Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
1.554
P-Index
This Author published in this journals
All Journal HAYATI Journal of Biosciences MANAJEMEN HUTAN TROPIKA Journal of Tropical Forest Management Jurnal Ilmu Pertanian Indonesia Jurnal Ilmu dan Teknologi Hasil Hutan Jurnal Ilmu dan Teknologi Kelautan Tropis Jurnal Ilmu-Ilmu Perairan dan Perikanan Indonesia Forum Pasca Sarjana Jurnal Sain Veteriner Biospecies Jurnal Veteriner ILMU KELAUTAN: Indonesian Journal of Marine Sciences Jurnal Natur Indonesia Prosiding Seminar Biologi Microbiology Indonesia AL KAUNIYAH Jurnal Penelitian Hutan dan Konservasi Alam Jurnal Matematika & Sains Jurnal Ilmu Kelautan Spermonde agriTECH TREUBIA BERITA BIOLOGI JURNAL BIOLOGI INDONESIA ZOO INDONESIA Jurnal Biodjati BIOEDUSCIENCE Majalah Ilmiah Biologi BIOSFERA: A Scientific Journal Jurnal Iktiologi Indonesia (Indonesian Journal of Ichthyology) Floribunda Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia Konservasi Hayati Zoo Indonesia Proceeding Biology Education Conference Makara Journal of Science Jurnal Kedokteran Hewan Jurnal Kefarmasian Indonesia
TARUNI SRI PRAWAST MIEN KAOMINI ANY ARYANI DEDY DURYADI SOLIHIN
Departemen Biologi, Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam, Institut Pertanian Bogor
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Decision Sciences, Operations Research & Management Earth & Planetary Sciences Education Environmental Science Health Professions Immunology & microbiology Library & Information Science Materials Science & Nanotechnology Mathematics Medicine & Pharmacology Public Health Veterinary Other

Published : 87 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 87 Documents
Search

 4   5   6   7   8 
Kode batang DNA ikan lais genus Kryptopterus asal Sungai Mahakam Kalimantan Timur [Barcoding DNA of catfish species genus Kryptopterus from Sungai Mahakam Kalimantan Timur] Jusmaldi Jusmaldi; Dedy Duryadi; Ridwan Affandi; Rudhy Gustiano
Jurnal Iktiologi Indonesia Vol 14 No 3 (2014): Oktober 2014
Publisher : Masyarakat Iktiologi Indonesia (Indonesian Ichthyological Society)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.32491/jii.v14i3.80

Abstract

DNA barcoding of genus Kryptopterus catfish from Mahakam River, East Kalimantan by using mitochondrial DNA COI gene has been performed to obtain genetic marker (barcoding DNA), genetic characteristics and genetic tree. Amplification of mitochondrial COI gene regions was conducted by using COI Fish F1 and COI Fish R1 primers on the three catfish species consist of Kryptopterus apogon (N=3), K. micronema (N=6), and K. limpok (N=1). Based on partial COI mtDNA multiple alignment, we obtained three specific nucleotide site as genetic marker. Meanwhile, genetic characteristic analysis revealed 13.58% of nucleotide variation. Nucleotide substitution was greater at the third codon and transitional substitution was greater than transvertion. Genetic tree reconstruction based on p-distance separated the three catfish species with perfect bootstrap value. Abstrak Penelitian kode batang DNA spesies ikan lais genus Kryptopterus asal Sungai Mahakam Kalimantan Timur mengguna-kan gen COI DNA mitokondria dilakukan dengan tujuan untuk mengungkap penanda genetik (kode batang DNA), ka-rakterisasi genetik dan pohon genetik. Amplifikasi daerah gen COI DNA mitokondria dilakukan dengan menggunakan pasangan primer COI FishF1 dan COI FishR1 terhadap tiga spesies ikan lais yang terdiri atas Kryptopterus apogon (N=3), K. micronema (N=6), dan K. limpok (N=1). Hasil penelitian menunjukkan penyejajaran berganda pada gen par-sial COI DNA mitokondria antara spesies K. apogon, K. micronema, dan K. limpok diperoleh tiga situs nukleotida spe-sifik sebagai penanda genetik (kode batang DNA). Analisis karakterisasi genetik pada genus Kryptopterus berdasarkan gen parsial COI DNA mitokondria menunjukkan situs nukleotida yang bervariasi sebesar 13,58%, substitusi nukleotida lebih besar pada kodon ketiga dan bersifat transisi dari pada transversi. Konstruksi ulang pohon genetik berdasarkan ni-lai p-distance dapat memisahkan kelompok spesies K. apogon, K. micronema,dan K. limpok dengan nilai bootstrap sempurna.
Struktur trofik komunitas ikan di Sungai Cisadea Kabupaten Cianjur, Jawa Barat [Trophic structure of fish community in Cisadea River, Cianjur, Jawa Barat] Epa Paujiah; Dedy Duryadi Solihin; Ridwan Affandi
Jurnal Iktiologi Indonesia Vol 13 No 2 (2013): Desember 2013
Publisher : Masyarakat Iktiologi Indonesia (Indonesian Ichthyological Society)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.32491/jii.v13i2.100

