Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
3.11
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Journal of Tropical Life Science : International Journal of Theoretical, Experimental, and Applied Life Sciences International Journal of Biosciences and Biotechnology Jurnal Bios Logos Jurnal Natur Indonesia Jurnal Keteknikan Pertanian AL KAUNIYAH Jurnal Online Mahasiswa (JOM) Bidang Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Jurnal Penelitian Kehutanan Sumatrana Jurnal Riau Biologia Jurnal Pengabdian UntukMu NegeRI BIOLINK (Jurnal Biologi Lingkungan, Industri, Kesehatan) Jurnal Biologi Tropis Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education Bio-Lectura Jurnal Agronomi Tanaman Tropika (JUATIKA) Dinamika Pertanian Science, Technology, and Communication Journal Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education
Dewi Indriyani Roslim
Unknown Affiliation
Religion Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Computer Science & IT Economics, Econometrics & Finance Education Electrical & Electronics Engineering Engineering Environmental Science Immunology & microbiology Law, Crime, Criminology & Criminal Justice Materials Science & Nanotechnology Mathematics Medicine & Pharmacology Social Sciences

Published : 56 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 4 Documents
Search
Journal : Jurnal Bios Logos

 1 
Barkoding DNA pada Tumbuhan Durik-Durik (Syzygium sp.) Asal Riau Menggunakan Daerah Gen ndhF Roslim, Dewi Indriyani; Fitriani, Ana
JURNAL BIOS LOGOS Vol 11, No 1 (2021): JURNAL BIOS LOGOS
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jbl.11.1.2021.31191

Abstract

(Article History: Received 11 November 2020; Revised 9 January 2021; Accepted 18 January 2021) ABSTRAKGen ndhF telah digunakan sebagai salah satu barkode DNA pada genus Syzygium karena divergensi urutan asam aminonya lebih besar empat kali dibandingkan rbcL. Penelitian ini bertujuan menganalisis sekuen DNA dari gen ndhF pada durik-durik (Syzygium sp.) asal Riau. Metode penelitian meliputi isolasi DNA total menggunakan kit isolasi DNA (Genomic DNA Mini Kit Plant, Geneaid), PCR, elektroforesis menggunakan 1% gel agarosa, sekuensing dan analisis data menggunakan program BioEdit versi 7, BLASTn dan MEGA 6.0. Sekuen DNA dari gen ndhF durik-durik telah diperoleh dengan ukuran 1370 pb dan memiliki kemiripan paling tinggi dengan yang dimiliki oleh S. malaccense (99,71%) dan paling rendah dengan S. acuminatissimum (98,69%). Terdapat 26 variasi nukleotida di antara aksesi yang diteliti dan dua diantaranya merupakan nukleotida kritis. Durik-durik membentuk satu kelompok dengan S. malaccense dan S. aromaticum. Namun demikian, nama spesies durik-durik belum dapat ditentukan karena tidak ada aksesi yang memiliki kemiripan 100% dengan durik-durik.Kata kunci: Barkode DNA, Danau Kajuik, durik-durik, gen ndhF, Syzygium. ABSTRACTThe ndhF gene has been used as DNA barcode in Syzygium because the divergence of the amino acids sequence is four times greater than rbcL. This study was to analyze the DNA sequence of ndhF gene on durik-durik (Syzygium sp.) origin Riau. Methods included total DNA isolation using Genomic DNA Mini Kit Plant (Geneaid), PCR, electrophoresis using 1% agarose gel, sequencing and data analysis using BioEdit, BLASTn dan MEGA 6.0 programs. The DNA sequence of durik-durik ndhF gene was 1370 bp in size and had the higher similarity to the one of S. malaccense (99.71%) and the lower similarity to the one of S. acuminatissimum (98.69%). There were 26 nucleotide variations and two of them were critical nucleotides. Durik-durik formed one group with S. malaccense dan S. aromaticum. Nevertheless, the species name of durik-durik still unknown because there is no accessions having 100% similarity to durik-durik.Keywords: DNA barcode, durik-durik, Kajuik Lake, ndhF gene, Syzygium.
Disain Primer Aktin Spesifik Tuntun Angin (Elaeocarpus floribundus) (Actin Primer Design Specific of Tuntun Angin (Elaeocarpus floribundus)) Roslim, Dewi Indriyani; Herman, Herman
JURNAL BIOS LOGOS Vol 7, No 1 (2017): JURNAL BIOSLOGOS
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jbl.7.1.2017.16207

