Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
10.136
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Ilmiah Farmasi JURNAL KIMIA SAINS DAN APLIKASI Pharmaciana: Jurnal Kefarmasian Media Farmasi : Jurnal Ilmu Farmasi (Journal Of Pharmaceutical Science) Biogenesis: Jurnal Ilmiah Biologi Journal of Biomedicine and Translational Research The Journal of Pure and Applied Chemistry Research Jurnal Riset Kimia Global Medical and Health Communication Pharmacon Pharmascience JURNAL FARMASI DAN ILMU KEFARMASIAN INDONESIA Jurnal Farmasi Galenika (Galenika Journal of Pharmacy) Jurnal Biodjati ALCHEMY Jurnal Penelitian Kimia BIOEDUSCIENCE JRST (Jurnal Riset Sains dan Teknologi) Majalah Farmasi dan Farmakologi (Trends in Pharmacy and Pharmaceutical Sciences) Pharmacology and Clinical Pharmacy Research JSFK (Jurnal Sains Farmasi & Klinis) Jurnal Inovasi Hasil Pengabdian Masyarakat (JIPEMAS) Molekul: Jurnal Ilmiah Kimia Jurnal Mandala Pharmacon Indonesia Jurnal Ilmiah Farmasi Farmasyifa Jurnal Ilmiah Farmako Bahari Poltekita: Jurnal Pengabdian Masyarakat Jurnal Riset Farmasi Pharmaceutical Sciences and Research (PSR) Makara Journal of Science Bandung Conference Series: Pharmacy Borneo Journal of Pharmacy al Kimiya : Jurnal Ilmu Kimia dan Terapan Indonesian Journal of Chemical Science Journal of Tropical Pharmacy and Chemistry Jurnal Sains dan Kesehatan Jurnal Info Kesehatan
Taufik Muhammad Fakih
Prodi Farmasi, Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Islam Bandung
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Civil Engineering, Building, Construction & Architecture Computer Science & IT Dentistry Earth & Planetary Sciences Education Energy Engineering Environmental Science Health Professions Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology Medicine & Pharmacology Nursing Physics Public Health Other

Published : 96 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 96 Documents
Search

 1   2   3   4   5 
INTERAKSI MOLEKULER INHIBITOR DIPEPTIDYL PEPTIDASE-IV (DPP-IV) DARI PROTEIN SUSU KAMBING SECARA IN SILICO SEBAGAI KANDIDAT ANTIDIABETES Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
Media Farmasi: Jurnal Ilmu Farmasi Vol 17, No 1: Maret 2020
Publisher : Universitas Ahmad Dahlan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (315.784 KB) | DOI: 10.12928/mf.v17i1.16249

Abstract

Dipeptidyl peptidase-IV (DPP-IV) merupakan salah satu target dalam pengobatan diabetes tipe-2. Beberapa obat golongan gliptin yang tersedia secara komersial seperti sitagliptin, anagliptin, linagliptin, saxagliptin, dan alogliptin secara khusus digunakan sebagai inhibitor DPP-IV untuk pasien diabetes. Saat ini, penggunaan peptida pada protein susu kambing untuk mengobati diabetes telah dilaporkan dalam berbagai percobaan in vitro. Namun, pemahaman tentang interaksi molekuler penghambatan peptida tersebut terhadap DPP-IV masih kurang. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi mengenai afinitas beberapa molekul peptida tersebut, yaitu MHQPPQPL, SPTVMFPPQSVL, VMFPPQSVL, INNQFLPYPY, dan AWPQYL terhadap makromolekul DPP-IV dengan menggunakan simulasi penambatan molekuler berbasis protein-peptida. Sekuensing peptida terlebih dahulu dilakukan pemodelan dengan menggunakan server PEP-FOLD. Konformasi terbaik dipilih untuk dilakukan studi interaksi terhadap makromolekul DPP-IV dengan menggunakan software HPEPDock. Identifikasi lebih lanjut dilakukan terhadap interaksi molekuler yang terbentuk dengan menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2020.  Berdasarkan hasil dari penambatan molekuler berbasis protein-peptida diperoleh bahwa molekul peptida INNQFLPYPY memiliki afinitas yang paling baik terhadap makromolekul DPP-IV, yaitu dengan nilai energi bebas ikatan 923,46 kJ/mol. Dengan demikian, peptida tersebut diprediksi dapat digunakan sebagai kandidat inhibitor DPP-IV.
Identifikasi Peptida Bioaktif dari Protein Kedelai sebagai Inhibitor Enzim α-glukosidase untuk Kandidat Antidiabetes Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
Pharmacon: Jurnal Farmasi Indonesia Vol 17, No 2 (2020)
Publisher : Universitas Muhammadiyah Surakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.23917/pharmacon.v17i2.10635