Abstract

Interactions in fish community in an ecosystem can be assessed through food habits analysis. This study aims to assess the trophic structure of fish communities in Cisadea River. Fishes were collected using active and passive fishing gear at six locations representing upstream, midstream, and downstream areas at the dry season (June-November 2012). During the observation, sample was caught of 666 individuals consists of 48 species. A total of 250 individuals were analyzed for their food composition and digestive tract morphology to determine their trophic groups. Based on large group of organisms, fish community in Cisadea River consists three guild is carnivorous, omnivorous and herbivorous fish which dominated by carnivore and omnivore fish. Based on food organism taxon, the fishes were assigned to four groups i.e. insectivore, phy-toplanktivore, crustacivore, and molluscivore, with eight groups of food organisms (phytoplankton, insects, macrophytes, crustaceans, mollusc, fish, protozoa, and rotifers). In the upstream and midstream areas, the primary diet was insects and algae, whereas in the downstream the diet consists of algae, crustaceans, and insects. Abstrak Interaksi yang terjadi pada suatu komunitas ikan dapat dikaji melalui analisis makanan alaminya. Penelitian ini bertu-juan untuk mengkaji struktur trofik komunitas ikan di Sungai Cisadea. Ikan dikoleksi dengan menggunakan alat tang-kap aktif dan pasif di enam lokasi yang mewakili wilayah bagian hulu, tengah dan hilir selama musim kemarau (Juni-November 2012). Selama pengamatan, sampel yang diperoleh sebanyak 666 individu yang termasuk dalam 48 spesies. Sebanyak 250 individu dianalisis komposisi makanannya dan morfologi saluran pencernaannya untuk mengetahui ke-lompok trofik pada komunitas ikan tersebut. Berdasarkan golongan besar organismenya, komunitas ikan di Sungai Cisadea terdiri atas tiga kelompok, yaitu karnivora, omnivora, dan herbivora dengan kelompok ikan yang mendominasi adalah ikan omnivora dan karnivora. Berdasarkan takson organisme makanannya, komunitas ikan di Sungai Cisadea dibagi menjadi empat kelompok, yaitu insektivora, fitoplanktivora, krustasivora, dan moluskivora. Kelompok takson organisme makanannya ialah fitoplankton, insekta, makrofita, krustase, moluska, ikan, protozoa, dan rotifer. Di wilayah sungai bagian hulu dan tengah makanan utama ikan terdiri atas insekta dan alga, sedangkan di bagian hilir terdiri atas alga, krustase, dan insekta.
Iktiofauna di perairan hutan tropis dataran rendah, Hutan Harapan Jambi [Ichthyofauna of lowland rainforest waters, Harapan Rainforest, Jambi] Tedjo Sukmono; Dedy Duryadi Solihin; M. F. Rahardjo
Jurnal Iktiologi Indonesia Vol 13 No 2 (2013): Desember 2013
Publisher : Masyarakat Iktiologi Indonesia (Indonesian Ichthyological Society)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.32491/jii.v13i2.103

