Claim Missing Document
Check
Articles

Found 28 Documents
Search

ANALISA EVOLUSI VIRUS DENGUE YANG ENDEMIK DI INDONESIA Sidarta, Erick; Dewi, Sari Mariyati; Chris, Arlends
Jurnal Muara Sains, Teknologi, Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Vol 3, No 1 (2019): Jurnal Muara Sains, Teknologi, Kedokteran dan Ilmu Kesehatan
Publisher : Universitas Tarumanagara

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24912/jmstkik.v3i1.2856

Abstract

Indonesia merupakan daerah dengan hiperendemisitas tinggi untuk infeksi virus dengue dan tempat bersirkulasinya keempat varian genotype virus dengue. Saat ini salah satu cara untuk pencegahan infeksi virus dengue adalah dengan vaksin dengue yang baru tersedia tahun 2016. Vaksin dengue ini menstimulasi terbentuknya antibodi yang akan mengenali membran dan selubung dari keempat genotipe virus dengue. Efektivitas dari vaksin ini tergantung dari kesesuaian antara antibodi yang terbentuk dengan varian yang beredar di Indonesia. Mengingat virus dengue merupakan virus RNA yang umumnya memiliki laju mutasi yang tinggi, mutasi yang terjadi dapat mengakibatkan terbentuknya escape mutant yang mampu menghindari antibodi yang terbentuk oleh vaksin. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui evolusi dan laju mutasi dari virus dengue yang beredar di Indonesia. Sebanyak 116 data genom lengkap dari virus dengue yang telah dilaporkan di Indonesia digunakan dalam penelitian ini. Genotipe virus dengue dianalisa dengan menggunakan software MEGA-X. Evolusi dan laju mutasi dari gen penyandi selubung (E) dan membran (M) virus dengue dianalisa dengan menggunakan software BEAST versi 1.8.3. Hasil dari penelitian ini menunjukkan gen E dan M virus dengue telah berevolusi semenjak pertama kali dilaporkan pada tahun 1975 dan memiliki laju mutasi yang tinggi. Gen E mencapai  9.26 x 10-4 subsitusi/basa/tahun (95% HPD 7.81 X 10 10-4 – 1.07 X 10-3) maupun gen M yang mencapai 8.5 x 10-4 subsitusi/basa/tahun (95% HPD 6.03 X 10 10-4 – 1.09 X 10-3). Tingginya laju mutasi ini membutuhkan perhatian bagi pengembang vaksin untuk pengawasan dan evaluasi yang berkesinambungan. Indonesia is an area with high hyperendemicity for dengue virus infection and the circulation of the four variants of dengue virus genotype. Currently, one way to prevent dengue virus infection is with a new dengue vaccine available in 2016. This dengue vaccine stimulates the formation of antibodies that will recognize the membrane and envelope of the four dengue virus genotypes. The effectiveness of this vaccine depends on the suitability of the antibodies formed with variants circulating in Indonesia. Since dengue virus is an RNA virus that generally has a high mutation rate, the mutations that occur can result in the formation of escape mutants that are able to avoid the antibodies formed by the vaccine. This study aims to determine the evolution and mutation rate of dengue viruses circulating in Indonesia. A total of 116 complete genome data from dengue viruses that have been reported in Indonesia were used in this study. Dengue virus genotypes were analyzed using MEGA-X software. The evolution and mutation rate of the envelope (E) and membrane (M) gene of the dengue virus were analyzed using BEAST software version 1.8.3. The results of this study indicate that the E and M genes of the dengue virus have evolved since they were first reported in 1975 and have a high mutation rate. Gen E reaches 9.26 x 10-4 substitution / base / year (95% HPD 7.81 X 10 10-4 - 1.07 X 10-3) and M gene reaches 8.5 x 10-4 substitution / base / year (95% HPD 6.03 X 10 10-4 - 1.09 X 10-3). The high rate of this mutation requires attention for vaccine developers for ongoing monitoring and evaluation.
PENINGKATAN KESEHATAN MASYARAKAT SELAMA PANDEMI DALAM UPAYA PENCEGAHAN LOW BACK PAIN Tjie Haming Setiadi; Alexander Halim Santoso; David Limanan; Erick Sidarta; Susy Olivia Lontoh
Jurnal Bakti Masyarakat Indonesia Vol 4, No 2 (2021): Jurnal Bakti Masyarakat Indonesia
Publisher : Lembaga Penelitian dan Pengabdian kepada Masyarakat, Universitas Tarumanagara

