Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
2.266
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Journal of Tropical Life Science : International Journal of Theoretical, Experimental, and Applied Life Sciences Jurnal Pendidikan Biologi Undiksha Agrikultura Bioedukasi Alchemy : Journal of Chemistry Jurnal Harpodon Borneo Biogenesis: Jurnal Ilmiah Biologi Biotropika Jurnal Pendidikan Biologi Indonesia Jurnal IPTEK Jurnal Pengabdian Masyarakat Borneo Jurnal Borneo Saintek Jurnal Riset Biologi dan Aplikasinya Soeropati: Journal of Community Service Bioscientist : Jurnal Ilmiah Biologi Proceeding Biology Education Conference Borneo Journal of Biology Education (BJBE) Al Kawnu : Science and Local Wisdom Journal Biosaintifika: Journal of Biology & Biology Education Edubiotik : Jurnal Pendidikan, Biologi dan Terapan
Endik Deni Nugroho
Jurusan Biologi, Universitas Borneo Tarakan
Religion Agriculture, Biological Sciences & Forestry Arts Humanities Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Civil Engineering, Building, Construction & Architecture Computer Science & IT Decision Sciences, Operations Research & Management Economics, Econometrics & Finance Education Energy Environmental Science Immunology & microbiology Industrial & Manufacturing Engineering Law, Crime, Criminology & Criminal Justice Materials Science & Nanotechnology Mechanical Engineering Medicine & Pharmacology Nursing Physics Public Health Social Sciences Other

Published : 36 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search
Journal : Biotropika

 1 
DNA Barcoding Ikan Introduksi Khas Telaga Sari, Kabupaten Pasuruan Dwi Anggorowati Rahayu; Endik Deni Nugroho; Dwi Listyorini
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol 7, No 2 (2019)
Publisher : University of Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21776/ub.biotropika.2019.007.02.2

Abstract

Telaga Sari terletak di Purwodadi, Kabupaten Pasuruan yang memiliki kelimpahan jenis ikan introduksi dari Famili Poeciliidae. Anggota Poeciliidae merupakan ikan yang berukuran kecil, live-bearers, memiliki dimorfi seksual dari segi ukuran tubuh dan pola warna. Ikan jantan memiliki gonopodium yang merupakan modifikasi sirip anal, dan ikan betina bunting dan melahirkan. Ikan ini terintroduksi di perairan Indonesia sebagai ikan hias, pengontrol perkembangan nyamuk malaria dan dewasa ini diketahui sebagai model pembelajaran dalam studi biologi. Identifikasi cryptic species menjadi tantangan dalam pengelolaan ikan introduksi baik untuk tujuan konservasi dan budidaya. Penelitian ini bertujuan untuk identifikasi molekuler berdasarkan DNA Barcode COI. Amplifikasi gen target dilakukan dengan menggunakan primer barcode. Analisis identifikasi molekuler melalui kekerabatan pohon filogenetik, similaritas, variasi sekuen DNA, jarak genetik, dan BOLD System. Hasil identifikasi molekuler menunjukkan terbentuk dua klaster besar yang terdiri atas dua klad, spesies yang teridentifikasi sesuai karakter morfologi, yaitu Poecilia reticulata dan Poecilia mexicana dengan indeks kesamaan 90-100%, sedangkan satu spesies teridentifikasi sebagai Poecilia reticulata (100% identik berdasarkan BOLD System) yang seharusnya secara morfologi adalah Xiphoporus helleri. Hasil analisis karakter nukleotida diagnostik ditemukan empat nukleotida untuk Poecilia reticulata, tujuh nukleotida untuk Xiphoporus helleri dan 23 untuk Poecilia mexicana. Diversitas haplotype basa nukleotida sebesar (0,00566) yang terbagi menjadi sembilan haplotype dengan empat haplogroup. Ketepatan identifikasi spesies ikan menjadi kunci utama dalam budidaya, perdagangan, manajemen, konservasi, dan perkembangan ilmu pengetahuan.
Molecular Analysis and Morphological Characterization of Tor sp. using DNA Barcode COI from Telaga Rambut Monte, Blitar, East Java, Indonesia Damayanti, Ayu Elysia; Rabbani, Calista Naya; Sulung, Cahya Ajeng Valenta Tresna; Rusdianto, Rusdianto; Nugroho, Endik Deni; Mamat, Noorhidayah Binti; Rahayu, Dwi Anggorowati
Biotropika: Journal of Tropical Biology Vol. 13 No. 2 (2025)
Publisher : Universitas Brawijaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21776/ub.biotropika.2025.013.02.011