Abstract

Harapan Rainforest Jambi, the first restoration ecosystem area on lowland rainforest in Indonesia, has various types of aquatic ecosystem. Research was conducted in September 2012 to July 2013 aimed to assess the diversity of freshwater fish species that naturally exist in Harapan rainforest. Fish sampling conducted on eight water bodies in the area of Harapan Rainforest base on different habitat typology by using nets, gill nets, scoop net, traditional trap, and fishhook. The results showed the diversity of fish in the Harapan Rainforest consisting of 123 fish species, 25 families, and 52 genera. Cyprinidae has much species (59 species of fish). Based on the category of IUCN Red List conservation status of fish in the Harapan Rainforest are divided into 5 categories: not evaluated 74 species, data deficient 4 species, least concern 41 species, nearly threatened 3 species, and endangered 1species. Abstrak Hutan Harapan Jambi merupakan kawasan restorasi ekosistem pada areal hutan hujan tropis dataran rendah pertama di Indonesia, memiliki berbagai tipe ekosistem perairan. Penelitian dilakukan pada bulan September 2012 hingga Juli 2013 bertujuan untuk mengkaji keanekaragaman spesies ikan air tawar alami yang ada di areal tersebut. Pengambilan contoh ikan dilakukan pada delapan badan air di areal Hutan Harapan berdasarkan tipologi habitat menggunakan jala, jaring insang, sudu, serok, seruau, bubu dan pancing. Hasil penelitian menunjukkan keanekaragaman ikan di Hutan Harapan terdiri atas 123 spesies ikan, 25 famili, dan 52 genera. Famili Cyprinidae mempunyai spesies terbanyak (59 spesies). Berdasarkan kategori status konservasi IUCN Red List ikan di Hutan Harapan terbagi atas lima kategori yaitu: belum dievaluasi 74 spesies, informasi kurang 4 spesies, berisiko rendah 41 spesies, hampir terancam 3 spesies, dan genting 1 spesies.
Variasi genetik populasi ikan brek (Barbonymus balleroides Val. 1842) sebagai dampak fragmentasi habitat di Sungai Serayu [Genetic variation of population barb (Barbonymus balleroides Val. 1842) as habitat fragmentation impact in Serayu River] Bahiyah Bahiyah; Dedy Duryadi Solihin; Ridwan Affandi
Jurnal Iktiologi Indonesia Vol 13 No 2 (2013): Desember 2013
Publisher : Masyarakat Iktiologi Indonesia (Indonesian Ichthyological Society)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.32491/jii.v13i2.104

Abstract

The alteration of environmental characteristics and population separation caused by long term river barrage may affect morphological and genetic variation. This research aimed to ensure that the barb of this research is Barbonymous balleroides and to analyze genetic variation of barb at various habitats (upstream, reservoir, and downstream zones) in Serayu River, Banjarnegara. This research was conducted through DNA isolation and amplification by PCR and sequencing, along with water quality measurement. Result of phylogenetic tree showed that Barbonymus balleroides separated from its’ outgroup (Puntius orphoides dan Barbonymus gonionotus) as 6.34%. Genetic intraspecies distance of B. balleroides showed two clusters by similarity 2.0%. Barb population in Serayu River was identified as B. balleroides based on 710 bp fragment length of CO1 gene. Mrica reservoir development caused habitat fragmentation in Serayu River and increased genetic variation of barb population. Barb of downstream zone formed separate cluster from barb of reservoir and upstream zones marked basa cytosine (C) to downstream zone compared reservoir and upstream zone. Abstrak Perubahan karakteristik lingkungan dan pemisahan populasi ikan akibat pembendungan sungai dalam jangka waktu yang lama dapat menyebabkan variasi morfologi (morfometrik) dan genetik. Penelitian ini bertujuan untuk memastikan bahwa ikan brek yang dikaji pada penelitian ini adalah spesies Barbonymus balleroides dan mengkaji variasi ge-netik ikan brek pada berbagai habitat (hilir, waduk dan hulu) di Sungai Serayu wilayah Kabupaten Banjarnegara. Pe-nelitian meliputi isolasi dan amplifikasi DNA dengan PCR dan sekuensing, serta pengukuran parameter lingkungan. Hasil penelitian dari pohon filogenetik menunjukkan bahwa spesies ikan brek (Barbonymus balleroides) dan out gro-upnya (Puntius orphoides dan Barbonymus gonionotus) berbeda dengan jarak genetik ‘P’ sebesar 6,34%. Jarak genetik intraspesies B. balleroides memperlihatkan terdapat dua klaster dengan jarak perbedaan 2,0%. Populasi ikan brek yang dianalisis termasuk ke dalam spesies B. balleroides berdasarkan panjang fragmen 710 bp gen CO1. Pembangunan Wa-duk Mrica menyebabkan terjadinya fragmentasi habitat di Sungai Serayu. Hal ini mengakibatkan variasi genetik pada ikan brek. Ikan brek yang mendiami zona bawah waduk membentuk klaster yang terpisah dari ikan brek yang mendiami zona waduk dan atas waduk ditandai adanya basa sitosin (C) pada zona bawah dibandingkan zona lainnya.
Keragaman jenis dan struktur morfometrik Kryptopterus spp. di Sungai Batang Hari [Diversity and morphometric structure of Kryptopterus spp. on Batang Hari River] Abdul Rahman Singkam; Dedy Duryadi Solihin; Ridwan Affandi
Jurnal Iktiologi Indonesia Vol 11 No 1 (2011): Juni 2011
Publisher : Masyarakat Iktiologi Indonesia (Indonesian Ichthyological Society)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.32491/jii.v11i1.147