Abstract

Diabetes mellitus is one of the endocrine metabolic disorders that has caused morbidity and mortality worldwide. Α-glucosidase inhibitor which plays an important role in carbohydrate metabolism is needed to avoid postprandial hyperglycemia. A bioactive peptide derived from soy protein was chosen as an alternative treatment for diabetes because of its therapeutic potential. Several bioactive peptides have been shown to inhibit the α-glucosidase enzyme, such as the bioactive peptide LLPLPVLK, SWLRL, and WLRL. This study aims to identify and evaluate molecular interactions that occur between bioactive peptide molecules and α-glucosidase enzyme macromolecules using protein-peptide docking methods through in silico. Bioactive peptide sequencing was first modeled using the PEP-FOLD software. The best conformation was chosen for an interaction study of the α-glucosidase enzyme macromolecule using HPEPDock software. Further exploration was carried out on the molecular interactions formed using BIOVIA Discovery Studio 2020 software. Based on the results of molecular docking, the WLRL bioactive peptide has the best affinity against the α-glucosidase enzyme, with a binding free energy value of −748.12 kJ/mol. Therefore, the bioactive peptide is predicted to be a suitable candidate for the α-glucosidase enzyme inhibitor.
Studi Interaksi Molekuler Aktivitas Antimikroba Peptida Bioaktif terhadap Staphylococcus aureus Secara In silico Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
JURNAL FARMASI DAN ILMU KEFARMASIAN INDONESIA Vol. 7 No. 2 (2020): JURNAL FARMASI DAN ILMU KEFARMASIAN INDONESIA
Publisher : Universitas Airlangga

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20473/jfiki.v7i22020.93-99

Abstract

Pendahuluan: Lendir kulit ikan lele kuning (Pelteobagrus fulvidraco), mengandung peptida bioaktif dan banyak dimanfaatkan dalam pengobatan berbagai penyakit karena memiliki aktivitas biologis, diantaranya sebagai antimikroba. Beberapa peptida bioaktif tersebut, antara lain pelteobagrin, myxinidin, pleurocidin, dan pardaxin-P1 dan telah terbukti mampu menghambat Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) dari Staphylococcus aureus. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi aktivitas antimikroba molekul peptida bioaktif secara in silico terhadap makromolekul Penicillin-Binding Protein 3 (PBP3) dari Staphylococcus aureus dan interaksi peptida bioaktif tersebut yang terlibat dalam mekanisme aksi antimikroba. Metode: Sekuensing peptida bioaktif terlebih dahulu dilakukan pemodelan ke dalam bentuk konformasi 3D menggunakan software PEP-FOLD. Konformasi terbaik hasil pemodelan dipilih untuk kemudian dilakukan studi penambatan molekuler terhadap makromolekul dari Staphylococcus aureus menggunakan software PatchDock. Interaksi molekuler yang terbentuk selanjutnya diidentifikasi lebih lanjut menggunakan software BIOVIA Discovery Studio 2020. Hasil: Berdasarkan hasil penambatan molekuler menunjukkan bahwa peptida bioaktif myxinidin memiliki afinitas paling baik dengan ACE score −2497,26 kJ/mol. Kesimpulan: Peptida bioaktif lendir kulit ikan lele kuning (Pelteobagrus fulvidraco) dapat dipertimbangkan sebagai kandidat antimikroba alami.
In silico Identification of Characteristics Spike Glycoprotein of SARS-CoV-2 in the Development Novel Candidates for COVID-19 Infectious Diseases Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
Journal of Biomedicine and Translational Research Vol 6, No 2 (2020): Augusts 2020
Publisher : Faculty of Medicine, Diponegoro University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.14710/jbtr.v6i2.7590

