Claim Missing Document
Check
Articles

The Expression of Glucanase Encoding Gene (CaβGlu) in Chili (Capsicum annuum L.) As a Response to Fusarium oxysporum Infection. Rahmandanni, Yunnia; Pujiyanto, Sri; Ferniah, Rejeki Siti
Berkala Bioteknologi Vol. 5, No. 2, November 2022
Publisher : Berkala Bioteknologi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Indonesia is a tropical country with highest level of biodiversity, especially in the agricultural sector. Chili (Capsicum annumm. L) is a very well-known and widely used agricultural product in the world, which makes chili becomes one of the most considerable national product. The chili production is oftentimes very susceptible to some diseases caused by virus, fungi, or bacteria. One of the most common diseases in chili cultivation is Fusarium wilt, which is caused by Fusarium oxysporum. This disease can cause a major loss and up to 50% crop failure. Many procedures have been done to find the best cultivar with a resistance trait to Fusarium oxysporum, including by observing and testing the chili’s genetic resistance. One of the resistance genes in chili is β -1, 3- glucanase-encoding gene, which produces an enzyme to hydrolize the cell wall of pathogenic fungi. This research aimed to determine the expression of the glucanase-encoding gene (CaβGlu) in chili as a response to Fusarium oxysporum infection. The methods including chili cultivation, F. oxysporum inoculation, isolation of chili leaves RNA, glucanase-encoding gene expression analysis using qRT-PCR, and data analysis. The result of CaβGlu gene expression is higher than the control in the first 6 hours after inoculation, and decreasing in the 48th and 96th hours. The conclusion was the infection of Fusarium oxysporum is activating the expression of CaβGlu gene which was expressed best in the first 6 hours after inoculation.
Potensi Rizobakteri Pembentuk Endospora Dari Tanaman Padi Sebagai Biokontrol Fitopatogen Xanthomonas oryzae Sumarno, Maerani; Budiharjo, Anto; Pujiyanto, Sri
Berkala Bioteknologi Vol. 5, No. 1, April 2022
Publisher : Berkala Bioteknologi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Xanthomonas oryzae is phytopathogen causing bacterial leaf blight which decreases in agricultural product reaching 20-70 % in Asia. Bacterial leaf blight symptoms is characterized by the formation of lines in the leaf blade turnings yellow, then white, causing the plant to wither and die. Endospore-forming rhizobacteria are soil microbes potential as biocontrol to inhibit phytopathogen growth. The aims of this study were to isolate endospore-forming rhizobacteria from rice plant and determine its ability as biocontrol against X. oryzae. The methods used consisted of isolation, antibacterial activity test, molecular identification, and biochemical characterization. Twenty isolates of endospore-forming rhizobacteria were obtained from the isolation of the rice crop. Isolate P-10 had the greatest ability against X. oryzae with inhibition zone of 18.89 mm. Molecular identification using 16S rRNA gene showed that isolates P-10 had 98 % homology with Bacillus pumilus. Biochemical characterization showed the isolate P-10 had a rod- shaped with center of endospores, gram-positive, catalase positive, are motile, negative in starch hydrolyze, not forming gas on glucose, these characteristics fitted with B. pumilus character.
Screening and Characterization of L-Asparaginase Free L-Glutamianse Produced by Marine Bacterial Isolates Larasati, Dinar Rahmi; Setiawan, Ruby; Wijarnaka, Wijarnaka; Pujiyanto, Sri
Berkala Bioteknologi Vol. 6, No. 2, November 2023
Publisher : Berkala Bioteknologi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

L-asparaginase (EC 3.5.1.1) is a potential pharmaceutical enzyme for ALL (Acute Lymphoblastic Leukemia) treatment. However, it can cause side effects due to the activity of enzyme L-glutaminase. Halophilic microorganisms might be potential source of the enzyme L- asparaginase free of L-glutaminase because of these microorganism are adapted to extreme environments which producing biocatalysts with different structures. The enzyme was screened from marine bacterial isolated from surface sea water and marine sediment. The enzyme was produced and characterized for optimum temperature, pH, and the effect of metal ions. The results showed that a total of 96 marine bacterial isolates, three isolates namely Pseudomonas stutzeri, Marinobacter nitratireducens, Vibrio neocaledonicus were detected by producing L asparaginase free L-glutaminase. The highest activity was produced by Marinobacter nitratireducens, 0.887 U/ml. Enzyme production at the 60 hours showed the highest enzyme activity 1,625 U/ml and specific activity 1,700 U/mg. The maximum L-asparaginase activity occurs at temperature 40 °C and pH 8 of Tris HCl buffer. The relative activity of enzymes decreases due to the presence of metal ion K+ 5 mM, and Mg2 +, Ni2+, Cu2+, Zn2+ 1 mM and 5 mM.