Abstract

The systematic of Kryptopterus has developed significantly. The latest research on Kryptopterus diversity in Batang Hari River was done on 2003. Environmental changes for the last seven years have a high possibility to change the variety composition. The aims of this research were to update the Kryptopterus data and to test the availability of specific way to identify a new Kryptopterus. Morphometric data was measured for 12 characters plus one character from calculation. Based on the 13 characters, the 13 morphometric indexes were calculated. The result shows that the variety of Kryptopterus, which still be found along Batanghari River, were K. limpok, K. micronema, K. kryptopterus, K. bicirrhis and K. apogon. The variety of Kryptopterus can be differentiated by morphometric index. K. limpok was identified by a higher body than other Kryptopterus and K. bicirrhis was identified by a thicker tail. AbstrakSistematika pada genus Kryptopterus berkembang sangat cepat. Penelitian terakhir tentang keragaman Kryptopterus di Sungai Batang Hari dilakukan tahun 2003. Perubahan kondisi lingkungan dalam rentang waktu tujuh tahun (2003-2010) diduga telah mengubah komposisi jenis-jenis Kryptopterus di daerah aliran Sungai Batang Hari. Penelitian ini bertujuan untuk memberikan data terbaru anggota dari jenis-jenis Kryptopterus yang masih ditemukan di Sungai Batang Hari dan untuk menguji ada atau tidaknya indeks khusus penciri spesies dalam genus Kryptopterus. Data morfometrik diukur untuk 12 karakter dan ditambahkan satu karakter hasil penghitungan. Berdasarkan 13 karakter tersebut dihitung 13 indeks morfometrik. Hasil penelitian menemukan jenis Kryptopterus yang masih ditemukan di daerah aliran Sungai Batang Hari adalah K. limpok, K. micronema, K. kryptopterus, K. bicirrhis, dan K. apogon. Jenis-jenis Kryptopterus dapat dipisahkan berdasarkan indeks morfometrik. K. limpok dicirikan dengan tubuh yang lebih tinggi dibanding anggota Kryptopterus lainnya. K. bicirrhis dicirikan dengan ekor yang lebih tebal (tinggi).
Gonad maturity and spawning type of silurid catfishes, Ompok miostoma (Vaillant, 1902) from Mahakam watershed, East Kalimantan Jusmaldi Jusmaldi; Dedy Duryadi Solihin; Ridwan Affandi; M F Rahardjo; Rudhy Gustiano
Jurnal Iktiologi Indonesia Vol 17 No 2 (2017): June 2017
Publisher : Masyarakat Iktiologi Indonesia (Indonesian Ichthyological Society)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.32491/jii.v17i2.359

Abstract

Silurid catfishes O. miostoma (Vaillant, 1902) is an endemic species in Mahakam Watershed East Kalimantan. Biology reproduction aspect of this species is not yet known. The purpose of this study was to determine the stages of gonad maturation characteristics, egg size, and spawning type. Fish sampling conducted monthly from November 2013 to Oc-tober 2014, using many gears at four locations in Mahakam Watershed, i.e: Semayang Lake, Belayan River, Siran River and Tering River. To determine the stages of gonad maturation in silurid catfishes were carried out by morphologic and histologic examination methods. Spawning fish type was determined based on the distribution of eggs diameter. The results of this research showed that there are five gonad maturation stages of males and females of silurid catfishes. Dis-tribution of eggs diameter in gonad maturity stages ranges from 0.54 – 1.30 mm with simultaneous spawning type. Abstrak Ikan lais O. miostoma (Vaillant 1902) adalah spesies ikan endemik di Daerah Aliran Sungai (DAS) Mahakam Kaliman-tan Timur. Aspek biologi reproduksi ikan ini belum pernah diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan karak-teristik tahap kematangan gonad, ukuran telur, dan tipe pemijahan. Pengambilan contoh ikan dilakukan setiap bulan, dari bulan November 2013 sampai Oktober 2014 menggunakan berbagai jenis alat tangkap pada empat lokasi penelitian di DAS Mahakam yang meliputi: Danau Semayang, Sungai Belayan, Sungai Siran, dan Sungai Tering. Penentuan ting-kat kematangan gonad ikan lais dilakukan dengan metode pemeriksaan morfologis dan histologis. Tipe pemijahan ikan lais ditentukan berdasarkan sebaran diameter telur. Hasil penelitian menunjukkan ada lima tahap kematangan gonad jantan dan betina ikan lais. Sebaran diameter telur pada tahap matang gonad berkisar dari 0,54 - 1,30 mm dengan tipe pemijahan serempak.
Reproductive biology of silurid catfishes Ompok miostoma (Vaillant 1902) in Mahakam River East Kalimantan Jusmaldi Jusmaldi; Dedy Duryadi Solihin; Ridwan Affandi; MF Rahardjo; Rudhy Gustiano
Jurnal Iktiologi Indonesia Vol 19 No 1 (2019): February 2019
Publisher : Masyarakat Iktiologi Indonesia (Indonesian Ichthyological Society)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.32491/jii.v19i1.387