Abstract

Background: The emergence of infectious diseases caused by SARS-CoV-2 has resulted in more than 90,000 infections and 3,000 deaths. The coronavirus spike glycoprotein encourages the entry of SARS-CoV-2 into cells and is the main target of antivirals. SARS-CoV-2 uses ACE2 to enter cells with an affinity similar to SARS-CoV, correlated with the efficient spread of SARS-CoV-2 among humans.Objective: In the research, identification, evaluation, and exploration of the structure of SARS-CoV and SARS-CoV-2 spike glycoprotein macromolecules and their effects on Angiotensin-Converting Enzyme 2 (ACE-2) using in silico studies.Methods: The spike glycoproteins of the two coronaviruses were prepared using the BIOVIA Discovery Studio 2020. Further identification of the three-dimensional structure and sequencing of the macromolecular spike glycoprotein structure using Chimera 1.14 and Notepad++. To ensure the affinity and molecular interactions between the SARS-CoV and SARS-CoV-2 spike glycoproteins against ACE-2 protein-protein docking simulations using PatchDock was accomplished. The results of the simulations were verified using the BIOVIA Discovery Studio 2020.Results: Based on the results of the identification of the macromolecular structure of the spike glycoprotein, it was found that there are some similarities in characteristics between SARS-CoV and SARS-CoV-2. Protein-protein docking simulations resulted that SARS-COV-2 spike glycoprotein has the strongest bond with ACE-2, with an ACE score of −1509.13 kJ/mol.Conclusion: Therefore, some information obtained from the results of this research can be used as a reference in the development of SARS-CoV-2 spike glycoprotein inhibitor candidates for the treatment of infectious diseases of COVID-19.
UJI AKTIVITAS ANTIKANKER PAYUDARA SENYAWA ANDROGRAFOLIDA DARI TUMBUHAN SAMBILOTO (Andrographis paniculata (Burm F) Ness.) TERHADAP HUMAN EPIDERMAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 2 (HER-2) SECARA IN SILICO Sintya Suherlan; Rohayah Rohayah; Taufik Muhammad Fakih
Jurnal Ilmiah Farmasi Farmasyifa Vol 4, No 2 (2021)
Publisher : Universitas Islam Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29313/jiff.v4i2.7784

Abstract

Kanker payudara merupakan suatu keadaan dimana sel telah kehilangan pengendalian dan mekanisme normalnya, sehingga terjadi pertumbuhan yang tidak normal, cepat, dan tidak terkendali pada jaringan payudara. Kanker payudara dapat menyebabkan kematian pada kaum wanita. Andrographolide merupakan salah satu senyawa antikanker yang terkandung pada tanaman sambiloto (Andrographis Paniculata (Burm F) Ness.). Adapun reseptor Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER-2) merupakan resepor yang memiliki peranan penting pada kanker payudara. Tujuan pada peneitian ini adalah untuk mengetahui afinitas dan interaksi antara senyawa Andrographolide dan Dendronpholide G dengan reseptor HER-2 secara in silico. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi sifat fisikokimia senyawa Andrographolide dan Dendronpholide G dengan menggunakan server swiss-ADME. Kemudian senyawa tersebut dioptimasi menggunakan software Avogadro. Setelah mendapatkan konformasi senyawa uji terbaik kemudian dilakukan tahap selanjutnya yaitu simulasi molecular docking menggunakan reseptor HER-2 terhadap senyawa uji menggunakan software MGL Tools 1.5.6 yang dilengkapi Autodock Tools 4.2. Adapun hasil penelitian yang diperoleh yaitu interaksi yang terjadi pada senyawa uji Andrographolide menghasilkan energi bebas ikatan sebesar −5,42 Kcal/mol dan nilai konstanta inhibisi 105,72 nM, sedangkan Dendranpholide G menghasilkan energi bebas ikatan sebesar −3,67 Kcal/mol dan nilai konstanta inhibisi 2,05 µM. Interaksi pada senyawa Andrographolide dan Dendranpholide G dengan reseptor HER-2 yaitu 1 ikatan hidrogen (MET801) dan terdapat 4 interaksi hidrofobik (MET801, LEU726, ALA751, LEU852). Hasil dari simulasi molecular docking dapat diprediksi bahwa senyawa Andrographolide memiliki afinitas yang baik dibandingkan senyawa Dendranpholide G maka dapat dinyatakan sebagai kandidat antikanker payudara.
STUDI IN SILICO MEKANISME AKSI SENYAWA FTALOSIANINA SEBAGAI KANDIDAT FOTOSENSITIZER DALAM TERAPI COVID-19 BERBASIS FOTODINAMIKA Taufik Muhammad Fakih; Nurfadillah Hazar; Mentari Luthfika Dewi; Tanisa Maghfira Syarza; Anggi Arumsari
Jurnal Ilmiah Farmasi Farmasyifa Vol 4, No 1 (2021)
Publisher : Universitas Islam Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29313/jiff.v4i1.6784