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24912/jbmi.v4i2.12519

Abstract

The global pandemic has made most of the activities at home. This condition poses significant health challenges. The increasing number of hours spent sitting, having improper posture, lack of exercise, unhealthy diet and pandemic stress can all lead to the low back pain. Low Back Pain is a multifactorial disease. Therefore, an integrated prevention strategy is needed to prevent Low Back Pain. Based on these problems, the community service activity was held. This activity is carried out to provide education related to knowledge of back pain in good working positions, movements to avoid, and exercises that can overcome complaints of back pain. The target of this activity is to increase public knowledge regarding low back pain, improve individual health degrees, educate healthy lifestyles, pay attention to nutritional intake, be active in sports, reduce the incidence of back pain and improve quality of life so that they can continue to work during the pandemic. This activity was carried out online on 27 May 2021 at 8.00-12.00 and was attended by 44 participants from PKK cadres, Tomang Village, West Jakarta. In addition, pre-test and post-test were also conducted. The average score of the pre-test was 53.63, while the average score of the post-test was 62.27. These results indicate that there is an increase in knowledge of 16.10%. Participants are expected to be able to apply the knowledge related to preventing back pain with exercise, good nutrition and can educate families about habits in preventing back painABSTRAK:Pandemi global telah membuat sebagian besar beraktivitas di rumah. Kondisi ini menimbulkan tantangan kesehatan yang signifikan. Meningkatnya jumlah jam yang dihabiskan untuk duduk, memiliki postur tubuh yang tidak tepat, kurang olah raga, pola makan yang tidak sehat dan stres pandemi dapat menyebabkan nyeri punggung bawah yang berkepanjangan. Low Back Pain merupakan penyakit multifaktor. Oleh karena itu, perlu strategi pencegahan terpadu untuk mencegah Low Back Pain. Berdasarkan permasalahan tersebut, kegiatan penyuluhan terkait nyeri pinggang belakang dan bagaimana mengatasinya diselenggarakan. Kegiatan ini dilakukan untuk memberikan edukasi terkait pengetahuan nyeri pinggang belakang posisi kerja yang baik, gerakan yang dihindari, serta senam yang dapat mengatasi keluhan nyeri pinggang belakang. Target kegiatan ini adalah bertambahnya pengetahuan masyarakat terkait low back pain, meningkatkan derajat kesehatan individu, mengedukasi pola hidup sehat, memperhatikan asupan gizi, giat berolahraga, menurunkan angka kejadian nyeri pinggang belakang serta meningkatkan kualitas hidup agar tetap berkarya selama pandemi. Kegiatan ini dilakukan via daring pada tanggal 27 Mei 2021 pukul 8.00-12.00 dan dihadiri oleh 44 peserta yang berasal dari kader PKK Kelurahan Tomang Jakarta Barat. Selain itu, juga dilakukan pre-test dan post-test. Nilai rata-rata pre-test adalah 53.63, sedangkan nilai rata-rata pos-test adalah 62.27. Hasil tersebut menunjukan bahwa terjadi peningkatan pengetahuan sebesar 16.10%. Para peserta diharapkan dapat menerapkan materi terkait pencegahan nyeri pinggang belakang dengan senam, asupan gizi yang baik dan dapat mengedukasi keluarga tentang kebiasaan dalam mencegah nyeri pinggang belakang
Efek antimikroba air kelapa terhadap pertumbuhan bakteri Salmonella typhi Daniel Yohanes Putra; Sari Mariyati Dewi; Erick Sidarta
Tarumanagara Medical Journal Vol. 1 No. 2 (2019): TARUMANAGARA MEDICAL JOURNAL
Publisher : Fakultas Kedokteran Universitas Tarumanagara