Abstract

Reproductive biology of silurid catfish O.miostoma(Vaillant 1902)as one of endemic species in Mahakam River East Kalimantan is not yet known. This study aimed to analysisreproductive aspect related to changing seasons, including sex-ratio, spawning season, spawning location, length at first gonad maturity, gonado-somatic index, and fecundity. Total fish samples (n=1214)were collected monthly from November 2013 to October 2014 at four locations in the Mahakam River, using many fishing gears.The results of this research showthe total length of fish ranged from 132.19 to 227.30 mm and weight ranged from 20.00 to 70.40 g. The overall sex ratio of male and female was1: 1.56, while at gonad maturity stages were1:1.77. The spawning season range from November to January and peak spawning occurs in December. The highest spawning location was found at swamp flood Semayang Lake. The length at first gonad maturity of male ranged of 191.05-202.60 mm, while it was in 179.56-198.50 female. Maximum average gonado-somatic index (GSI) values obtained for male and female were 0.32 and 2.07 respectively during spawning period in November and declined to minimum in February. The total fecundity and eggs diameter rangedfrom 2648 to 12495 eggsind-1and 0.61 to 1.30 mm respectively. There was a positive correlation between fecundity andtotal length and weightof fishes. Abstrak Biologi reproduksi ikan lais O. miostoma (Vaillant 1902)sebagai salah satu spesies endemik di Sungai Mahakam Kalimantan Timur belum pernah diketahui. Tujuan penelitian ini adalah menganalisisaspek reproduksi ikan laisberkaitan dengan perubahan musimyang mencakupnisbah kelamin, musim pemijahan, lokasi pemijahan, ukuran kali pertama matang gonad, indeks kematangan gonad dan fekunditas.Total ikan contoh 1214 ekor telah dikumpulkan setiap bulan mulai dari bulan November 2013 sampai Oktober 2014di empat lokasi perairan Sungai Mahakam, menggunakan berbagai alat tangkap. Hasil penelitian menunjukkanukuran panjang total ikan berkisar dari 132,19-227,30 mm dan bobot berkisar dari 20,00-70,40 gram.Nisbah kelamin seluruh ikan jantan dan betina yang diamati 1 : 1,56, sedangkanpada tahap kematangan gonad 1:1,77. Musim pemijahan terjadi mulai dari bulan November sampai Januari dan puncak pemijahan pada bulan Desember. Lokasi pemijahan tertinggi ditemukan di rawa banjiran Danau Semayang. Ukuran ikan pertamamatang gonad pada jantan berkisar dari 191,05-202,60 mm dan betina berkisar dari 179,56-198,50 mm. Rata-rata indeks kematangan gonad (IKG) tertinggi ditemukan pada jantan dan betina berturut turut 0,32 dan 2,07 selama musim pemijahanpada bulan November dan menurun hingga terendah pada bulan Februari. Fekunditas total berkisar dari 2.648-12.495 butir telur per individu.Ada korelasi positif antara fekunditas dengan panjang total dan bobot ikan.
Genetic characteristic of giant featherback, Chitala lopis (Bleeker, 1851) from Lampung and Kalimantan using COI Gene Alam Putra Persada; Dedy Duryadi Solihin; Ridwan Affandi
Jurnal Iktiologi Indonesia Vol 21 No 1 (2021): February 2021
Publisher : Masyarakat Iktiologi Indonesia (Indonesian Ichthyological Society)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.32491/jii.v21i1.551