Abstract

Sindrom pernapasan akut parah coronavirus-2 (SARS-CoV-2) yang menyebabkan pandemi penyakit infeksi COVID-19 menggunakan protein spike untuk dapat berikatan dengan reseptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) dalam sel inang. Beberapa kandidat obat yang diprediksi dapat digunakan dalam terapi COVID-19 seperti, tegobuvir, sonidegib, siramesine, antrafenine, bemcentinib, itacitinib, dan ftalosianina secara farmakologis mampu menghambat penempelan SARS-CoV-2 pada reseptor ACE2. Akan tetapi menariknya terapi fotodinamika dengan memanfaatkan senyawa ftalosianina berlabel logam saat ini dapat menjadi pilihan alternatif untuk terapi COVID-19 karena lebih efektif dan spesifik terhadap target.Melalui penelitian ini akan dilakukan identifikasi, evaluasi, dan eksplorasi afinitas serta interaksi molekular yang mampu menggambarkan mekanisme aksi dari struktur senyawa turunan ftalosianina berlabel logam secara in silico. Simulasi penambatan molekular ligan-protein antara besi ftalosianina (Fe-Pc) dan galium ftalosianina (Ga-Pc) terhadap protein spike SARS-CoV-2 dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak PatchDock. Berdasarkan simulasi penambatan molekular ligan-protein diperoleh hasil bahwa senyawa galium ftalosianina (Ga-Pc) memiliki afinitas yang lebih baik dibandingkan besi ftalosianina (Fe-Pc) terhadap protein spike SARS-CoV-2, dengan nilai masing-masing sebesar −2366,68 kJ/mol dan −2225,55 kJ/mol. Dari hasil tersebut dapat diprediksi perbedaan struktur molekul senyawa turunan ftalosianina berlabel logam terbukti mampu mempengaruhi mekanisme aksi terhadap protein target. Dengan demikian, hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi referensi dalam mendesain struktur senyawa turunan ftalosianina berlabel logam sebagai kandidat fotosensitizer dalam terapi fotodinamika untuk penyakit infeksi COVID-19.
STUDI INTERAKSI MOLEKULAR SENYAWA HESPERIDIN DAN NOBILETIN DARI KULIT BUAH JERUK TERHADAP ENZIM TYROSINASE SECARA IN SILICO Sani Ega Priani; Taufik Muhammad Fakih
Jurnal Ilmiah Farmasi Farmasyifa Vol 4, No 1 (2021)
Publisher : Universitas Islam Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29313/jiff.v4i1.6788

Abstract

Kulit buah jeruk merupakan salah satu limbah yang belum banyak dimanfaatkan. Kulit buah jeruk diketahui mengandung banyak senyawa berkhasiat diantaranya adalah nobiletin dan hesperidin. Senyawa tersebut termasuk golongan senyawa flavonoid yang diketahui berpotensi menginhibisi enzim tyrosinase, suatu enzim yang mengkatalisis sintesis melanin. Penelitian ini bertujuan untuk menganalis secara in silico, interaksi molekular antara senyawa flavonoid utama dari kulit  buah jeruk yakni hesperidin dan nobiletin dengan enzim tirosinase dilihat dari parameter energi ikatan dan jenis ikatan yang terjadi. Penelitian ini dilakukan secara in silico dengan diawali preparasi makromolekul enzim tyrosinase dan penetapan sisi aktifnya menggunakan tirosin sebagai substrat atau ligan alaminya. Selanjutnya dilakukan studi interaksi molekular antara senyawa nobiletin dan hesperidin terhadap sisi aktif enzim tirosinase dengan metode molecular docking. Hasil uji menunjukkan bahwa nobiletin dan hesperidin memiliki kemampuan untuk berikatan dengan sisi aktif enzim tirosinase dengan besar energi ikatan berturut-turut -6,24 dan -6,73 kkal/mol. Energi ikatan tersebut lebih kuat dibandingkan dengan energi ikatan antara substrat alami (tirosin) dengan sisi aktif enzim, yaitu sebesar -4,91 kkal/mol. Hesperidin dan nobiletin beinteraksi dengan sisi aktif enzim dengan ikatan hidrogen dan intearaksi hidrofobik. Nobiletin juga mampu berikatan dengan logam Cu yang ada pada sisi aktif enzim. Dari hasil tersebut dapat disimpulkan bahwa senyawa nobiletin dan hesperidin berpotensi menjadi inhibitor kompetitif enzim tirosinase berdasarkan studi  in silico.
IDENTIFIKASI PROTEASE UTAMA (Mpro) SEBAGAI MAKROMOLEKUL TARGET DALAM PENGEMBANGAN KANDIDAT INHIBITOR NOVEL CORONAVIRUS 2019 (SARS-CoV-2) SECARA IN SILICO Taufik Muhammad Fakih; Mentari Luthfika Dewi
Jurnal Ilmiah Farmasi Farmasyifa Vol 3, No 2 (2020)
Publisher : Universitas Islam Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29313/jiff.v3i2.5913

