p-Index From 2021 - 2026
9.944
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Biospecies Jurnal Penelitian dan Pengembangan Pendidikan Kolaboratif Bioscience Bioeducation Journal AL KAUNIYAH Journal of Biology Education Biodidaktika : Jurnal Biologi dan Pembelajarannya AL-MURABBI: Jurnal Studi Kependidikan dan Keislaman Jurnal Penelitian Pendidikan IPA (JPPIPA) PEMBELAJAR: Jurnal Ilmu Pendidikan, Keguruan, dan Pembelajaran JURNAL PENDIDIKAN ROKANIA Diklabio: Jurnal Pendidikan dan Pembelajaran Biologi Bioedukasi: Jurnal Pendidikan Biologi PeTeKa JURNAL PENDIDIKAN TAMBUSAI Journal of Educational Research and Evaluation Atrium Pendidikan Biologi Jurnal Mangifera Edu Biopendix: Jurnal Biologi, Pendidikan dan Terapan Jurnal Eduscience (JES) Jurnal Ilmiah Biologi Eksperimen dan Keanekaragaman Hayati (J-BEKH) Sainstek : Jurnal Sains dan Teknologi Jurnal Metaedukasi : Jurnal Ilmiah Pendidikan BIO-EDU: Jurnal Pendidikan Biologi Natural Science: Jurnal Penelitian Bidang IPA dan Pendidikan IPA JURNAL BIOSHELL Jurnal Studi Kependidikan dan Keislaman Bioeduca : Journal of Biology Education Indonesian Journal of Natural Science Education JIPB (Jurnal Inovasi Pembelajaran Biologi) BIOCHEPHY: Journal of Science Education Al-Alam : Islamic Natural Science Education Journal YASIN: Jurnal Pendidikan dan Sosial Budaya ALSYS : Jurnal Keislaman dan Ilmu Pendidikan International Journal of Curriculum Development, Teaching and Learning Innovation Enrichment: Journal of Multidisciplinary Research and Development Guruku: Jurnal Pendidikan dan Sosial Humaniora Jurnal Esabi (Jurnal Edukasi dan Sains Biologi) Asian Journal of Science, Technology, Engineering, and Art Jurnal Intelek Dan Cendikiawan Nusantara BIOGENIC: Jurnal Ilmiah Biologi Jurnal Intelek Insan Cendikia Biodik: Jurnal Ilmiah Pendidikan Biologi Edumaspul: Jurnal Pendidikan
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 1 Documents
Search
Journal : AL KAUNIYAH

Primer Design and Optimization of Annealing Temperature for Gene Amplification GSTL2 on Rice Violita, Violita; Achyar, Afifatul; Zulyusri, Zulyusri; Atifah, Yusni; Putri, Dwi Hilda; Nabilah, Rezi
Al-Kauniyah: Jurnal Biologi Vol. 17 No. 2 (2024): AL-KAUNIYAH JURNAL BIOLOGI
Publisher : Department of Biology, Faculty of Science and Technology, Syarif Hidayatullah State Islami

