Claim Missing Document
Check
Articles

Found 26 Documents
Search

Bioinformatics Analysis of Rho GTP-ase Activating Protein 35 (ARHGAP35) in Breast Cancer Migration Febrian, Dicky Rizky; Setyono, Joko; Fareza, Muhamad Salman; Choironi, Nur Amalia; Fadlan, Arif; Sarmoko, Sarmoko
Indonesian Journal of Cancer Chemoprevention Vol 12, No 3 (2021)
Publisher : Indonesian Society for Cancer Chemoprevention

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.14499/indonesianjcanchemoprev12iss3pp161-169

Abstract

Breast cancer is a second deadly cancer after lung cancer worldwide. Progression of cancer is driven by mutated cancer drive gene such as ARHGAP35. This study aims to analyze the role of ARHGAP35 in the growth and development of breast cancer cells. ARHGAP35 expression level was analyzed using Oncomine (p-value<1E-4; gene rank top 10%). Overall survival (OS) and disease-free survival (DFS) were evaluated by using GEPIA (median cutoff; HR displayed with 95% CI). STRING was used for analyzing the protein-protein interaction network, while WEBGESTALT for KEGG pathway and gene ontology (GO) of ARHGAP35 and associated proteins and cBioPortal for gene mutation. ARHGAP35 was overexpressed in several types of breast cancer, namely invasive ductal breast carcinoma (IDC), invasive ductal and lobular breast carcinoma (IDLC), invasive lobular breast carcinoma (ILC), male breast carcinoma, and mixed ductal and lobular carcinoma (MDLC). High expression of ARHGAP35 had significantly lower OS (p=0.045) compared to low expression of ARHGAP35 and the difference in DFS was not significant (p=0.98). ARHGAP35 interacted with RHOA, RHOB, RHOC, RHOD, RASA1, RND1, RAC1, CDC42, FYN and SRC. KEGG pathway and GO analysis showed that these proteins are highly involved in actin-based processes through adherent junction, axon guidance, focal adhesion, regulation of actin cytoskeleton, and tight junction. Mutation rate analysis showed 34 missense, 29 truncating, 3 fusion, and 1 in frame on ARHGAP35. Taken together, ARHGAP35 may involve in the growth and development of breast cancer through regulation of actin cytoskeleton pathway.Keywords: ARHGAP35, breast cancer, KEGG pathway, mutation rate, actin cytoskeleton.
Synthesis and Cytotoxic Activity of Methoxylated Chalcones in Breast Cancer MCF-7 and Prostate Cancer DU-145 Cell Lines Fareza, Muhamad Salman; Samudra, Genta Hafied Naga; Asrada, Syahdan; Fischellya, Dafi; Wijaya, Triyadi Hendra; Choironi, Nur Amalia; Wasito, Hendri; Suhesti, Tuti Sri; Mustikaningtyas, Ika; Rehana, Rehana; Setiyabudi, Lulu; Sarmoko, Sarmoko
Molekul Vol 20 No 3 (2025)
Publisher : Universitas Jenderal Soedirman

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20884/1.jm.2025.20.3.13612

Abstract

Chalcones, a class of naturally occurring compounds, exhibit a broad spectrum of biological activities, including anticancer properties. In this study, a series of methoxylated chalcones were synthesized via Claisen-Schmidt condensation and evaluated for cytotoxic activity against breast cancer MCF-7 and prostate cancer DU-145 cell lines. The synthetic route involved Claisen-Schmidt condensation, leading to various methoxy-substituted chalcone derivatives. The structures of the synthesized chalcones were confirmed through NMR and mass spectrometry. Cytotoxicity was assessed using the PrestoBlue assay, with 4-bromochalcone (compound 2) displaying the highest cytotoxic activity against MCF-7 cancer cell lines (IC50 = 26.99 µM). These results indicate that methoxylated chalcones hold promise as potential lead compounds for the development of new anticancer agents targeting breast and prostate cancer.
Analisis Target Protein Pada Penyakit Kanker Serviks dari Senyawa Ethyl Para Methoxy Cinnamate Secara In Silico Ayunda Tasya Hapsari; Muhamad Salman Fareza; Nur Amalia Choironi
Journal of Applied Science for Pharmaceuticals and Health Vol 1 No 2 (2024): Journal of Applied Science for Pharmaceuticals and Health (Desember)
Publisher : Centre of Applied Science for Pharmaceutical Science Universitas Jenderal Soedirman

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20884/1.jasph.2024.1.2.14999