Abstract

The genus Tor (Cyprinidae) comprises highly diverse freshwater fishes widely distributed in Southeast Asia, including Indonesia. However, information on Tor species in several regions remains limited. This study aimed to identify Tor species from Telaga Rambut Monte, Blitar, using morphological analysis and molecular approaches based on COI DNA barcoding. Fish were collected through purposive sampling at depths of 1–2 m, and fin tissues were preserved in ethanol for DNA extraction. PCR amplification employed LCO1490 and HCO2198 primers, with sequence analysis conducted using BLAST and the BOLD System. Phylogenetic reconstruction applied Neighbour-Joining and Maximum Likelihood methods under the Kimura 2-Parameter model, supported by p-distance analysis with MEGA, Clustal X, BioEdit, and ABGD. Morphological characterisation confirmed the specimens as Tor tambra. COI gene amplification produced a 477 bp sequence, which showed 92% genetic similarity to the reference T. tambra. The phylogenetic tree revealed a distinct clade with a high bootstrap value (96%), clearly separating T. tambra from other congeners. Integrating morphological and molecular data provides robust evidence confirming the presence of T. tambra in Telaga Rambut Monte. This research represents the first study combining genetic identification, morphological analysis, and phylogenetic reconstruction of T. tambra from this locality. The findings contribute to understanding freshwater fish biodiversity in Indonesia and provide important baseline information on the distribution of local fish resources.
Co-Authors - Ibrahim, - Adelyn Salurapa Ahwan, Zainul Ainiyah, Roisatul Aji, Fafit Rahmat Aji, Fatit Rahmar Amang Fathurrohman Amang Fathurrohman Amang Fathurrohman, Amang Andari, Kadek Dewi Wahyuni Azrianingzih, Rodiyati Azrianingzih, Rodliyati Binti Mamat, Noorhidayah Candra, Puspa Mega Dahlia Dahlia Damayanti, Ayu Elysia Dayat, Muhammad Dwi Anggorowati Rahayu Dwi Anggorowati Rahayu Dwi Anggorowati Rahayu Dwi Anggorowati Rahayu Dwi Listyorini Fadhlan Muchlas Abrori Fadilah Fafit Rahmat Aji Hamdani, Khoirul Haryono Haryono Haryono Haryono Ibrahim Ibrahim Ibrahim Ibrahim Ixora Sartika Mercuriani Kasiman, Kasiman Khaleyla, Firas KHOIRUL ANAM Kuswanto, Wawan Lukman Hadi, Lukman Mamat, Noorhidayah Binti Matrani Maylina Ilhami Khurniyati Nawir, Daud Naya Rabbani, Calista Nia Kurniawan Nia Kurniawan Novianti, Nilam Nur Anisa NUR LINA SAFITRI Nur'aini, Afifah Diyah Nursiah Nursiah, Nursiah Panjaitan, Viona Angelina Erlan Pasaribu, Aswin Poetri, Dini Andini Rabbani, Calista Naya Rahayu, M.Si, Dwi Anggorowati Rahayu, Tanti Rangga, Adam Dwi Rasidah H., Laila Reza Ardiansyah Rodiyati Azrianingsih Rodliyati Azrianingzih Roisatul Ainiyah Rupa, Darius Rusdianto Rusdianto, Rusdianto Salurapa, Adelyn Silfia Ilma Sulung, Cahya Ajeng Valenta Tresna Sururi, Ahmad Misbakhus Syarifa Ramadhani Nurbaya Tarmudi, Imam Tresna Sulung, Cahya Ajeng Valenta Trio Ageng Prayitno, Trio Ageng Vlorensius Vlorensius Wanandi, Ichsan Bakhtiar Wibisono, Mulyono Yuliawati, Witri Yunita Khilyatun Nisak Zultan, Achmad