Claim Missing Document
Check
Articles

Found 3 Documents
Search
Journal : BIOEDUSCIENCE

Identifikasi Interaksi Molekuler Peptida Antimikrobial dari Lendir Kulit Ikan Lele Kuning (Pelteobagrus fulvidraco) terhadap Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli secara In silico Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
BIOEDUSCIENCE Vol 4 No 1 (2020): BIOEDUSCIENCE
Publisher : Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1010.794 KB) | DOI: 10.29405/j.bes/4148-554951

Abstract

Background: Lendir kulit ikan baru-baru ini dikenal sebagai sumber potensial peptida antimikrobial yang berfungsi untuk memberikan pertahanan pertama terhadap bakteri patogen, seperi Escherichia coli. Beberapa peptida antimikrobial yang dihasilkan oleh lendir kulit ikan lele kuning (Pelteobagrus fulvidraco) terbukti mampu menghambat Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli, antara lain Pelteobagrin, Myxinidin, Pleurocidin, dan Pardaxin-P1. Metode: Penelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi terhadap interaksi molekuler antara molekul peptida antimikrobial dengan Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli menggunakan motode penambatan molekuler berbasis protein-peptida. Sekuensing peptida antimikrobial terlebih dahulu dimodelkan ke dalam bentuk konformasi 3D menggunakan server PEP-FOLD. Konformasi terbaik hasil pemodelan dipilih untuk selanjutnya dilakukan studi interaksi terhadap makromolekul Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli menggunakan perangkat lunak PatchDock. Interaksi yang terbentuk kemudian diamati lebih lanjut menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2020. Hasil: Hasil dari penambatan molekuler menunjukkan bahwa peptida Pardaxin-P1 memiliki afinitas paling baik, yaitu dengan ACE score −1402,39 kJ/mol. Kesimpulan: Dengan demikian, peptida antimikrobial tersebut diprediksi dapat dipilih sebagai kandidat antimikroba alami.
Identifikasi Interaksi Molekuler Peptida Antimikrobial dari Lendir Kulit Ikan Lele Kuning (Pelteobagrus fulvidraco) terhadap Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli secara In silico Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
BIOEDUSCIENCE Vol 4 No 1 (2020): BIOEDUSCIENCE
Publisher : Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29405/j.bes/4148-554951

Abstract

Background: Lendir kulit ikan baru-baru ini dikenal sebagai sumber potensial peptida antimikrobial yang berfungsi untuk memberikan pertahanan pertama terhadap bakteri patogen, seperi Escherichia coli. Beberapa peptida antimikrobial yang dihasilkan oleh lendir kulit ikan lele kuning (Pelteobagrus fulvidraco) terbukti mampu menghambat Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli, antara lain Pelteobagrin, Myxinidin, Pleurocidin, dan Pardaxin-P1. Metode: Penelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi terhadap interaksi molekuler antara molekul peptida antimikrobial dengan Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli menggunakan motode penambatan molekuler berbasis protein-peptida. Sekuensing peptida antimikrobial terlebih dahulu dimodelkan ke dalam bentuk konformasi 3D menggunakan server PEP-FOLD. Konformasi terbaik hasil pemodelan dipilih untuk selanjutnya dilakukan studi interaksi terhadap makromolekul Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli menggunakan perangkat lunak PatchDock. Interaksi yang terbentuk kemudian diamati lebih lanjut menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2020. Hasil: Hasil dari penambatan molekuler menunjukkan bahwa peptida Pardaxin-P1 memiliki afinitas paling baik, yaitu dengan ACE score −1402,39 kJ/mol. Kesimpulan: Dengan demikian, peptida antimikrobial tersebut diprediksi dapat dipilih sebagai kandidat antimikroba alami.
Identifikasi Interaksi Molekuler Peptida Antimikrobial dari Lendir Kulit Ikan Lele Kuning (Pelteobagrus fulvidraco) terhadap Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli secara In silico Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
BIOEDUSCIENCE Vol 4 No 1 (2020): BIOEDUSCIENCE
Publisher : Universitas Muhammadiyah Prof. Dr. Hamka

