Pendalaman Materi (PM) merupakan kegiatan penting bagi siswa guna menghadapi ujian nasional. Ujian Nasional merupakan kegiatan pengukuran capaian kompetensi lulusan pada mata pelajaran tertentu secara nasional. Penelitian ini menggunakan 99 dataset berisikan data nilai rapor siswa yang diambil satu semester terakhir untuk menentukan kelompok (cluster) pendalaman materi terhadap mata pelajaran yang diujiankan, dengan menggunakan metode k-Means. k-Means merupakan salah satu fungsi clustering yang melakukan proses pemodelan pengelompokan data dengan sistem partisi. Ada 4 mata pelajaran yang diujiankan, yaitu; Bahasa Indonesia, Matematika, IPA, dan Bahasa Inggris. Dalam hal ini pengelompokan dibagi menjadi 2 cluster besar yaitu; kelas umum dan kelas khusus, dimana kelas khusus tersebut merupakan variable yang perlu penanganan khusus terhadap mata pelajaran yang diujiankan. Perhitungan metode ini menggunakan Rapid Miner 5.3. dengan membagi menjadi 10 cluster, dimana diperoleh nilai terbaik pada cluster 2 dan 9, dengan nilai centroid 83,5 pada cluster 9 dimata pelajaran Bahasa Indonesia.