNK) Bare, Yohanes; S, Mansur; Tiring, Sri Sulystyaningsih Natalia Daeng; Sari, Dewi Ratih Tirto; Maulidi, Andri
Jurnal Penelitian dan Pengkajian Ilmu Pendidikan: e-Saintika Vol. 4 No. 1: March 2020
Publisher : Lembaga Penelitian dan Pemberdayaan Masyarakat (LITPAM)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.36312/e-saintika.v4i1.157

Abstract

JNK adalah gen yang berperan dalam metabolisme DMT2. Dalam pengobatan T2DM digunakan JNK sebagai potensi terapi dengan menggunakan bahan alam. 8-shogaol adalah komponen kimia yang terkandung dalam jahe yang memiliki aktivitas antioksidan. Tujuan dari penelitina ini adalah menginversitagasi dan menganalisis peran 8-shogaol terhadap JNK. Protein JNK (ID: 464Y) diperoleh dari Protein Data Bank dan ligan 8-shogaol (CID:6442560 ) didapat dari pubchem. Ligan dan protein didocking menggunakan Hex 8.0.0. File dalam bentuk pdb divisualtisasi dan analisis menggunakan Discovery Studio Client 4.1 software. Interaksi ligan-protein menunjukan ikatan hidrogen pada residu asam amino LYS93 dan van der Waals pada 18 residu asam amino dengan energi ikatan-289.68cal/mol. Interkasi ini berpotensi sebagai penghambat kerja JNK dan dapat digunakan dalam terapi DMT2.Virtual screening: potential prediction of 8-shogaol againts c-Jun N-Terminal Kinase (JNK)AbstractJNK is one of gene that has a role in T2DM condition. To curve T2DM use JNK as potential healing using natural compounds. Eight-shogaol which found in ginger has function as a antioxidant.. The aim of the research is to investigate and analyze role 8-shogaol againts JNK. Protein JNK (ID: 464Y) was taken from Protein Data Bank and ligand 8-shogaol (CID:6442560 ) acquired from pubchem. Ligand and protein model were docked using Hex 8.0.0 software. Visualization and analysis molecular interactions by the Discovery Studio Client 4.1 software. Interaction ligand-protein showed one hydrogen bond in amino acid residue LYS93 and formed van der Waals in eighteen amino acid residues which energy binding -289.68cal/mol. This interaction has a potential to inhibit JNK role and lead to therapy T2DM.
Indonesian Cinnamon (Cinnamomum burmanni (Nees & T. Nees) Blume) as Promising Medicinal Resources: A Review Handayani, Aisyah; Lailaty, Intani Quarta; Rosyidah, A'liyatur; Sari, Dewi Ratih Tirto; Yunarto, Nanang; Suherman, Dadang
Jurnal Sylva Lestari Vol. 12 No. 3 (2024): September
Publisher : Department of Forestry, Faculty of Agriculture, University of Lampung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.23960/jsl.v12i3.929

Abstract

Cinnamomum burmanni (Lauraceae) is one of the Cinnamomum species native to Indonesia. Given the worldwide use of cinnamon, the famous spice derived from its bark, cinnamon is also considered to possess medicinal properties. Consequently, a comprehensive review of C. burmanni was conducted to explore its medicinal benefits. This paper reviews several studies on the traditional use of C. burmanni in Indonesia, its phytochemistry, and its pharmacological properties. Traditionally, C. burmanni is utilized not only as spices but also for medicinal purposes, food ingredients, and ritual purposes. The bark is the most commonly used part, while few other parts of the plant are used. Several phytochemical compounds of C. burmanni have been identified. C. burmanni also has been reported to exhibit a wide range of biological activities. From those studies, it can be concluded that the medicinal use of C. burmanni’s bark has been scientifically validated due to its rich content of active compounds. Furthermore, other parts of C. burmanni should be analyzed to determine their content of active compounds. Keywords: active compound, Cinnamomum burmanni, medicinal plant, spice, traditional medicine
Komparasi Senyawa Wogonin dan Rhinacanthin C Rhinacanthus nasutus Terhadap Candida albicans Secara In Silico Rahmawati, Devi; Sari, Dewi Ratih Tirto
Tinctura Vol 6 No 1 (2024): Jurnal Farmasi Tinctura
Publisher : Program Studi S1 Farmasi Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Ibrahimy

