Stunting adalah masalah gizi kronis yang memiliki dampak luas terhadap kualitas sumber daya manusia dan keberlanjutan pembangunan desa. Untuk mengatasi masalah stunting, diperlukan implementasi intervensi kesehatan yang dipadukan dengan pendekatan kolaboratif lintas sektor yang berfokus pada penguatan institusi dan pemberdayaan komunitas. Pengabdian masyarakat ini bertujuan untuk menganalisis model keberlanjutan Program Inovasi Pengelolaan Stunting Berbasis Kolaborasi Antar Sektor di Desa Selopamioro, Imogiri, Bantul. Pengabdian masyarakat ini dilaksanakan pada periode bulan Desember 2025 sampai dengan Februari 2026 dengan menggunakan metode pengabdian masyarakat melalui empat tahapan yang berurutan, dengan dimulai dari tahapan persiapan, pelaksanaan, tahapan evaluasi melalui diskusi dengan mitra program, penyebaran kuesioner serta melihat indikator ketercapaian program pengabdian. Hasil kegiatan pengabdian dengan melibatkan 45 masyarakat yang hadir, menunjukkan adanya peningkatan kapasitas kader dalam pengetahuan dan keterampilan pemantauan pertumbuhan balita, penguatan pola koordinasi lintas sektor, serta meningkatnya komitmen kelembagaan dalam penanganan stunting di tingkat desa. Evaluasi terhadap 45 peserta menunjukkan bahwa mayoritas peserta menilai kegiatan sangat baik (53,3%) dan baik (26,7%). Selain itu, hasil pre-test dan post-test menunjukkan peningkatan pemahaman peserta, di mana kategori pemahaman tinggi meningkat dari 22,2% menjadi 66,7%, sedangkan kategori pemahaman rendah menurun dari 44,5% menjadi 6,6%. Temuan ini menunjukkan bahwa pendekatan kolaboratif berbasis desa mampu meningkatkan kesadaran masyarakat, memperkuat kapasitas kelembagaan lokal, serta mendorong integrasi program stunting dalam perencanaan desa. Dengan demikian, model yang dihasilkan menunjukkan transformasi dari pendekatan berbasis proyek menuju sistem yang lebih terinstitusionalisasi dan berkelanjutan berbasis pemberdayaan masyarakat.