Abstract

Kasus kanker serviks merupakan kanker tertinggi ke-5 diantara kanker lainnya di dunia. Amplifikasi DNA adalah salah satu mekanisme terjadinya kanker ini. Karena itu, keparahan penyakit ini bisa berkembang. Gen yang berperan dalam perkembangan kanker serviks adalah CCNB1, CCNB2, CDK, dan MMP. Terdapat masalah pada beberapa obat yang menargetkan beberapa protein tersebut seperti erlotinib, alvocidib, marimastat, dan lain-lain. Oleh karena itu, penemuan obat baru untuk mengatasi kasus ini perlu dilakukan. Senyawa Ethyl Para Methoxy Cinnamate (EPMC) mempunyai aktivitas sitotoksik IC50 sebesar 35 μg/ml yang bersifat sangat sitotoksik terhadap sel HeLa. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi target dan profil docking molekul senyawa EPMC yang berpotensi menghambat kanker serviks. Pencarian data menggunakan database Pubchem, SWISS Target Prediction, PubMed, STRING, dan PDB. Situs Webgestalt dilakukan untuk analisis Geneontologi, jalur KEGG, dan asosiasi obat. Hasil PTTGs digunakan untuk melihat interaksi antara protein menggunakan STRING dan gen hub 10 teratas dengan cystoscape. Simulasi docking dilakukan untuk menentukan profil mooring. Hasil: Target potensial EPMC adalah EGFR, CCND1, CDK4, CDK2, CCNA1, HGF, MMP9, CCNE1, CCNB1, CDH1. Hasil simulasi docking menunjukkan MMP9 memiliki energi ikatan yang lebih rendah dibandingkan kontrol positif, yaitu sekitar -6,9 kkal/mol. Oleh karena itu, MMP9 berpotensi menjadi target EPMC melalui jalur persinyalan PI3K-Akt. Kesimpulan: Senyawa EPMC dapat menghambat pertumbuhan sel kanker dengan menargetkan MMP9 melalui jalur pensinyalan PI3K-Akt.
Efek Penambatan Senyawa Demetoksikurkumin Dan Bisdemetoksikurkumin Terhadap Protein LSD1 Nadia Sayyidadah Aulia; Muhamad Salman Fareza; Triyadi Hendra Wijaya; Nahrul Hasan; Putri Khaerani Cahyaningrum; Ari Wahyudi
Journal of Applied Science for Pharmaceuticals and Health Vol 2 No 1 (2025): Journal of Applied Science for Pharmaceuticals and Health (June)
Publisher : Centre of Applied Science for Pharmaceutical Science Universitas Jenderal Soedirman

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20884/1.jasph.2025.2.1.16466

Abstract

Beta-talasemia merupakan penyakit genetik pada sintesis hemoglobin di dalam sel darah merah yang ditandai dengan menurunnya produksi β-globin. Senyawa kurkumin diketahui dapat meningkatkan kadar HbF pada sel K562. Senyawa demetoksikurkumin dan bisdemetoksikurkumin diketahui memiliki stabilitas dan bioavaibilitas yang lebih baik dari kurkumin. Penelitian ini bertujuan untuk melihat interaksi senyawa demetoksikurkumin dan bisdemetoksikurkumin pada protein LSD1 secara in silico. Penelitian eksperimental yang dilakukan terbagi dalam dua tahap. Pertama, validasi metode yang meliputi pengunduhan struktur LSD1 (PDB ID: 6KGP), preparasi struktur protein dengan menghilangkan molekul air dan memisahkan molekul protein dan ligan natif, penambatan kembali dengan Ligan natif menggunakan AutoDock Vina dan penghitungan nilai RMSD. Kedua, penambatan molekuler senyawa demetoksikurkumin dan bisdemetoksikurkumin dengan protein LSD1 menggunakan koordinat hasil validasi yang valid dan visualisasi penambatan dengan menggunakan BIOVIA Discovery Studio 2020. Hasil validasi menunjukkan nilai RMSD yaitu 1,402 Å. Energi ikatan terendah untuk protein LSD1 yaitu -10,4 kkal/mol dan -10,2 kkal/mol untuk senyawa demetoksikurkumin dan bisdemetoksikurkumin. Residu asam amino pada LSD1 yang berperan pada pengikatan senyawa uji demetoksikurkumin yaitu Thr624; Val288 dan Arg316. Residu asam amino pada LSD1 yang berperan pada pengikatan senyawa uji demetoksikurkumin yaitu Thr624; Leu659; Val811; Arg316; Leu625; Tyr761 dan Trp751. Penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa demetoksikurkumin menunjukkan hasil yang lebih baik dan interaksi yang lebih potensial pada protein LSD1 dibandingkan bisdemetoksikurkumin
Perbandingan Kandungan Senyawa Kimia dan Aktivitas Antibakteri terhadap MRSA (Methicillin-resistant Staphylococcus aureus) Beberapa Minyak Atsiri Daun Salam (Syzygium polyanthum) Muhammad Salman Fareza; Esti Dyah Utami; Elesenda May GIta; Vintya Roosalinda Permatasari; Tryandika Telaumbanua; Nur Amalia Choironi
ALCHEMY Jurnal Penelitian Kimia Vol 15, No 2 (2019): September
Publisher : UNIVERSITAS SEBELAS MARET (UNS)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (891.555 KB) | DOI: 10.20961/alchemy.15.2.25736.302-314