Abstract

DNA barcoding based on partial Cytochrome Oxidase subunit I (COI) gene in the mitochondrial has widely used in species identification and biodiversity studies. COI gene application is expected to obtain genetic characteristic, genetic variations and phylogeny of giant featherback. The aim of this research was to analyze genetic diversity of giant featherback Chitala lopis in Lampung and Kalimantan. To analyse genetic distance, Kimura two parameter (K2P) model was performed where to determine nucleotide variation & polymorphism and also reconstructed of phylogenetic tree was used MEGA 7.0 software. Total nine individuals were obtained from three populations, i.e. Lampung, West Kalimantan and South Kalimantan. The results showed that giant featherback has 689 bp conserve, 18 bp variation, 13 bp parsimony-informative, and 2 bp singleton sites from 707 bp COI partial gene. The average within-species, in-group, and out-group based on K2P distances were 1.24%, 1.43% & 1.58% (AP008922.1; KM213054.1), and 13.00% respectively. The Single Nucleotide Polymorphism (SNP) was obtaining from 13 SNP sites. West Kalimantan samples have two SNP (471 and 528 site). The South Kalimantan samples showed more specific nucleotides with nine SNP (120, 129, 144, 201, 306, 324, 474, 615 and 644). Based on genetic distance, the biggest difference was in the South Kalimantan sample (1.58%) compared with Lampung and West Kalimantan. The results of the K2P neighbour-joining phylogenetic tree reconstruction show that the South Kalimantan samples are in a different group. The West Kalimantan sample shows that it is closely related to the Lampung. Abstrak Barkoding DNA berdasarkan gen parsial Cytochrome Oxidase subunit I (COI) mitokondria telah banyak digunakan pada identifikasi spesies dan studi biodiversitas. Penggunaan gen COI mampu memperoleh karakteristik genetik, variasi genetik, dan filogeni. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis keragaman genetik spesies ikan belida Chitala lopis asal Lampung dan Kalimantan. Analisis yang digunakan yaitu menghitung jarak genetik dengan model Kimura two parameter (K2P), melihat variasi nukleotida, polimorfisme dan merekonstruksi pohon filogenetik menggunakan software MEGA 7.0. Sebanyak sembilan individu ikan belida dikoleksi dari tiga populasi yaitu: Lampung, Kalimantan Barat dan Kalimantan Selatan. Hasil analisis urutan nukleotida yang didapat menunjukkan 689 pb situs konservatif, 18 pb situs variasi, 13 pb situs parsimoni, dan 2 pb situs singleton dari 707 pb gen parsial COI. Jarak rata-rata intraspesies, ingroup, outgroup berdasarkan K2P adalah 1,24%, 1,43% & 1,58% (Kode akses Genbank: AP008922.1; KM213054.1), 13,00%. Single Nucleotide Polymorphism (SNP) yang diperoleh sebanyak 13 situs. Sampel Kalimantan Barat memiliki dua SNP pada situs (471 dan 528). Kalimantan Selatan memiliki sembilan SNP (situs ke 120, 129, 144, 201, 306, 324, 474, 615 dan 644). Berdasarkan jarak genetik, perbedaan terbesar terletak pada sampel Kalimantan Selatan (1,58%) dibandingkan dengan Lampung dan Kalimantan Barat. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik K2P neighbor-joining, menunjukkan bahwa sampel Kalimantan Selatan berada pada grup yang berbeda. Sampel Kalimantan Barat menunjukkan kekerabatan lebih dekat dengan grup Lampung.
Population diversity of striped snakehead, Channa striata (Bloch, 1793) from Bekasi, West Java and Barito Kuala, South Kalimantan using Cytochrome B gene Gita Kusuma Rahayu; Dedy Duryadi Solihin; Nurlisa A Butet
Jurnal Iktiologi Indonesia Vol 21 No 1 (2021): February 2021
Publisher : Masyarakat Iktiologi Indonesia (Indonesian Ichthyological Society)

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.32491/jii.v21i1.552

Abstract

Channa striata or striped snakehead is one of species from family Channidae that widely distributed from India, Southern China to Southeast Asia including Indonesia. It is a commercially important freshwater fish because of its taste and health benefits. High demand of this species trigger many efforts to increase its production, one of them is genetic monitoring. This study used complete Cytochrome b gene sequence of mtDNA for determining genetic variation in wild population of C. striata. C. striata samples (n=31) from two different locations in Indonesia were amplified and analyzed using MEGA ver 7.0. Sequences of 1140 bp complete cyt b gene revealed the presence of 2 haplotypes with 1137 bp conserved sites and 3 bp variable sites (0,26%). Overlapping haplotype was observed in samples from Bekasi, however there were only one haplotype in samples from South Borneo. Interspecies genetic were analysed with species from Genebank and showed that C. striata from Indonesia has close genetic relationships with C. striata from Borneo-Indonesia (MN057164.1) with genetic distance 0%. This study also revealed that C. striata from Indonesia were phylogenetically distinct with C. striata from China with 9,2%K2P genetic distance. Complete cyt b gene has been proven for assessing phylogenetic relationships and population diversity of C. striata in Indonesia. Abstrak Channa striata atau ikan gabus haruan adalah salah spesies dari famili Channidae yang tersebar luas mulai dari India, Cina bagian selatan hingga Asia Tenggara termasuk Indonesia. Hewan ini dikenal sebagai jenis ikan air tawar yang bernilai ekonomis karena rasa dan manfaat kesehatannya. Permintaan yang tinggi akan spesies ini mendorong upaya peningkatkan produksinya salah satunya dari segi pengawasan genetiknya. Penelitian ini menggunakan sekuen utuh gen Cytochrome b (cyt b) pada DNA mitokondria untuk menentukan variasi genetik populasi liar C. striata. Sampel C. striata (n=31) Indonesia asal dua lokasi berbeda berhasil diamplifikasi dan dianalisis menggunakan MEGA ver 7.0. Sekuen utuh gen cyt b sepanjang 1140 bp yang didapat menunjukkan adanya 2 haplotipe dengan 1137 bp situs konservatif dan 3 bp situs bervariasi (0,26%). Haplotipe yang tumpang tindih ditemukan pada sampel asal Bekasi, dan hanya ada satu haplotipe pada sampel asal Kalimantan Selatan. Analisis genetik interspesies dengan spesies dari Genebank menunjukkan sampel C. striata memiliki kedekatan genetik dengan C. striata (MN057164.1) asal Kalimantan-Indonesia dengan jarak genetik 0%. Penelitian ini juga menunjukkan bahwa C. striata dengan C. striata asal Cina dengan rata-rata jarak genetik 9,2%. Gen cyt b utuh mampu menjelaskan kekerabatan filogenetik dan memberikan informasi keragaman populasi C. striata asal Indonesia.
ANALISIS DNA MITOKONDRIA BADAK SUMATERA DALAM KONSERVASI GENETIK Handayani Handayani; Dedy Duryadi Solihin; Hadi S Alikodra
Proceeding Biology Education Conference: Biology, Science, Enviromental, and Learning Vol 8, No 1 (2011): Prosiding Seminar Nasional VIII Biologi
Publisher : Universitas Sebelas Maret