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24912/tmj.v1i2.3828

Abstract

Salmonella typhi adalah salah satu penyebab diare terbesar setelah E. coli. Diare yang disebabkan Salmonella typhi adalah diare invasif dengan karakteristik demam panjang, nyeri perut, dan manisfestasi sistemik lainnya (delirium, sakit kepala). Salah satu penanganan diare yang sering dilakukan oleh masyarakat adalah dengan mengonsumsi air kelapa. Di Indonesia terdapat 2 jenis kelapa yang sering dikonsumsi, yaitu kelapa hijau (Cocos nucifera L var viridis) dan kelapa coklat (Cocos nucifera L var rubescens). Penelitian dengan metode deskriptif potong lintang ini bertujuan untuk mengetahui efek air kelapa terhadap pertumbuhan Salmonella typhi. Sampel yang digunakan adalah air kelapa dari 6 buah kelapa hijau dan air kelapa dari 6 buah kelapa coklat yang didapatkan dari daerah Ciapus, Bogor. Hasil penelitian menunjukan terbentuknya zona bening pada kedua jenis dan usia kelapa. Analisa lebih lanjut tidak terdapat perbedaan efek yang signifikan antara jenis kelapa (p-value = 0,257) dan umur kelapa (p-value = 0,257).
Pengaruh evolusi virus H3N2 pada perubahan hemaglutinin, neuraminidase dan efeknya terhadap Major Histocompatibility Complex (MHC) kelas II di Indonesia pada tahun 2005-2019 Alvian Rendy Santoso; Erick Sidarta
Tarumanagara Medical Journal Vol. 3 No. 2 (2021): TARUMANAGARA MEDICAL JOURNAL
Publisher : Fakultas Kedokteran Universitas Tarumanagara

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24912/tmj.v4i1.13712

Abstract

Virus H3N2 merupakan salah satu virus yang dapat menyebabkan terjadinya epidemi dan pandemi di seluruh belahan dunia. Di Indonesia sendiri, virus ini merupakan penyebab 64,6% penyakit influenza. Virus H3N2 merupakan virus RNA yang dapat berevolusi dengan cepat sehingga dapat menyebabkan terjadinya kegagalan vaksinasi ataupun respon imun yang tidak sempurna dalam mengeliminasi virus. Molekul major histocompatibility complex (MHC) kelas II adalah komponen yang penting bagi respon imun dalam proses mengeliminasi virus. Pada proses ini, sel T helper akan teraktivasi dan menghasilkan sitokin yang menstimulasi sel imun lainnya. Tujuan studi ini adalah mengetahui pengaruh evolusi virus H3N2 Indonesia pada perubahan hemaglutinin, neuraminidase dan efeknya terhadap pengikatan MHC kelas II pada tahun 2005 - 2019. Data 133 gen HA dan 130 gen NA virus H3N2 di Indonesia tahun 2005 sampai 2019 diperoleh melalui bank data Global Initiative on Sharing All Influence Data (GISAID). Evaluasi dilakukan secara in silico berupa pembangunan pohon filogenetik melalui software MEGA X, uji pengikatan MHC kelas II melalui Immune Epitope Data Base (IEDB) dan uji antigenisitas melalui software Vaxijen 2.0. Pada pohon filogenetik menunjukkan kekerabatan antar sekuens dan terjadinya antigenic drift pada virus H3N2 di Indonesia. Hasil uji pengikatan MHC kelas II dan antigenisitas menunjukkan adanya perubahan skor akibat terbentuknya beberapa variasi epitop seperti pada pada predicted sites 151-165 dengan skor 0.7728 ? 0.4373. Pada studi ini didapatkan juga beberapa epitope sebagai prediksi pembuatan vaksin seperti predicted sites 441-455 gen HA. Evolusi virus H3N2 di Indonesia mengakibatkan terjadinya perubahan atau hilangnya prediksi pengikatan terhadap MHC kelas II dan HLA dominan.
Analisis evolusi dan imunogenisitas gen NA dari virus H3N2 endemik Indonesia tahun 2005-2018 secara in silico Sari Mariyati Dewi Nataprawira; Erick Sidarta; Triyana Sari
Tarumanagara Medical Journal Vol. 4 No. 1 (2022): TARUMANAGARA MEDICAL JOURNAL
Publisher : Fakultas Kedokteran Universitas Tarumanagara

