Di lembaga pendidikan Islam, pengajaran Al-Qur'an masih didominasi oleh pendekatan teknis untuk membaca dan menghafal. Namun, pendekatan pengajaran yang menekankan keterkaitan makna antar ayat dan surat belum berkembang dengan baik. Ini menunjukkan bahwa penguatan manajemen pembelajaran diperlukan untuk memberikan pemahaman Al-Qur'an yang kontekstual dan utuh. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menjelaskan bagaimana lembaga pendidikan Islam mengatur pembelajaran Al-Qur'an berdasarkan ilmu munasabah. Penelitian ini dilakukan dengan pendekatan kualitatif dan jenis studi kasus, Teknik pengumpulan data dilakukan melalui wawancara, observasi, dan dokumentasi. Hasil Penelitian ini menunjukkan bahwa penerapan manajemen pembelajaran Al-Qur'an berbasis ilmu munasabah mampu mengintegrasikan perencanaan, pelaksanaan, dan evaluasi pembelajaran secara sistematis, serta membantu siswa memahami secara lebih komprehensif hubungan antara ayat dan surat.