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

ABSTRAK   Populasi badak Sumatera dewasa ini semakin terancam keberadaannya. Hal ini disebabkan oleh beberapa faktor, diantaranya adalah semakin maraknya perburuan liar, rusaknya habitat alamnya yang disebabkan oleh konversi hutan yang cenderung tidak terkendali. Populasi kecil lebih rentan pada penurunan keragaman genetik karena efek inbreeding serta terfiksasinya beberapa alela tertentu dalam populasi sehingga hewan tersebut menjadi monomorf dan mengalami penurunan kemampuan berevolusi atau adaptasinya pada lingkungan yang berubah. Selain itu berkurangnya populasi, faktor lain adalah terjadinya fragmentasi suatu habitat yang akan mendorong putusnya aliran gen (gen flow) dan meningkatnya genetic drift. Keragaman genetik turut menentukan keberhasilan konservasi populasi. Oleh karena itu penelitian keragaman genetik dari populasi Badak Sumatera merupakan langkah penting yang harus dilakukan, dan keberhasilan penelitian ini merupakan langkah  dalam konservasi badak Sumatera. Pengumpulan sampel darah berasal dari SRS (Suaka Rhino Sumatera) TN Way Kambas Lampung. Sample berupa darah dari 2 ekor badak sumatera berjenis kelamin betina (Rosa & Bina) dan 2 ekor badak jantan (Torgamba & Andalas). Isolasi dan purifikasi DNA Total dilakukan menggunakan metode Duryadi. Amplifikasi daerah CO I pada badak Sumatera dilakukan dengan PCR menggunakan pasangan primer RHCOIF dan RHCOIR. Amplifikasi daerah CO I pada badak Sumatera dilakukan dengan menggunakan pasangan primer RHCOIF dan RHCOIR menghasilkan fragmen DNA berukuran 711 bp. Jarak genetik digunakan untuk melihat kedekatan hubungan genetik antar individu badak Sumatera dan spesies badak lain melalui penggunaan analisis perhitungan Pairwie Distance dengan p-distance dapat ditunjukkan matriks perbedaan genetik antara badak Sumatera dan badak outgroup (badak India dan badak Afrika), hasil perhitungan berdasarkan daerah CO I parsial menunjukkan nilai jarak genetik berkisar antara 0.016 sampai 0.147. Jarak genetik pada Bina (♀) terlihat dekat dengan Torgamba (♂) sebesar 0.007. Hubungan kekerabatan CO I menggunakan Neighbor-Joining dengan pengolahan bootstrap 1000 terlihat bahwa badak putih Afrika berbeda kelompok dengan badak Asia. Di dalam kelompok badak Asia terlihat bahwa badak India sama dengan kelompok dengan badak Sumatera (Indonesia). Di dalam badak Sumatera (Indonesia) sendiri terjadi keragaman. Berdasarkan hasil sekuen gen CO I terdapat situs-situs spesifik pada badak Sumatera sebesar adalah 67% hasil tersebut dapat digunakan sebagai data base dalam penelitian-penelitian selanjutnya.   Kata kunci: badak Sumatera, DNA, mitokondria, konservasi