Abstract

Abstrak Aktin merupakan salah satu dari housekeeping gene yang dapat digunakan sebagai kontrol internal pada analisis ekspresi gen.  Sampai saat ini, sekuen DNA dari gen penyandi aktin pada tanaman tuntun angin (Elaeocarpus floribundus) belum pernah dipublikasikan. Penelitian ini bertujuan merancang primer aktin spesifik untuk tanaman Elaeocarpus floribundus bedasarkan primer aktin degenerate.  Pasangan primer degenerate rancangan yang digunakan adalah PlAc46S sebagai primer forward: 5’- ATGGTNGGNATGGGNCARAA-3’ dan PlAc245N sebagai primer reverse: 3’- GTDATNACYTGNCCRTCNGG-5’.  Metode penelitian meliputi isolasi DNA dari daun segar, amplifikasi dengan teknik polymerase chain reaction (PCR), elektroforesis pada 1,2% gel agarose, perunutan nukleotida, dan analisis data menggunakan program BLASTn dan perangkat lunak MEGA versi 6.06.  Fragmen DNA aktin telah berhasil diamplifikasi menggunakan primer aktin degenerate dan telah dirancang primer aktin spesifik untuk Elaeocarpus floribundus dengan urutan sebagai berikut:5’-CCAAATCATGTTTGAGACCT-3’(forward) dan 5’-GAACACGTTAATTCCTGCTC-3’ (reverse). Primer tersebut selanjutnya dapat digunakan untuk mengamplifikasi gen aktin dari E. floribundus pada analisis ekspresi gen.Kata Kunci: aktin, Elaeocarpus floribundus, PCR, primer degenerate, tuntun angin. Abstract Actin is one of the housekeeping genes which commonly be used as an internal control in gene expression analysis.  Until now, the DNA sequence of actin gene of tuntun angin (Elaeocarpus floribundus) has never been published. This study aimed to design the actin primer specific for E. floribundus based on degenerate actin primer.  The pair of the degenerate actin primers (PlAc46S 5’- ATGGTNGGNATGGGNCARAA-3’ and PlAc245N 3’- GTDATNACYTGNCCRTCNGG-5’) were used in this study.  Methods included DNA isolation from fresh leaf, PCR, electrophoresis, sequencing, and data analysis using BLASTn program and MEGA software version 6.06.  The actin DNA fragment has been successfully amplified using the degenerate actin primer and then the actin primer specific for E. floribundus with the following sequences: 5’-CCAAATCATGTTTGAGACCT-3’ (forward) and 5’- AACACGTTAATTCCTGCTC-3’ (reverse) have been designed.  The primer pairs can be used to amplify the actin gene of E. floribundus.Keywords: actin, degenerate primer, Elaeocarpus floribundus, PCR, tuntun angin.
Analisis Sekuens DNA Penyandi 18S rRNA pada Tumbuhan Cocor Bebek (Kalanchoe x laetivirens) Andariyusti, Felly; Roslim, Dewi Indriyani
JURNAL BIOS LOGOS Vol 11, No 2 (2021): JURNAL BIOS LOGOS
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jbl.11.2.2021.32297