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24912/tmj.v4i2.18154

Abstract

Influenza merupakan penyakit yang masih menjadi perhatian pemerintah terutama Indonesia karena dapat menyebabkan endemik sepanjang tahun dan dapat menimbulkan dampak yang berat bagi penderitanya. Virus Influenza A/H3N2 merupakan virus penyebab yang dominan di Indonesia. Pada permukaan virus terdapat protein yang berperan pada proses fusi virus ke sel pejamu, salah satunya adalah neuraminidase. Protein ini berperan untuk memotong sialic acid yang terdapat pada sekret di bronkus saluran pernafasan dan permukaan sel pejamu sehingga memudahkan virus pada proses invasi dan replikasi. Protein inilah yang menjadi salah satu target antibodi yang terbentuk paska infeksi atau vaksin. Namun, virus akan melakukan evolusi untuk dapat lolos dari antibodi. Studi ini bertujuan untuk melihat evolusi yang terjadi pada genetik NA virus A/H3N2 yang beredar di Indonesia beserta prediksi perubahan antigenisitas dan epitop pada human leukocyte antigen (HLA) kelas II. Studi ini menggunakan sebanyak 129 spesimen NA dari Indonesia tahun 2005-2018, diperoleh dari bank data National Center for Biotechnology Information (NCBI), Global Initiative on Sharing All Influence Data (GISAID). Analisa evolusi dan filodinamika dilakukan menggunakan software BEAST versi 1.8.3 dilanjutkan dengan analisa antigenisitas, dengan metode Kolaskar dan Tongaonkar. Analisa prediksi pengikatan MHC kelas II dilakukan menggunakan Immune Epitope Database (IEDb). Hasil didapatkan evolusi pada virus A/H3N2 terutama pada gen neuraminidase dengan pola antigenic drift sehingga terdapat dua klaster berbeda. Pada analisa keragaman genetik juga didapatkan hasil jumlah varian yang berfluktuasi dari tahun ke tahun. Sekalipun demikian, pada prediksi imunogenisitas didapatkan mayoritas sekuens memiliki prediksi yang sama. Pada studi ini juga ditemukan beberapa situs prediksi imunogensitas mengalami penurunan atau peningkatan yang menunjukkan adanya seleksi negatif dan positif pada virus yang endemik di Indonesia.
Analisis cross reactivity protein precursor membrane (prM) virus dengue endemik Indonesia dengan pendekatan imunoinformatik Rizqy Lazuardy Hasan; Erick Sidarta
Tarumanagara Medical Journal Vol. 4 No. 1 (2022): TARUMANAGARA MEDICAL JOURNAL
Publisher : Fakultas Kedokteran Universitas Tarumanagara

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24912/tmj.v4i2.18280

Abstract

Infeksi demam berdarah dianggap sebagai salah satu masalah kesehatan utama di Indonesia dan disebabkan oleh virus dengue. Kemampuan reaksi silang pada virus dengue dapat memperparah jika terjadi infeksi lainnya. Protein precursor membrane (prM) pada virus dengue merupakan bagian yang rentan akan terjadinya antibody dependant enhancement dan evolusi gen prM berubah setiap tahunnya. Studi ini bertujuan untuk menganalisa reaksi silang gen prM dari virus dengue yang endemis di Indonesia. Sebanyak 96 data sampel dari National Center for Biotechnology Information digunakan pada studi ini. Prediksi antigenisitas dengan metode B-cell epitope prediction lalu di lanjutkan proses analisis reaksi silang menggunakan Basic Local Aligntment Search Tool (BLAST) dengan perbagian 20 protein prM pada setiap genotype virus yang memiliki antigenisitas yang spesifitasnya 0,8. Hasil dari studi ini didapatkan 4 prediksi antigenisitas dan beberapa hasil reaksi silang terhadap protein lain seperti anti-SARS-CoV-2 immunoglobulin heavy chain, human immunodeficiency virus type I enhancer-binding protein 2, insulin receptor substrate like protein partial, cerebellar-degeneration-related antigen. Pada studi ini ditemukan adanya perubahan prediksi antigenisitas dari gen prM virus dengue yang muncul setiap tahun dan adanya reaksi silang dengan protein lain.
Optimasi Gelred Sebagai Pewarna Dna Dalam Biologi Molekuler Sari M. Dewi Nataprawira; Erick Sidarta; Arlends Chris
Syntax Literate Jurnal Ilmiah Indonesia
Publisher : Syntax Corporation

