Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
1.642
P-Index
This Author published in this journals
All Journal International Journal of Public Health Science (IJPHS) BALI MEDICAL JOURNAL (BMJ) journal of internal medicine INDONESIAN JOURNAL OF BIOMEDICAL SCIENCES E-Jurnal Medika Udayana Media Kesehatan Masyarakat Indonesia Universa Medicina Paediatrica Indonesiana CURRENT INTERNAL MEDICINE RESEARCH AND PRACTICE SURABAYA JOURNAL Public Health and Preventive Medicine Archive Journal of Global Pharma Technology Biomedika
Ketut Tuti Parwati Merati
Department Of Internal Medicine Faculty Of Medicine University Udayana/RSUP Sanglah
Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Health Professions Immunology & microbiology Medicine & Pharmacology Public Health

Published : 24 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search
Journal : INDONESIAN JOURNAL OF BIOMEDICAL SCIENCES

 1 
SUBTIPE HIV-1 DI BEBERAPA DAERAH DI INDONESIA DAN PERANNYA SEBAGAI PETUNJUK DINAMIKA EPIDEMI HIV Parwati Merati, Tuti; Ryan, Claire; Turnbul, Shannon; Wirawan, DN; Otto, Brad; Bakta, I Made
INDONESIAN JOURNAL OF BIOMEDICAL SCIENCES Vol. 2, No. 2 Mei 2008
Publisher : Udayana University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (244.901 KB)

Abstract

Subtipe HIV-1 dapat ditentukan dengan melakukan analisis sekuens nukleotida dari gen selubung luar HIV-1, dengan mengekstrak DNA proviral dari sampel pasien, dan memakainya dalam PCR khusus untuk envelope HIV-1. Kemudian ini di sekuens dan dianalisis dengan memakai rujukan sekuens dari bank gen LANL (Los Alamos National Library) untuk menentukan subtipe. Distribusi geografi subtipe HIV-1 bersifat dinamis. Sampai sekarang terdapat 9 subtipe HIV dan 34 circulating recombinant forms (CRFs). Penelitian terdahulu mendapatkan ada dua subtipe HIV-1 yang beredar di Indonesia, Subtipe B dan CRF01_AE. Dengan mengetahui subtipe HIV-1 dapat membantu penelusuran arah epidemi dan memberikan informasi untuk merencanakan pencegahan HIV demikian juga memberikan informasi yang diperlukan dalam pembuatan vaksin. Oleh karena itu sangat penting dilakukan penelitian mengenai subtipe HIV di Indonesia.Rancangan penelitian adalah cross-sectional analytic yang dilakukan di Klinik Pelayanan AIDS di Denpasar, Bali dan Panti Rehabilitasi Narkoba di Bogor, Jawa Barat. Responden adalah odha dewasa yang memenuhi kriteria inklusi (odha dewasa dan bersedia ikut dalam penelitian) dan responden dipilih secara non probability sampling sampai memenuhi jumlah sampel yang dibutuhkan. Dengan memakai rumus 16.4 Sastroasmoro S. and Ismael S. (2002), jumlah sampel minimal dihitung sebesar 65. Untuk hipotesis 1, melihat perbedaan Subtipe HIV-1 dengan cara transmisi virus, analisis data menggunakan uji statistik Chi-Square. Untuk hipotesis 2, membandingkan Subtipe HIV-1 dengan derajat penyakit, analisis data menggunakan uji statistik Fisher’s Exact test, sedangkan untuk analisis data epidemiologi kasus dikerjakan secara deskriptif. Hasil disajikan dalam bentuk tabel, gambar pohon phylogenetic dan narasi.Dari penelitian ini didapatkan empat jenis subtipe di Indonesia, yaitu Subtipe B, CRF01_AE, C dan G (A/G). Semua pengguna narkotika suntik (penasun) terinfeksi oleh Subtipe CRF01_AE, dan hubungan ini terbukti secara statistic bermakna (Chi-square test with continuity correction value 7,951 p = 0,005) (Tabel 5.3.1). Subtipe HIV-1 tidak berhubungan secara bermakna dengan derajat penyakit, akan tetapi terdapat kecenderungan CRF01_AE mempunyai lebih banyak kasus dengan derajat penyakit berat dibandingkan dengan NonCRF01_AE. Prevalensi kasus dengan performance yang terganggu pada CRF01_AE adalah 30,3% sedangkan pada Non CRF01_AE 14,3%. Perbedaan ini secara statistic tidak bermakna (Fisher’s-Exact test p = 0,3445 (Tabel 5.11). Dari analisis Phylogenetic didapatkan bahwa transmisi HIV pada populasi risiko tinggi di Indonesia bersifat dinamis, dan epidemi yang terjadi tidak terpisah diantara populasi dengan faktor risiko yang berbeda.Kesimpulan dari penelitian adalah: CRF01_AE merupakan subtipe yang paling banyak didapatkan dan tersebar disebagian besar wilayah. CRF01_AE didapatkan pada populasi penasun, heteroseksual, penjaja seks komersial dan pelanggannya. Karena prevalensi HIV pada penasun sangat tinggi, baik di Bali maupun daerah lainnya di Indonesia (50%), maka ada kemungkinan penasun merupakan episentrum epidemi HIV di Bali dan beberapa daerah di Indonesia, yang akan menyebar ke populasi umum melalui kelompok heteroseksual risiko tinggi yaitu PSK dan pelanggannya. Sedangkan Subtipe B, C dan G (AG) terdapat baik pada homoseks dan heteroseks, namun tidak ada penasun. Data tersebut didukung oleh gambaran pohon phylogenetic (Gambar 5.3). Pemakaian DBS dalam penelitian ini cukup praktis dan aman, walaupun keberhasilannya masih rendah (44,9%). Sekarang sudah ada kertas saring yang lebih baik dan sesuai untuk dipakai pada penelitian yang akan datang.Saran dari penelitian ini adalah, dalam program harm reduction bagi penasun hendaknya juga menekankan pemakaian kondom secara konsisten dengan pasangan seksualnya. Disamping itu disarankan perlunya melakukan pemeriksaan subtipe HIV secara periodik karena distribusi subtipe HIV bersifat dinamis.
THE MOLECULAR BASIS OF RESISTANCE ANTIRETROVIRAL MARKERS AND POLYMORPHISMS OF THE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS-1 SUBTYPE CRF01-AE PROTEASE GENE IN NAÏVE AND TREATMENT FAILURE PATIENTS IN BALI Sri Budiyanti, N.; Suata, I K.; Merati, K. T. P.; Mahardika, I G.N.K.
INDONESIAN JOURNAL OF BIOMEDICAL SCIENCES Vol. 6, No. 1 Januari 2012
Publisher : Udayana University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (222.874 KB)