Abstract

(Article History: Received January 16, 2021; Revised April 6, 2021; Accepted April 13, 2021) ABSTRAKStudi mengenai stress pada tumbuhan semakin banyak didasarkan pada ekspresi gen. Gen penyandi 18S rRNA merupakan salah satu anggota dari gen housekeeping yang umum digunakan sebagai kontrol internal. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis sekuens DNA penyandi 18S rRNA pada tumbuhan cocor bebek (K. x laetivirens). Metode penelitian meliputi ekstraksi DNA total dari daun segar menggunakan Mini Kit Genomic DNA Mini Kit Plant (Geneaid). Data sekuen DNA diolah menggunakan program BioEdit, BLASTn dan MEGA 6. Sekuen DNA parsial dari gen penyandi 18S rRNA K. x laetivirens telah diperoleh dengan ukuran 419pb. Sekuen tersebut memiliki kemiripan sebesar 99,28% dengan K. daigremontiana. Kalanchoe x laetivirens membentuk satu kelompok dengan sesama anggota dari famili Crassulaceae dan terpisah dari famili lainnya yang diteliti. Primer 18S rRNA spesifik terhadap cocor bebek telah dirancang, yaitu forward 5’- CAA ATT ACC CAA TCC TGA CA -3’ dan reverse 5’- CCA ACG TAA ATA GGA TCG AA -3’. Sekuen yang diperoleh pada penelitian ini berpotensi sebagai gen referensi setelah dilakukan validasi.Kata kunci: 18S rRNA; gen housekeeping; Kalanchoe x laetivirens; kontrol internal; PCR ABSTRACTPlant stress studies are based on gene expressions. This study aims to analyze the DNA sequence of 18S rRNA in cocor bebek (K. x laetivirens). Methods being out are total DNA isolation using Mini Kit Genomic DNA Mini Kit Plant (Geneaid). The DNA sequence was analyzed utilizing BioEdit, BLASTn and Mega 6 programs. Partial DNA sequence of 18S rRNA in K. x laetivirens has been obtained with 419 bp length. The DNA sequence has 99.28% similarity to K. daigremontiana. Kalanchoe x laetivirens formed one group with another species from the same family, Crassulaceae, based on the DNA sequence of 18S rRNA. A primer pair specific to K. x laetivirens for amplifying 18S rRNA has been designed such as forward 5’- CAA ATT ACC CAA TCC TGA CA -3’ and reverse 5’- CCA ACG TAA ATA GGA TCG AA -3’. This DNA sequence is potentially being employed as an internal control once the validation process completed.Keywords: 18S rRNA; housekeeping gene; internal control; Kalanchoe x laetivirens; PCR
Sekuen Penyandi 18S Ribosomal RNA dan Ubiquitin pada Pandanus sp. Asal Riau (Sequences Encoding 18S Ribosomal RNA and Ubiquitin on Pandanus sp. from Riau) Dewi Indriyani Roslim; Nurin Nuryani; Herman Herman
JURNAL BIOS LOGOS Vol 8, No 1 (2018): JURNAL BIOSLOGOS
Publisher : Universitas Sam Ratulangi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35799/jbl.8.1.2018.20590

