Peningkatan mutu pendidikan menjadi prioritas utama di semua lembaga pendidikan. Begitu pula dengan MAN 2 Kota Serang sebagai lembaga pendidikan Islam yang tengah berproses menjadi lembaga pendidikan yang bermutu bahkan menjadi lembaga pendidikan yang bermutu. Untuk mencapai hal tersebut terus dilakukan dengan menerapkan sistem pendidikan pesantren, sebagai program unggulan madrasah. Penelitian ini merupakan penelitian lapangan (field research) yang bersifat deskriptif kualitatif, dengan tujuan yang ingin dicapai oleh peneliti adalah deskripsi faktual dengan cara mengumpulkan data yang digunakan melalui observasi, wawancara, dan dokumentasi, triangulasi, member check dan catatan lapangan. Sedangkan hasil penelitian ini menunjukkan bahwa: 1) sistem pendidikan pesantren dalam meningkatkan mutu pendidikan baik dari segi perencanaan, pelaksanaan dan evaluasi. Yang kesemuanya telah tertuang dalam rencana program kerja madrasah. Seperti merencanakan tujuan, dan menyusun program pembelajaran pesantren. Dari pelaksanaan tersebut telah berjalan dengan baik, masing-masing orang tua asuh telah menerapkan sistem pendidikan pesantren sesuai dengan rencana program yang telah ditetapkan. Kemudian dari evaluasi lebih menitikberatkan pada pengawasan yang dilakukan secara periodik, sebagai indikator pelaksanaan. 2) kendala yang terjadi dalam pelaksanaan sistem pendidikan pesantren dapat dilihat dari faktor internal dan eksternal yaitu kurangnya minat dan kemauan siswa untuk tetap tinggal di pesantren, malas belajar mandiri. Dari faktor eksternal sendiri yaitu adanya pengaruh lingkungan dan pergaulan yang kurang baik. 3) upaya yang dilakukan dalam mengatasi kendala dalam pelaksanaan sistem pendidikan pesantren yaitu dengan cara mengusahakan siswa bersosialisasi dengan orang-orang yang baik dari lingkungan yang baik, membimbing siswa dalam mengubah kebiasaan yang kurang baik, melakukan pendekatan secara personal kepada siswa yang malas belajar. Jika semua itu dapat terlaksana niscaya siswa akan bangkit dan memiliki semangat belajar, maka sistem pendidikan pesantren di MAN 2 Kota Serang akan berjalan sesuai harapan pihak madrasah, guru dan orang tua siswa.