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (188.012 KB) | DOI: 10.36418/syntax-literate.v7i12.9981

Abstract

Pewarnaan DNA merupakan sebuah proses penting dalam elektroforesis gel agarosa. Proses ini memungkinkan penggunanya untuk melihat pita asam deoksiribonukleotida (DNA) hasil dari proses amplifikasi oleh teknik polymerase chain reaction (PCR) ataupun modifikasinya seperti metode restriction fragment length polymorphism (RFLP). Pewarna DNA yang umum digunakan dalam proses tersebut adalah ethidium bromide yang memiliki bahaya karena bersifat mutagenik. Pewarna DNA Gelred merupakan alternatif untuk ethidium bromide yang dinilai memiliki tingkat keamanan yang lebih baik untuk penggunanya. Penelitian ini bertujuan untuk melihat kemampuan Gelred sebagai pewarna DNA, cara terbaik untuk menggunakannya serta melihat sensitivitasnya. Pada penelitian ini 100-1000 bp DNA Ladder dengan konsentrasi berbeda digunakan sebagai penanda untuk membandingkan metode terbaik (pre-cast, post-staining dan pre-loading/pre-staining) untuk menggunakan Gelred. Selain itu dua buffer elektroforesis umum (TAE dan TBE) digunakan untuk membandingkan hasil pewarnaan DNA. Hasil dari penelitian ini didapatkan bahwa Gelred mempengaruhi migrasi DNA pada gel agarosa. Migrasi tersebut juga dipengaruhi oleh jenis buffer yang digunakan, konsentrasi agarosa, ukuran DNA, konsentrasi DNA dan metode yang digunakan (pre-cast, post-staining atau pre-loading/pre-staining). Metode terbaik untuk mendapatkan hasil visualisasi yang tajam adalah metode pre-cast dengan buffer TAE, dengan kelemahannya adalah konsentrasi dan panjang DNA sangat mempengaruhi visualisasi. Metode yang paling stabil untuk digunakan adalah metode pre-loading/pre-staining dengan buffer TAE dengan kelemahan visualisasi pita DNA yang dihasilkan tidak setajam metode pre-cast. Menurut hasil penelitian ini peneliti menyarankan penggunaan metode pre-loading/pre-staining dengan buffer TAE apabila menggunakan Gelred yang disebabkan oleh efisiensi dan kecepatan proses.
Development of Amplification Refractory Mutation System PCR to Detect Androgen Receptor Gene G1773A (rs6152) Polymorphism Triyana Sari; Erick Sidarta; Sari Mariyati Dewi Nataprawira; Giovani Evangelista Alfonsius; Damar Sajiwo
Jurnal Scientia Vol. 12 No. 03 (2023): Education, Sosial science and Planning technique, 2023 (June-August)
Publisher : Sean Institute

