This Author published in this journals
All Journal HAYATI Journal of Biosciences Jurnal Ilmu Pertanian Indonesia Jurnal Teknologi Perikanan dan Kelautan Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis Journal of Marine and Aquatic Sciences ILMU KELAUTAN: Indonesian Journal of Marine Sciences Saintek Perikanan : Indonesian Journal of Fisheries Science and Technology Berkala Perikanan Terubuk BIOTROPIA - The Southeast Asian Journal of Tropical Biology AL KAUNIYAH Jurnal Kelautan : Indonesian Journal of Marine Science and Technology Jurnal Pengelolaan Sumberdaya Alam dan Lingkungan (Journal of Natural Resources and Environmental Management) Journal of Indonesian Coral Reefs Jurnal Kelautan Tropis Aceh Journal of Animal Science JURNAL ENGGANO Jurnal Sumberdaya Akuatik Indopasifik Omni-Akuatika MAJALAH ILMIAH GLOBE Squalen Bulletin of Marine and Fisheries Postharvest and Biotechnology Jurnal Pengelolaan Perikanan Tropis (Journal Of Tropical Fisheries Management) OLDI (Oseanologi dan Limnologi di Indonesia) Jurnal Perikanan Universitas Gadjah Mada Jurnal Penelitian Perikanan Indonesia Bawal : Widya Riset Perikanan Tangkap Jurnal Ilmu Kelautan Kepulauan Jurnal Iktiologi Indonesia (Indonesian Journal of Ichthyology) Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan Jurnal Laot Ilmu Kelautan Jurnal Risalah Kebijakan Pertanian dan Lingkungan Jurnal Ruaya : Jurnal Penelitian dan Kajian Ilmu Perikanan dan Kelautan Depik Jurnal Ilmu-Ilmu Perairan, Pesisir dan Perikanan Depik Jurnal Ilmu-Ilmu Perairan, Pesisir, dan Perikanan Journal of Fisheries & Marine Journal of Marine Studies
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 1 Documents
Search
Journal : AL KAUNIYAH

Identifikasi dan Analisis Filogentik Kerang Kima (Genus Tridacna) dari Pulau Kur Menggunakan DNA Barcoding Teddy Triandiza; Agus Kusnadi; Hawis Madduppa; Neviaty P Zamani; Udhi E Hernawan; Rosmi N Pesillette; Abdul Kadir Yamko; Nurlita P Anggraini; Fildzah Z Hulwani; Ichtineza H Hardono; Risnita Tri Utami
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol 15, No 1 (2022): AL-KAUNIYAH: JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v15i1.17631