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35316/tinctura.v6i1.6097

Abstract

Candida albicans merupakan mikroorganisme patogen penyebab candidiasis pada kulit. Rhinacanthus nasutus merupakan salah satu tumbuhan liar yang banyak digunakan untuk mengobati penyakit kulit, dan dilaporkan memiliki aktivitas antibakteri dan antifungi. Namun, mekanisme senyawa yang terkandung dalam R. nasutus terhadap patogen jamur, khususnya Candida albicans masih terbatas. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi mekanisme penghambatan virulensi Candida albicans oleh senyawa rhinacantin C dan wogonin secara in silico. Senyawa R. nasutus wogonin (ID5281703) dan Rhinacanthin C (ID6474554) di unduh dari pubchem, protein Exo-B(1,3)-glucanase diambil dari database protein data bank (PDB) dengan ID 1eqc, diimport ke dalam software Molegro Virtual Docker versi 5.0. Selanjutnya protein target dan senyawa diinteraksikan menggunakan program Molegro virtual docker versi 5.0 pada grid X = 35.92A, Y=32.68A, Z=57.10A, dan dianalisis dengan Discovery studio versi 21.1.1. Analisis in silico menunjukkan bahwa senyawa wogonin dan rhinacanthin C berinteraksi dengan protein target Exo-B-(1,3)-Glucanase disisi inhibitor. Selain itu, beberapa residu sisi aktif wogonin Rhinacanthin C, yakni Glu27, Glu292, Phe258, dan Trp363 merupakan sisi aktif castanospermin. Energi ikatan yang terbentuk pada kompleks senyawa wogonin yaitu -284,6 kcal/mol, dan Rhinacanthin C -366,8 kcal/mol. Rhinacantin C menunjukkan energi ikatan yang lebih rendah, mengidikasikan kestabilan kompleks senyawa–protein. Senyawa wogonin dan rhinacantin C berpotensi sebagai obat antifungi. Penelitian ini berkontribusi dalam pengembangan antifungi berbahan alam berupa tumbuhan manukan (Rhinacanthus nasutus).
PELATIHAN PEMBUATAN SUPLEMEN HERBAL IMMUNOMODULATOR PADA SANTRI PUTRI PONDOK PESANTREN SALAFIYAH SYAFI’IYAH SUKOREJO Sari, Dewi Ratih Tirto; Ulfa, Ana Maria; Eliyawati, Eliyawati; Sarifah, Lailatus; Arofah, Siti Dina Mega; Pahirah, Pahirah; Fitraya, Riyatul; Aini, Fadilatul
As-Sidanah Vol 6 No 1 (2024): APRIL
Publisher : LP2M Universitas Ibrahimy

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35316/assidanah.v6i1.89-99

Abstract

Acute respiratory infection is a health problematic in Islamic boarding school. Lack of student awareness in maintaining health causes an increase in acute respiratory infections. This community service aims to increase the knowledge, skills and awareness of students in improving immunity and preventing acute respiratory infection. The method used is participatory action research (PAR), which is divided into four stages, namely focus group discussions, education, making herbal supplements, and evaluation. Focus group discussion was participated by some element, including coordinator of santri husada, santri husada, basic health service and students. Education was presented as lectures, discussion and consultation about immunity elevation. Education was conducted in several days for student in A1, A2, B, and M’hadul Quran dormitory to encourage more students. The next step was training to make herbal supplement, which attended by 42 students. The Forty-two student were divided into six groups to make herbal drink and instant supplement drink. Based on training evaluation, the education and training increased the knowledge and skill of participants. In summary, this activity increase health immune knowledge and supplement making of students.
Co-Authors Afza, Hadfina Agustina Elizabeth Aini, Fadilatul Ana Maria Ulfa Andri Maulidi Andri Maulidi Angeliana Desimaris Nita Anna Roosdiana Apriani Herni Rophi Arofah, Siti Dina Mega Bare, Yohanes Cairns, James Robert Ketudat Catur Retnaningdyah Dadang Suherman Daeng Tiring, Sri Sulistyaningsih Natalia Devi Rahmawati, Devi Eliyawati Eliyawati Estri Laras Arumingtyas fatchiyah . Fitra Arya Dwi Nugraha Fitraya, Riyatul Frederiksen Novenrius Sini Timba Gabriella Candrakirana Krisnamurti Gabriella Chandrakirana Krisnamurti Handayani, Aisyah Heny Yusuf Ihwan Ihwan Indahsari, Lilin Ika Nur Krisna Pada Krisnamurti, Gabriella Candrakirana Krisnamurti, Gabriella Chandrakirana Kuki, Agustina Dua Lailaty, Intani Quarta Laily Sifaiyah Laily, Siti Lorenza, Margaretha Rika Wahyu Gabrella Luchman Hakim Lydia Efliani Coriessa Meak M A Yohanita Nirmalasari Mansur S Maria Marcelina Dua Nurak Maria Marcelina Dua Nurak Marsiana Coo Mogi Marsiana Coo Mogi Maximus M Taek Nanang Yunarto Nisa, Mujiatun Nita, Angeliana Desimaris Nur Dina Camelia Nurak, Maria Marcelina Dua Oktavius Yoseph Tuta Mago Pahirah, Pahirah Paula Yunita Seku Ra'o Pranoto, M. Eko Pratiwi, Maulidia Riska Raodatul Jannah Rosyidah, A'liyatur S, Mansur Safitri, Anna Sarifah, Lailatus Siti Zamilatul Azkiyah Sri Sulistyaningsih Natalia Daeng Tiring Sri Sulystyaningsih Natalia Daeng Tiring Taek, Maximus M Theopilus W Watuguly Udrika Lailatul Qodri Wa Ode Ujiana Yoga Tribakti Rachmad Yoga Tribakti Rachmad Yusuf, Heny