Abstract

Daun Syzygium polyanthum secara tradisional telah digunakan untuk mengobati penyakit yang disebabkan oleh bakteri. Kandungan kimia dari minyak atsri dari suatu tanaman dipengaruhi oleh daerah asal tumbuhnya. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui komponen minyak atsiri daun S. polyanthum dari Bekasi, Lembang, Purwokerto Baturaden dan Curup, serta aktivitas antibakterinya terhadap MRSA Minyak atsiri daun S. polyanthum diperoleh dengan metode destilasi uap. Kandungan komponen senyawa pada minyak atsiri dianalisis menggunakan GC-MS. Sifat antibakteri minyak atisri dievaluasi menggunakan metode difusi cakram pada rentang konsentrasi 12  ̶  100 ppm. Rendemen minyak atsiri daun S. polyanthum yang diperoleh dari Bekasi, Lembang, Purwokerto Baturaden dan Curup berturut-turut sebesar 0,03%; 0,06%; 0,072%; 0,120% dan 0,067%. Hasil analisis GC-MS komponen minyak atsiri daun S. polyanthum dari berbagai daerah tersebut memperlihatkan senyawa aldehid dan terpenoid sebagai komponen utama. Minyak atsiri daun S. polyanthum dari Bekasi, Purwokerto, Baturaden dan Curup dapat memberikan daya hambat terhadap MRSA sebesar 9,2  ̶  15,3 mm, sedangkan minyak atsiri dari Lembang tidak memberikan daya hambat. Minyak atsiri daun S. polyanthum daerah Baturaden memiliki aktivitas menghambat pertumbuhan bakteri MRSA lebih baik dibandingkan daerah lainnya yaitu 15,3 mm pada konsentrasi 100 ppm dengan kategori intermediet. Penelitian mengenai perbandingan komponen kimia dan sifat antibakteri MRSA minyak atsiri daun S. polyanthum dari berbagai daerah ini baru pertama kali dilaporkan.
Optimasi Formula Self-Nanoemulsifying Drug Delivery System (SNEDDS) Etil-p-metoksisinamat (EPMS) Nur Amalia Choironi; Beti Pudyastuti; Giri Gumelar; Muhamad Salman Fareza; Triyadi Hendra Wijaya; Joko Setyono
ALCHEMY Jurnal Penelitian Kimia Vol 18, No 2 (2022): September
Publisher : UNIVERSITAS SEBELAS MARET (UNS)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20961/alchemy.18.2.56847.205-213

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk menentukan formula Self-Nanoemulsifying Drug Delivery System (SNEDDS) menggunakan zat aktif etil-p-metoksisinamat (EPMS). Formula SNEDDS terdiri dari cremophor RH 40 sebagai surfaktan, propilen glikol sebagai ko-surfaktan, Virgin Coconut Oil (VCO) sebagai fase minyak dan EPMS sebagai zat aktif. Penentuan perbandingan surfaktan dan ko-surfaktan menggunakan metode Simplex Lattice Design (SLD) dengan software Design-Expert versi 13.0. Formula optimum SNEDDS EPMS memiliki komposisi EPMS 100 mg/mL, cremophor RH 40 53,6%, propilen glikol 26,4% dan VCO 20% sesuai dengan rekomendasi dari SLD menghasilkan SNEDDS dengan transmitan 95,43%, waktu emulsifikasi dalam aquadest 8,33 menit, ukuran partikel 30,16 nm, zeta potensial -61,03 mV dan indeks polidispersitas 0,160. Penelitian ini menunjukkan bahwa dengan formula SNEDDS 53,6% cremophor RH 40; 26,4% propilen glikol dan EPMS dapat meningkatkan nilai transmitan dan waktu emulsifikasi.Formula Optimization of the Self-Nanoemulsifying Drug Delivery System (SNEDDS) of Ethyl-p-methoxycinnamate (EPMC). This research aimed to optimize the Self-Nanoemulsifying Drug Delivery System (SNEDDS) formula of the ethyl-p-methoxycinnamate (EPMS). The SNEDDS formula was prepared using cremophor RH 40 as a surfactant, propylene glycol as a co-surfactant, VCO as an oil phase, and EPMS as an active ingredient. Proportion surfactant and co-surfactant were determined using the simplex lattice design (SLD) method using the Design-Expert software version 13.0. The optimum formula of EPMC SNEDDS are EPMC cremophor RH 40, propylene glycol, VCO and EPMS was 100 mg/ml, 53.6%, 26.4%, and 20% based on SLD data. The formulation was a transmittance of 95.43%, an emulsification time of 8.33 minutes, a particle size of 30.16 nm, a zeta potential of -61.03 mV, and polydispersity index of 0.160. The result showed that the proportion of cremophor RH 40; 26,4% propylene glycol, and EPMC were able to increase the value of transmittance and emulsification time.