Abstract

AbstrakPeran penting kerang Kima secara ekologis sebagai salah satu spesies kunci dalam ekosistem terumbu karang menyebabkan biota laut ini mengalami tekanan antropogenik di sebagian besar wilayah di Indo-Pasifik, termasuk Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies Kima genus Tridacna asal Pulau Kur menggunakan markea gen COI dan menganalisis hubungan filogenetiknya. Sampel jaringan Kima diekstrak menggunakan kit ekstraksi komersial. Primer universal (LCO1490; HCO2198) dan primer spesifik Kima (LCO: 5’-GGG TGA TAA TTC GAA CAG AA-3’; RCO: 5’-TAG TTA AAG CCC CAG CTA AA-3’) digunakan untuk mengamplifikasi DNA target. Analisis data dilakukan terhadap 26 sekuen Kima asal Pulau Kur dengan panjang fragmen 479 bp menggunakan software MEGA6 meliputi analisis jarak genetik dan pohon filogenetik. Hasil analisis homologi menggunakan BLASTn mendapatkan empat jenis Kima, yaitu Tridacna maxima, T. crocea, T. noae, dan T. squamosa dengan similaritas 99–100%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa jarak genetik dalam spesies sangat rendah berkisar 0,0000–0,0103 sedangkan jarak genetik antar spesies berkisar antara 0,0112–0,1729. Hasil konstruksi pohon filogenetik kerang Kima menunjukkan adanya dua klad utama yang kohesif dan jelas terpisah, yaitu kelompok Tridacna yang monofiletik dan Hippopus hippopus. Berdasarkan hasil penelitian, teknik DNA Barcoding sangat efektif untuk identifikasi dan mengkonfirmasi fenomena cryptic spesies.Abstract The role of the giant clam as the key and ecologically important species in coral reef ecosystem has led them to experience anthropogenic pressure in the most of Indo-pacific region including Indonesia. This research aimed to identify the species of giant clam Tridacna from Kur Island, Southeast Maluku by using COI gene marker and to analyze their phylogenetic relationship. The tissue sample of giant clam was extracted with a commercial extraction kit. Universal primer (LCO1490; HCO2198) and specific primer for giant clam (LCO: 5’-GGG TGA TAA TTC GAA CAG AA-3’; RCO: 5’-TAG TT AAG CCC CAG CTA AA-3’) was used to amplify DNA target. Twenty-six sequences from Kur Island with 479 bp fragment length were analyzed by using MEGA6 software. Homological analysis on BLASTn found four species i.e Tridacna maxima, T. crocea, T. noae, and T. squamosa with 99–100% similarity. The result also showed that genetic distance value intraspecies was very low ranging from 0.000 to 0.0105, while genetic distance inter-species ranged from 0.0112 to 0.1729. Reconstruction of phylogenetic tree of giant clam revealed two main group that cohesive and clearly separated i.e Tridacna group which monophyletic and Hippopus hippopuxs. Based on the result, the DNA barcoding technique was effective for identification and confirmation of the occurrence of cryptic species phenomenon.
Co-Authors . Zairion AA Sudharmawan, AA Abdul Kadir Yamko Abdurrachman Baksir Abdurrachman Baksir Aditya Bramandito Adriani Sunuddin Agus A Hakim Agus Atmadipoera Agus Kusnadi Agus Ramli Agus S. Atmadipoera Ahmad Eko Suprianto Ahmad Taufik Ghozali Ahmad Taufik Ghozali Alan Frendy Koropitan Ali Mashar Am Azbas Taurusman Anggraini, Nurlita Putri Aradea Bujana Kusuma Aradea Bujana Kusuma Arief Pratomo, Arief Ario Damar Astini, Lita Astuti, Anggini Fuji Audina putri Ayu Ervinia Ayu, Inna Puspa Aznardi, Shodikin Aznardi Beginer Subhan Benyamin, Azhari Bertoka Fajar S.P. Negara Bisman Nababan Borbee, Erin Budi Prabowo Dea Fauzia Lestari, Dea Fauzia Deddy Bakhtiar Deden Yusman Maulid Dedi Soedharma Dedi Soedharma Dedi Soedharma Denny Khaerudi Dharmawan, I Wayan Eka Dian Pertiwi Dietrich Geoffrey Bengen Dietrich Geoffrey Bengen Dietriech G Bengen Dietriech Geoffrey Bengen Dining Nika Alina Dondy Arafat Dony Kushardono Eko S Wibowo Ester Restiana Endang Gelis Fadel Muhammad Fadillah Rahmawati Fajar Nugroho Farhan Ramdhani Fatchiyyah, Sayyiddah Fauzan Dzulfannazhir Fauzan Dzulfannazhir Fildzah Z Hulwani Firdaut Ismail Firsta Kusuma Yudha Gelis, Ester R. E. Genadi Algadri Hadadi, Namira Hadi, Sutanto Hanami, Cindy Claudea Hari Eko Irianto HEDI INDRA JANUAR Henry Munandar Manik Husna, Alief K Ichtineza H Hardono Idham A. Nasrullah Ikbal Marus Ilyas, Turissa Pragunanti Indra Jaya Indra Jaya Irianda, Nadya Jeny Irmalita Tahir Ismail Ismail Iswandi Wahab Iswandi Wahab Jeddah Isnul Jhon Septin Maurisdo Siregar Jhoni Wahyu Adi Jonson Lumban Gaol Karizma Fahlevy Kustiariyah Tarman Lalu M. Iqbal Sani Lalu M. Iqbal Sani Lane, Christopher Luky Adrianto Luzmi Malia Izza Mahardika Rizqi Himawan Majariana Krisanti Mala Nurilmala Mas Irfanto Meutia Samira Ismet Minsaris, La Ode Alam Moh Muhaemin Mohd Adip Setiawan Muhamad Darmawan Muhamad Gilang Arindra Putra Muhamad Gilang Arindra Putra Muhamad Iqbal Muhammad Andre Nugraha, Muhammad Andre Muhammad Aris Muhammad Fahmi Zuhdi Muhammad Fahmi Zuhdi Muhammad Taufik Mujizat Kawaroe Mujizat Kawaroe MUJIZAT KAWAROE Mujizat Kawaroe Mu’min Mu’min Nadya Cakasana Nadya Jeny Irianda NAILA KHURIL AINI Nebuchad Nezzar Akbar Nebuchadnezzar Akbar Nella Tri Agustini, Nella Tri Neviaty P Zamani Neviaty P Zamani Neviaty P. Zamani Neviaty P. Zamani Neviaty P. Zamani NEVIATY PUTRI ZAMANI Novian Prahandhy Kusuma Nurafni Nurafni Nurhaya Afifah Nurjanah Nurjanah Nurlisa Alias Butet Nurlita P Anggraini Nurlita Putri Anggraini Nurlita Putri Anggraini Prakas Santoso Prakas Santoso Prakas Santoso Prakas Santoso Prehadi . Prehadi Prehadi Purwanto, Budi Rahmat Sawalman Raismin Kotta Ramadian Bachtiar Ramili, Yunita Rani Utari Ayuningtyas Raymon Rahmanov Zedta Ridha Fathihatunnisa Rifki Aldi Ramadhani Risnita Tri Utami Risti Endriani Arhatin Rizky Janatul Magwa Romanus Edy Prabowo Rommy M. Abdullah Rosmi N Pesillette Rustam E Paembonan Ruzanna, Arina Salsabila, Afviya Samsul Bahri Samsul Bahri Sani, L. Mukhsin Iqbal Sani, Lalu M Iqbal Sani, Lalu Mukhsin Iqbal Satya Pratama Atmaja Sayyidah Fatchiyyah Sayyiddah Fatchiyyah Sebastian C. A. Ferse Sebastian Ferse Septy Heltria Setyaningsih, Wahyu Adi Shita Azaraly, Irma Shodikin Aznardi Sigid Hariyadi Sihono Sihono SITI KHODIJAH Sulistiono Sulistiowati Sulistiowati Surahman Surahman Sutanto Hadi Syamsul Arifin Syarifudin Nur Taqiyuddin, Muhammad Wijdan Teddy Triandiza Teddy Triandiza Tyani Fitrian Udhi E Hernawan Ummu Salma Wedi Andika Wiwid Andriyani Lestariningsih Yoppie Wulanda Yusli Wardiatno Zakiyah Rahim Zedta, Raymon Rahmanov