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29405/j.bes/4148-554951

Abstract

Background: Lendir kulit ikan baru-baru ini dikenal sebagai sumber potensial peptida antimikrobial yang berfungsi untuk memberikan pertahanan pertama terhadap bakteri patogen, seperi Escherichia coli. Beberapa peptida antimikrobial yang dihasilkan oleh lendir kulit ikan lele kuning (Pelteobagrus fulvidraco) terbukti mampu menghambat Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli, antara lain Pelteobagrin, Myxinidin, Pleurocidin, dan Pardaxin-P1. Metode: Penelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi terhadap interaksi molekuler antara molekul peptida antimikrobial dengan Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli menggunakan motode penambatan molekuler berbasis protein-peptida. Sekuensing peptida antimikrobial terlebih dahulu dimodelkan ke dalam bentuk konformasi 3D menggunakan server PEP-FOLD. Konformasi terbaik hasil pemodelan dipilih untuk selanjutnya dilakukan studi interaksi terhadap makromolekul Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) pada Escherichia coli menggunakan perangkat lunak PatchDock. Interaksi yang terbentuk kemudian diamati lebih lanjut menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2020. Hasil: Hasil dari penambatan molekuler menunjukkan bahwa peptida Pardaxin-P1 memiliki afinitas paling baik, yaitu dengan ACE score −1402,39 kJ/mol. Kesimpulan: Dengan demikian, peptida antimikrobial tersebut diprediksi dapat dipilih sebagai kandidat antimikroba alami.
Co-Authors Adryan Fristiohady Akbar, Nabila Hadiah Akmal Syihabuddin Aksar, M Aldhiya Nurshafa Huwaida Alivia Dyanira Anggi Arumsari Annisa Fitriyani Suryana Annisa Meilani Annisa Meilani Annisa Rahmah Furqaani Arfan Arfan Arini Nabila Putri Asikin, Asyhari Aulia Fikri Hidayat Az-zahra, Dhea Khairunnisa Bambang Tri Laksono Bertha Rusdi Budi P Soewondo Budi Prabowo Soewondo Budiana, Wempi Candra Hermawan Choesrina, Ratu Dewi, Mentari Luthfika Dewi, Mentari Luthfika Diar Herawati Dina Mulyanti Dina Mulyanti Dita Anggun Novianta Dwi Syah Fitra Ramadhan Eky Syahroni Fajarwati, Kania Faqih Radina Farendina Suarantika Fetri Lestari Fetri Lestari Firda Aulia Jannati Firliani Dwiputri Fitrianti Darusman Galand Febrial Akbar Gina Fuji Nurfarida Gita Cahya Eka Darma Hakim, Supartina Hilal Faturohman Hilda Aprilia, Hilda Indraswari, Ni Luh Astri Ingka Mardiana Putri Ismet Muchtar Nur Izdihar Arief, Imtiyaz Jilan Salsabila Auliya Putri Julia Hartati Khoirunnisa Muslimawati Latifa Hana Silfadani Lina Jamilah Liza Dzulhijjah Mardiana, Neng Dian Marillia, Viola Meike Rachmawati Mentari Luthfika Dewi Mentari Luthfika Dewi Meta Maulida Damayanti Muhamad Akbar Dirgana Muhammad Fillah Nabila Shofura Mahardhika Nadhifah Mauludia Rinaldie Nandhy Agustian Luca Pratama Nawang Wulan Rachmatillah Prastowo Putri Nazhipah Isnani Nisa Neli Aunillah Nurfadillah Hazar Nurisyah, Nurisyah Nuzulfikri, Rizki Prayitno, Robby Putra, Aditya Maulana Perdana Putri, Nawang Wulan Rachmatillah Prastowo R. Rusli Radina, Faqih Ratu Choesrina Resty Imfyani Sofyan Ridwan Wijaya RISA NURRAHWANI Rizki Nuzulfikri rizkita, aden Rizkita, Aden Dhana Robby Prayitno Robby Prayitno Rohayah Rohayah Rusli Rusli Salsabilla Wijaya Sani Ega Priani Sari, Ajeng Kartika Sellygani Budi Vaelani Siddiq, Tita Barriah Sintia Ayu Dewi Sintya Suherlan Siti Ainun Rohaniah Siti Hardianti Siti Nurlita Permana Sonia alivia putri Syahrizal Nazala Syahroni, Eky Sylvie Kurniasih Tanisa Maghfira Syarza Tegar Achsendo Yuniarta Tegar Achsendo Yuniarta Tegar Achsendo Yuniarta Teti Sofia Yanti Thias Najminuri Trully Nouval Larasati Vinda Maharani Patricia Viola Marillia Vivi Amalia Dwi Pratiwi Wijaya, Salsabilla Wisnuwardhani, Hilda Aprilia