Claim Missing Document
Check
Articles

Found 16 Documents
Search
Journal : JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS

Identifikasi molekuler rotifer Brachionus sp. asal perairan Tumpaan, Minahasa Selatan Sahari, Jefri; Rimper, Joice; Wullur, Stenly
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol 5, No 1 (2017): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.5.1.2017.15006

Abstract

Rotifer yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari Tumpaan, Minahasa Selatan dan telah dikultur massal selama beberapa generasi.  DNA genom rotifer diekstraksi mengikuti prosedur qiagen DNeasy Blood & Tissue kit; amplifikasi gen COI (Cytochrome oxidase sub unit 1) dilakukan dengan bantuan mesin PCR (Polymerase chain reaction) menggunakan primer universal (LCO1490 (forward) dan HCO2198 (reverse));dan dilanjutkan dengan pengurutan nukleotida produk PCR. Pengolahan data hasil sekuens dilakukan dengan menggunakan program ABsequens dan MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) Identifikasi spesies dilakukan dengan menggunakan teknik BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) di situs Genbank. Hasil amplifikasi gen COI menggunakan DNA template ekstrak DNA genom rotifer terobservasi adanya pita DNA pada posisi sekitar 700 bp.Kualitas hasil pengurutan nukeotida menggunakan produk PCR menunjukan nilai CRL (contignous read length) dan QV20+(quality value lebih besar dari 20) yang tinggi (>600 nukleotida).Hasil BLAST menunjukkan bahwa rotifer dalam penelitian ini merujuk pada rotifer Brachionus plicatilis complex spesies.Maximum dan total score, prosentase query cover dan prosentase identity masing-masing pada nilai1003-1116, 87-96% dan 96-97%.
Amplifikasi Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) Dari Sampel Sirip Ikan Hiu Dengan Menggunakan Beberapa Pasangan Primer Peloa, Agustian; Wullur, Stenly; Sinjal, Chatrien Anita
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol 3, No 1 (2015): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.3.1.2015.9577

Abstract

Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengisolasi DNA genom dan mengamplifikasi gen COI (Cytochrome Oxidase Subunit I) dari sirip ikan hiu. Empat sampel sirip ikan hiu dari individu yang berbeda didapatkan dari nelayan yang ada di desa Tumbak, Kabupaten Minahasa Tenggara. DNA genom dari sampel diisolasi menggunakan protokol dari InnuPREP DNA Mini Kit. Gen COI diamplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan menggunakan beberapa primer; FishF1, FishBCL5, LCO1490 (forward) dan HCO2198 (reverse).DNA genomik dari masing-masing sampel berhasil diisolasi, yang ditandai dengan adanya pita DNA yang jelas dari masing-masing sampel. Amplifikasi gen COI menggunakan PCR menunjukkan bahwa sampel sirip ikan hiu; SP2, SP3 dan SP4 berhasil diamplifikasi menggunakan primer Fish BCL5 (for) dan HC02198 (rev), sedangkan sampel SP1 berhasil diamplifikasi dengan menggunakan semua primer dalam penelitian ini. Pita DNA yang dihasilkan berbeda namun muncul pada posisi yang benar (600 – 700 bp)
Identifikasi sirip ikan hiu yang didapat dari pengumpul di Minahasa Tenggara menggunakan DNA Barcode Wehantouw, Andre; Ginting, Elvy; Wullur, Stenly
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol 5, No 1 (2017): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.5.1.2017.15007

Abstract

Populasi ikan hiu global menunjukkan penurunan yang signifikan karena; penangkapan yang masif dan tak terkontrol, karakter biologi reproduksi yang lambat serta fekunditas yang rendah.  Indonesia merupakan salah satu negara kontributor terbesar dalam perdagangan sirip ikan hiu dunia. Tingginya aktifitas perdagangan sirip tersebut berpengaruh terhadap populasi ikan hiu dan berdampak pada turunnya kualitas keseimbangan ekosistem laut. Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi ikan hiu dari potongan sirip yang didapat dari pengumpul di Tumbak, Minahasa Tenggara menggunakan DNA barcode.  Ekstraksi DNA genom sirip hiu kering dilakukan dengan menggunakan prosedur DNeasy Blood & Tissue kit, amplifikasi gen Cytochrome Oxidase Subunit 1 (COI) dilakukan dengan menggunakan primer Fish BCL5 (TCAACYAATCAYAAAGATATYGGCAC) dan HCO2198 (TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAA TCA). Pengolahan data sekuens dilakukan dengan menggunakan program ABsequence3 dan MEGA ver 6.  Pencocokan karakter nukleotida gen COI dilakukan dengan menggunakan program nBLAST yang terintegrasi pada laman GenBank. Sampel sirip yang berhasil dikoleksi berasal dari 4 individu yang berbeda.  Hasil nBLAST menunjukkan bahwa keempat sampel sirip hiu tersebut teridentifikasi sebagai spesies Triaenodon obesus.  Nilai keakuratan pensejajaran sekuens, nilai dugaan, prosentase panjang nukleotida yang selaras, dan prosentase tingkat kemiripan, masing-masing pada nilai antara 604-1245, 0.0, 70-99% dan 92-99%.
Analisis molekuler DNA alga merah (Rhodophyta) Kappaphycus sp. Annisaqois, Manikmayang; Gerung, Grevo; Wullur, Stenly; Sumilat, Deiske; Wagey, Billy; Mandagi, Stephanus
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol 6, No 1 (2018): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.6.1.2018.20589