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.58471/scientia.v12i03.1694

Abstract

Androgen receptor (AR) is a ubiquitous receptor responsible for responses by androgen stimulus. Androgen, a hormone which will bind to the AR, is essentials for normal male sexual development. Nevertheless, one of the polymorphisms in the AR gene, G1733A (rs6152) have been associated with numerous clinical risks such as cardiovascular disease (CD), androgenetic alopecia, high prostate-specific antigen (PSA) levels, male infertility, recurrent spontaneous abortions and prostate cancer. This study aims to develop an alternative and cost-effective method to detect G1773A (rs6152) polymorphism. In this study, amplification refractory mutation system-polymerase chain reaction (ARMS-PCR) using two pair of primers was used to detect the G1733A (rs6152) polymorphism. Primer design was done using http://primer1.soton.ac.uk/primer1.html online tools and then manually adjusted to increase the specificity. A total of 54 samples were screened using ARMS PCR and 2 representative samples of each allele from previous screening were used to validate the results using Sanger DNA sequencing. Among 54 subjects screened, we found 52 (96.3%) subjects carry G allele and 2 (3.7%) subjects carry A allele. No heterozygote was found in this study. The frequency of G allele was 96.97% and the frequency of A allele was 3.03%. Result validation using DNA sequencing was in agreement with ARMS-PCR method results. ARMS-PCR can be used as efficient alternative for genotyping of G1733A (rs6152) AR gene polymorphism.
Genetic Comparison of H3N2 Influenza Virus in Indonesia with WHO Recommended Strains During the Period 2004 – 2021 Johny Hartawan Sutrisno; Triyana Sari; Sari Mariyati Dewi Nataprawira; Erick Sidarta
Syntax Idea 1338-1355
Publisher : Ridwan Institute

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.46799/syntax-idea.v5i10.2557

Abstract

Influenza caused by A/H3N2 virus is one commonly found infections in tropical countries. Vaccination policy against A/H3N2 virus is already established for Northern and Southern hemisphere, however, no specified policy is established for tropical countries such as Indonesia. World Health Organization (WHO) has recommended Indonesia to use vaccine formulation designated for Northern hemisphere. Some studies, however, have shown that there were mismatches between recommended vaccine and circulating strains present in Asian countries, which might have caused regional outbreaks. This study was aimed to compare the genetic makeup of WHO recommended vaccine strain with H3N2 virus circulating in Indonesia. A total of 147 HA and 148 NA complete nucleotide sequences from Indonesian population, as well as 14 HA and 14 NA WHO-recommended nucleotide sequences, were downloaded from GISAID. These sequences were subjected to phylogenetic analysis using MEGA 11. Furthermore, antigenicity of these isolates was analyzed using Kolaskar and Tangonkar Prediction method accessible through IEDB website and Vaxijen 2.0. This study revealed that WHO-recommended vaccine strain for southern hemisphere in 2010 were compatible with Indonesian strains circulating in 2009. Furthermore, there were no recommended vaccine strain that matched strain in circulation between 2010 to 2012 and 2019. Kolaskar and Tongaonkar antigenicity prediction analysis had simulated that several mutations rendered some antigenic epitopes of HA and NA protein to be non-antigenic. These findings highlighted the importance of reliable national surveillance network of influenza to prevent regional epidemic and the development of local influenza vaccine to better accommodate Indonesian population.
Kegiatan Pengukuran Tekanan Darah dan Penyakit Darah Tinggi pada Populasi Usia Produktif Erick Sidarta; Bryan Anna Wijaya; Fiona Valencia Setiawan; Edwin Destra; Junius Kurniawan
Jurnal Pengabdian Masyarakat Nusantara Vol. 6 No. 2 (2024): Juni : Jurnal Pengabdian Masyarakat Nusantara
Publisher : Universitas Muhammadiyah Manado

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.57214/pengabmas.v6i2.539

Abstract

Hypertension is an increasing global health problem. By 2025, it is estimated that 1.5 billion people will suffer from hypertension, with 10.44 million deaths annually caused by hypertension and its complications. Most cases are idiopathic, related to genetic factors, diet and lifestyle. Uncontrolled hypertension significantly increases the risk of cardiovascular disease, kidney failure, and stroke. This activity uses the PDCA (Plan-Do-Check-Act) method for blood pressure screening and counseling in adults at PT. Narindo, North Jakarta. The results of blood pressure examination showed that 4 people (3.08%) had grade 3 hypertension, 7 people (5.38%) had grade 2 hypertension, 20 people (15.38%) had grade 1 hypertension. Monitor blood pressure regularly and increasing public health knowledge can increase awareness and encourage healthy lifestyle changes, reducing the prevalence and complications of hypertension.