Co-Authors Abdul Rahman Singkam Abdul Rahman Singkam Achmad - Taher ACHMAD FARAJALLAH Achmad Machmud Achmad Machmud Thohari Achmad Taher Achmad Taher Achmad, Taher Agus Nuryanto Agus Wahyana Anggara Agus Wahyana Anggara Agus Wahyana Anggara, Agus Wahyana Alam Putra Persada Ani Mardiastuti Ani Suryani Antonius Suwanto Any Aryani Ardi Kapahang Arief Boediono Arlyza1, Irma Shita Arzyana Sunkar Bahiyah Bahiyah Bambang Purwantara Cece Sumantri CECILIA ANNA SEUMAHU CECILIA ANNA SEUMAHU CHRISTIAN HANSJOACHIM SCHULZE D.D. Sastraatmadja DAMAYANTI BUCHORI Daniel Happy Putra Dedi . Soedharma Dedi Soedharma DEDI SOEDHARMA DEWI APRI ASTUTI Dewi Elfidasari Dewi Malia Prawiradilaga Dewi Malia Prawiradilaga, Dewi Malia DIAH ISKANDRIATI Diah Iskandriati DIETMAR BLOHM Dodi Nandika Dondin Sajuthi Dwi ASTUTI Dwi Astuti Dwi Sendi Priyono DYAH PERWITASARI -FARAJALLAH Epa Paujiah, Epa Evy Ayu Arida EVY AYU ARIDA Fahma Wijayanti Fahri Fahrudin, Fahri Faisal Mustafa Findra, Muhammad Nur FUNGKEY HOETAMA Gita Kusuma Rahayu Hadi Allikodra Hadi S Alikodra Haerul, Andi HAJRIAL ASWIDINNOOR Handayani , Handayani Handayani Handayani Hari Prayogo Harini Nurcahya Mariandayani Heddy Julistiono HEDDY JULISTIONO Hermanu Triwidodo I Gusti Agung Arta Putra I WAYAN SUANA Ibnu Maryanto Iman Rusmana Indah Fajarwati, Indah Irma Shita Arlyza Irzaman, Irzaman Isdradjad Setyobudiandi Ismayati Afifah Jakaria Jakaria Jamhari Jamhari Jarulis Jarulis Jarulis Jarulis Jarulis Jarulis Jito Jito Jito Sugardjito Jusmaldi Jusmaldi Kadarwan Soewardi Khustina, Yenny Chusna Khustina, Yenny Chusna Kunio Watanabe Lia Aseptin Murdini Lilik Budi Lilik Budi Prasetyo LILIK BUDIPRASETYO Lucia Johana Lambey M F Rahardjo M. F. Rahardjo M. Zairin Junior Mahmud, Rois MARIA BINTANG MF Rahardjo Mustafa Sabri Nastiti Kusumorini NEVIATY PUTRI ZAMANI Niken Subekti Niken TM Pratiwi Nurlisa Alias Butet Pamungkas, Joko Prasetyo Prasetyo Priyono, Siti N. Puji Rianti Retno Damayanti Soejoedono RICHARD F GRANT RIDWAN AFFANDI Rini Widayanti Robba Fahrisy Darus Roedhy Poerwanto Roedy Poerwanto Roedy Poerwanto Roni Koneri Ronny Rachman Noor Roza Elvyra Rudhy Gustiano Rudhy Gustiano Rudhy Gustiano Rudhy Gustiano Rudi Afnan Rudi Tarumingkeng Rudy C Tarumingkeng Safrida Safrida Safrida Safrida Saroyo Saroyo SATA YOSHIDA SRIE RAHAYU SATRIYAS ILYAS SELA SEPTIMA MARIYA SILMI MARIYA Siti N. Priyono SJAFRIDA MANUWOTO Soaloon Sinaga Soaloon Sinaga Sobir Sobir Sobir Sobir Sobir Sobir Solihin Solihin Sri Catur Setyawatiningsih Sri Catur Setyawatiningsih sri murtini . SRI NINGSIH Sri Sulandari Sri Supraptini Mansjoer Subyakto Subyakto Sugardjito Sugardjito SUHARSONO Suharsono Suharsono SULISTIYANI SULISTIYANI SULISTIYANI SULISTIYANI Sulistiyani Sulistiyani Sulistiyani, Sulistiyani Surjono Surjokusumo Syafyudin Yusuf Syaiful Anwar Syamsul Bachry Taher, Achmad Tedjo Sukmono Thohari Thohari Tike Sartika Tri Haryoko Tri Haryoko, Tri Tutik Wresdiyati UUS SAEPULOH UUS SAEPULOH Wasmen Manalu Yuli Wahyu Tri Mulyani YULIN LESTARI Yuni Cahya Endrawati Yus Rusila Noor Yus Rusila Noor Yusnarti Yus