Abstract

Indonesia dilaporkan memiliki sebanyak 555 spesies atau sekitar 6.24% dari total jumlah spesies rumput laut dunia yang teridentifikasi saat ini. Rumput laut dari kelas alga merah (Rhodophyceae) menempati urutan terbanyak dari jumlah jenis yang tumbuh di perairan laut Indonesia yaitu sekitar 452 jenis. Rumput laut dari kelas alga merah ini terutama dari jenis Kappaphycus sp. memiliki tingkat plastisitas morfologi yang tinggi sehingga teknik identifikasi konvensional menggunakan indikator karakter morfologi sering kurang maksimal dalam penelusuran identitas spesies rumput laut. Penelitian ini merupakan tahapan awal dalam rangkaian analisa molekuler rumput laut jenis Kappaphycus sp. Dalam penelitian ini, ekstraksi DNA Kappaphycus sp. dilakukan dengan metode CTAB (Doyle and Doyle, 1987; Allen, 2006; Nugroho et al., 2015) yang dimodifikasi. Gen rbcL diamplifikasi pada PCR menggunakan beberapa pasangan primer. Keberhasilan proses ekstraksi DNA genomik dan amplifikasi gen rbcL dari Kappaphycus sp. dideteksi melalui UV transilluminator setelah melalui proses elektroforesis gel. Munculnya pita DNA pada penggunaan primer rbcL F-7 (for) dan R-753 (rev) yang menghasilkan panjang pita DNA antara 1400-1600 bp dan primer rbcL F-577 (for) dan R-753 (rev) yang menghasilkan panjang pita DNA antara 900-1400 bp menjadi indikasi keberhasilan amplifikasi gen rcbL pada rumput laut Kappaphycus sp.
IDENTIFIKASI KOI HERVES VIRUS PADA IKAN MAS Cyprinus carpio DI SULAWESI UTARA TAHUN 2017 DENGAN MENGGUNAKAN TEKNIK PCR DAN qPCR Sultan, Makkulau; Wullur, Stenly; Tumbol, Reiny A
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol 6, No 2 (2018): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.6.2.2018.21521

Abstract

This research aimed to detect the distribution of KHV disease in cultured common carps using conventional PCR and Real Time Quantitative PCR methods in North Sulawesi. The samples were taken from 6 aqua culture centres in North Sulawesi. The results of KHV detection by PCR method showed negative KHV infection because visualization does not form a specific band with the KHV gene that is at 409 bp. Detection of KHV of Ct (Quantification cycle) was greater than the LOD with a confidence level of 95% where Ct LOD is 8.71 for the smallest standard of 1.0x102 copies. Ct sample that was read based on qPCR amplification result which was 14,69-18,80 and the value of Ct NTC (Non Template Control) used as a negative control was 17.52.Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keberadaan penyakit Koi Herves Virus pada ikan mas dengan menggunakan metode PCR dan qPCR di Sulawesi Utara. Sampel uji diambil dari 6 sentral budidaya di Provinsi Sulawesi Utara. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dengan metode PCR diperoleh hasil deteksi yang negatif, karena visualisasi tidak terbentuk band spesifik dengan KHV, yaitu di 409 bp. Deteksi KHV dengan metode qPCR didapat hasil infeksi KHV yang negatif dilihat dari nilai rata-rata Ct (Quantification cycle) lebih besar dari LOD dengan tingkat kepercayaan (confident level) 95%. Nilai Ct LOD adalah 8,71 untuk standar terkecil 1,0x102 copies, sedangkan Ct sampel hasil amplifikasi qPCR adalah 14,69-18,80 dan nilai Ct NTC (Non Template Control) yang digunakan sebagai kontrol negatif adalah 17,52.
DNA Barcode dan analisis filogenetik molekuler beberapa jenis bivalvia asal perairan Sulawesi Utara berdasarkan gen COI Tindi, Monalisa; Mamangkey, N. Gustaf F.; Wullur, Stenly
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol 5, No 2 (2017): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.5.2.2017.15050