Abstract

Protease utama (Mpro) merupakan bagian utama pembentuk karakteristik coronavirus (SARS-CoV dan SARS-CoV-2). Kemajuan teknologi telah membuka peluang untuk menemukan kandidat senyawa inhibitor baru yang mampu mencegah dan mengendalikan infeksi COVID-19 melalui penghambatan Mpro SARS-CoV-2. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi, mengevaluasi, dan mengeksplorasi struktur makromolekul Mpro dari kedua coronavirus tersebut secara in silico. Makromolekul Mpro terlebih dahulu dilakukan preparasi dengan menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2020. Konformasi tiga dimensi dan sekuensing dari struktur makromolekul yang telah dipreparasi kemudian diamati dan dibandingkan dengan menggunakan perangkat lunak Chimera 1.14 dan Notepad ++. Bagian sisi aktif dari makromolekul Mpro kemudian diidentifikasi dengan menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2020. Prediksi molekul inhibitor makromolekul Mpro dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2. Berdasarkan hasil identifikasi terhadap makromolekul Mpro diperoleh hasil bahwa terdapat kemiripan struktur dan situs aktif pengikatan dari kedua makromolekul tersebut. Diprediksi bentuk molekul inhibitor dari kedua makromolekul Mpro juga identik. Dengan demikian, beberapa referensi tersebut dapat digunakan sebagai acuan dalam pengembangan kandidat inhibitor kompetitif Mpro SARS-CoV-2 untuk pengobatan penyakit infeksi COVID-19.
STUDI IN SILICO SENYAWA TURUNAN KURKUMINOID TERHADAP RESEPTOR ANDROGEN SEBAGAI KANDIDAT TERAPI KANKER PROSTAT Nandhy Agustian Luca Pratama; Annisa Meilani; Taufik Muhammad Fakih
Jurnal Ilmiah Farmasi Farmasyifa Vol 4, No 2 (2021)
Publisher : Universitas Islam Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.29313/jiff.v4i2.7783

Abstract

Kanker merupakan pertumbuhan sel abnormal yang tidak terkendali di dalam tubuh dan dapat merusak sel normal. Keganasan yang paling sering didiagnosis akibat kanker pada pria ialah kanker prostat. Senyawa turunan kurkuminoid (kurkumin, demestoksikurkumin, dan bisdemetoksikurkumin) diketahui memiliki kemampuan dalam menghambat reseptor androgen. Reseptor androgen ini berperan penting dalam pertumbuhan sel kanker prostat. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui afinitas senyawa turunan kurkuminoid yang paling baik terhadap reseptor androgen secara in silico. Penelitian ini menggunakan metode molecular docking dengan tahap awal identifikasi sifat fisikokimia menggunakan server Swiss-ADME, selanjutnya prediksi toksisitas menggunakan perangkat lunak Toxtree versi 3.1.0, optimasi geometri menggunakan perangkat lunak Avogadro versi 1.1.0, validasi dan simulasi molecular docking menggunakan perangkat lunak MGL Tools versi 1.5.6 yang dilengkapi AutoDock Tools versi 4.2, dan pada tahap akhir yaitu analisis hasil molecular docking menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio Visualizer 2019. Berdasarkan hasil penelitian ini telah berhasil dilakukan uji in silicosenyawa turunan kurkuminoid terhadap reseptor androgen. Berdasarkan hasil simulasi molecular docking, senyawa bisdemetoksikurkumin merupakan senyawa yang memiliki afinitas paling baik dibandingkan dengan senyawa lainnya, secara kuantitatif dari hasil docking didapat ikatan energi bebas (∆G) dan konstanta inhibisi (Ki) yang lebih kecil.
Identifikasi Mekanisme Molekuler Senyawa Ftalosianina sebagai Kandidat Photosensitizer pada Terapi Fotodinamika secara In Silico Taufik Muhammad Fakih; Anggi Arumsari; Mentari Luthfika Dewi; Nurfadillah Hazar; Tanisa Maghfira Syarza
ALCHEMY Jurnal Penelitian Kimia Vol 17, No 1 (2021): March
Publisher : UNIVERSITAS SEBELAS MARET (UNS)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.20961/alchemy.17.1.41184.37-42

