Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search
Journal : AL KAUNIYAH

Desain Primer PCR Spesifik Secara In Silico Untuk Amplifikasi Gen COX-1 (Cytochrome Oxidase Subunit I) DNA Mitokondria Pada Aedes aegypti Moh. Mirza Nuryady; Elly Purwanti; Siti Nur Aldina; Sri Wahyuni; Tutut Indria Permana; Zakiyatul Khoiriyah; Kiky Martha Ariesaka
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol 18, No 1 (2025): AL-KAUNIYAH JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v1i1.33726

Abstract

AbstrakGen COX-1 (Cytochrome Oxidase Subunit I) merupakan salah satu marker molekuler untuk identifikasi spesies berdasarkan DNA mitokondria. Tujuan dilakukannya penelitian ini, yaitu untuk mendapatkan primer gen COX-1 yang spesifik terhadap nyamuk A. aegypti. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif observasional yaitu dengan melakukan desain primer secara in silico dan konfirmasi secara in vitro ditandai dengan pita DNA hasil PCR. Langkah pertama dari metode ini, yaitu dengan mengunduh urutan DNA COX-1 Aedes aegypti dari Gene Bank (NCBI) dengan nomor aksesi DQ397892.1. Hasil dari Primer3web diperoleh dua primer yang spesifik, yaitu primer pertama memiliki sekuen F¢AGCAACTTTACACGGAACTCA dan R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT dan pada primer kedua F¢ AGTCCAGCCCTTCTATGATCA dan R¢ TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT. Optimasi primer pada tahap konfirmasi dilakukan dengan kisaran suhu annealing 46, 48, dan 52 °C didapatkan hasil visualisasi elektroforesis yang menunjukkan adanya pita DNA dengan ukuran +600 bp pada ketiga kondisi suhu. Kesimpulan pada penelitian ini adalah didapatkan dua primer yang spesifik terhadap gen COX-1 Aedes egypti. AbstractThe COX-1 gene (Cytochrome Oxidase Subunit I) is one of the molecular marker for species identification based on mitochondrial DNA. The purpose of this study was to obtain specific COX-1 gene primers for A. aegypti mosquitoes. This research was an observational descriptive study, namely by carrying out the primary design in silico and in vitro confirmation marked by DNA bands from PCR results. The first step of this method is to download the COX-1 Aedes aegypti DNA sequence from the Gene Bank (NCBI) with accession number DQ397892.1. The results from Primer3web obtained two specific primers, namely, the first primer had the sequences F¢AGCAACTTTACACGGAACTCA and R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT and the second primer had F¢AGTCCAGCCCTTCTATGATCA and R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT. Primer optimization at the confirmation stage was carried out with annealing temperature ranges of 46, 48, and 52 °C. The results of electrophoretic visualization showed the presence of DNA bands with a size of +600 bp at all three temperature conditions. The conclusion of this study was that there were two specific primers  for the COX-1 gene of A. aegypti.
Desain Primer PCR Spesifik Secara In Silico Untuk Amplifikasi Gen COX-1 (Cytochrome Oxidase Subunit I) DNA Mitokondria Pada Aedes aegypti Nuryady, Moh. Mirza; Purwanti, Elly; Aldina, Siti Nur; Wahyuni, Sri; Permana, Tutut Indria; Khoiriyah, Zakiyatul; Ariesaka, Kiky Martha
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol. 18 No. 1 (2025): AL-KAUNIYAH JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v1i1.33726