Abstract

Identifikasi Bivalvia hanya berdasarkan karakter morfologi sangat rentan terhadap kesalahan identifikasi karena adanya persamaan bentuk dan warna. Studi ini menggunakan DNA barcode sebagai alat untuk identifikasi molekuler spesies. Meskipun kepulauan Indo-Malay merupakan diversitas terbesar dari spesies laut, studi mengenai struktur genetik dan filogenetik dari organisme laut dalam daerah ini masih jarang terutama di Sulawesi Utara. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mendapatkan komposisi DNA dari gen COI dan juga untuk mengeksplore kemungkinan dari penggunaan penanda molekuler untuk analisis filogenetik dan identifikasi spesies kerang mutiara. Sekuens COI bivalvia diamplifkasi menggunakan PCR dan untuk analisis filogenetik molekuler menggunakan metode Neighbor joining. Hasil menunjukkan bahwa specimen KM 10 yang dikoleksi dari pantai Arakan merupakan spesies Atrina vexillum karena memiliki tingkat kemiripan dari Bank gen NCBI sebesar 99%. Terdapat 63 situs mutasi yang terdiri dari 26 situs insersi, 36 situs delesi dan 1 situs transversi. Fragment hasil amplifikasi sebesar 681bp, perputaran antara setengah sekuens dari primer COI yaitu LCO1490 dan HCO2198. Atrina vexillum yang berasal dari Sulawesi Utara merupakan polifiletik dengan spesies Atrina vexillum dari China dan Jepang. Sebagai tambahan, penelitian ini juga menyediakan informasi berharga mengenai studi biologi molekuler yang digunakan sebagai informasi dalam industry budidaya dari kerang mutiara.
Identifikasi molekuler sirip ikan hiu yang didapat dari pengumpul sirip di Minahasa Mopay, Maratade; Wullur, Stenly; Kaligis, Erly
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol 5, No 2 (2017): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.5.2.2017.15044

Abstract

Hiu adalah jenis ikan yang sangat rentan terhadap penangkapan secara berlebihan karena umumnya ikan ini memiliki pertumbuhan yang lambat dan tingkat reproduksi yang rendah.  Tingginya aktifitas perdagangan sirip ikan hiu menjadi masalah serius dalam menjaga keseimbangan ekosistem laut. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi sirip ikan hiu yang didapat dari pengumpul sirip di Tanawangko, Minahasa berdasarkan karakter nukleotida gen COI (Cytcrochrome oxidase subunit I).  Metode ekstraksi DNA dilakukan mengikuti prosedur Dneasy Blood & Tissue Kit qiagen, amplifikasi gen COI menggunakan primer                              Forward FishBCL5 (TCAACYAATCAYAAAGATATYGGCAC) dan Reverse HCO2198 (TAAACTTCAGGGTGACCA AAAAATCA), sekuens dianalisa menggunakan ABsequence3 dan MEGA ver6, identifikasi spesies dilakukan menggunakan BLAST yang terintegrasi di laman GanBank.  Sebanyak 4 potong sirip hiu dari individu berbeda berhasil didapatkan dari pengumpul sirip di Tanawangko, Minahasa. Hasil BLAST menunjukan bahwa ke 4 sirip tersebut berasal dari spesies hiu; Carcharhinus amblyrhynchos, Prionace glauca, Carcharhinus sorrah, dan Carchahinus brevipina
Pertumbuhan dan sintasan larva kerang mutiara Pinctada maxima pada sumber pakan berbeda Frista Tarigan; Stenly Wullur; Veibe Warouw; Inneke Rumengan; Elvy Ginting; Cysca Lumenta
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 7 No. 1 (2019): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.7.1.2019.22815