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/kauniyah.v17i2.32859

Abstract

AbstractGlutathione S-Transferase is a superfamily enzyme that has many roles for living things, especially in the detoxification of Reactive Oxygen Species (ROS), one of which is rice plants. One gene of this family that has a role for plants is GSTL2 This gene is known to have a contribution to Arabidopsis and Oryza sativa L. against abiotic stress. To find out how this gene expression is requires a primer to specifically amplify this gene, and an optimal annealing temperature to support the success of the primer. This study aims to design primers and determine the optimal annealing temperature for gene amplification GSTL2. Primers were designed using the Primer3, which were then analyzed with Genious Prime based on good primer criteria and optimizing the annealing temperature which was carried out using gradient PCR. The results of this study obtained a primer pair is forward 5’-TTCGAAGGGCCAGCATTACT-3’ primer reverse 5’-CAATGTCCACCAAGCTGAA-3’. The primer pair has a length of 20 nt, with melting temperature (Tm) 59–59,4 °C, and GC content 50%. The primer forward there is a secondary structure in the form of a self-dimer with (Tm) 6.2 °C. The primer pair can amplify gene sequences GSTL2 by producing a PCR product 224 bp. The annealing temperature of 60 °C resulting in a single thick, bright DNA strand.AbstrakGlutathione S-Transferase merupakan enzim superfamily yang memiliki banyak peranan bagi makhluk hidup terutama dalam detoksifikasi Reactive Oxygen Species (ROS), salah satunya tumbuhan. Salah satu gen dari famili ini yang memiliki peranan bagi tanaman adalah GSTL2. Gen ini diketahui memiliki kontribusi bagi tanaman Arabidopsis dan Oryza sativa L. terhadap stres abiotik. Untuk mengetahui bagaimana ekspresi gen GSTL2 ini dibutuhkan primer untuk mengamplifikasi gen ini secara spesifik, di samping itu suhu annealing yang optimal untuk menunjang keberhasilan primer. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer dan menentukan suhu annealing yang optimal untuk mengamplifikasi gen GSTL2. Primer didesain menggunakan tools Pick Primer dan Geneious Prime, yang kemudian dianalisis secara in silico berdasarkan kriteria primer yang baik. Serta optimasi suhu annealing yang dilakukan menggunakan gradient PCR. Hasil penelitian ini diperoleh sepasang primer dengan panjang masing-masing primer 20 nt, primer forward 5’-TTCGAAGGGCCAGCATTACT-3’ primer reverse 5’-CAATGTCCACCAAGCTGAA-3’. Pasangan primer dapat mengamplifikasi sekuen gen GSTL2 dengan menghasilkan produk PCR sebesar 224 bp pada suhu annealing 60 °C.
Co-Authors Abdul Razak Abdul Razak Achyar, Afifatul Amanda, Bella Amelia Anugrah Anggraini, Berlian Anggriyani, Ria Annisa Khaira Anugrah, Chici Aping Berliana Aprilisia, Sanju Ardi Ardi Ardi Ardi Arif Rahman Sha Arsih , Fitri Astri Humaira Atifah, Yusni Atik Sulistyo Dwi Rahayu Aulya, Rahmi Ayunda, Sonia Nurul Azhari, Azhani Azwir Anhar Bestlyanti, Bestlyanti Bintang Eka Wira F Cemara, Cemara Cici Hidayah Darussyamsu, Rahmawati Deasy Rahmawati Des M Desyanti Desyanti Dhea Adrianti Ramadhani Dinny Afrillianti Diva Rahmania Dwi Hilda Putri Egha Aidhil Fitra Armadi Emayulia Sastria Eria Marina Sepriyani Ernie Novriyanti Fadillah Mutia FAJRINA, SUCI fauzi, agusta Ferdyan, Rhavy Festiyed Fietri, Winda Ayu Firdha, Nisa Firgi Aisa Safitri Fitri Arsih Fitri Suarni Fitri, Rahmadhani Gita Noveri Eza Hafizhatul Hasanah Hawa Nabila Savitri Heffi Alberida Helsa Rahmatika Humaira, Astri Ichsan Ichsan Imania, Masyithah Indah, Asra Julvuana, Risnil Khalel, Nisrina Zakia Laselvy, Khairunnisa Lufri Lufri Luthifah, Hasna Miswati Miswati Moga Sari Mulya Nabilah, Rezi Nadya Nadya Najib Abdul Aziz Najwa Rosyidah Nazla Fadhila Ritonga Nedia Gusti Elvera Nengsih, Cindy Oktafina Nisfa Zakiah nur fadhilah nasution Nurul 'Aini Nurul Hikmah Pritami, Dini Puspitasari, Winda Putra, Erik Nanda Putri Dharmayanti Putri Septi Nofriands Putri, Annisa Nurhidayah Putri, Yulia Adytia Putri, Zulgusma Aulia Rahmadhani Fitri Rahmadhani, Dian Intan Rahmawati D Rahmawati, Rahmawati Rahmi Kurniati Rahmi Rizalmi Rahmi, Fitri Olvia Rahmi, Intan Fathia Raihana Hanifah Ramadhan Sumarmin Ratna Sari Aprilia Rezi Nabilah Rezy Novita Sari Ria Anggriyani Ristiono Ristiono Ristono Ristono Riza Novita Rosi Fitri Ramadani Salvina, Salvina Santosa, Tomi Apra Sarinami, Putri Sa’diatul Fuadiyah Septio Irawan Shelvi Oktavia Dwi Putri Siagian, Gunaria Silaban, Monika Febriona Siska Aulia Farma Skunda Diliarosta Sofianora, Aulia Subari, Ahmad Syamsurizal - - Tasya Tasya Tomi Apra Santosa Tomi Apra Santosa Tuzzahra, Annisa Ummi, Dara Vauzia, Vauzia Violita Violita Viona Rosalina Wakif Nur Azizah Winiasri, Linda Wulansari, Kurnia Yayat Suharyat Yeni, Nia Sefri Yerimadesi Yerimadesi Yerimadesi Yerimadesi Yohandri Bow Yosi Laila Rahmi Yunita Fitri M Yuselmi, Retti Zahra Amelia Ramadani Zara Latifa