Munculnya krisis kepemimpinan etis, termasuk kasus penyalahgunaan dana pada lembaga filantropi, menjadi alasan penting dilakukannya penelitian mengenai peran kepemimpinan etis dan motivasi intrinsik dalam meningkatkan kinerja karyawan pada lembaga amil zakat. Penelitian ini bertujuan untuk menguji pengaruh kepemimpinan etis dan motivasi intrinsik terhadap kinerja karyawan dengan mempertimbangkan peran mediasi motivasi intrinsik pada lembaga amil zakat di Daerah Istimewa Yogyakarta. Populasi pada penelitian ini adalah seluruh karyawan lembaga amil zakat di Daerah Istimewa Yogyakarta yang telah mendapat izin dari KEMENAG RI. Jumlah sampel pada penelitian ini sebanyak 110 responden. Teknik pengambilan sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah non probability sampling yaitu purposive sampling. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah karyawan lembaga amil zakat di Daerah Istimewa Yogyakarta yang telah bekerja lebih dari 1 tahun. Studi ini menggunakan pendekatan kuantitatif dengan metode Structural Equation Modeling (SEM) berbantuan AMOS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kepemimpinan etis berpengaruh terhadap kinerja karyawan dan motivasi intrinsik pada lembaga amil zakat di Daerah Istimewa Yogyakarta. Motivasi intrinsik berpengaruh terhadap kinerja karyawan pada lembaga amil zakat di Daerah Istimewa Yogyakarta. Kepemimpinan etis berpengaruh terhadap kinerja karyawan melalui motivasi intrinsik pada lembaga amil zakat di Daerah Istimewa Yogyakarta. Penerapan kepemimpinan etis sangat penting bagi lembaga amil zakat karena mampu meningkatkan motivasi intrinsik dan kinerja karyawan, sehingga lembaga dapat memperkuat kepercayaan publik, akuntabilitas, serta efektivitas pengelolaan zakat.