Abstract

ABSTRACT Application of antiretrovirals (ARVs) in patients with Human Immunodeficiency Virus (HIV) infection has proven to reduce mortality rates and prolong life expectancy. On the other hand, the use of antiretroviral drugs has incited the emergence of HIVDR. The resistance is due to mutation at genes associated with drug resistance. Nowadays, the determination of resistance markers mutations are based on HIV-1 subtype B. However, the majority of HIV in Indonesia, particularly in Bali are of subtype CRF01_AE. Genetic variation between HIV viruses has led to variations in subtypes; therefore, resistance markers of subtype B could be polymorphisms of non-B subtypes. This study aims to determine the number and types of the resistance markers mutations and polymorphisms that occur on the PR gene of HIV-1 subtype CRF01_AE of naïve and treatment failure patients in Bali. This is an observational cross-sectional analytical study, conducted at two VCT clinics in Denpasar, during the period of April 2010 until October 2011. Samples consist of 18 HIV patients with treatment failure and 30 naïve HIV patients. Mutations were evaluated using PCR, sequenced and aligned were carried out using MEGA4. Interpretations of the mutations were made based on the Stanford HIV database. Hypothesis tests used were Mann-Whitney because of abnormal distribution of data. Hypothesis was accepted if the significant level p<0.05. This study found that of the demographic data, only the predisposing factors of the two groups were significantly different (p<0.05). Two patients with treatment failure and 5 naïve patients were found to have L10LV/I mutations. Only one patient with treatment failure had the I54FI mutation. No major mutations were found among the two study groups. The number and types of minor mutations were not significantly different (p>0.05) between the naïve group and treatment failure group. M36I and H69K polymorphisms of the PR gene were found in all the study samples. In conclusion of this study, two types of major mutations were found, L10LV/I and I54FI. The number and types of the resistance markers mutations towards the protease inhibitor (PI) group were not significantly different between the two study groups. M36I, H69K mutations of the PR gene are markers of polymorphisms of HIV-1 subtype CRF01_AE.
Co-Authors Abdul Azis Abdul Azis Agus Eka Darwinata Anak Agung Ayu Yuli Gayatri Artha Camellia Astiti, Cok Istri Sri Dharma Bagus Ngurah Putu Arhana Brad Otto Claire Ryan Cok Istri Sri Dharma Astiti Cokorda Agung Wahyu Purnamasidhi Dewa Gde Agung Budiyasa Dewa Nyoman Wirawan Dewa Nyoman Wirawan, Dewa Nyoman Dian, Ni Made Dewi Diksha, I Gusti Ngurah Ariestha Satya Dyah Kanya Wati Elizabeth Haryanti Gayatri, Anak Agung Ayu Yuli Gusni Rahma Handayani, Putu Novi Haruko Akatsu Haryadi Haryadi - I Dewa Made Sukrama I Gde Raka Widiana I Gusti Ayu Agung Elis Indira I Gusti Ngurah Kade Mahardika I K. Suata I Ketut Agus Somia I Made Bakta I Made Susila Utama I Nyoman Sutarsa I Wayan Gede Artawan Eka Putra I Wayan Gede Artawan Eka Putra, I Wayan Gede Artawan Eka I Wayan Putu Sutirta Yasa Ida Bagus Nyoman Putra Dwija Ida Bagus Putra Manuaba Irwanto Irwanto Junior, Darren Ketut Dewi Kumara Wati Ketut Espana Giri Ketut Espana Giri Ketut Ridana Wibawa Ketut Suryana Komang Agus Trisna Amijaya, Komang Agus Trisna Kumbara, Cokorde Istri Yuliandari Krisnawardani Made Yogi Oktavian Prasetia Made Yogi Oktavian Prasetia, Made Yogi Oktavian Mahardani, Putu Nandika Tungga Yudanti N. Sri Budiyanti Ni Made Dewi Dian Sukmawati Ni Made Sri Nopiyani Ni Wayan Sri Rahayuni Ni Wayan Winarti Nittaya Phanuphak, Nittaya Plamularsih Swandari Rahayuni, Ni Wayan Sri Rudi Wisaksana Saktivi Harkitasari, Saktivi Sawitri, Anak Agung Sagung Semadhi, Putu Gitanjani Mahadewi Shannon Turnbul Siahaan, Katrin Wilentina Stefanie Juergens Suteja, Richard Christian Utama, I Made Susila Utarini, Gusti Ayu Eka Yundari, Yundari