Abstract

Abstrak Gen penyandi 18S ribosomal RNA (18S rRNA) dan ubiquitin merupakan anggota dari housekeeping genes yang sering digunakan sebagai kontrol internal pada analisis ekspresi.  Penelitian bertujuan mengisolasi kedua gen tersebut pada tanaman Pandanus sp asal Riau.  Metode penelitian meliputi isolasi DNA total, elektroforesis, PCR, purifikasi gel, sekuensing, dan analisis data sekuen DNA menggunakan program BioEdit version 7.0.0, BLASTn, dan MEGA6.  Sekuen DNA penyandi 18S rRNA (420 bp) dan ubiquitin (493 bp) telah diperoleh.  Sekuen 18S rRNA Pandanus sp memiliki kemiripan sebesar 99% dengan beberapa spesies Pandanus. Sekuen ubiquitin Pandanus sp memiliki kemiripan sebesar 87%-89% dengan sekuen ubiquitin dari beberapa tanaman dan alga hijau.  Dendrogram yang diturunkan dari kedua sekuen juga mendukung hasil tersebut bahwa sekuen 18S rRNA dari Pandanus sp. membentuk satu kelompok dengan sesama sekuen 18S rRNA, begitu pula dengan sekuen ubiquitin Pandanus sp. membentuk satu kelompok dengan sesama sekuen ubiquitin. Kedua gen berpotensi dijadikan kontrol internal setelah dilakukan validasi.Kata kunci: RNA ribosom 18S, housekeeping gene, Pandanus sp., Riau, ubiquitin. Abstrak This research aimed to isolate genes encoding 18S rRNA and ubiquitin in Pandanus sp. from Riau. The research method included total DNA extraction, polymerase chain reaction, electrophoresis, gel purification, sequencing, and DNA sequence analysis using BioEdit version 7.0.0, BLASTn, and MEGA6 programs. Sequences encoding 18S rRNA (420 bp) and ubiquitin (493 bp) had been obtained. The BLASTn analysis showed that 18S rRNA of Pandanus sp. had 99% similarity to some species of Pandanus. Ubiquitin sequence in Pandanus sp. had 87%-89% similarity to ubiquitin sequences of some plants and green algae.  Dendrograms generated from both sequences also supported the results that 18S rRNA sequence of Pandanus sp. was the same group as 18S rRNA on Pandanus genus. Similarly, ubiquitin sequence of Pandanus sp was the same cluster as other plants. Both genes were potentially used as internal control in gene expression studies after their validation.Keywords: 18S ribosomal RNA, housekeeping gene, Pandanus sp., Riau, ubiquitin.
Co-Authors ', Herman ', Tasiah , Deviona, , , HERMAN Abd. Rasyid Syamsuri Adiwirman Adiwirman, Adiwirman Akmal, Fidia Al Khairi, Hapiz Aldri Frinaldi ALEX HARTANA Altuhaish, Adeel Abdulkarim Fadhl Andariyusti, Felly Andriani, Lestari Anna Safarrida, Anna Arief Priyadi Ashfira Ashfira Ashfira, Ashfira Asih, Hastini Aslim Rasyad Aslim Rasyad At-Thahirah At-Thahirah Awitdrus Awitdrus, Awitdrus Azrial Azrial Azrial, Azrial Baehaqi Budiono, Deanne Yoshe Fidela Cahyati, Isa Endar Ciska Vivian Sianturi Daniel Happy Putra Defrianto Defrianto Desriani Ritawati Hutagalung Dilla Mutiarawati Dini Septya Nastiti Dita Deanesia Dodi Frianto, Dodi Endah Budi Lestari ENNIE CHAHYADI, ENNIE Fadel Nugraha Faizah, Niswah Fifi Puspita Fitriadi, Zul Fitriani, Ana Fitriyatun Nisa, Fitriyatun Frederika Sinuraya Furqoni, Aries Tri Hadiwiyono Hadiwiyono HAJRIAL ASWIDINNOOR Hasibuan, Aldy Riau Wansyah Herman Herman Herman - Herman - Herman Herman Herman Herman Herman Herman Hestia Hairima Hutagalung, Desriani Ritawati Imra Atul Uswah Ingga Yurisna Fitriani Intan Sari Nuraini Jumin, Hasan Basri Lambok Nia Natalya Larissa Anggisti Lestari Andriani Linda Novita Liza Aulia Yusfi Martupa Nainggolan Mayang Sari Mayta Novaliza Isda Miftahudin . Miftahul Rahmah Muhamad Fauzan Muhammad Luthfi Multivasari, Nella Mutiarawati, Dilla Nery Sofiyanti Niswah Faizah Nur Aisyah Nur Aisyah Nurin Nuryani NURKHAIRANI, PUTRI Nurwijayanti Nuryani Nuryani PATMASARI, MUDRIKA Putri Agustina PUTRI PANJAITAN, KHAIRIZA UMAMI Putri, Fatma Jumaita Putri, Shalsadila Rahmadani Rahmi Anandia Rio Riduan Rosmeilinda, Tio Fanny Roza Elvyra Saktioto Saktioto SARAGIH, JESSICA RODEARNI Siahaan, Citra Winarni Siti Fatonah Siti Khumairoh, Siti Siti Nurhayati Sofhya, Putri Tri Sri Wahyuningsih Sugeng Santoso Suha Maudina Berampu Suhardi Suhardi Suharyanto Suharyanto Susilo Hambeg Poromarto Tio Fanny Rosmeilinda Tisha Melia Utut Suharsono Vera Magdaleni Manullang Wahyu Lestari Wahyu Lestari Yolla Putri Ardilla Yolla Putri Ardilla YULMINARTI, YULMINARTI Yundari, Yundari