Abstract

Penelitian ini bertujuan mengukur pertumbuhan dan menentukan sintasan larva kerang mutiara yang dipelihara pada sumber pakan berbeda, yaitu pakan ikan mentah (penyiapan pakan mengikuti prosedur pada paten No. P00201609066 dan P14201802692) yang telah melalui proses perendaman pada beberapa produk probiotik (seperti: EM4, Probio FM, dan Starbio F9), mikroalga dan larva tanpa pemberian pakan sebagai kontrol. Larva kerang mutiara yang digunakan adalah larva yang telah berumur 14 hari, diambil dari PT.Arthe Samudra, Bitung, Sulawesi Utara. Larva dipelihara menggunakan wadah palstik berisi ± 700 ml air laut 35 ppt yang berisi aerasi dengan kecepatan sekitar ±0.66 ml/menit. Larva kemudian dipelihara selama 14 hari menggunakan sumber pakan berbeda sesuai dengan perlakuan dengan 3 kali pengulangan. Setiap 2 hari sekali diambil sebanyak ±3 ml cuplikan sampel dan larva yang ada dalam cuplikan diukur bagian panjang, tinggi, dan pangkal larva. Pada akhir penelitian, larva dalam semua perlakuan dipanen dan jumlah larva dihitung untuk menentukan sintasan larva pada masing-masing perlakuan. Hasil pengukuran panjang (61.9 - 194.47 µm), tinggi (59.46 - 216.81 µm) dan lebar pangkal cangkang (21 - 88.1 µm) menunjukkan adanya pola pertumbuhan yang cenderung lebih stabil pada larva yang diberi pakan ikan mentah yang telah direndam dengan beberapa produk probiotik dan pada perlakuan pemberian pakan mikroalga dibanding pada perlakuan tanpa pakan. Adapun sintasan larva tertinggi terdapat pada larva yang diberi pakan mikroalga (102 ± 121.7 larva), kemudian larva pada pakan ikan mentah yang direndam pada beberapa produk probiotik; F9 (29 ± 18.02 larva), Probio FM (5.6 ± 1.52 larva) dan EM 4 (1.66 ± 1 larva).
ISOLASI BAKTERI LAUT DARI PERAIRAN MALALAYANG, SULAWESI UTARA Bella Wondal; Elvy Like Ginting; Veibe Warouw; Stenly Wullur; Sandra Olivia Tilaar; Ferdinand Frans Tilaar
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 7 No. 3 (2019): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.7.3.2019.24448

Abstract

Marine bacteria have a lot of potential in exploring the enzyme that can be developed, such as a producer of proteorhodopsin, act as hydrocarbon chlorlastic and can degrade oil. This study aims to obtain isolates and can characterize the bacterial morphology. Malalayang Waters is one of the marine bacterial habitats that has potential area to be studied. This study aims to isolate marine bacteria from Malalayang Waters. These marine bacteria first were diluted into sea water before they were grown on Nutrient Agar (NA). Based on the results of this study it was found that marine bacterial isolated were separated based on their morphological characteristics. The dominant morphological characteristics were yellow whites which dominant shape were irregular.Keywords: bacterial, dilution, isolation.  Bakteri laut memiliki banyak potensi yang dapat dikembangkan. Seperti penghasil proteorhodopsin, berperan sebagai hidrokarbonoklastik dan dapat mendegradasi minyak. Perairan Malalayang merupakan salah satu habitat bakteri laut yang belum diteliti. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi bakteri laut dari Perairan Malalayang. Bakteri laut ditumbuhkan pada media agar + air laut, selain itu bakteri juga dilakukan pengenceran terhadap air laut sebelum bakteri ditumbuhkan pada media Nutrient Agar (NA). Berdasarkan hasil penelitian ini isolat bakteri  laut ditemukan, bakteri tersebut dipisahkan berdasarkan karakteristik morfologinya. Karakteristik morfologi yang dimiliki dominan berwarna putih kuning dan memiliki bentuk yang dominan tidak teratur. Hal ini dapat memperlihatkan perbedaan bakteri laut dari Perairan Malalayang yang tumbuh.Kata kunci: bakteri, pengenceran, isolasi.
KARAKTERISTIK MORFOLOGI BAKTERI SIMBION SPONS MENYERUPAI Cribochalina sp DARI PERAIRAN MALALAYANG SULAWESI UTARA Gledys Giacinta Poluan; Elvy Like Ginting; Stenly Wullur; Veibe warouw; Fitje Vera Losung; Meiske Salaki
JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS Vol. 7 No. 3 (2019): JURNAL PESISIR DAN LAUT TROPIS
Publisher : Sam Ratulangi University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.35800/jplt.7.3.2019.24452