Abstract

AbstrakGen COX-1 (Cytochrome Oxidase Subunit I) merupakan salah satu marker molekuler untuk identifikasi spesies berdasarkan DNA mitokondria. Tujuan dilakukannya penelitian ini, yaitu untuk mendapatkan primer gen COX-1 yang spesifik terhadap nyamuk A. aegypti. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif observasional yaitu dengan melakukan desain primer secara in silico dan konfirmasi secara in vitro ditandai dengan pita DNA hasil PCR. Langkah pertama dari metode ini, yaitu dengan mengunduh urutan DNA COX-1 Aedes aegypti dari Gene Bank (NCBI) dengan nomor aksesi DQ397892.1. Hasil dari Primer3web diperoleh dua primer yang spesifik, yaitu primer pertama memiliki sekuen F¢AGCAACTTTACACGGAACTCA dan R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT dan pada primer kedua F¢ AGTCCAGCCCTTCTATGATCA dan R¢ TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT. Optimasi primer pada tahap konfirmasi dilakukan dengan kisaran suhu annealing 46, 48, dan 52 °C didapatkan hasil visualisasi elektroforesis yang menunjukkan adanya pita DNA dengan ukuran +600 bp pada ketiga kondisi suhu. Kesimpulan pada penelitian ini adalah didapatkan dua primer yang spesifik terhadap gen COX-1 Aedes egypti. AbstractThe COX-1 gene (Cytochrome Oxidase Subunit I) is one of the molecular marker for species identification based on mitochondrial DNA. The purpose of this study was to obtain specific COX-1 gene primers for A. aegypti mosquitoes. This research was an observational descriptive study, namely by carrying out the primary design in silico and in vitro confirmation marked by DNA bands from PCR results. The first step of this method is to download the COX-1 Aedes aegypti DNA sequence from the Gene Bank (NCBI) with accession number DQ397892.1. The results from Primer3web obtained two specific primers, namely, the first primer had the sequences F¢AGCAACTTTACACGGAACTCA and R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT and the second primer had F¢AGTCCAGCCCTTCTATGATCA and R¢TGTTCTGCAGGAGGAAGTGT. Primer optimization at the confirmation stage was carried out with annealing temperature ranges of 46, 48, and 52 °C. The results of electrophoretic visualization showed the presence of DNA bands with a size of +600 bp at all three temperature conditions. The conclusion of this study was that there were two specific primers  for the COX-1 gene of A. aegypti.
Co-Authors Abdulkadir Rahardjanto, Abdulkadir Agustin, Jihan Ully Ahmad Fauzi Ainur Rofieq Ainur Rofieq Aldina, Siti Nur Alia Zaskia Alimatul, Zada Amaliyah Dina Anggraeni Andini, Tri Eka Anka Mohammad Dinindra Ardiani Samti Nur Azizah Ardiani Samti Nur Azizah Artha Ayu Mei Shinta Artha Ayu Mei Shinta Asmah Hidayati Aulia Savitri Ayu, Putri Azizah, Hanik Fitrotul Azizah, Jalilah Cahyono, Shafa Rimbi Riskia Dalifah, Umrohatul Dhiga Agung Sasongkojati Dian Ika Kusumaningtyas Diani Fatmawati Diani Fatmawati Diani Fatmawati Dina Ria Pramesti Dina Ria Pramesti Dinindra, Anka Muhammad Diva Aulia Salsabila Dwi Listyorini Dwi Setyawan Elly Purwanti Etty Nurmala Fadillah Farida Rachmawati, Farida Fauzi Ahmad Muda Ganes, Tegar Gunarta Gunarta Hadi Suwono Hajriani Hi.Padu Hajriani Hi.Padu Hasan, Aso Hameed Hermanto, Feri Eko Hidajah Rachmawati Hidayat, Nur Hadi Husamah Husamah I Gusti Ngurah Agung Wiwekananda I Ketut Suada Iin Hindun Ikmal Reza Fahlevy Indrawan Prasetyo Indriani, Vivi Ivan Ardiansyah Jihan Ully Agustin Khilma Vita Nurmayasari Khilma Vita Nurmayasari Khoiriyah, Zakiyatul Kiky Martha Ariesaka Kiky Martha Arieska Kurnia Ayu Miranti Kurnia Ayu Miranti Lestari, Novi Puji Lutfi, Muhammad Ahman Maghfiroh, Adinda Zahwatun Marina Nur Fitriyaningsih Marina Nur Fitriyaningsih Miza Nina Adlini Moh Irfan Nurhamdani Moh Mirza Nuryady, Moh Mirza Moh. Mirza Nuryady Moh. Mirzha Nuryady Muhammad Ahman Luthfi Setiawan Muhammad Dheo Refaldo Wahyudi Munica Dwi Febriyanti Munica Dwi Febriyanti Nazila, Farah Ndzani Latifatur Rofi’ah Ndzani Latifatur Rofi’ah Norizhati Nur Ilmi Dwi Sasmitasari Nurdiyah Lestari Nurrohman, Endrik Nuryady, Mohamad Mirza Putri Ayu Irrodah Qibtiyah, Siti Mariyatul Rahmawati, Hanifa Rizky Ramadhan, Rizki Sabilul Alif Rochani, Aning Rofi'ah, Ndzani Latifatur Rohmah, Ladysyah Fitri Roimil Latifa Rr. Eko Susetyarini Rr. Eko Susetyarini Saleh Hidayat Saleh Hidayat Samsun hadi Sanjaya, Andika Wahyu Bagus Sasmitasari, Nur Ilmi Dwi Savitri, Aulia Shukri, Ahmad Adnan Mohd Siti Mariyatul Qibtiyah Siti Nur Aldina Siti Zaenab Sri Wahyuni Sri Wahyuni Sukarsono Sukarsono Tri Eka Andini Wahyu Prihanta Wahyu Prihanta Warkoyo, W. Y. Oikawa Yasmine Salsabila Muninda Yeni Setyaningsih Yuni Pantiwati Yuni Pantiwati Zada Alimatul Mu’azah Zafira, Aulia Mahdiyatul Dwi Zahidah, Ashfa Zakiyatul Khoiriyah Zaskia, Alia