Produksi Enzim Protease Alkalis Termostabil Aspergillus flavus DUCC-K225 Pada Media Limbah Cair Tahu dan Uji Keseuaiannya Terhadap Deterjen Utami, Linda Ayu; Rukmi, Isworo; Pujiyanto, Sri
Berkala Bioteknologi Vol. 6, No. 1, April 2023
Publisher : Berkala Bioteknologi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Protease merupakan sekelompok besar enzim yang mampu menghidrolisis protein menjadi asam amino. Enzim ini mampu menyumbang 60% dari total penjualan enzim diseluruh dunia pada berbagai industri seperti industri deterjen. Protease yang digunakan dalam industri deterjen harus stabil pada suhu dan pH basa yang tinggi, atau disebut protease alkalis termostabil. Tujuan dari penelitian ini yaitu, mengetahui pengaruh suhu terhadap aktivitas dan stabilitas enzim protease alkalis Aspergillus flavus DUCC-K225, serta uji kesesuaiannya terhadap deterjen komersial. Penelitian ini dilakukan dengan Rancangan acak lengkap (RAL) faktor tunggal suhu inkubasi aktivitas enzim yaitu, 29oC, 40oC, 45oC, 50oC, 55oC, dan 60oC dengan ulangan 3 kali. Data penelitian dianalisis dengan Analysis of variance (ANOVA) dan dilanjutkan dengan Uji Beda Nyata Duncan pada taraf uji 5%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa, aktivitas protease tertinggi A. flavus DUCC-K225 diperoleh pada suhu 60˚C dengan nilai sebesar 215.03 U/mL, enzim protease dari Aspergillus flavus DUCC-K225 stabil pada suhu 60°C setelah inkubasi satu jam dengan mempertahankan aktivitas residu sebesar 85.8%. Uji Kesesuaian enzim protease A. flavus DUCC-K225 terhadap 5 deterjen komersial yang diujikan, mampu meningkatkan daya pembersihan noda darah pada kain, sehingga dapat digunakan sebagai aditif dalam deterjen.
Skrining Aktivitas Antibakteri dan Identifikasi Molekuler Berdasarkan Gen 16S rRNA Isolat Aktinomiset Asal Pulau Enggano dan Bali Nandina, Rahmah Qisti; Pujiyanto, Sri; Wijarnaka, Wijarnaka; Fahrurrozi, Fahrurrozi
Berkala Bioteknologi Vol. 6, No. 2, November 2023
Publisher : Berkala Bioteknologi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Aktinomiset merupakan bakteri Gram positif yangmampu memproduksi senyawa metabolit sekunder. Penelitian ini bertujuan untuk menyeleksi isolat aktinomiset yang memiliki aktivitas antibakteri dan mengidentifikasinya berdasarkan gen 16S rRNA. Isolat aktinomiset diremajakan pada medium ISP-2 kemudian dikultur pada medium cair SYP (starch, yeast, peptone) selama 13 hari. Kultur diekstraksi menggunakan pelarut etil asetat dan aktivitas antibakteri diuji tehadap bakteri Bacillus subtilis dan Escherichia coli dengan metode difusi agar. Isolat positif diidentifikasi berdasarkan gen 16S rRNA. Gen 16S rRNA dari kelima isolat disekuens dan dianalisis dengan bantuan komputerisasi BLAST dan pada basis data NCBI. Hasil uji aktivitas antibakteri dari 22 isolat diperoleh 5 isolat memiliki aktivitas antibakteri yang ditunjukkan dengan adanya daerah bening disekitar kertas cakram pada kedua bakteri uji. Identifikasi molekuler berdasarkan gen 16S rRNA kelima isolat ini teridentifikasi sebagaiStreptomyces mutabilis, Streptomyces sp, dan Streptomyces griseorubens.