Abstract

Bacteria are found to be highly associated with various marine organisms, such as sponges. Sponges are known as the product of bioactive compounds. However, some of the compounds produced by sponges are obtained by the simbion-bacteria. Therefore this situation enables sponges simbion bacteria to play a major role in producing bioactive compounds that have been isolated from the sponge. The purpose of this study is to isolate and determine the characteristics of morphology of spongy simbion bacteria resembling Cribochalina sp, which was taken from Malalayang waters, North Sulawesi. Sponge simbion bacteria grow on NB media. Initially, a free-breeding colony was being done before bacteria were accrued in the NA media by 2% sponge broth (patent SID201906301) by means of Strike Plate methods. Based on to this study we had isolate five spongy simbion bacteria that resembling the Cribochalina sp. All five of these isolations have different characteristics of morphology in terms of color, shape, size, and elevation.      Keywords : bacteria, isolation, simbionts, sponges 
Co-Authors , Sandra Tilaar Abrianto A. O. Rompis Agung B. Windarto Agustian Peloa, Agustian Angkouw, Esther Angmalisang, Ping Astony Annisaqois, Manikmayang Antonius P. Rumengan Asy'ari, Asy'ari Bella Wondal Billy Theodorus Wagey Calvyn F. A. Sondak, Calvyn F. A. Carolus Paulus Paruntu Chatrien Anita Sinjal, Chatrien Anita Cristio Singon Cysca Lumenta Darus S. Paransa Darus S.J. Paransa Darus Saadah J. Paransa Deiske A. Sumilat Deiske Adeliene Sumilat, Deiske Adeliene Edwin L.A. Ngangi Elvi L. Ginting Elvy Ginting Elvy L. Ginting Elvy L. Ginting Elvy L. Ginting, Elvy L. Elvy Like Ginting Elvy Like Ginting Erly Kaligis Erly Kaligis Erly Kaligis Fatti, Clara Ferdinand Frans Tilaar Fitje Losung Fitje Losung Fitje Losung Fitje Vera Losung Frista Tarigan Gian Losung Ginting, Elvy Ginting, Elvy Like Gledys Giacinta Poluan Grevo S Gerung Grevo S. Gerung Hengkengbala, Irvan R Henki Manoppo Henki Manoppo Henky Manoppo Henneke Pangkey Hens Onibala Herlina Pasaribu Herlina Pasaribu Hety B Lahope Indri Manembu Inneke F. M Rumengan Inneke F.M. Rumengan Inneke Rumengan Inneke Rumengan James J.H. Paulus Jhon L. Tombokan Jhonly Solang Joice R.T.S.L Rimper Joice R.T.S.L Rimper Joice Rimper Joice Rimper Joshian N.W. Schaduw Julius Sampekalo Kurniati Kemer Kurniati Kemer Laurentius T. X. Lalamentik Letha L. Wantania Liviani Rangian Mamuaja, Jane Marianne Mandagi, Stephanus Mangindaan, Remy Emile Petrus Mantiri, Desy M. H Medy Ompi Meiske Salaki Mikhael P. Pinontoan Mokoginta, Junio Marzuki Pratama Mokolensang, Jeffrie F. Mokosuli, Febrianty Dhea Mopay, Maratade N. Gustaf F. Mamangkey Natalie D Rumampuk Nia Nancy Kano Nickson J. Kawung Nickson J. Kawung Ode Mantra, Syahrun Palungan, Irpan Pankie Pangemanan Pankie Pangemanan Paulus, James Petrus P Letsoin Pipih Suptijah Purniasih, Ni Komang Pitri Reiny A Tumbol Reiny A. Tumbol Reiny Tumbol Reiny Tumbol Remy E. P Mangindaan Remy E.P. Mangindaan Remy E.P. Mangindaan Riorifki Kabense Rizald M. Rompas Rizald Max Rompas, Rizald Max Rizky I. Moroki Robert A. Bara Rondonuwu, Arie B. Rosita A.J. Lintang Rumampuk, Natalie Detty Rumampuk, Natalie Detty C. Sahari, Jefri Salaki, Meiske S. Sandra O. Tilaar Sandra Olivia Tilaar Sandra Tilaar Sandra Tilaar Sartje Lantu Sembiring, Sindiy Cloudya Silvester B Pratasik Smolak, Radoslav Sultan, Makkulau Suzanne L. Undap Talumepa, Anggun C. N. Tamara Angela Gabriela Siahaan Tasya D.P. Br Sihotang Tindi, Monalisa Unstain N. W. J. Rembet, Unstain N. W. J. Veibe Warouw Veibe Warouw Veibe Warouw Veibe Warouw Wantania, Letha L. Wehantouw, Andre Wilmy E. Pelle