Abstract

Bakteri patogen seperti Pseudomonas aeruginosa membutuhkan zat besi untuk dapat mempertahankan kelangsungan hidupnya. HasAp merupakan suatu protein yang dihasilkan oleh bakteri patogen sebagai sumber zat besi tersebut. Protein HasAp selanjutnya akan berikatan dengan protein membran luar yaitu HasR untuk dapat meneruskan sinyal pada sel bakteri. Penyerapan zat besi pada bakteri patogen ini dapat menjadi strategi pengembangan metode terapi dalam mengendalikan dan mencegah penyakit infeksi yang disebabkan oleh bakteri patogen Pseudomonas aeruginosa, salah satunya dengan memanfaatkan ftalosianina sebagai photosensitizer pada terapi fotodinamika. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi, mengevaluasi, dan mengeksplorasi mekanisme aksi senyawa ftalosianina terhadap protein HasAp, serta pengaruhnya pada bagian sisi aktif HasR dengan menggunakan studi in silico. Studi ligan-protein docking dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2 untuk mengamati afinitas dan interaksi molekuler antara molekul senyawa Fe-ftalosianina (Fe-Pc) dan Ga-ftalosianina (Ga-Pc) terhadap makromolekul protein HasAp. Selanjutnya, studi protein-protein docking dilakukan terhadap sistem kompleks ligan-protein untuk mengamati pengaruhnya terhadap area pengikatan dari makromolekul protein HasR dengan menggunakan perangkat lunak PatchDock. Berdasarkan hasil ligan-protein docking, senyawa Fe-ftalosianina (Fe-Pc) memiliki afinitas paling baik terhadap kedua protein HasAp, yaitu dengan nilai masing-masing -68,45 kJ/mol dan -69,16 kJ/mol. Kemudian, hasil studi protein-protein docking antara kompleks senyawa Fe-ftalosianina (Fe-Pc) dan protein HasAp terhadap protein HasR memiliki nilai Atomic Contact Energy (ACE) positif, yaitu 556,56 kJ/mol. Perbedaan struktur molekul senyawa ftalosianina terbukti mampu mempengaruhi mekanisme aksi terhadap protein target, sehingga hasil studi ini dapat menjadi acuan dalam mendesain struktur senyawa ftalosianina sebagai kandidat photosensitizer dalam terapi fotodinamika.Identification of the Molecular Mechanism of Phthalocyanine Compounds as Photosensitizer Candidates in Photodynamic Therapy by In Silico. Pathogenic bacteria including Pseudomonas aeruginosa need iron elements to be able to maintain their survival. HasAp is a protein produced by pathogenic bacteria as a source of iron. The HasAp protein will then bind to the outer membrane protein, namely HasR, to be able to forward signals in bacterial cells. Absorption of iron in these pathogenic bacteria can be a strategy for developing therapeutic methods in controlling and preventing infectious diseases caused by pathogenic bacteria Pseudomonas aeruginosa, one of which is by using phthalocyanine as a photosensitizer in photodynamic therapy. This study aims to identify, evaluate, and explore the mechanism of action of phthalocyanine compounds against HasAp proteins, and their effects on the active site of HasR through in silico studies. Ligand-protein docking studies were performed using MGLTools 1.5.6 with AutoDock 4.2 to observe the affinity and molecular interactions between molecules of Fe-phthalocyanine (Fe-Pc) and Ga-phthalocyanine (Ga-Pc) against HasAp protein macromolecules. Furthermore, a protein-protein docking study of the