Isolasi Bakteri Endofit Bangle (Zingiber cassumunar Roxb.) dan Uji Antibakteri Supernatan Crude Metabolit Sekunder Isolat Potensial terhadap Staphylococcus aureus Aqlina, Maulida; Pujiyanto, Sri; Wijarnaka, Wijarnaka
Berkala Bioteknologi Vol. 6, No. 2, November 2023
Publisher : Berkala Bioteknologi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Infeksi nosokomial adalah infeksi yang terjadi pada pasien selama menerima perawatan kesehatan dan berkembang dalam 48-72 jam setalah dirawat di RS, menyebabkan morbiditas dan mortalitas yang signifikan pada pasien. Mikroorganisme yang sering menyebabkan infeksi nosokomial adalah Staphylococcus aureus. Bangle (Zingiber cassumunar Roxb.) merupakan salah satu tanaman obat tradisional Indonesia yang digunakan masyarakat untuk obat diare dan larutan pembersih karena infeksi. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengetahui aktivitas antibakteri dari supernatan crude metabolit sekunder bakteri endofit Bangle dalam menghambat pertumbuhan Staphylococcus aureus. Isolasi bakteri endofit dari bagian daun, batang, rimpang dan akar tanaman agar diperoleh isolat murni untuk diseleksi aktivitas antibakterinya dan didapatkan isolat potensial. Hasil isolasi diperoleh 16 isolat, 3 isolat diantaranya berpotensi memiliki aktivitas antibakteri terhadap bakteri uji dengan kode isolat Ri1, Ri4 dan Ak1. Hasil uji antibakteri supernatan diperoleh rata-rata diameter zona hambat terhadap S. aureus oleh Ri1, Ri4 dan Ak1 berturut-turut sebesar 6,98 mm; 8,12 mm; dan 9,25 mm. Hasil analisis statistik menunjukkan signifikansi nilai F hitung < F tabel 0,05 sehingga pengaruh aktivitas antibakteri supernatan isolat endofit potensial terhadap S. aureus berbeda secara signifikan satu dengan lainnya. Aktivitas antibakteri isolat Ak1 terhadap bakteri uji menunjukkan efek paling baik.
Produksi Enzim Protease Alkalis Termostabil Aspergillus flavus DUCC-K225 Pada Media Limbah Cair Tahu dan Uji Keseuaiannya Terhadap Deterjen Utami, Linda Ayu; Rukmi, Isworo; Pujiyanto, Sri
Berkala Bioteknologi Vol. 6, No. 1, April 2023
Publisher : Berkala Bioteknologi

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Protease merupakan sekelompok besar enzim yang mampu menghidrolisis protein menjadi asam amino. Enzim ini mampu menyumbang 60% dari total penjualan enzim diseluruh dunia pada berbagai industri seperti industri deterjen. Protease yang digunakan dalam industri deterjen harus stabil pada suhu dan pH basa yang tinggi, atau disebut protease alkalis termostabil. Tujuan dari penelitian ini yaitu, mengetahui pengaruh suhu terhadap aktivitas dan stabilitas enzim protease alkalis Aspergillus flavus DUCC-K225, serta uji kesesuaiannya terhadap deterjen komersial. Penelitian ini dilakukan dengan Rancangan acak lengkap (RAL) faktor tunggal suhu inkubasi aktivitas enzim yaitu, 29oC, 40oC, 45oC, 50oC, 55oC, dan 60oC dengan ulangan 3 kali. Data penelitian dianalisis dengan Analysis of variance (ANOVA) dan dilanjutkan dengan Uji Beda Nyata Duncan pada taraf uji 5%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa, aktivitas protease tertinggi A. flavus DUCC-K225 diperoleh pada suhu 60˚C dengan nilai sebesar 215.03 U/mL, enzim protease dari Aspergillus flavus DUCC-K225 stabil pada suhu 60°C setelah inkubasi satu jam dengan mempertahankan aktivitas residu sebesar 85.8%. Uji Kesesuaian enzim protease A. flavus DUCC-K225 terhadap 5 deterjen komersial yang diujikan, mampu meningkatkan daya pembersihan noda darah pada kain, sehingga dapat digunakan sebagai aditif dalam deterjen.
