Model pendidikan pesantren salaf adalah melalui system bandungan-wetonan dan sorogan. Bandugan dilakukan dengan pendidikan secara kolektif dipandu oleh Kiai. Bandungan umumnya dilakukan dengan mengambil wetonan, yaitu hari-hari pasaran tertentu seperti kliwonan, pahingan. Sedangkan sorogan adalah model pendidikan tiap santri menghadap pada kiai untuk mengkaji kitab-kitab tertentu. Adapun nilai-nilai humanis-religius dari sistem pendidikan pesantren salaf mengacu pada nilai-nilai al-Qur`an yang sangat memperhatikan tentang humanisme atau memanusiakan manusia. Humanism-religius juga dimaknai sebagai sebuah konsep keagamaan yang menempatkan manusia sebagai manusia, serta upaya humanisme ilmu-ilmu dengan tetap memperhatikan tanggung jawab hablum minallah dan hablum min al-nas. Konsep ini jika diimplementasikan akan menghilangkan individualisme menuju kemandirian dan tanggung jawab, thirst for knowledge, pendidikan pluralisme, kontekstualisme yang lebih mementingkan fungsi dari simbol serta keseimbangan antara reward dan punishment.