ligand-protein complexes system was simulated to observe its effect on the binding area of the HasR protein macromolecules using PatchDock. Based on the ligand-protein docking results, Fe-phthalocyanine (Fe-Pc) compounds have the best affinity for both HasAp proteins, with a binding energy value of -68.45 kJ/mol and -69.16 kJ/mol, respectively. The protein-protein docking study results between the complex compound Fe-phthalocyanine (Fe-Pc) and HasAp protein against HasR protein have a positive Atomic Contact Energy (ACE) value, with an ACE value of 556.56 kJ/mol. Differences in the molecular structure of phthalocyanine compounds are proven to be able to influence the mechanism of action against the target protein. Therefore, the results of this study can be a reference in designing the structure of phthalocyanine compounds as photosensitizer candidates in photodynamic therapy.
Co-Authors Abdillah, Nur Islami Vikri Adryan Fristiohady Akbar, Nabila Hadiah Akmal Syihabuddin Aksar, M Aldhiya Nurshafa Huwaida Alivia Dyanira Andita, Felia Rahma Cahya Anggi Arumsari Annisa Fitriyani Suryana Annisa Meilani Annisa Meilani Annisa Rahmah Furqaani Arfan Arfan Arini Nabila Putri Asikin, Asyhari Aulia Fikri Hidayat Az-zahra, Dhea Khairunnisa Bambang Tri Laksono Bertha Rusdi Budi P Soewondo Budi Prabowo Soewondo Budiana, Wempi Cahyani, Aura Lintang Ayu Candra Hermawan Choesrina, Ratu Dewi, Mentari Luthfika Dewi, Mentari Luthfika Diar Herawati Dina Mulyanti Dina Mulyanti Dita Anggun Novianta Dwi Syah Fitra Ramadhan Eky Syahroni Engrid Juni Astuti Fajarwati, Kania Faqih Radina Farendina Suarantika Fetri Lestari Fetri Lestari Firda Aulia Jannati Firliani Dwiputri Fitrianti Darusman Galand Febrial Akbar Gina Fuji Nurfarida Gita Cahya Eka Darma Hakim, Supartina Hamdan Ramdani Hilal Faturohman Hilda Aprilia, Hilda Inayah, Aghnia Fuadatul Indraswari, Ni Luh Astri Ingka Mardiana Putri Ismet Muchtar Nur Izdihar Arief, Imtiyaz Jilan Salsabila Auliya Putri Julia Hartati Khoirunnisa Muslimawati Latifa Hana Silfadani Lina Jamilah Liza Dzulhijjah Mardiana, Neng Dian Marillia, Viola Meike Rachmawati Mentari Luthfika Dewi Mentari Luthfika Dewi Meta Maulida Damayanti Muchlisin, M. Artabah Muhamad Akbar Dirgana Muhammad Fillah Nabila Shofura Mahardhika Nadhifah Mauludia Rinaldie Nandhy Agustian Luca Pratama Nawang Wulan Rachmatillah Prastowo Putri Nazhipah Isnani Nisa Neli Aunillah Nisa Qotrunida Afwa Nurfadillah Hazar Nurisyah, Nurisyah Nuzulfikri, Rizki Prayitno, Robby Putra, Aditya Maulana Perdana Putri, Nawang Wulan Rachmatillah Prastowo R. Rusli Radina, Faqih Ratu Choesrina Resty Imfyani Sofyan Ridwan Wijaya RISA NURRAHWANI Rizki Nuzulfikri rizkita, aden Rizkita, Aden Dhana Robby Prayitno Robby Prayitno Rohayah Rohayah Rusli Rusli Salsabilla Wijaya Sani Ega Priani Sari, Ajeng Kartika Sellygani Budi Vaelani Siddiq, Tita Barriah Sintia Ayu Dewi Sintya Suherlan Siti Ainun Rohaniah Siti Hardianti Siti Nurlita Permana Sonia alivia putri Syahrizal Nazala Syahroni, Eky Sylvie Kurniasih Tanisa Maghfira Syarza Tegar Achsendo Yuniarta Tegar Achsendo Yuniarta Tegar Achsendo Yuniarta Teti Sofia Yanti Thias Najminuri Trully Nouval Larasati Vinda Maharani Patricia Viola Marillia Vivi Amalia Dwi Pratiwi Wijaya, Salsabilla Wisnuwardhani, Hilda Aprilia