Co-Authors Achirul Nditasari Agung Suprihadi Agung Suprihadi Ahmad Qi Sahlan Anang S. Achmadi Anggraeni, Via Annisa Widyasari Anto Budiharjo Aqlina, Maulida Ari Wibawa Budi Santosa Arina Tri Lunggani Ariyani, Mei Dwi Aviany, Hanna Berliana Bambang Sri Waluyo Budi Raharjo Budi Raharjo Bunga Fajriani Chang, Helen Choirunnisaa, Nadia Maharani Jasmine Debby Widiyanti Dewanti, Ardelia Dewi, Tirta Kumala Dewi, Yulita Wiwik Irana Diani Ajeng Prahesti Dinda Khairunnisa, Dinda Dwi Retnowati Elawati, Nunung Eni Elawati, Nunung Eni Endang Kusdiyantini Endang Kusdiyantini Erfianti, Tia Fahrurrozi Fahrurrozi Fathmah, Ema Nuzula Fathmah, Ema Nuzulah Fatin, Nuhaul Fitri Ulfana Risky Fitria Fitria Gabriela Christy Sabbathini Genoveva Preta Angelika Ghaida Afra Akhsani Halwiyah, Nurul Hapzi Ali Hermin Pancasakti Kusumaningrum Hery Widijanto Hessy Novita Jepri Agung Priyanto, Jepri Agung Larasati, Dinar Rahmi Luthfian Nur Afifi M Muslikha Maerani Sumarno Mamik Setyowati Maulida Aglinia Mawarni, Shelina Nurunnisa MG Isworo Rukmi Moi, Maria Yasinta Mulyani, Nies S Nadina, Rahmah Qisti Nafisah, Hidayatun Nandina, Rahmah Qisti Nanik Rahmani NANIK RAHMANI Novi Alvita Pratama Noviasih, Ria Frasida Nunung Eni Elawati Nunung Eni Elawati Nurul Inayah Oktavia, Anik Oktavia, Nurrizqi Permatasari, Vera Pramita Dian Pramitasari Prastya, Muhammad Eka Pratama, Novi Alvita Primahana, Gian Putra, Mohammad Affan Dwica Putri Ramadhani Putri, Adde Lolita Octavia R. Rahardian Rahmah, Chairunnisaa Jabal Rahmandanni, Yunnia Rahmasari, Dianti Rahmasari, Dianti Rahmawati Dewi RATIH DEWI HASTUTI Rejeki Siti Ferniah Resdiani, Merysa Ridho Mathori Ikhwan Rifka A. N. Safitri Ristia Rachmatunnisa Riza Laksita Devi Mutiaratri Rizko, Nurmalisa Roseliana Fitri Roslenawati Roslenawati RS Ferniah Sari, Suli Arum Sarsa A. Nisa Setiawan, Ruby Sigit Hananto Siti Nur Jannah Siti Nur Jannah Sri Rahayu Tri Astuti Sugiyono Saputra Sumarno, Maerani Sunarno s Sunarno Sunarno Sunarno Sunarno Suprihadi Supriyadi Supriyadi Susiana Purwantisari T. A. Lestari Taufiq P. Nugraha Tri Rahayu, Hesti Tsania Dyna Falasifa Utami, Linda Ayu w wijanarka Wahyu Aji Mahardhika Wandita, Ryan Hilda Wigunarti, Anggia Hesti Wijanarka Wijanarka Wijanarka, W Wijarnaka, Wijarnaka Yopi Yopi YOPI YOPI Yudi Yunanto Yuswan, Apriza